Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01008068.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08089, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 14243
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32


Found at i:2917 original size:185 final size:185

Alignment explanation

Indices: 2605--4081 Score: 2150 Period size: 185 Copynumber: 8.0 Consensus size: 185 2595 TGTCTCACTT * * * * * * * 2605 AAGTACAGATGCAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGTCCGTGGTGACTAGTCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * * 2670 CCAATTATTATGTTGTTAAACTTTAAATATCAATTAATGAATTAAGGAATTCATCATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * 2735 ACAGACATGGCAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * 2790 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCTCGTGATGAATGGTCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * ** * ** * 2855 CCAATTATAATCTCATTAAACTTTAAATATCAACAAATAAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA ** * 2920 ACAGACACAGTAACCGTTACGGAAAAATTGTCATATTATCATGACT--ATA--T- 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * * * 2970 ATGT----A-ACAAGTTCTGGAAGAGAAAATGTCAAAATGGTAGTAAGCCCATGATGAATGGTTT 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAAT-G--GTAAGCCCATGATGAATGGTCT * ** 3030 GTACCAATTATCATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACCGAAATAAGGAATTCATCATTTAAA 63 GTACCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAA * 3095 TAAACAGACATGGTAAACCGTTACGGTAAAATTGTTATATTATCATGACTACATATGTA 128 TAAACAGACATGGT-AACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * * * * * * * * 3154 AAATACAGATACAAGTTATGGAGGAGGAAACGTCAAATTGGTAAGCTCGTAATGAATAGTCTATA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * * 3219 CCAATTATCATGTTGTTAAAATTTAAATATAAATTAATGAAATAAGGAATTCACCATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA ** * 3284 ACAGACATGACAACCGTTATGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * ** 3339 AAGTACAGATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCACAATGAATGGTCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA ** 3404 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAACAAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * * * 3469 ACAGACACGGTAACCGTTACAGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACAAATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * ** 3524 AAGTGCAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCACAATGAATGGTCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * * 3589 CCAATTATCATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACTGAAATAAGGAATTCATAATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 3654 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * 3709 AAGTACAAATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGATCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * 3774 ACAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACTGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * * * 3839 ATAGACACGGTAACCGTTACGATAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * 3894 AAGTACAGAT--AAGTTCTGGAGGAGGAATTGTCAAAATGGTAAGCCCGTGATGAATGGTCTGTA 1 AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * * 3957 CCTATTATTATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAA 66 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * * * * 4022 ACAGGCATGGTAACCGTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACTATATATGTA 131 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 4077 AAGTA 1 AAGTA 4082 GACAATCTGA Statistics Matches: 1163, Mismatches: 115, Indels: 30 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 175 27 0.02 176 2 0.00 178 86 0.07 179 33 0.03 180 3 0.00 181 4 0.00 183 169 0.15 184 2 0.00 185 722 0.62 186 89 0.08 188 2 0.00 189 24 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.17, T:0.30 Consensus pattern (185 bp): AAGTACAGATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA Found at i:3593 original size:370 final size:369 Alignment explanation

Indices: 2605--4296 Score: 2222 Period size: 370 Copynumber: 4.5 Consensus size: 369 2595 TGTCTCACTT * * * * * * 2605 AAGTACAGATGCAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGTCCGTGGTGACTAGTCTGTA 1 AAGTACA-ATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * * 2670 CCAATTATTATGTTGTTAAACTTTAAATATCAATTAATGAATTAAGGAATTCATCATTTAAATAA 65 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * 2735 ACAGACATGGCAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGAT 130 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGAT * * * 2800 ACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCTCGTGATGAATGGTCTGTACCAATTATAA 195 ACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCGTAATGAATGGTCTGTACCAATTATCA * ** * ** * * 2865 TCTCATTAAACTTTAAATATCAACAAATAAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACA-CA 260 TGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACATGA * 2929 GTAACCGTTACGGAAAAATTGTCATATTATCATGACT--ATA--T- 325 -TAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * * * * 2970 ATGT---A-ACAAGTTCTGGAAGAGAAAATGTCAAAATGGTAGTAAGCCCATGATGAATGGTTTG 1 AAGTACAATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAAT-G--GTAAGCCCATGATGAATGGTCTG * ** 3031 TACCAATTATCATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACCGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAT 63 TACCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAT * * 3096 AAACAGACATGGTAAACCGTTACGGTAAAATTGTTATATTATCATGACTACATATGTAAAATACA 128 AAACAGACATGGT-AACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACA * * * * * * 3161 GATACAAGTTATGGAGGAGGAAACGTCAAATTGGTAAGCTCGTAATGAATAGTCTATACCAATTA 192 GATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCGTAATGAATGGTCTGTACCAATTA * * 3226 TCATGTTGTTAAAATTTAAATATAAATTAATGAAATAAGGAATTCACCATTTAAATAAACAGACA 257 TCATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACA * * 3291 TGACAACCGTTATGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 322 TGATAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA ** 3339 AAGTACAGATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCACAATGAATGGTCTGTA 1 AAGTACA-ATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA ** 3404 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAACAAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 65 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * * * * 3469 ACAGACACGGTAACCGTTACAGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACAAATGTAAAGTGCAGAT 130 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGAT ** 3534 ACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCACAATGAATGGTCTGTACCAATTATCA 195 ACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCGTAATGAATGGTCTGTACCAATTATCA * * * 3599 TGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACTGAAATAAGGAATTCATAATTTAAATAAACAGACATGG 260 TGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACATGA 3664 TAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 325 TAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA * * 3709 AAGTACAAATACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGATCTGTA 1 AAGTAC-AATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTA * * 3774 ACAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTACTGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA 65 CCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAA * * * 3839 ATAGACACGGTAACCGTTACGATAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGAT 130 ACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGAT * * * * 3904 --AAGTTCTGGAGGAGGAATTGTCAAAATGGTAAGCCCGTGATGAATGGTCTGTACCTATTATTA 195 ACAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCGTAATGAATGGTCTGTACCAATTATCA * * * 3967 TGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGGCATGG 260 TGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACATGA * * * 4032 TAACCGTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACTATATATGTA 325 TAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA 4077 AAGTAGACAATCTGAATCATGTTCAGTCTCACTTAAGTACATGTAAAAATTCTAGAGTAGGAAAT 1 AAGT--ACAA--T--A-CA-----AGT-T---TT--G-----G----------AG-G-AGGAAAT 4142 GTCAAAATGGTAAG-CCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATC 31 GTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATC * * 4206 AATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATGGTAACTGTTACGGTAAAATTGT 96 AATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGT * * 4271 CATATTATCATGACAATATATGTAAA 161 CATATTATCATGACTACATATGTAAA 4297 ATAGACAAAC Statistics Matches: 1167, Mismatches: 109, Indels: 66 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 360 25 0.02 361 2 0.00 363 89 0.08 364 196 0.17 365 4 0.00 366 3 0.00 368 165 0.14 369 5 0.00 370 391 0.34 371 94 0.08 373 3 0.00 374 28 0.02 379 3 0.00 380 1 0.00 383 1 0.00 385 1 0.00 390 1 0.00 400 2 0.00 401 132 0.11 402 21 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.16, T:0.30 Consensus pattern (369 bp): AAGTACAATACAAGTTTTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTAC CAATTATAATGTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAA CAGACATGGTAACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTAAAGTACAGATA CAAGTTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCGTAATGAATGGTCTGTACCAATTATCAT GTTGTTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAATAAACAGACATGAT AACCGTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACTACATATGTA Found at i:4198 original size:218 final size:214 Alignment explanation

Indices: 3907--4464 Score: 823 Period size: 218 Copynumber: 2.6 Consensus size: 214 3897 TACAGATAAG * * * * 3907 TTCTGGAGGAGGAATTGTCAAAATGGTAAGCCCGTGATGAATGGTCTGTACCTATTATTATGTTG 1 TTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTG * 3972 TTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGGCATGGTAACC 66 TTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATGGTAACC * * * ** 4037 GTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACTATATATGTAAAGTAGACAATCTGAATCATGTTCA 131 GTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACAATATATGTAAAATAGACAAACCAAATCA---T-- 4102 GTCTCACTTAAGTACATGTAAAAA 191 GTCTCACTTAAGTACATGTAAAAA * * 4126 TTCTAGAGTAGGAAATGTCAAAATGGTAAG-CCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTG 1 TTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTG * 4190 TTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATGGTAACT 66 TTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATGGTAACC * * 4255 GTTACGGTAAAATTGTCATATTATCATGACAATATATGTAAAATAGACAAACCAAATCATGTCTC 131 GTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACAATATATGTAAAATAGACAAACCAAATCATGTCTC * 4320 ACTTAAGTACATGTACAAA 196 ACTTAAGTACATGTAAAAA * * * * * 4339 TTATGGAGGAGGAAATGTCAAAATGATAAGCCCATGATGAATAGTTTGTACCAATTATCATGTTG 1 TTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTG * * 4404 TTAAAATTTAAATACTATCAATCAATGAAATATGGAATTCATCATTT-AAAAAACAGACATG 66 TTAAAATTT-AA-A-TATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATG 4465 AAAACTGTTA Statistics Matches: 310, Mismatches: 25, Indels: 11 0.90 0.07 0.03 Matches are distributed among these distances: 213 49 0.16 214 40 0.13 215 3 0.01 216 15 0.05 217 30 0.10 218 146 0.47 219 27 0.09 ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.16, T:0.31 Consensus pattern (214 bp): TTCTGGAGGAGGAAATGTCAAAATGGTAAGCCCATGATGAATGGTCTGTACCAATTATAATGTTG TTAAAATTTAAATATCAATTAATGAAATAAGGAATTCATCATTTAAAAAAACAGACATGGTAACC GTTACGATAAAATTGTAATATTATCATGACAATATATGTAAAATAGACAAACCAAATCATGTCTC ACTTAAGTACATGTAAAAA Found at i:5691 original size:6 final size:6 Alignment explanation

Indices: 5680--5716 Score: 56 Period size: 6 Copynumber: 6.0 Consensus size: 6 5670 TTTACATTCA * 5680 CTTTTC CTTTTC CTTTTC ATTTTC CTTTTC CATTTTC 1 CTTTTC CTTTTC CTTTTC CTTTTC CTTTTC C-TTTTC 5717 ATATATCATG Statistics Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1 0.90 0.06 0.03 Matches are distributed among these distances: 6 23 0.82 7 5 0.18 ACGTcount: A:0.05, C:0.30, G:0.00, T:0.65 Consensus pattern (6 bp): CTTTTC Found at i:5702 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 5676--5718 Score: 70 Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19 5666 GCATTTTACA 5676 TTCACTTTTCCTTTTCC-TT 1 TTCA-TTTTCCTTTTCCATT 5695 TTCATTTTCCTTTTCCATT 1 TTCATTTTCCTTTTCCATT 5714 TTCAT 1 TTCAT 5719 ATATCATGTA Statistics Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2 0.92 0.00 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 12 0.52 19 11 0.48 ACGTcount: A:0.09, C:0.28, G:0.00, T:0.63 Consensus pattern (19 bp): TTCATTTTCCTTTTCCATT Found at i:8772 original size:2 final size:2 Alignment explanation

Indices: 8750--8791 Score: 52 Period size: 2 Copynumber: 21.5 Consensus size: 2 8740 AATTGAAATG * 8750 AT AT AT GAT A- AT AT AC A- AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 1 AT AT AT -AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 8791 A 1 A 8792 ATCAAGTCAA Statistics Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 6 0.84 0.02 0.14 Matches are distributed among these distances: 1 2 0.06 2 32 0.89 3 2 0.06 ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (2 bp): AT Found at i:12674 original size:55 final size:56 Alignment explanation

Indices: 12605--12717 Score: 167 Period size: 57 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56 12595 AACATATTTG * * 12605 AAAAAAATACACAAAA-TTATATTTTAATAATTA-CATAATTAAAGTATATTTTGAT 1 AAAAAAATACACAAAATTTATATCTTAATAA-TAGCATAATTAAAATATATTTTGAT * 12660 AAAAAAATACACAAAATTTTATATCTTAATAATAGCATGATTAAAATATATTTTGAT 1 AAAAAAATACACAAAA-TTTATATCTTAATAATAGCATAATTAAAATATATTTTGAT 12717 A 1 A 12718 TCTGCCAAAT Statistics Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 4 0.88 0.05 0.07 Matches are distributed among these distances: 55 16 0.31 56 2 0.04 57 34 0.65 ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.04, T:0.37 Consensus pattern (56 bp): AAAAAAATACACAAAATTTATATCTTAATAATAGCATAATTAAAATATATTTTGAT Found at i:14212 original size:2 final size:2 Alignment explanation

Indices: 14205--14240 Score: 72 Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2 14195 ACCCCAATGA 14205 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 14241 TTA Statistics Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 2 34 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (2 bp): AT Done.