Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008087.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08108, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4305
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:601 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 1--2562 Score: 3570
Period size: 321 Copynumber: 8.0 Consensus size: 321
* * *
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGACACAATACTCAG-AAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
* * * * * *
64 TTCAATGCAAAAAGAAATTGAAG-GTTTTTTCATGCTTCTAATATCATTTACCAATTTTTTCCTA
66 TTTAATGCCAAAA-CAATTGAAGTG-TTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCCATTTTTTTCCTA
* *
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* * * * *
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* * **
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*
321 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATGTAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
* *
386 TTTAATGCCACAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCATTTTCCATTTTTTTCCTAAT
66 TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCCATTTTTTTCCTAAT
* *
451 TTATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAA-TAAATCCTTAAATCTAATGT
131 TTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACT-AATCCTTAAATCCAATGT
* * * *
515 GGCTCAGATTTTGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAA
195 GGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAA
*
580 CTGAGACGATGCTCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
260 CTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* ** * **
641 GCTAAAAATTGACCCAAAAATTTTTTGTTCAGTTTTTTGCCACAATACACAGAAAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
** * * * * *
706 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTACTA
66 TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATC-ATTTTCCA-TTTTTTTCCTA
771 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
129 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
* *
836 TGGCTCAGATTTGGATAGTTGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* *
901 ACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAGTCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCG
259 ACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * *
963 GCTAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATAATTTAGAAAAAA-ATATA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAAT-ACTTAGAAAAAATATATA
* *
1027 ATTTAATGTCAAAACAATTGAATTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTA
65 ATTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCA-TTTTCCATTTTTTTCCTA
* * *
1092 ATTTATTTCTGAATAAATTGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTTATCCTTAAATCCAATG
129 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
* * ** * *
1157 TGGCTTAGATTTGGATAGATGAATACAGATATATCAAGTTGTTGTTGTGTCAAAAACCATGCAAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* * *
1222 ACTTAGACGAGGC-CCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCC---A---TCAGTACACGATTTTCG
259 ACTGAGACGACGCTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCG
* * * *
1280 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTACCACAATACGCT-GAAAAAATATATA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATAC-TTAGAAAAAATATATA
** * * * * *
1344 ATTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CTG
65 ATTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATC-ATTTTCCATTTTTTTCCTA
* *
1408 ATTTATTTCTAGATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCATTG
129 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
* * * *
1473 TGGCTCAAATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCAAAAAACCATGCCAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* * *
1538 ACAGAGACGAGGC-CCAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCG
259 ACTGAGACGACGCTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * *
1601 GCTAAAAATAGATCCGAAAATTTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAA--TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATAT
** * * * *
1666 AATTTAACACCAAAATAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATCATTTACCAATTTTTTTCCT
64 AATTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCC-ATTTTTTTCCT
** * *
1731 AATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAATTTTCATATGCTCGTAAAAACTTATCCTTAAATCCAAT
128 AATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAAT
*
1796 ATGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAA
193 GTGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAA
*
1861 AACTGAGACGACGCTCCGAAACGCG--TTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCG
258 AACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
1923 GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
* * ** * * *
1988 TTTAATGTCAAAACAATTAAAGTGTTTTTCAATCTTCTACTGTCTTTTTCCATTTTTTTCCTAAT
66 TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCCATTTTTTTCCTAAT
* * * * *
2053 TTATTTCTAAATATATCGAAACTAAATTCATATGCACGTCAAAA-TAATCCTTAAATCCAATGTG
131 TTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTG
*
2117 GCTCAGATTTGGATGGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
196 GCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
* * *
2182 TGAGACGAGGC-CTCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAGCTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
261 TGAGACGACGCTC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* *
2243 GCTAAAAATTGACCCGAATATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATGTAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
* * * *
2308 TTTAATGCCACAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGATTCTAATGTCATTTTTCCATTTTTTTCATAA
66 TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCA-TTTTCCATTTTTTTCCTAA
* * *
2373 TTTATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAA-TAAATCCTTAAATCCAATG
130 TTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACT-AATCCTTAAATCCAATG
* * * *
2437 TGGCTCAGATTTGGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTT-TGCCAAAAAGCATGCAAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* * * * *
2501 ATTGAGATGACACTCCGAAACGCGTGTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTATACGATTTC
259 ACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
2563 CTCAGTTTTT
Statistics
Matches: 2001, Mismatches: 207, Indels: 67
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
316 171 0.09
317 104 0.05
318 100 0.05
319 54 0.03
320 375 0.19
321 517 0.26
322 439 0.22
323 99 0.05
324 140 0.07
325 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (321 bp):
GCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCCATTTTTTTCCTAAT
TTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTG
GCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
TGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
Found at i:1815 original size:640 final size:639
Alignment explanation
Indices: 1--2870 Score: 3890
Period size: 643 Copynumber: 4.5 Consensus size: 639
* * *
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTCA-ATTTTTGACACAATACTCAG-AAAAATATATA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATA-TTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATATATA
* ** * * * * * * *
63 ATTCAATGCAAAAAGAAATTGAAGGTTTTTTCATGCTTCTAATATCATTTACCAATTTTTTCCTA
65 ATTTAACACCAAAA-AAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCCATTTTTTTACTA
* *
128 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACCAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTTATCCTTAAATCCAATG
129 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
* * * * * *
193 TGGCTCAGATTTGGATACATTAATACAGATATATCAAGGTGTTGTTGTGCCAAAAACCATGCAAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* * **
258 ACTTAGACGAGGTCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
259 ACTGAGACGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
323 TAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATGTAAT
323 TAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAAT
* *
387 TTAATGCCACAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCA-TTTTCCATTTTTTTCCTAAT
388 TTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTAAT
*
451 TTATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCTAATGTG
453 TTATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * *
516 GCTCAGATTTTGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
518 GCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
* *
581 TGAGACGATGCTCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
583 TGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCC--GA--GTCAGTACACGATTTCG
* * ** *
641 GCTAAAAATTGACCCAAAAATTTTTTGTTCAGTTTTTTGCCACAATACACAGAAAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATATATAA
*
706 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTACTA
66 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCCA-TTTTTTTACTA
771 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
129 ATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATG
*
836 TGGCTCAGATTTGGATAGTTGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
194 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* * *
901 ACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAGTCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCGGC
259 ACTGAGACGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
* * *
965 TAAAAATTGACCC-AAAAAATTTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATAATTTAGAAAAAA-ATATAA
323 TAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAAT-ACTTAGAAAAAATATATAA
* *
1028 TTTAATGTCAAAACAATTGAATTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTAA
387 TTTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTAA
* * * *
1093 TTTATTTCTGAATAAATTGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACT-TATCCTTAAATCCAATG
452 TTTATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAA-TAAATCCTTAAATCCAATG
* * ** * *
1157 TGGCTTAGATTTGGATAGATGAATACAGATATATCAAGTTGTTGTTGTGTCAAAAACCATGCAAA
516 TGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAA
* *
1222 ACTTAGACGAGGC-CCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCC-A-TCAGTACACGATTTTCG
581 ACTGAGACGACGCTCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGAGTCAGTACACGA-TTTCG
* *
1280 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTACCACAATACGCTGAAAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATATATAA
*
1345 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CTGA
66 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCCATTTTTTTACTAA
* *
1409 TTTATTTCTAGATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCATTGT
130 TTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGT
* * *
1474 GGCTCAAATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCAAAAAACCATGCCAAA
195 GGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAA
* *
1539 CAGAGACGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
260 CTGAGACGAGGCCC-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * * *
1604 AAAAATAGATCCGAAAATTTTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
324 AAAAATTGACCCGAAAA-ATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAAT
** * * * *
1669 TTAACACCAAAATAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATCA-TTTACCAATTTTTTTCCTAA
388 TTAATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCC-ATTTTTTTCCTAA
* * *
1733 TTTATTTCTAAATAAATCGAAAC-AATTTTCATATGCTCGTAAAAACT-TATCCTTAAATCCAAT
452 TTTATTTCTAAATAAATCGAAACTAA-ATTCAGATGCTCGTAAAAA-TAAATCCTTAAATCCAAT
*
1796 ATGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAA
515 GTGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAA
* *
1861 AACTGAGACGACGCTCCGAAACGCG--TTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCG
580 AACTGAGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCC--GA--GTCAGTACACGATTTCG
* * * **
1923 GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAA
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATATATAA
*** * * * ** * * *
1988 TTTAATGTCAAAACAATTAAAGTGTTTTTCAATCTTCTACTGTCTTTTTCCATTTTTTTCCTAAT
66 TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCCATTTTTTTACTAAT
* * * * *
2053 TTATTTCTAAATATATCGAAACTAAATTCATATGCACGTCAAAA-TAATCCTTAAATCCAATGTG
131 TTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTG
* *
2117 GCTCAGATTTGGATGGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
196 GCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
* *
2182 TGAGACGAGGCCTCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAGCTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
261 TGAGACGAGGCC-CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* *
2247 AAAATTGACCCG-AATATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATGTAATTT
325 AAAATTGACCCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTT
* * * *
2311 AATGCCACAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGATTCTAATGTCATTTTTCCATTTTTTTCATAATTT
390 AATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTAATTT
* *
2376 ATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
455 ATTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * * *
2441 TCAGATTTGGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTT-TGCCAAAAAGCATGCAAAATTG
520 TCAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTG
* * *
2505 AGATGACACTCCGAAACGCGTGTTTAGCCAAAAG-C----C-GT----GA--T-G
585 AGACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGAGTCAGTACACGATTTCG
* **
2547 G-TTAGTA-T-A--CG-----A-TTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATTATAAT
1 GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAA-TAT-AT
* *
2601 AATTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTCCCATTTTTTTTAC
64 AATTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCCA-TTTTTTTAC
*
2666 TAATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTAAAATCCAA
127 TAATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAA
*
2731 TGTGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCC
192 TGTGGCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCA
* *
2796 AAACTGAGACGAGGCTCCGAAACTCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGAT-GTTAGTATACGATTTCG
257 AAACTGAGACGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
*
2860 TCTAAAAATTG
321 GCTAAAAATTG
2871 CAGGGTTTTT
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 203, Indels: 103
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
613 32 0.02
614 3 0.00
615 37 0.02
616 7 0.00
617 77 0.04
618 119 0.06
619 3 0.00
621 1 0.00
622 1 0.00
623 3 0.00
624 2 0.00
625 1 0.00
627 2 0.00
631 2 0.00
636 2 0.00
637 152 0.08
638 72 0.04
639 175 0.09
640 431 0.22
641 72 0.04
642 311 0.16
643 464 0.23
644 18 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (639 bp):
GCTAAAAATTGACCCGAAAATATTTTCCTCAGTTTTTTGCCACAATACGCAGAAAAAATATATAA
TTTAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCCATTTTTTTACTAAT
TTATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTG
GCTCAGATTTGGATAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAAC
TGAGACGAGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
AAATTGACCCGAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTTA
ATGCCAAAACAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCTAATTTA
TTTCTAAATAAATCGAAACTAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
CAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGA
GACGACGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGAGTCAGTACACGATTTCG
Found at i:3455 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 2863--4305 Score: 2069
Period size: 322 Copynumber: 4.5 Consensus size: 323
2853 GATTTCGTCT
* *
2863 AAAAATTGCAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTTATTTATTTCTA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCTA
* * *
2928 AATAAATTGAAACTAAATTCAGATGCTCGTCAAAACTTATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATT
66 AATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATT
*
2993 TGGATAGATGAATACAGATATTTC-A--AGTTGTTATGCTAAAAACCATGTC-AAACTGAGACGA
131 TGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATG-CAAAACTGAGACGA
** * *
3054 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTTAAAAGTCGTGATGGTTAGTACACCATTTCGGCTAAAAATTAA
195 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAA
3119 CCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG-AAAAAATATATAATTTAACACCA
260 CCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTTAACACCA
* *
3182 AAATAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTACTAATTTATTTCT
1 AAA-AATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCT
*
3246 AAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
65 AAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
* * *
3311 TTGGATAGATGAATACAAATACTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCCAAACTGAGACGA
130 TTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGA
* *
3376 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCTTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAA
195 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAA
*
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* ***
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1 AAAAATTGAAGGG-TTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCT
* * * * *
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65 AAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAACTAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
* * *
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130 TTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGA
* * * * * *
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195 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAA
* * ***
3756 CCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAAATATGTAATTTATTGCCA
260 CCCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTTAACACCA
* * * *
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64 TAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAACT-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAG
* * * * *
3949 ATTTAGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTTGTGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGAC
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* * *
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* * * * * *
4079 GACACGAGAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAAATATATAATTCAAAACA
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*
4144 AA
322 CA
*
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1 AAAAATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCTA
* *
4209 AATAAATCGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAA-TAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
66 AATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAACT-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
* * * *
4273 TTGGATAGATTAGTATAGACATTTCAAGGAGTT
130 TTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTT
Statistics
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0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACGAG
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CCGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTTAACACCA
Found at i:4093 original size:640 final size:642
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* *
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*
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*
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* ** *
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* *
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*
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* *
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* *
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* ** *
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582 AAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAAAACAAA
* ***
3504 AAAAATTGAAGGGTTTTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTAAA
1 AAAAATTGAAGGG-TTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCT
* * *
3569 AAATAAATTGAAACAAAATTCAAATTCTCG-AAAAACTTATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
65 AAATAAATTGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAACTTATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
*
3633 TTGGATGGATGAATACAGATATTTCAAAGAGTTGTTATGCCAAAAACCAT-TCAAAACTGAGACG
130 TTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAAGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGTC-AAACTGAGACG
* * * *
3697 AGACCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAG-C-T-A-ACGTACACGATTTCGGTTAAAAAGTGACC
194 AGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGATA-GTACACCATTTCGGCTAAAAAGTAACC
* * ***
3758 CGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAAATATGTAATTTATTGCCAAAA
258 CGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG-AAAAAATATATAATTTAACACCAAAA
* * * * *
3823 CAATTGAAGTGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCATTTTTCCATTTTTTTTTCCTAATTTATTTTTAA
322 CAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCA--TTTTTTTACTAATTTATTTCTAA
*
3888 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTCAAAA-TAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATT
385 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACT-AATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATT
* * * * * *
3952 TAGATAGATTAGTATAGATATTTCAAGGAGTTGTTGTGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACAAG
449 TAGATAGATGAATACAAATACTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACAAG
* * * *
4017 GCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGAC
514 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAAC
* *
4082 ACGAGAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCGGAAAAAAATATATAATTCAAAACAAA
579 ACGAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAAAACAAA
*
4146 AAAAATTGAAGGATTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCA--TTTTTTACTAATTTATTTCTA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCTA
* *
4209 AATAAATCGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAA-TAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
66 AATAAATTGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAACT-TATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGAT
* * * * *
4273 TTGGATAGATTAGTATAGACATTTCAAGGAGTT
130 TTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAAGAGTT
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 70, Indels: 29
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
636 1 0.00
637 60 0.08
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640 291 0.41
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (642 bp):
AAAAATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATGTCGTTTTTCCATTTTTTTTACTAATTTATTTCTA
AATAAATTGAAACTAAATTCAAATGCTCGTCAAAACTTATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATT
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TGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTACTAATTTATTTCTAAATAAAT
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ATGAATACAAATACTTCAAGGAGTTGTTATGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGACAAGGCCCCGA
AACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTAACACGAAAA
TTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAAAACAAA
Done.