Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008096.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08117, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Found at i:405 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 305--396 Score: 123
Period size: 48 Copynumber: 1.9 Consensus size: 48
295 CCTTCGCACC
* *
305 AAAAATCATATAAAACTAAGATGGGTTCCAAGAACGCGTTTTTAAAAA
1 AAAAATCATATAAAACTAAGACGGGTGCCAAGAACGCGTTTTTAAAAA
* **
353 AAAAATCATATAAAACTAAGCCGGG-GCGCTGGAACGCGTTTTTA
1 AAAAATCATATAAAACTAAGACGGGTGC-CAAGAACGCGTTTTTA
397 GCTAAAAAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.03
48 37 0.97
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (48 bp):
AAAAATCATATAAAACTAAGACGGGTGCCAAGAACGCGTTTTTAAAAA
Found at i:1169 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 353--4027 Score: 4065
Period size: 331 Copynumber: 11.1 Consensus size: 329
343 TTTTTAAAAA
* * *
353 AAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCGCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAAAAAAAAAATCGTG
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGC-------AAAAAAATCGTG
* * *
418 ATGGTTAGTACATGCTTTCAGCTAAAATTTTGCACAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTT
58 ATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTT
* * * * *
483 CTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTT
123 TTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTT
* *
548 CTATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCT
188 CTATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCT
* * * *** *
613 CGGAAAAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTT-TTAATGACGAATATAGATATTT
253 C-G--TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGTT--TGATGAATATAGATATTT
* *
677 CATGGACCCTTGGAACC
313 CATGGACTCTTGGCACC
* * * * * *
694 AAAAATCATATATAACT-ATGTCGAGGCCTAGAAACGCGTTTTTAGCAAAACAAAATCGTGATGG
1 AAAAATCAAATAAAACTGA-GCCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGC-AAA-AAAATCGTGATGG
* *
758 TTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATG-TTTTTGCTCAATTTTTA
62 TTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-GATATTTGCTCAATTTTTA
* * * * * * * * *
822 GCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTAAGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTA
126 GCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTA
* * * *
887 TTAT-GATTTTTCCATTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCG
191 TTATCG-TATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCG
951 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGA
255 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCATGGA
1016 CTCTTGGCACC
319 CTCTTGGCACC
*
1027 AAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
* *
1092 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCA
65 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCA
* * * *
1157 CAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAATTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTAT
130 CAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTAT
* * * * ** *
1222 CGTATTTCCATTTATTATGAAATAAGTTCTTGTAAAATCGAAACAAGATTCTGATTCTCGTAAAA
195 CGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAA
* *
1287 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATTGACTCTT
260 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTT
1352 GGCACC
324 GGCACC
* *
1358 AAAAATCAAATAAAACTGAGTCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGGAAAAAAATCGTGATGGTTA
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
* * * **** *
1423 TTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGTTTTGAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCA
65 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCA
* * * * * *
1488 CAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGTCTTTTAACAATTATATTAT
130 CAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTAT
* * * *
1553 CGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAA
195 CGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGA-TTCTGATGCTCGTAA
* * * * ** *
1617 AAACAAAAT-CTTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTATAAAAAATATAGATATTT-ATGGACC
258 AAAC-AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA-TTTGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACT
1680 CTTGGCACC
321 CTTGGCACC
* *** * **
1689 AAAAAT-AATATAAAACTAAAATGGGGTCCAC-GTACGCGTTTTT-TTAAAAAAATCGTGATGGT
1 AAAAATCAA-ATAAAACTGAGCCGGGG-CC-CGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGT
* * * *
1751 TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGGAAAAATT-ATCTCAAAAGATAATTGCTC-ATTTTTAT
63 TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTA-
* * * * * * *
1814 GCCACAATTTTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGTAGGGCTTTTTACACTTCCA
126 GCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTA
* * * **
1879 TTATCGTTTTTCCATTTTTTCTGATTTAAGTTCTTGTAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGT
191 TTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGT
*
1944 AAAAACAAATCCTTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGA
256 AAAAACAAATCC-TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCATGGA
2009 CTCTTGGCACC
319 CTCTTGGCACC
* * * * *
2020 AAAAATCACACAAAACTGAACCGGAGCCCAGGAACGCGGTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
* * * *
2085 GTGCACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTGCTTAATTTTTAGCCG
65 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCA
* * *
2150 CAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTTCTATTAT
130 CAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTAT
* * * *
2215 CGTATTTCCATTTTTTCTGAACTAATTCCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAA
195 CGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAA
* * *** * * * *
2280 ACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTTTATGACGAATATAGATATTTCATAGACCCTT
260 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGTT-TGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTT
2345 GG-ATCC
324 GGCA-CC
* * * * *
2351 AAAAATCATATAAAACT-ATGTCGGGTCCAC-GAACGCGTTTTT--TAAAAAAATCGTGATAGTT
1 AAAAATCAAATAAAACTGA-GCCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTT
* *
2412 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCCGACAGATAATTGCTC-ATTTTTAAG
64 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTT-AG
* * * * * * *
2475 CCA-ATATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGGGCTTTTTACACTTCCA
127 CCACA-ATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTA
* * *
2539 TTATCGT-TTTTCATTTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
191 TTATCGTATTTCCA--TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTC
*
2603 GTAAAAACAAATCTTTAAATCCA-T-T--C-----------TGAT---T-TAGATATTTCATGGA
254 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGA
*
2649 CTATTGGCACC
319 CTCTTGGCACC
* *
2660 AAAAATCAAACAAAACTGACCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTA
* *
2725 GTACACGATTTCAGCTAAAATTTCAT-AAAAAATT-ACCCGAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGC
65 GTACACGATTTCAGCTAAAATTT--TGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGC
* * * *
2788 CACAATTATCACAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATT
128 CACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATT
* * * * *
2853 ATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGG
193 ATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGA-TTCTGATGCTCGT
* * * * * * * * **
2917 AAAAACAAAACATGAAATCCATTTTGTCTAAGATTATGTATAAAAAATATAGATATTTCATGGAC
256 AAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT-TGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGAC
*
2982 ACTTGGCACC
320 TCTTGGCACC
* * ** *
2992 AAAAATCATATAAAACTAAGATGGGGTCCAC-GAACGCGTCTTTTA--AAAAAAATCGTGATAGT
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGG-CC-CGGAACGCGT-TTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGT
* * *
3054 TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCTGAAAGATAATTGCTC-ATTTGTAA
63 TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGATATTTGCTCAATTT-TTA
* * * * * * *
3117 GCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGGGCTTTTTACACTTCCA
126 GCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTA
* * * *
3182 TTATCGT-TTTTCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGGTCG
191 TTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCG
* *
3246 TAAAAACAAATTCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGA
255 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCATGGA
*
3311 -TGCTTAGCACC
319 CT-CTTGGCACC
* * * *
3322 AAAAATCACACAAAACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGAGGGTT
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAAATCGTGATGGTT
* *
3387 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCC
64 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCC
* * * * * *
3452 GCAATTATCATAAAAATATATAACTCAACATAATGAAGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTTCTATTA
129 ACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTA
* ** * * * *
3517 TCGTATTTCCA-TTTTTCTTAACAAATTCCTAAGAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAA
194 TCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAA
* * * *** * * *
3581 AAGAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTTTATGACGAATATAGATATTTCATGGACCCT
259 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGTT-TGATGAATATAGATATTTCATGGACTCT
* *
3646 TGGAACG
323 TGGCACC
* * * * * *
3653 AAAAATCATATAAAACT-ATGTCGAGACCAAGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTT
1 AAAAATCAAATAAAACTGA-GCCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTT
* * *
3717 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGGTTTTTGCTCAATTTTTAGCC
64 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCC
* * * * * * * * * *
3782 ACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTATGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTA
129 ACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTA
* * * *
3847 T-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTA
194 TCG-TATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTA
3911 AAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGAC
257 AAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCATGGAC
3975 TCTTGGCACC
320 TCTTGGCACC
* *
3985 AAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGTCGGAACGCGTTTTT
1 AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTT
4028 TTCAGCTAAA
Statistics
Matches: 2815, Mismatches: 420, Indels: 207
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
309 42 0.01
310 16 0.01
311 1 0.00
312 177 0.06
313 24 0.01
314 2 0.00
316 1 0.00
327 14 0.00
328 131 0.05
329 132 0.05
330 474 0.17
331 859 0.31
332 581 0.21
333 133 0.05
334 2 0.00
335 8 0.00
336 178 0.06
337 1 0.00
340 2 0.00
341 37 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
AAAAATCAAATAAAACTGAGCCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAG
TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCAC
AATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTATC
GTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAA
CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGG
CACC
Found at i:2018 original size:662 final size:661
Alignment explanation
Indices: 406--4295 Score: 4673
Period size: 662 Copynumber: 6.0 Consensus size: 661
396 AGCTAAAAAA
* * * *
406 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGCTTTCAGCTAAAATTTTGCACAAATTGACCCGAAAGATA
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATA
* * * * * * * * *
471 TTTGCTCAATTTCTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGGG
66 ATTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAGGG
* * * * *
536 CTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
131 CTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
* * * * *** *
600 AGATTCTAATGCTCGGAAAAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTT--TTAATGAC
196 AGATTCTGATGCTC-G--TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT--TGAT
* * * * * * * * * *
663 GAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATATAACT-ATGTCGAGGC-CTAGA
256 GAATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGA-GCCGGGGCGC-CGG
* *
726 AACGCGTTTTTAGCAAAACAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAA
319 AACGCGTTTTTAG-AAAA-AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAA
* * * * * * * *
791 ATTGACCCGAAATG-TTTTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACA
382 AATGACCCGAAA-GATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACA
* * * * * * * * *
855 TTAAGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTATAAATTAATTT
446 TAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCG-TATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTT
* * * * * * *
919 CTTATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
510 CTAATAAAATCAAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAG
* * ** * * * **
984 ATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCC
575 ATTTTGTATGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-AGAT
*
1049 GGGG-CGC-CGGAACGCGTTTTTAGC
639 GGGGTC-CAC-GAACGCGTTTTT-TC
*
1073 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAATTGATCCGAAAGATA
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATA
* * * * ** *
1138 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAATTTTAAAGGG
66 ATTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAGGG
* ** * * * * * **
1203 CTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-TTTATTATGAAATAAGTTCTTGTAAAATCGAAACA
131 CTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
*
1267 AGATTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
196 AGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
* * *
1332 TAGATATCTCATTGACTCTTGGCACCAAAAATCAAATAAAACTGAGTCGGGGCGCCGGAACGCGT
261 TAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGT
* * ****
1397 TTTTAGGAAAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGTTTTG
326 TTTTAGAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGACCCG
1462 AAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTT
391 AAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTT
* *
1527 TAAAGGTCTTTTAACAATTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAAT
456 TAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAAT
* *
1592 CAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAATC-TTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTA
520 CAAAACAAGA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAA-CATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTA
* * *
1655 TAAAAAATATAGATATTT-ATGGACCCTTGGCACCAAAAATAATATAAAACTAAAATGGGGTCCA
583 TGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-AGATGGGGTCCA
* *
1719 CGTACGCGTTTTTTT
647 CGAACGCGTTTTTTC
* *
1734 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGGAAAAATT-ATCTCAAAAGAT
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC-CGAAAGAT
* *
1798 AATTGCTC-ATTTTTATGCCACAATTTTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGTAG
65 AATTGCTCAATTTTTA-GCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAG
* * **
1862 GGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCA-TTTTTTCTGATTTAAGTTCTTGTAAAATCGAAA
129 GGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAA
1926 CAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGA
194 CAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCC-TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGA
* * *
1991 ATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGGAGC-CCAGGAAC
258 ATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCC-GGAAC
* * * * *
2055 GCGGTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
322 GCGTTTTTAGAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGA
* *
2120 CCCAAAAGATATTTGCTT-AATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAG
387 CCCGAAAGATATTTG-TTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAG
* * * * * *
2184 AAGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAACTAATTCCTAATA
451 AAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATA
* * * *
2249 AAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTT
516 AAATCAAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTG
** * *
2314 TATGACGAATATAGATATTTCATAGACCCTTGG-ATCCAAAAATCATATAAAACTATG-TCGGGT
581 TATGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCA-CCAAAAATCATATAAAACTA-GATGGGGT
2377 CCACGAACGCGTTTTTT-
644 CCACGAACGCGTTTTTTC
* *
2394 AAAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCCGACAGAT
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAT-CCGAAAGAT
* *
2458 AATTGCTC-ATTTTTAAGCCA-ATATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCA
65 AATTGCTCAATTTTT-AGCCACA-ATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAA
*
2521 GGGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTT-CATTTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGA
128 GGGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGA
*
2585 AACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCA-T-T--CT--GA-----TTT-A-G
192 AACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATG
* *
2637 ---AT--AT-T-TCATGGACTATTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGACCCGGGGCGCCGGAAC
257 AATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAAC
* ** *
2695 GCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCATAAAAAATTA
322 GCGTTTTTAGAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGA
* *
2760 CCCGAAAGATATTT-TCTCAATTTTTAGCCACAATTATCACAGAAATATGTAACTCAACATAAAG
387 CCCGAAAGATATTTGT-TCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAG
*
2824 AAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAAT
451 AAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * *
2889 AAAATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAACATGAAATCCATTTTGTCTAAGATTA
515 AAAATCAAAACAAGA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTT
* *
2953 TGTATAAAAAATATAGATATTTCATGGACACTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGG
579 TGTATGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-AGATGGGG
* *
3018 TCCACGAACGCGTCTTTTA
643 TCCACGAACGCGTTTTTTC
*
3037 AAAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCTGAAAGAT
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCC-GAAAGAT
* * *
3101 AATTGCTC-ATTTGTAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAG
65 AATTGCTCAATTT-TTAGCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAG
*
3165 GGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTT-CATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAA
129 GGCTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAA
* *
3229 CAAGATTCTGATGGTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAA
194 CAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAA
* * * *
3294 TATAGATATCTCATGGA-TGCTTAGCACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGGGGCCCCGGAACG
259 TATAGATATCTCATGGACT-CTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACG
* * *
3358 CGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGAGGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
323 CGTTTTTAG-AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGA
* * * *
3423 CCCAAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATATAACTCAACATAATGA
387 CCCGAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGA
* * * * * ** * *
3488 AGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTCTTAACAAATTCCTAAGAA
452 AGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAA
* * * * *
3552 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAAGAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTTT
517 AATCAAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGT
** * * * * *
3617 ATGACGAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACGAAAAATCATATAAAACTATG-TCGAGACC
582 ATGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTA-GATGGGGTCC
* *
3681 AAGAAACGCGTTTTTAGC
646 ACG-AACGCGTTTTT-TC
*
3699 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTGAAAGGT
1 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCC-GAAAGAT
** * * * **
3763 TTTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTATGAAGATTGAAGG
65 AATTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAGG
* * * * * * * *
3828 ACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATCGAAA
130 GCTTTTTACACTTCCATTATCG-TTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAA
3892 CAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGA
194 CAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGA
* *
3956 ATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGTCGGAA--
258 ATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACG
4019 C-------G---------C--G-T--TT--T------TTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGAC
323 CGTTTTTAGAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGAC
*
4055 CCGAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGAA
388 CCGAAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAA
4120 GTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAA
453 GTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAA
* * * *
4185 AATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAACCTTATATCCATTTTGTCTGAGATTTTG
517 AATCAAAACAAGA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTG
*
4249 TAT-AAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATAT
581 TATGAAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATAT
Statistics
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0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (661 bp):
AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATA
ATTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGAAGGG
CTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
AGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
TAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGT
TTTTAGAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGACCCG
AAAGATATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTT
TAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATC
AAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTATGA
AAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAGATGGGGTCCACGAA
CGCGTTTTTTC
Found at i:2355 original size:993 final size:989
Alignment explanation
Indices: 405--4292 Score: 4531
Period size: 993 Copynumber: 4.0 Consensus size: 989
395 TAGCTAAAAA
* * *
405 AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGCTTTCAGCTAAAATTTTGCACAAATTGACCCGAAAGAT
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* *
470 ATTTGCTCAATTTCTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGG
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*
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* * *
664 AATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATATAACTATGTCGAGGCCTA-GAAA
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*
728 CGCGTTTTTAGCAAAACAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAT
320 CGCGTTTTTAGC-AAA-AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * *
793 TGACCCGAAATG-TTTTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATT
383 TGACCC-AAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATA
*
857 AAGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTATGATTTTTCCA-TTTTTTATAAATTAATTTCT
447 AAGAAGATTGAAGGACTTTTAACACTTCTATTATGATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCT
921 TATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
512 TATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
*
986 TTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGG
577 TTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAACCGG
*
1051 GGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTC
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* *
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* * * *
1181 CAACATAAAGAATTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCA-TTTATTATGAAAT
770 CAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATT
** * * * *
1245 AAGTTCTTGTAAAATCGAAACAAGATTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
835 AA-TTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACCTTAAATCCATTGTGG
* *
1310 CTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATTGACTCTTGGCACCAAAAATCAAATAAAACT
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963 GAGTCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAG
* * * * ****
1403 GAAAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAATGTTTTGAAAGAT
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* *
1468 ATTTGTTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGG
66 ATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGG
* * * * * *
1533 TCTTTTAACAATTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAAAC
131 GCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
* * * * * **
1598 AA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAATC-TTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTATAAAAA
195 AAGA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAA-CATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTGTATGACGA
* ** *
1661 ATATAGATATTT-ATGGACCCTTGGCACCAAAAATAATATAAAACTAAAATGGGGTCCACG-TAC
258 ATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATAATATAAAACT-ATGTGGGG-CCACGAAAC
** *
1724 GCGTTTTT-TTAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGGAAAAATT-A
321 GCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
* * ** *
1787 TCTCAAAAGATAATTGCTC-ATTTTTATGCCACAATTTTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAA
386 -CCCAAAAGATATTTGCTCAATTTTTA-GCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATAAA
* * * * * * * * *
1851 AAAGATTGTAGGGCTTTTTACACTTCCATTATCG-TTTTTCCA-TTTTTTCTGATTTAAGTTCTT
449 GAAGATTGAAGGACTTTTAACACTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTT
*
1914 GTAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
513 ATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCC-TTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* *
1979 TTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGG
577 TTGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAACCGG
* * *
2044 AGCCCAGGAACGCGGTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTGCACGATTTCAGCTAAAATTTT
642 GGCCC-GGAACGCGGTTTTAG-AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTC
* * *
2109 GCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTGCTTAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACT
705 GCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTGCTTAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACT
* * * * *
2174 CAACATAAAGAAGTTTCAAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAACT
770 CAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATT
* **
2238 AATTCCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCT
835 AATT-CTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACCTTAAATCCATTGTGG
* * * * * *
2303 ATGAGATTT-TTTATGACGAATATAGATATTTCATAGACCCTTGGATCCAAAAATCATATAAAAC
899 CTGAGATTTGGTT-TGATGAATATAGATATCTCATGGACCCTTGGA-CCAAAAATCAAATAAAAC
*
2367 T-ATGTCGGGTCCAC-GAACGCGTTTTT--
962 TGA-GTCGGGGCC-CGGAACGCGTTTTTAG
* * *
2393 TAAAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ATCCCGACAGA
1 AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGA
* * * * * * *
2457 TAATTGCTC-ATTTTTAAGCCA-ATATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGC
65 TATTTGCTCAATTTTT-AGCCACA-ATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAG-TTTC
* * ** *
2520 -AGGGCTTTTTACACTTCCATTATCGT-TTTTCATTTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATC
127 AAGGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCA--TTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATC
* * * *
2583 GAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCA-T-TC----------TG-AT--
190 GAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTGTATGA
** * * ***
2633 ----T-TAGATATTTCATGGACTATTGGCACCAAAAATCAA-ACAAAACTGACCCGGGGCGC-CG
255 CGAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAAT-AATATAAAACT-ATGTGGGGC-CACG
* *
2691 GAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCAT-AAAA
317 AAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT--TGCAAA
* * * * * * *
2755 AATT-ACCCGAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCCACAATTATCACAGAAATATGTAACTCAACA
380 AATTGACCCAAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACA
* * * * * *
2819 TAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCG-TATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATT
445 TAAAGAAGATTGAAGGACTTTTAACACTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATT
* * * * * * * * * * *
2883 TCTAATAAAATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAACATGAAATCCATTTTGTCTA
509 TCTTATAAAATCGAAACAAGA-TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTG
* * ** * * *
2947 AGATTAT-GTATAAAAAATATAGATATTTCATGGACACTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-A
573 AGATT-TGGTTTGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGA
** * *
3010 AGATGGGGTCCAC-GAACGCGTCTTTTA-AAAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTA
637 A-CCGGGG-CC-CGGAACGCG-GTTTTAGAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTA
* * * * * * *
3073 AAATTTTGCAAAAATT-ATCCTGAAAGATAATTGC-TCATTTGTAAGCCACAATTGTCATAGAAT
698 AAATTTCGCAAAAATTGA-CCCGAAAGATATTTGCTTAATTT-TTAGCCACAATTATCATAGAAA
* * * ** * ** *
3136 TATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGGGCTTTTTACACTTCCATTATCGT-TTTTCATTTTT
761 TATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTT
* * * * **
3200 TTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTGATGGTCGTAAAAACAAATTCTTAAAT
826 TTCTGAATT-AATTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACCTTAAAT
** *
3265 CCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGATGCTTAGCACCAAAAATCA
890 CCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGACCCTT-GGACCAAAAATCA
* * **
3330 CACAAAACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAG
954 AATAAAACTGAGTCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAG
* *
3367 CAAAAAAAATCGTGAGGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGA
1 -AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA
* * * *
3432 TATTTGTTCAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATATAACTCAACATAATGAAGTTTCAAG
65 TATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAG
* * * * *
3497 GGCTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTCTTAACAAATTCCTAAGAAAATCGAAAC
130 GGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
* *
3561 AAGATTCTAATGCTCGGAAAAAGAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTTTATGACGAAT
195 AAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTGTATGACGAAT
* * * * *
3626 ATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACGAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGACCAAGAAACGCG
260 ATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATAATATAAAACTATGT-GGGGCCACGAAACGCG
*
3691 TTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCT
324 TTTTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
* * * * *
3756 GAAAGGTTTTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTATGAAGA
389 AAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATAAAGAAGA
*
3821 TTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTATGATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAA
454 TTGAAGGACTTTTAACACTTCTATTATGATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAA
3886 TCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT
519 TCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT
*
3950 TGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGG--C-
583 TGATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAACCGGGGCCCG
* * *
4012 G---TC-G-----G-----AA-CGCG-T--TT--T------TTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAA
648 GAACGCGGTTTTAGAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAAT
4051 TGACCCGAAAGATATTTG-TTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATA
713 TGACCCGAAAGATATTTGCTT-AATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATA
4115 AAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCT
777 AAGAAGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAA-TTCT
* * * * *
4180 AATAAAATCAAAACAA-ACTTCTAATGCTTGGAAAAACAAAACCTTATATCCATTTTGTCTGAGA
841 AATAAAATCGAAACAAGA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
* * ** *
4244 TTTTGTAT-AAAAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCA
905 TTTGGTTTGATGAATATAGATATCTCATGGACCCTTGG-ACCAAAAATCA
4293 TAT
Statistics
Matches: 2446, Mismatches: 349, Indels: 225
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
962 1 0.00
963 137 0.06
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969 1 0.00
970 23 0.01
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978 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (989 bp):
AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAT
ATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGG
GCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
AGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGAGATTTTGTATGACGAATA
TAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATAATATAAAACTATGTGGGGCCACGAAACGCGTT
TTTAGCAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAA
AAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATAAAGAAGATT
GAAGGACTTTTAACACTTCTATTATGATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATC
GAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
TGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAACCGGGGCCCGGAA
CGCGGTTTTAGAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTCGCAAAAATTGA
CCCGAAAGATATTTGCTTAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAACTCAACATAAAGA
AGTTTAAAGGGCTTTTAACACTTATATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTCTAATAA
AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGT
TTGATGAATATAGATATCTCATGGACCCTTGGACCAAAAATCAAATAAAACTGAGTCGGGGCCCG
GAACGCGTTTTTAG
Done.