Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008071.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08092, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13105
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Found at i:1847 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 426--3421 Score: 4375
Period size: 331 Copynumber: 9.0 Consensus size: 332
416 ATCGTTAAAT
* * * *
426 CCGTGACAGGTAGTACACGATTTCGGCTGAAAT-TTCGCAAAAATTGACCTG-AAATTTGTTTTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATT-GAAAAAATTGA-CAGAAAATTT-TTTTC
* ** * * * * *
489 CTCAATTTTTGGCTGAAATAGTAATAAAAATAATATAATTTAATGCCGAAAAA-TTGAAAGGTTT
63 CTCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCC-AAAAATTTGAAGGGTTT
* * *
553 TTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTT-CAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
127 TTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * *
617 ATTCAGATGGTCCTAAACTGAAAACCTTAAACCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATA
192 ATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATA
* * * * *
682 GATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGACCAGGAACACGGTT
257 GATATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTT
747 TTAGCAAAAAA
322 TTAGCAAAAAA
* ** *
758 CCGTGATAGTTAGTACAAGATTTC-ATTGAAATATTGAAAAATTTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
* * *
822 AACTCTTTGCCAATATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
66 AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
*
887 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTC
131 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* *
951 AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTCGCTAAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
196 AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
* * * *
1016 TTTTAAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACACGGTTTTAG
261 TTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAG
1081 CAAAAAA
326 CAAAAAA
* * *
1088 CCGTGATAGTTAGTACAAGATTTCGCCTGAAATATTGAAAAAATTGATAGAAAATTTTTTTCCTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
* * * * *
1153 AACTCTTTGCCAATATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCA
66 AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
*
1218 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTTATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
131 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* *
1282 AAATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
196 AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
* * * *
1347 TTTTAAGGAATCTTGACGCCAAAAATCATGCAGAACTAAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAG
261 TTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAG
1412 CAAAAAA
326 CAAAAAA
* * * * *
1419 CCGTAATATTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGCAAAAATTAACAGAAAATTTTTTTCCTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
* * *
1484 AATGTTTGGCCAAAATATTACTAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
66 AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
1549 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
131 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
1614 AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
196 AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
* * * * * * *
1679 TTTTGAGGAGTCTTGATGC-AAAAATAAAGCAGAATTGAGCCGAGGACTCGTAACGCGTTTTTAG
261 TTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAG
1743 CAAAAAA
326 CAAAAAA
1750 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTATTTTTCCT
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATT-TTTTTCCT
* * *
1815 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATGCAACGCCAAAAGTTTGGAGGGTTTTTC
65 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
* * *
1880 ACGCTTCTAATATCAATTTT-CTATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGATACAAGATT
130 AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
1944 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
195 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
*
2009 ATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
260 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
2074 GCAAAAAA
325 GCAAAAAA
*
2082 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAG-AAATTTTTTTCCTG
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
* * ** *
2146 AATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAAGTGAAGGGTTCTTCG
66 AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC-
* * *
2211 CA-CTTCTAATATCACTTTTCCTATTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
130 AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * * *
2275 TCAGATGCTAGTAAAATGAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATACA
194 TCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGA
* * * * * **
2340 TATTTTGAGGAGTATTGACGCTAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGAGATCCGGAACATGTTTTT
259 TATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTT
2405 AGCAAAAAA
324 AGCAAAAAA
** * **
2414 CTATGATAGTTAGTATACGATTTTAGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTATTTTTCCT
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATT-TTTTTCCT
2479 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
65 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
*
2544 AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAACGAAACAAGATT
130 AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * * **
2609 CAGATGCTCGTAAAAAGCAATCCTTAAATCCGTTGTACCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
195 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
* *
2674 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTAAGCCGGGGACCCGTAACGCGTTTTTA
260 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
*
2739 GTAAAAAA
325 GCAAAAAA
2747 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTATTTTTCC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAA-TT-TTTTTCC
*
2812 TCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAGTTTGAAGGGTTTTT
64 TCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGG-TTTT
*
2877 TCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGA
128 TCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * *
2942 TTCAGATGCTCGTAAAAAGCAATCCTTAAATCCGTTGTGCCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
193 TTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
* * ** * * *** *
3007 ATATTTTGAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTTGAACTGAGCTGGGAATGTGGAACGCATTTT
258 ATATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
3072 TAGCAAAAAA
323 TAGCAAAAAA
* * * * * *
3082 CTGTGGTACTTAGTACACGATTTCAGCTGAAAT-TTCGCAAAAATTGACCCGACAAA-TTTTTTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATT-GAAAAAATTGA-CAGA-AAATTTTTTTC
* * * * * * *
3145 CTTAATTTTTTGGCAAAATATTAA-AAAAATCATATAATTCAATGCAAAAAAATTGAACGGTTTT
63 CTCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTT
* * *
3209 TCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTT-CGAATTTATTTCTAATTAAAACTAAACAAGA
128 TCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* ** *
3273 TTCAGATGGTTATAATATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
193 TTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
* * * * * *
3338 ATATTTTGAGGAGTCTTCATGCAAAAAAATCATGCAGAACTGAGCTGGTGACCTGGAACGCGTCT
258 ATATTTTGAGGAGTCTTGACGC-AAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTT
*
3403 CTAGCAAAAAA
322 TTAGCAAAAAA
3414 CCGTGATA
1 CCGTGATA
3422 TATAGATATT
Statistics
Matches: 2422, Mismatches: 222, Indels: 40
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
329 11 0.00
330 342 0.14
331 779 0.32
332 622 0.26
333 243 0.10
334 186 0.08
335 233 0.10
336 3 0.00
337 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
AGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATA
TTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAG
CAAAAAA
Found at i:1876 original size:663 final size:662
Alignment explanation
Indices: 426--3421 Score: 4357
Period size: 663 Copynumber: 4.5 Consensus size: 662
416 ATCGTTAAAT
* * * *
426 CCGTGACAGGTAGTACACGATTTCGGCTGAAAT-TTCGCAAAAATTGACCTG-AAATTTGTTTTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATT-GAAAAAATTGA-CAGAAAATTT-TTTTC
* ** * * * *
489 CTCAATTTTTGGCTGAAATAGTAATAAAAATAATATAATTTAATGCCGAAAAA-TTGAAAGGTTT
63 CTCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCC-AAAAATTTGAAGGGTTT
* * *
553 TTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
127 TTCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * *
618 TTCAGATGGTCCTAAACTGAAAACCTTAAACCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
192 TTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAG
* * * * *
683 ATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGGGACCAGGAACACGGTTT
257 ATATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
* * *
748 TAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACAAGATTTCA--TTGAAATATTGAAAAATTTGACAGAAAA
322 TAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTT-AGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAA
* *
811 TTTTTTTCCTCAACTCTTT-GCCAATATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTG
386 TTTTTTTCCTCAA-TTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTG
*
875 AAGGGTTTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATT
450 AAGGGTTTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATC
* *
939 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTCGCTAAGATTTGAATAGA
515 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGA
* *
1004 TAAATATAGATATTTTAAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGA
580 TAAATATAGATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCC-GGGACTCGGA
*
1069 ACACGGTTTTAGCAAAAAA
644 ACACGTTTTTAGCAAAAAA
* * *
1088 CCGTGATAGTTAGTACAAGATTTCGCCTGAAATATTGAAAAAATTGATAGAAAATTTTTTTCCTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
* * * *
1153 AACTCTTTGCCAATATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCA
66 AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
* *
1218 AGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTCCGAATTTATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
131 CGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* *
1283 AATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATAT
196 GATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATAT
* * * *
1348 TTTAAGGAATCTTGACGCCAAAAATCATGCAGAACTAAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGC
261 TTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGC
* * * *
1413 AAAAAACCGTAATATTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGCAAAAATTAACAGAAAATTTTT
326 AAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTT
* *
1478 TTCCTCAATGTTTGGCCAAAATATTACTAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGT
391 TTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGT
1543 TTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA
456 TTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA
1608 AGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATA
521 AGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATA
* * * * * * *
1673 TAGATATTTTGAGGAGTCTTGATGC-AAAAATAAAGCAGAATTGAGCCGAGGACTCGTAACGCGT
586 TAGATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCG-GGACTCGGAACACGT
1737 TTTTAGCAAAAAA
650 TTTTAGCAAAAAA
1750 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTATTTTTCCT
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATT-TTTTTCCT
* * * *
1815 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATGCAACGCCAAAAGTTTGGAGGGTTTTTC
65 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
* *
1880 ACGCTTCTAATATCAATTTT-CTATTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGATACAAGATT
130 ACGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
1944 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
194 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
*
2009 ATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
259 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
*
2074 GCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAG-AAATTT
324 GCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTT
* * **
2138 TTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAAGTGAAGG
389 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGG
* * * *
2203 GTTCTTCGCA-CTTCTAATATCACTTTTCCTATTTTTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGA
454 GTTTTTC-AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGA
* * *
2267 AACAAGATTCAGATGCTAGTAAAATGAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGAATAGATA
517 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATA
* * *
2332 AATATACATATTTTGAGGAGTATTGACGCTAAAAATCATGCAGAACTGAGTCGGAGA-TCCGGAA
582 AATATAGATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGG-GACT-CGGAA
*
2396 CATGTTTTTAGCAAAAAA
645 CACGTTTTTAGCAAAAAA
** * **
2414 CTATGATAGTTAGTATACGATTTTAGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTATTTTTCCT
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATT-TTTTTCCT
*
2479 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
65 CAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTC
* *
2544 AAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAAACGAAACAAGATT
130 ACGCTTCTAATATCAATTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * * **
2609 CAGATGCTCGTAAAAAGCAATCCTTAAATCCGTTGTACCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
194 CAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGAT
* *
2674 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTAAGCCGGGGACCCGTAACGCGTTTTTA
259 ATTTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTA
* *
2739 GTAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTT
324 GCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAA-TT
* *
2804 ATTTTTCCTCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAGTTTGAA
388 -TTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAA
2869 GGGTTTTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG
452 GGG-TTTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCG
* * * * *
2934 AAAGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGCAATCCTTAAATCCGTTGTGCCTGAGATTTGAATAGAT
516 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGAT
* * * ** * * *
2999 AAATATAGATATTTTGAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTTGAACTGAGCTGGGAATGTGGAA
581 AAATATAGATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGACT-CGGAA
* *
3064 CGCATTTTTAGCAAAAAA
645 CACGTTTTTAGCAAAAAA
* * * * * *
3082 CTGTGGTACTTAGTACACGATTTCAGCTGAAAT-TTCGCAAAAATTGACCCGACAAA-TTTTTTC
1 CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATT-GAAAAAATTGA-CAGA-AAATTTTTTTC
* * * * * *
3145 CTTAATTTTTTGGCAAAATATTAA-AAAAATCATATAATTCAATGCAAAAAAATTGAACGGTTTT
63 CTCAATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAATTTGAAGGGTTTT
* * *
3209 TCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAAACTAAACAAGAT
128 TCACGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* ** *
3274 TCAGATGGTTATAATATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGA
193 TCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGA
* * * * * * *
3339 TATTTTGAGGAGTCTTCATGCAAAAAAATCATGCAGAACTGAGCTGGTGACCTGGAACGCGTCTC
258 TATTTTGAGGAGTCTTGACGC-AAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
3404 TAGCAAAAAACCGTGATA
322 TAGCAAAAAACCGTGATA
3422 TATAGATATT
Statistics
Matches: 2110, Mismatches: 198, Indels: 47
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
660 5 0.00
661 263 0.12
662 350 0.17
663 542 0.26
664 182 0.09
665 220 0.10
666 115 0.05
667 119 0.06
668 282 0.13
669 29 0.01
670 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (662 bp):
CCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTTTTCCTC
AATTTTTTGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAATTTGAAGGGTTTTTCA
CGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
GATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATATAGATAT
TTTGAGGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGC
AAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTAGGCTGAAATATTGAAAAAATTGACAGAAAATTTTT
TTCCTCAATTTTTGGCCAAAATATTAATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATTTGAAGGGT
TTTTCAAGCTTCTAATATCAATTTTCCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA
AGATTCAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGAATAGATAAATA
TAGATATTTTGAGGAGTATTGACGCAAAAAATCATGCAGAACTGAGCCGGGACTCGGAACACGTT
TTTAGCAAAAAA
Found at i:12407 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12382--12429 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
12372 GTTCAGGTAG
12382 TATATTATA-TATA--TAGTA
1 TATATTATATTATATGTAGTA
12400 TAATATTATATTATATGTAGTA
1 T-ATATTATATTATATGTAGTA
12422 TATATTAT
1 TATATTAT
12430 CCTAAATCCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
19 8 0.31
20 4 0.15
21 7 0.27
22 6 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
TATATTATATTATATGTAGTA
Found at i:12420 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 12389--12429 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
12379 TAGTATATTA
12389 TATATATAGTATAATATTATAT
1 TATATATAGTAT-ATATTATAT
*
12411 TATATGTAGTATATATTAT
1 TATATATAGTATATATTAT
12430 CCTAAATCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.39
22 11 0.61
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
TATATATAGTATATATTATAT
Found at i:12541 original size:150 final size:151
Alignment explanation
Indices: 12357--12656 Score: 457
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
12347 TATTATCCTT
*
12357 AATTGCAACATTCAAGTTCAGGTAGTATATTATA-TATATAGTATAATATTATATTATATGTAGT
1 AATTGCAACATTCAAGTTCAGGTAGTATATTATATTATATA-TATAATATAATATTATATGTAGT
* *
12421 ATA-TATTATCCTAAATCCTGATTAAACAGCTGAC-T-TCTTAAATTCTGAGTTAATGTCTACTA
65 ATATTATCATCCTAAATCCTGATTAAACAGCTGACTTATCTTAAATTCAGAGTTAATGTCTAC--
12483 TATTGTTAATTAATTAATTAATTA
128 TATTGTTAATTAATTAATTAATTA
*
12507 AATTGCAACATTGCAAGTTCAGGTAGTATA-TATATTATATATATAGTATAATATTATATGTAGT
1 AATTGCAACATT-CAAGTTCAGGTAGTATATTATATTATATATATAATATAATATTATATGTAGT
* *
12571 ATATTATCATCCTAAATCCTGATTAAACAGTTGACTTGATCTTAAATTCAGAGTTAATGTCTGCT
65 ATATTATCATCCTAAATCCTGATTAAACAGCTGACTT-ATCTTAAATTCAGAGTTAATGTCTACT
*
12636 ATTGTTATTTAATTAATTAAT
129 ATTGTTAATTAATTAATTAAT
12657 AATATAGTGC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 7, Indels: 10
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 40 0.29
151 52 0.38
152 22 0.16
154 23 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (151 bp):
AATTGCAACATTCAAGTTCAGGTAGTATATTATATTATATATATAATATAATATTATATGTAGTA
TATTATCATCCTAAATCCTGATTAAACAGCTGACTTATCTTAAATTCAGAGTTAATGTCTACTAT
TGTTAATTAATTAATTAATTA
Done.