Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008091.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08112, whole genome shotgun sequence
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18869 GCGCTCTCGT
*
18879 TCTCTCTCCTTTTCCCGC
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1 TCTCTCTCCTTCTCCCG
18914 TCGCTCCAAG
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TCTCTCTCCTTCTCCCGC
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26940 AGTGTGGCTG
* *
26950 TTGCATATAGTTCATTTTTAGGTTTATCGTCA
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*
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1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
*
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1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
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1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
* *
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1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
* *
27187 TTGCATATAGTTCACTTTAGGTCTATCGCTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
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1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
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1 T
27246 AGTTCATTTG
Statistics
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TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
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26954 ATATAGTTCA
* * *
26964 TTTTTAGGTTTATCGTCATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
1 TTTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
*
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1 TTTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
27081 TTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
1 -T--TTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
* *
27143 -TTTTAGGTCTATCGTTACTGCATATAGTTC----TAGGTCTATCATTATTGCATATAG
1 TTTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
*
27197 TTCACTTTAGGTCTATCGCTATTGCATATAG----TTTTAGGTCTATCGTTAT
1 TT---TTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTAT
27246 AGTTCATTTG
Statistics
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TTTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG
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27248 TTCATTTGTC
* *
27258 CATGGGGACAGTCCTATCTGTT
1 CATGGAGACAATCCTATCTGTT
* * * *
27280 CGTGGCGACAATCCTATCTATC
1 CATGGAGACAATCCTATCTGTT
*
27302 CATGGAGACAATCCTATTTGTT
1 CATGGAGACAATCCTATCTGTT
* *
27324 CTTGTAGACAATCCTAT
1 CATGGAGACAATCCTAT
27341 TTGTCCAGTT
Statistics
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CATGGAGACAATCCTATCTGTT
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Indices: 27256--27340 Score: 116
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27246 AGTTCATTTG
* * *
27256 TCCATGGGGACAGTCCTATCTGTTCGTGGCGACAATCCTATCTA
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* * *
27300 TCCATGGAGACAATCCTATTTGTTCTTGTAGACAATCCTAT
1 TCCATGGAGACAATCCTATCTGTTCGTGGAGACAATCCTAT
27341 TTGTCCAGTT
Statistics
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TCCATGGAGACAATCCTATCTGTTCGTGGAGACAATCCTATCTA
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27853 AGTTTGGCTG
* * *
27863 TTGCATTTAGTTCATTTTTAGGTTTATCGTCA
1 TTGCATATAGTTCA-TTTTAGGTCTATCGTTA
*
27895 TAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
27926 TTGC--AT-G--CAGTTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCA-TTTTAGGTCTATCGTTA
*
27953 TTGCATATAGCTCATTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
27984 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
28015 TTGCATATAG----TTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
28042 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
*
28073 TAGCATATAGTTCACTTTTAGGT
1 TTGCATATAGTTCA-TTTTAGGT
28096 TTGTCCATAT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 7, Indels: 22
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.01
27 48 0.26
28 1 0.01
29 4 0.02
30 1 0.01
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32 22 0.12
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TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTA
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27868 TTTAGTTCAT
* *
27878 TTTTAGGTTTATCGTCATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGC-AT-G-CA
1 TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCAATAGTCA
* *
27935 GTTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGCTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCA
1 -TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCA-ATAG-TCA
*
27998 TTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAG----TTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCA
1 TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCA-ATAG-TCA
28056 TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCACTTTTAGGT
1 TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCA-TTTTAGGT
28096 TTGTCCATAT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 5, Indels: 15
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58 105 0.72
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TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCAATAGTCA
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27853 AGTTTGGCTG
* * *
27863 TTGCATTTAGTTCATTTTTAGGTTTATCGTCATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATT
1 TTGCATATAGTTCA-TTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATT
*
27928 GCATGCAGTTTTAGGTCTATCGTTA
65 GCATACAGTTTTAGGTCTATCGTTA
* *
27953 TTGCATATAGCTCATTTTAGGTCTATCGTTATTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTG
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTG
*
28018 CATATAGTTTTAGGTCTATCGTTA
66 CATACAGTTTTAGGTCTATCGTTA
28042 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCACTTTTAGGT
1 TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCA-TTTTAGGT
28096 TTGTCCATAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 9, Indels: 2
0.92 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
89 113 0.85
90 20 0.15
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TTGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATAGCATATAGTTCATTTTAGGTCTATCGTTATTG
CATACAGTTTTAGGTCTATCGTTA
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29188 TAGGCATTTG
*
29198 GGTTTATAGTTATGGCATATAGTTCATTTT-
1 GGTTTATAGTTATAGCATATAGTTCATTTTA
* * * * *
29228 GG-GTCTCGTTATAACATATAGTTCATTCTA
1 GGTTTATAGTTATAGCATATAGTTCATTTTA
* * * *
29258 GGTTTATCA-TTATAGTACACAGTTCATCTTA
1 GGTTTAT-AGTTATAGCATATAGTTCATTTTA
* * *
29289 GGTTTATCGTCATAACATATAGTTCATTTTA
1 GGTTTATAGTTATAGCATATAGTTCATTTTA
*
29320 GGTCTATAG-T-TAGCATATAGTTCATTTT
1 GGTTTATAGTTATAGCATATAGTTCATTTT
29348 TATTTTAGCA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 26, Indels: 9
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 38 0.42
30 4 0.04
31 48 0.53
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.16, T:0.45
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GGTTTATAGTTATAGCATATAGTTCATTTTA
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Indices: 30216--33241 Score: 3062
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30206 CTTCTAACAT
* * *
30216 AAGCGAGAAAAGTCCTCCTATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCAA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
* *** *
30281 AAAATTGAGGGAAAATCTGTCGGGTCAATTTTAATAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * **
30346 TAATGGCTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
131 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
* *
30411 ACACTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAACTATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
196 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
30476 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
261 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* *
30541 GAAATTAATTCTGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
326 GAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
*
30579 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
30644 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT---CA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
*
30706 TCACGGTTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
131 TCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* **
30771 AACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTATTTTGAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAA
195 AACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAA
* *
30836 ATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATT
260 ATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
30901 AGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
325 AGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
* * * *
30940 AATCGAGAAATGCCCTCCTATCTTTTTGGCATTGAATTATATATCTTTTATACGTATTGTGGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
** * * *
31005 AAAATTTTGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAGTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACTA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * *
31070 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCTCAGGCCCTGGCACAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCA
131 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
* *
31135 ACACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAAATATTTCAAATAAAAATCTATATTCATCTAACAAA
196 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTT-AAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAA
31200 ATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
260 ATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
31265 AGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
325 AGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
*
31304 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTCAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
** *
31369 AAAATTTTGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * * * * * *
31434 TCACGATTTTCGGCTAAAAACGCATTCTCTGGCCC-CATCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCT
131 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGA-CACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC
* ** *** ** * **
31498 AACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAAAAAGT-CTCAGCAA-C-AT-TTCATTTAA-GGA
195 AACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAA
* **** * * * * * * ** *
31558 TTTGTTTTTAAGA-GT-ATCT--GAATCTTGTTTCGATTTA-A-T-T-AGAAT-TTAATTCAGAA
260 ATTG-CAGCAACATTTCATTTAAGGAT-TTGTTT---TTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTC-GAT
** * *** * ** ** *
31614 AAAAATATGAA---AAAAAATATTAAAA-GCGAGAAA-A-------
319 TTAATTA-GAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
*
31648 -----------GCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
* *
31702 AAAATTGAGGGAAAATCTATCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
** * *
31767 TCACGGTTTTTATCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCTGTCACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
131 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
*
31832 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
196 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
*
31897 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTGATTA
261 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* *
31962 GAATTTAATTCAGATAAAAA-ATGGAAAACAATATTAG
326 GAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
* * * * * * *
31999 AAGCGGGAAAA-CCCTCCTTTCTTTTAGGCATTGAGTTATATATTTTTTATATGTATTGTGCCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
* * *
32063 AAAATTTAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT-TAAAATTTTTA-CCGAAATCATGTACTAACC
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * **
32126 ATCACGATTTTCGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCC-CAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
130 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGA-CACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * * ** *** ** *
32190 TAGCACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAAAAAGT-CTCAGCAA-C-AT-TTCAT-TTA-AA
194 CAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAA
* * * * *
32249 GATT--TG------TT--TTTAA-GA---GTATTT--GA--ATCTTG--T-TTC----GATTAAA
259 AATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATC-TGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * **
32289 TTTGAATTTAATTCAGAAAAAAA-A--AAACAATATTAGAAG
323 TTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAA-AACAATATTAG
* * ** ** *
32328 -CGGGA-AAAGCCCGCTAATAT-TTTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTTATGA-GAATTGTGGC
1 AAGCGAGAAAAGCC-CTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGTGGC
* *
32388 TAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAA
64 TAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAA
* * * * * * * *
32453 TCA-CACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-CTGGACCCAG-CTCAATTTTTCATGATTTTTGGT
128 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTC-GGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * * * ** *
32515 GGCAAAACTTCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAGTCT---CAGCAA-C-AT-TTCAT-TT
192 GCCAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-ATA-TTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTA
** * * * * * *
32573 A-AGGATT--TG------TT--TTTAAGAGTATCTGAATTTT----GTTTC-G-AT-TTAATTAC
255 ACAAAATTGCAGCAACATTTCATTTAAG-G-ATTTG-TTTTTAAGAGTATCTGAATCTT-GTTTC
* * * *
32620 AATTTAATTCTGAA--AAAAT-ATGAAAAACAATAT---------TA--A-
316 GATTTAATT-AGAATTTAATTCA-GAAAAA-AATATGAAAAACAATATTAG
* * *
32656 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTGTCTTTTTGCCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTA
32721 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* *
32786 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGGCACAGTTTTGCATGATCTTTGGCG-CA
131 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
* * *
32850 ACACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAACTATTT-AAAAAAAATCTATATTCGTCTAACAAAA
196 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
*
32914 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTA
261 TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
*
32979 GAATTTAATTCAGAAAAAAATGTGAAAAACAATATTAG
326 GAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
* *
33017 AAGCGAGAAAAGCCCTTCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTA
1 AAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCT-
* * *
33082 AAAAATTGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAAT
65 AAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAAC
* * * * * * *
33147 CA-CACGATTTTTGGCCT-AAAACGCGTTC-CTGGACCCAG-CTCAATTTTTCATGATTTTTGGT
129 CATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTCTC-GGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
33208 GGCAAAACTCCTTGAAATATCTATGTTCATCTAA
192 GCCAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
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TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCA
ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAATATTTAAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAA
TTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
GAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAG
Found at i:31786 original size:333 final size:330
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*
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** *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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** * * * *
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** * * ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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*
32523 TTCTTGAAAT
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* ** * *
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*
32857 TTGAAGT
324 TTGAAAT
* * ** *
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1 ATCTATATTCA--T--C----T--AAAAAATCT-CA---G-C-AAC---ATTTCATTTAAGGATT
** * * * *
32927 T-CATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATC-TGAATCTT-G-TTTCAATT-TAATTAGAATTTAA
47 TGTTTTTAA-GA---GTATCT--GA--ATCTTG--T-TTCGATTT-AATTAGAATT--TA----A
* *
32987 TTCAGAAAAAAATGTGAAAAACAATATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTTCTATCTTTTTGGCGTTGA
94 TTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGA
* *
33052 ATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTAAAAAATTGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTG
159 ATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCT-AAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTG
* * *
33117 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCA-CACGATTTTTGGCCT-AAAACGCGTTCCTGGA
223 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGATTTTTGG-CTAAAAACGCGTTCCTGGC
* * * *
33180 CCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAACTCCTTGAAAT
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* * *
33226 ATCTATGTTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGTATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
1 ATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
* * * * *
33291 AATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTC---AAAAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCGG
65 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCGA
* * * * * * *
33353 GAAAATCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGA-TTATTTTGGCTAAAAAT
130 GAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGTGGCTAAAAAT
* * *
33417 TGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-ATACCCTCAC
194 TGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA-ACCATCAC
* * * * * *
33481 GATTTTTGG-TAAAAAACGCATTCCTTGGCCCC-GACTTAGTTTTTCATGATTTTTGCCACCAAG
258 GATTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCC-TGGCCCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAC
*
33544 ACTCCTTCAAAT
319 ACTCCTTGAAAT
* * * *
33556 ATCTATATTCATCTAACAACATCTCAGAAACAATTCA---ACATGATTTGTTTTTAAGAGTATCT
1 ATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCAACATTTCATTTA-AGGATTTGTTTTTAAGAGTATCT
* * * *
33618 GAATCTTGTTTCGATTTAGTTATAAATTAACTCA-AAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCG
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* * * * *
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129 AGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTAAAAAT
* *
33745 TGAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACG
194 TGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * ** * * *
33806 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCAGGCCCTGGCGCAGTTTTGAATGGTTTTTGGCGCCAACACT
259 ATTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-CTGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAACACT
33871 CCTTGAAAT
322 CCTTGAAAT
** * * ** * ** *
33880 ATCTATATTCATCT-AACTATTTAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAATTGCAGCAACATTT
1 ATCTATATTCATCTAAAAAATCT--CAGCAA-C-AT-TTCAT-TTA-AGGATT--TG------TT
* * * *
33944 CATTTAAG-GATATTTTTTTAAGAGTATC-TGAATCTT-G-TTTCGATT-TAATTAGAATTTAAT
51 --TTTAAGAG-TA----TCT--GA--ATCTTG--T-TTCGATTT-AATTAGAATT--TA----AT
* * *** * *
34004 TCAGAAAAAAATTATAAAAAAACAATATTAAAAAAAAATAAAAGCCCTCCTATATTTTTGGCGTT
95 TCAGAAAAAAA-TAT-GAAAAACAATATT-AGAAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTT
*
34069 GAATTATATATTTTTTATACGTATTGCGGCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT
157 GAATTATATATTTTTTATACGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT
* * * * *
34134 ACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATGTAAGCA-CACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCTGGA
222 GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGG-
* * * * *
34198 CCCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTTGCAAAACTCCTTAAAAT
285 CCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-CGCAACACTCCTTGAAAT
* * * * * *
34245 ATCTATGTTCAGCTAACAAAATCTCAGCAACATTTGAATTGAGTATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
1 ATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
* * * * *
34310 AATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATT---AAAAAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCGG
65 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCGA
* * * * * * *
34372 GAAAATCCCTCCAATCTTTTAGGCATTGAATCATATATTTTTTATGA-TTATTTTGGCTAAAAAT
130 GAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGTGGCTAAAAAT
** * *
34436 TGAGGGAAAATCTTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-ATACCCTCAC
194 TGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA-ACCATCAC
* * * * * * *
34500 GATTTTTGGTTAATAATGCGTTCCTTGGCCCC-GACTTAGTTTTTCAGGATTTTTGGCGGCAAGA
258 GATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC-TGGCCCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAACA
34564 CTCCTTGAAAT
320 CTCCTTGAAAT
* * *
34575 ATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGAAACAATTCA---ACAGGATTTGTTTTTAAGAGTATTT
1 ATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCAACATTTCATTTA-AGGATTTGTTTTTAAGAGTATCT
* * * *
34637 GAATCTT-TTTCGATTTATTTATAAATTAACTCAGAAAAAAA
64 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAA
34678 AAT
Statistics
Matches: 2600, Mismatches: 365, Indels: 403
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
322 4 0.00
323 1 0.00
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325 4 0.00
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Consensus pattern (330 bp):
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ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCGAG
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AGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAACACTCCTT
GAAAT
Found at i:32762 original size:693 final size:684
Alignment explanation
Indices: 32206--34675 Score: 1857
Period size: 691 Copynumber: 3.6 Consensus size: 684
32196 TCCTTGAAAT
*
32206 ATCTATATTCATCTAA-AAAAGTCT-CAGCAACATTTCATTTAAAGATTTGTTTTTAAGAGTATT
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* * *
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* *
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*
32394 TTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACAC
192 TTGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACAC
32459 GATTTTTGG-CTAAAAACGCGTTCCTGGACCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAAC
257 GATTTTTGGCCT-AAAACGCGTTCCTGGACCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAAC
* * *
32523 TTCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAGTCTCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTA
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* * * *
32588 AGAGTATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTACAATTTAATTCTGAAAAAATATGAAAAACAATAT
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** * * *
32653 TAAAAGCGAGAAAAGCCCTCCTGTCTTTTTGCCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGTA
449 TAAAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATATTTTAGCCGTTGAATCATATATTTTTTATGA-GTATTGTA
* * *
32717 GCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
513 GCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAA-TTTAGCCGAAATCGGGTACTA
*** * * * * ** * ** *
32782 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTCGGGCCCTGGCACAGTTTTGCATGATCTTTGGC
577 ACCATCAAAATTTTTGACCAAAAACACGTACTC-AACCAT-GCACAGTTTTGCAAAAGCTTTGGC
* * *
32847 GCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAA
640 CCAACACTCCTTGAAGTATCTATATTCAGCTAACTACTT-AAAAAA
* *
32893 ATCTATATTCGTCTAACAAAATTGCAGCAACATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
1 ATCTATATTCATCTAACAAAATTGCAGCAACATTTCATTTAAAGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
*
32958 AATCTTGTTTCAATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATGTGAAAAACAATATTAGAAGCGA
66 AATCTTGTTTCAATTAAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAA---GAAAAACAATATTAGAAGCGA
* * *
33023 GAAAAGCCCTTCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGTATTGTAGCTAAAAAAT
128 GAAAAGCCCTGCTATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGAATTGTAGCTAAAAAAT
*
33088 TGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACACG
193 TGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACACG
33153 ATTTTTGGCCTAAAACGCGTTCCTGGACCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAACTC
258 ATTTTTGGCCTAAAACGCGTTCCTGGACCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAACTC
* *
33218 CTTGAAATATCTATGTTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGTATTTGTTTTTAAG
323 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGGATTTGTTTTTAAG
** *
33283 AGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAAAAAATAAGAAAAACAATATTAGA
388 AGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAAAAAATAAGAAAAACAATATTAAA
* * * * * *
33348 AGCGGGAAAATCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGATTATTTTGGCTAA
453 AGCGAGAAAAGCCCTCCAATATTTTAGCCGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCTAA
* *
33413 AAATTGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-ATACCC
518 AAATTGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAA-TTTAGCCGAAATCGGGTACTA-ACCA
** ** * * * * * **
33477 TCACGATTTTTG-GTAAAAA-ACGCA-T--TCCTTGGCCCCGACTT-----AG-TTT--------
581 TCAAAATTTTTGACCAAAAACACGTACTCAACCAT-GCACAGTTTTGCAAAAGCTTTGGCCCAAC
* * * * * * * *
33523 --TTCATG-A-T-T-T-T-TGCCACCAAGACTCCTT-CAAAT
645 ACTCCTTGAAGTATCTATAT-TCAGCTA-ACTACTTAAAAAA
* * * *
33556 ATCTATATTCATCTAACAACATCT-CAGAAACAATTCA---ACATGATTTGTTTTTAAGAGTATC
1 ATCTATATTCATCTAACAAAAT-TGCAGCAACATTTCATTTA-AAGATTTGTTTTTAAGAGTATC
* * * * * * *
33617 TGAATCTTGTTTCGATTTAGTTATAAATTAACTCAAAAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCG
64 TGAATCTTGTTTCAATTAAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAA-A-GAAAAACAATATTAGAAGCG
* * * * * *
33682 AGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCATTG--TTATATAGTTTTTATATGTATTGTAGCT-AAAAA
127 AGAAAAGCCCTGCTATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGAATTGTAGCTAAAAAA
* * * **
33744 CTGAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA--CCAT--CAC
192 TTGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACAC
* * * * * ** * * * *
33805 GGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTCTCAGG-CCCTGGCGCAGTTTTGAATGGTTTTTGGCGCCAAC
257 GATTTTTGGCCT-AAAACGCGTTC-CTGGACCC-AGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAA
33868 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAAATCTATATTCATCTAACAAAATTG
319 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC------------A---A-A---A--T--C-----T-
* * *
33933 CAGCAACATTTCATTTAAGGATATT-TTTTTAAGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
355 CAGCAACATTTCAATTAAGGAT-TTGTTTTTAAGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTACA
* * *** * *
33997 ATTTAATTCAGAAAAAAATTATAAAAAAACAATATTAAAAAAAAATAAAAGCCCTCCTATATTTT
419 AATTAATTC---AAAAAA-TA-AGAAAAACAATATT-AAAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATATTTT
* * * ** *
34062 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGCGGCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGT
478 AGCCGTTGAATCATATATTTTTTATGA-GTATTGTAGCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCAGGT
* * * * ** * * **
34126 CAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATGTAAGCA-CACGATTTTTGGCTAAAAATGCG
542 CAATTTTTACAAAA-TTTAGCCGAAATCGGGTA-CTAACCATCAAAATTTTTGACCAAAAACACG
* ** * ** ** **
34190 TTCCTGGACC---C-CAG--CT-C--AA--TTT--TTCATGA-TTTTTG--GT-TGC---A---A
605 -TACTCAACCATGCACAGTTTTGCAAAAGCTTTGGCCCAACACTCCTTGAAGTAT-CTATATTCA
* *
34232 ---AACTCCTT-AAAAT
668 GCTAACTACTTAAAAAA
* * * * *
34245 ATCTATGTTCAGCTAACAAAATCT-CAGCAACATTTGAATT-GAGTATTTGTTTTTAAGAGTATC
1 ATCTATATTCATCTAACAAAAT-TGCAGCAACATTTCATTTAAAG-ATTTGTTTTTAAGAGTATC
* * * * * * *
34308 TGAATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATT-AAAAAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCGG
64 TGAATCTTGTTTCAATTAAATTAGAATTTAATTCAGAAAAA-AAGAAAAACAATATTAGAAGCGA
* * * * * * * * *
34372 GAAAATCCCTCCAATCTTTTAGGCATTGAATCATATATTTTTTAT--GATTATTTTGGCT-AAAA
128 GAAAAGCCCTGCTATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGA--ATTGTAGCTAAAAA
* ** * * ** ** *
34434 ATTGAGGGAAAATCTTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACATACCCTCA
191 ATTGAGGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACA
* * * * * * *
34499 CGATTTTTGG-TTAATAATGCGTTCCTTGG-CCCCGACTTAGTTTTTCAGGATTTTTGGCGGCAA
256 CGATTTTTGGCCTAA-AACGCGTTCC-TGGACCCAG-CTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAA
* * * *
34562 GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGAAACAATTCAA--CAGGATTTGTTT
318 AACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGGATTTGTTT
* * * *
34625 TTAAGAGTATTTGAATCTT-TTTCGATTTATTTATAAATTAACTCAGAAAAA
383 TTAAGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTACAAATTAATTCA-AAAAA
34676 AAAAT
Statistics
Matches: 1506, Mismatches: 180, Indels: 220
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
652 2 0.00
653 25 0.02
654 53 0.04
655 2 0.00
657 57 0.04
658 26 0.02
660 50 0.03
661 62 0.04
662 1 0.00
663 58 0.04
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682 1 0.00
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695 77 0.05
696 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (684 bp):
ATCTATATTCATCTAACAAAATTGCAGCAACATTTCATTTAAAGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
AATCTTGTTTCAATTAAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAAGAAAAACAATATTAGAAGCGAGAA
AAGCCCTGCTATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATACGAATTGTAGCTAAAAAATTGA
GGGAAAATATTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATGTAATCACACGATT
TTTGGCCTAAAACGCGTTCCTGGACCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTGGCAAAACTCCTT
GAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGT
ATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTACAAATTAATTCAAAAAATAAGAAAAACAATATTAAAAGC
GAGAAAAGCCCTCCAATATTTTAGCCGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCTAAAAA
TTGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTAGCCGAAATCGGGTACTAACCATCAAA
ATTTTTGACCAAAAACACGTACTCAACCATGCACAGTTTTGCAAAAGCTTTGGCCCAACACTCCT
TGAAGTATCTATATTCAGCTAACTACTTAAAAAA
Found at i:34152 original size:689 final size:684
Alignment explanation
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33216 TCCTTGAAAT
* *
33226 ATCTATGTTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGTATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
1 ATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
* * * ****
33291 AATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAAAAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCGGGAA
66 AATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAATAAAAAAAACAATATTAAAAAAAAGAA
* * **
33356 AATCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGATTATTTTGGCTAAAAATTGAG
131 AAGCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTATTGCGGCTAAAAATTGAG
* * *
33421 GGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACATACCCTCACGATTT
196 GGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACATAACCACACGATTT
* * *
33486 TTGG-TAAAAAACGCATTCCTTGG-CCCC-GACTTAGTTTTTCATGATTTTTGCCACCAAGACTC
261 TTGGCT-AAAAACGCATTCC-TGGACCCCAG-CTCAATTTTTCATGATTTTTGCCACCAAAACTC
* * *
33548 CTTCAAATATCTATATTCATCTAACAACATCTCAGAAACAATTCAACAT-G-ATTTGTTTTTAAG
323 CTTAAAATATCTATATTCAGCTAACAAAATCTCAGAAACAATTCAA-ATAGTATTTGTTTTTAAG
* * * *
33611 AGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAGTTATAAATTAACTCAAAAAAAATATGAAAAACAATATTA
387 AGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-T-AAAAAAAATAAGAAAAACAATATTA
* * *
33676 GAAGCGAGAAAAGCCCTCCTATCTTTTTGGCATTG-TTATATAGTTTTTAT-ATGTATTGTAGCT
450 GAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATCTTTTAGGCATTGATCATATAGTTTTTATGAT-TATTGTAGCT
*** *
33739 AAAAACTGAGGGAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-TACCATC
514 AAAAACTGAGGGAAAATATTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGATACCATC
* * *
33803 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTCAGGCCCTGGCGCAGTTTTGAATGG-TTTTTGGCGCCA
579 ACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCT-AGGCCCCGACGCAGTTTTGAA-GGATTTTTGGCGCCA
33866 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAA
642 ACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAA
*
33909 ATCTATATTCATCTAACAAAAT-TGCAGCAACATTTCATTTAAGGATATT-TTTTTAAGAGTATC
1 ATCTATATTCATCTAACAAAATCT-CAGCAACATTTCAATTAAGGAT-TTGTTTTTAAGAGTATC
* *
33972 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAGAAAAAAATTATAAAAAAACAATATTAAAA
64 TGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---AAAAAA-TA-AAAAAAACAATATT-AAA
* * * *
34037 AAAAATAAAAGCCCTCCTATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAT-ACGTATTGCGGCTA
123 AAAAAGAAAAGCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGA-GTATTGCGGCTA
* ** *
34101 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTATGTAAGC
187 AAAATTGAGGGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACATAACC
* * ****
34166 ACACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCTGGACCCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGGTTGCA
252 ACACGATTTTTGGCTAAAAACGCATTCCTGGACCCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGCCACCA
* * * * *
34231 AAACTCCTTAAAATATCTATGTTCAGCTAACAAAATCTCAGCAACATTTGAATTGAGTATTTGTT
317 AAACTCCTTAAAATATCTATATTCAGCTAACAAAATCTCAGAAACAATTCAAAT-AGTATTTGTT
* *
34296 TTTAAGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTAAAAAAATAAGAAAAACAAT
381 TTTAAGAGTATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATAAAAAAAATAAGAAAAACAAT
* * * *
34361 ATTAGAAGCGGGAAAATCCCTCCAATCTTTTAGGCATTGAATCATATATTTTTTATGATTATTTT
446 ATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATCTTTTAGGCATTG-ATCATATAGTTTTTATGATTATTGT
* * *
34426 GGCTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACA
510 AGCTAAAAACTGAGGGAAAATATTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---A
* * * * * ** **
34491 TACCCTCACGATTTTTGGTTAATAATGCGTTCCTTGGCCCCGACTTAGTTTTTCAGGATTTTTGG
572 TACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTAGGCCCCGACGCAGTTTTGAAGGATTTTTGG
* *
34556 CGGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
637 CGCCAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
34592 AAAATCTCAG
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 78, Indels: 36
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 86 0.15
684 2 0.00
686 6 0.01
687 2 0.00
688 18 0.03
689 257 0.44
690 4 0.01
691 118 0.20
692 2 0.00
694 2 0.00
695 81 0.14
696 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (684 bp):
ATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCAACATTTCAATTAAGGATTTGTTTTTAAGAGTATCTG
AATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAATAAAAAAAACAATATTAAAAAAAAGAA
AAGCCCTCCAATATTTTAGGCGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTATTGCGGCTAAAAATTGAG
GGAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACATAACCACACGATTT
TTGGCTAAAAACGCATTCCTGGACCCCAGCTCAATTTTTCATGATTTTTGCCACCAAAACTCCTT
AAAATATCTATATTCAGCTAACAAAATCTCAGAAACAATTCAAATAGTATTTGTTTTTAAGAGTA
TCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATAAAAAAAATAAGAAAAACAATATTAGAAGCG
AGAAAAGCCCTCCAATCTTTTAGGCATTGATCATATAGTTTTTATGATTATTGTAGCTAAAAACT
GAGGGAAAATATTTCACGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGATACCATCACGATTT
TTGGCTAAAAACGCGTTCCTAGGCCCCGACGCAGTTTTGAAGGATTTTTGGCGCCAACACTCCTT
GAAATATCTATATTCATCTAACTATTTAAAAAAA
Done.