Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008097.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08118, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:960 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--1772 Score: 2161
Period size: 332 Copynumber: 5.3 Consensus size: 332
*
1 TGCTCGTAAAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATC
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATT
* * *
65 TCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAACCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCA
65 TCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGC-
130 AAAAAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
128 ----AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
* * * *
195 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTC
189 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTG
* * * *
260 AAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATTGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCG
254 AAGGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCG
*
324 AAACAAGATTCTAA
319 AAACAAGATTCTGA
* * * *** * * *
338 TGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATAAGATTT-TTTATGACGAATATAGATATT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT-TGATGAATATAGATATT
* * * * * *
402 TCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTAGCA
65 TCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCA
* * * *
467 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGGTT
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATA
* * * * * * *
532 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTACGAAGATTGAAGGA
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGA
* * * * *
597 CTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATCGAAAC
259 CTTTTTACACTTCTATTATCG-TATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
661 AAGATTCTGA
323 AAGATTCTGA
*
671 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTCATGAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * *
736 CATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGC-A
* * *
801 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAATTAACCCGAAAGATA
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATA
*
866 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGG
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGA
* * *
931 CTTTTTACACTTCTATTATCGAATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCAAATAAAATCAAAACA
259 CTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
*
996 A-ACTTCTAA
324 AGA-TTCTGA
* * * * * * * * * * **
1005 TGTTTGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTATAAAAAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * * ** * ***
1070 CAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGTTCCAC-GAACGCGTTTTTTTAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGG-GCC-CGGAACGCGTTTTTAGCA
* *
1134 AAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTATGCAAAAATT-ATCCCGAAAGAT
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGAT
* ** * * * * * *
1198 AATTGCTC-ATTTGAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGG
193 ATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGG
* * * * *
1262 ACTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAAC
258 ACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
1327 AAGATTCTGA
323 AAGATTCTGA
* *
1337 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATAAATATAGATATCT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* *
1402 CATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACT-AAGCCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCA
* * *
1466 AAAAATACCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCGAAAG
129 AAAAAAATCGTGAT-G--GTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
* * *
1531 GTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAA
191 ATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAA
* * *
1596 GGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAA
256 GGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
*
1660 ACAA-ACTTCTAA
321 ACAAGA-TTCTGA
* * * * * **
1672 TGCTTGTGAAAAA-AAA-CATTAAATCCAAATTGT--CTGAGATTTTGTATAAAAAATATAGATA
1 TGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCC--ATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATA
* * *
1733 TTTCAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAG
63 TTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAG
1773 TTGGGTTCCA
Statistics
Matches: 1220, Mismatches: 189, Indels: 55
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 364 0.30
333 216 0.18
334 346 0.28
335 100 0.08
336 87 0.07
337 102 0.08
338 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAA
AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATT
TGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGACT
TTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAG
ATTCTGA
Found at i:1290 original size:666 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1--3150 Score: 3197
Period size: 666 Copynumber: 4.6 Consensus size: 662
*
1 TGCTCGTAAAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATC
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATT
* *
65 TCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAACCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCA
65 TCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGC-
130 AAAAAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
128 ----AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
* * * *
195 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTC
189 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTG
* *
260 AAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATTGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCG
254 AAGGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCG
* * * * * *
324 AAACAAGATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATAAGATTTTTTATGAC
319 AAACAA-ATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTATAAA
* * *
389 GAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCA-GAA
383 GAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGT-G-GGTCCACG-A
* * *
453 ACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAAT
445 ACGCGTTTTTAGAAAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTATGCAAAAAT
* * * * *
518 TGAT-CCGAAAGGTTTTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATT
510 T-ATCCCGAAAGATATTTGCTCAATTTGTAGCCACAATTATCATAGAATTATATAATTCAACATA
** * * * *
582 ACGAAGATTGAAGGACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTC
574 AAAAAGATTGAAGGACTTTTTACACTTCTATTATCG-TATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTC
* *
646 TTATAAAATCGAAACAAGATTCTGA
638 TAATAAAATCGAAACAAGATTCTAA
*
671 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTCATGAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * *
736 CATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGC-A
* * *
801 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAATTAACCCGAAAGATA
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATA
866 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGG
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGG
* * * *
931 CTTTTTACACTTCTATTATCGAATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCAAATAAAATCAAAACA
259 CTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
* * * *
996 AACTTCTAATGTTTGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTATAAAAAATA
324 AA-TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTATAAAGAATA
* *
1061 TAGATATTTCAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGTTCCACGAACGCGT
388 TAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAG-TGGG-TCCACGAACGCGT
** *
1126 TTTTTTAAAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTATGCAAAAATTATCCC
451 TTTTAGAAAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTATGCAAAAATTATCCC
* * * *
1191 GAAAGATAATTGCTC-ATTTGAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGA
516 GAAAGATATTTGCTCAATTTGTAGCCACAATTATCATAGAATTATATAATTCAACATAAAAAAGA
* * * * * *
1255 TTGCAGGACTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAA
581 TTGAAGGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAA
*
1320 TCGAAACAAGATTCTGA
646 TCGAAACAAGATTCTAA
* *
1337 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATAAATATAGATATCT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
*
1402 CATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACT-AAGCCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCA
* * *
1466 AAAAATACCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCGAAAG
129 AAAAAAATCGTGAT-G--GTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
* * *
1531 GTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAA
191 ATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAA
*
1596 GGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAA
256 GGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
* *
1660 ACAAACTTCTAATGCTTGTG-AAAA-AAAACATTAAATCCAAAT-TGTCTGAGATTTTGTATAAA
321 ACAAA-TTCTAATGCTCG-GAAAAACAAAACATTAAATCC-ATTGTGTCTGAGATTTTGTATAAA
* * * *
1722 AAATATAGATATTTCAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGTTGGGTTCCAAGAA
383 GAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAG-TGGG-TCCACGAA
* * * ** * * * * * *
1787 CGCGTTTTTTTAAAATAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCGCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAA
446 CGCG--TTTTT---AGAAA--A-A-AAAA-TCA--TGATG-GTTAGTACACGATTTCAGC-----
* * * * * * * * * *
1852 AAAAATCGTGATGGTTAGTACATTCTTTCAGCTAAA-AT-TTTGCACAAATTG-ACCCGAAAGAT
493 AAAAAT--T-AT-G-CA--AAAAT-TATC-CCGAAAGATATTTGCTCAATTTGTAGCC---ACA-
* * * *
1914 ATTTGCTCAATTTCTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGG
545 A-TT-ATC-A----TA---G-AATTAT-AT----A-A--T---TCAACATAAAAAAGATTGAAGG
* * * *
1979 GCTTTTTACGCTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAACTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
588 ACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
2043 AAGATTCTAA
653 AAGATTCTAA
* * * *** *
2053 TGCTCGGAAAAAAACAAA-ACATAAATCCATTGTCTATGAGATTT--TTAATGACGAATATAGAT
1 TGCTC-G-TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT--TGATGAATATAGAT
* * * * * * *
2115 ATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTA
62 ATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTA
2180 GC-AAAAAAATCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
126 GCAAAAAAAATCGTGAT-G--GTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
* * * * * * * * *
2244 AAGGTTTTTGCTCAATTTTTAGCCCCAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTAAGAAGATT
188 AAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTT
* * * * * * *
2309 GAAGGACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAA
253 GAAGGGCTTTTTACACTTCTATTATCG-TATTTCCA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAA
* * * * * * *
2373 TCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTT
316 TCGAAACAA-ATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTAT
* * * * * * * *
2438 CATGAATATAGATATTTCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGC-C
380 AAAGAATATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAG-TGGGTC-CAC
* * * * * *
2502 GGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAA
443 -GAACGCGTTTTTAGAAAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTATGCAAA
* * * * *
2567 AATTAACCCGAAAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACA
507 AATTATCCCGAAAGATATTTGCTCAATTTGTAGCCACAATTATCATAGAATTATATAATTCAACA
* * *
2632 TAAAGAAGTTTGAAGGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTT
572 TAAAAAAGATTGAAGGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTT
*
2697 CTAATAAAATCAAAACAA-ACTTCTAA
637 CTAATAAAATCGAAACAAGA-TTCTAA
* * * * * * * * * ** * *
2723 TGTTTGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTAT-AAAAAAATAGATAATT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * * ** **
2787 CATGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGGTCCAC-GAACGCGTTTTT--TT
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAGCCGGGG-CC-CGGAACGCGTTTTTAGCA
* * ** *
2849 AAAAAAATCATGATGGTTATTACTTGATTTCAGCTAAAATTATGCAAAAATT-ATCCCGAAAGAT
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCGAAAGAT
* ** * * * * * *
2913 AATTGCTC-ATTTGAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGG
193 ATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGG
* * * * * *
2977 ACTTTTTACACTTCCATTACCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAAC
258 GCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
* * * * * * * * *
3042 AAAATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAAT
323 -AAATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTATAAAGAAT
* * * *
3107 ATAGATATCTCATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACT
387 ATAGATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT
3151 GAACCGGGGC
Statistics
Matches: 2116, Mismatches: 265, Indels: 206
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
662 132 0.06
663 74 0.03
664 49 0.02
665 13 0.01
666 489 0.23
667 275 0.13
668 213 0.10
669 75 0.04
670 159 0.08
671 10 0.00
673 1 0.00
674 2 0.00
675 5 0.00
676 2 0.00
678 2 0.00
679 14 0.01
680 5 0.00
681 1 0.00
684 7 0.00
686 1 0.00
687 2 0.00
688 2 0.00
689 3 0.00
690 2 0.00
691 12 0.01
692 15 0.01
693 8 0.00
694 15 0.01
695 4 0.00
696 3 0.00
697 3 0.00
698 2 0.00
699 1 0.00
701 5 0.00
702 2 0.00
705 1 0.00
706 18 0.01
707 3 0.00
709 1 0.00
710 4 0.00
711 2 0.00
712 2 0.00
714 4 0.00
715 3 0.00
716 194 0.09
717 135 0.06
718 58 0.03
719 83 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (662 bp):
TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAA
AAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATT
TGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGCT
TTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAA
TTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTATAAAGAATATAG
ATATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGTGGGTCCACGAACGCGTTTTTA
GAAAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTATGCAAAAATTATCCCGAAAG
ATATTTGCTCAATTTGTAGCCACAATTATCATAGAATTATATAATTCAACATAAAAAAGATTGAA
GGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
ACAAGATTCTAA
Found at i:2632 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--3160 Score: 2890
Period size: 334 Copynumber: 9.3 Consensus size: 332
*
1 TGCTCGTAAAAACAAATCC-TAATATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATC
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA-ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATT
* * * *
65 TCATGGACTCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTAAACCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCA
65 TCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGC-
* *
130 AAAAAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
128 ----AAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAA
* * * * *
195 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTC
189 AGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTG
* * * *
260 AAGGGCTTTTTACGCTTCTATTATTGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCG
254 AAGGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCG
324 AAACAAGATTCTAA
319 AAACAAGATTCTAA
* * * *** * * *
338 TGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCTATAAGATTT-TTTATGACGAATATAGATATT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT-TGATGAATATAGATATT
* * * * *
402 TCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTAGCA
65 TCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTAGCA
* * * * * *
467 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGGTT
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATA
* * * * *
532 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTACGAAGATTGAAGGA
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGA
* * * * *
597 CTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAATCGAAAC
259 CTTTTTACACTTCTATTATCG-TATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
*
661 AAGATTCTGA
323 AAGATTCTAA
*
671 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTCATGAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * * *
736 CATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGC-A
*
801 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAATTAACCCGAAAGATA
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATA
* * *
866 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGG
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGA
* * *
931 CTTTTTACACTTCTATTATCGAATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCAAATAAAATCAAAACA
259 CTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
996 A-ACTTCTAA
324 AGA-TTCTAA
* * * * * * * * * * **
1005 TGTTTGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTATAAAAAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * ** * ***
1070 CAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGTTCCAC-GAACGCGTTTTTTTAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGG-GCC-CGGAACGCGTTTTTAGCA
* * * *
1134 AAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTATGCAAAAATTATCCCGAAAGATA
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATA
* ** * * * *
1199 ATTGCTC-ATTTGAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGGA
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGA
* * * * *
1263 CTTTTTACACTTCCATTATCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
259 CTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
*
1328 AGATTCTGA
324 AGATTCTAA
* *
1337 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATAAATATAGATATCT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * *
1402 CATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-AAGCCGGGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCA
* * * **
1466 AAAAATACCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCCCGAAAG
129 AAAAAAATCGTGAT-G--GTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAG
* * * * *
1531 GTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAA
191 ATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAA
* * *
1596 GGGCTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCAAA
256 GGACTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
1660 ACAA-ACTTCTAA
321 ACAAGA-TTCTAA
* * * * * **
1672 TGCTTGTGAAAAA-AAA-CATTAAATCCAAATTGT--CTGAGATTTTGTATAAAAAATATAGATA
1 TGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCC--ATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATA
* * ** * ** *
1733 TTTCAAGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGTTGGGTTCCAAGAACGCGTTTTT-T
63 TTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGG-GCCCGGAACGCGTTTTTAG
* * * *** * **** ** **
1797 TAAAATAAATCAT-AT-AAAACTA-A-GCCGGGGC-GCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAA
127 CAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATG--ATTTCAGCT--AA---AATTTT-GC-AAAAATTAA
** * * * * * * * *
1857 TCGTGATGGTTAGTACATTCTTTCAGCTAAAATTTT-G-CACAAATTGACCCGAAAGATATTTGC
183 -CCCGA-----A--AGA-TATTT--GCTCAATTTTTAGCCAC-AATT-A-TC-ATAGAAATATG-
* * * * ** **
1920 TCAATTTCTAGCCGCAATTATCATAAAAATATGTAACTCAACATAAAGAAGTTTCAAGGGCTT-T
232 T-AA--T-T-----C-A--A-CATAAAGA-A-G--A-T-----TGAAGGACTTTTTA-CACTTCT
* ** * * *
1984 -TTA-CGCTTCTATTATCGTATTTCCATTTT-T-TCTGAACTAATT-TCTAATAAAATCGAAACA
273 ATTATCG----TATT-TC-CATTT---TTTTCTAAATTAA-T--TTCT-AAT-AAAATCGAAACA
2044 AGATTCTAA
324 AGATTCTAA
* * * *** *
2053 TGCTCGGAAAAAAACAAA-ACATAAATCCATTGTCTATGAGATTT--TTAATGACGAATATAGAT
1 TGCTC-G-TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTT--TGATGAATATAGAT
* * * * *
2115 ATTTCATGGACCCTTGGAACCAAAAATCATATAAAACTATGTCGAGGCCCAGAAACGCGTTTTTA
62 ATTTCATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCCC-GGAACGCGTTTTTA
* *
2180 GC-AAAAAAATCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
126 GCAAAAAAAATCGTGAT-G--GTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGA
* * * * * * *
2244 AAGGTTTTTGCTCAATTTTTAGCCCCAATAATCATAGAATTATATAATTCAACATTAAGAAGATT
188 AAGATATTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATT
* * * * *
2309 GAAGGACTTTTAACGCTTCTATTAT-GATTTTTCCATTTTTTTTATAAATTAATTTCTTATAAAA
253 GAAGGACTTTTTACACTTCTATTATCG-TATTTCCA-TTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAA
*
2373 TCGAAACAAGATTCTGA
316 TCGAAACAAGATTCTAA
*
2390 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTCATGAATATAGATATTT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * * *
2455 CATGGACTCTTGGCACCAAAAATCAAACAAAACTGAGCCGGGGCGCCGGAACGCGTTTTTAGCAA
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCAA
*
2520 AAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAATTAACCCGAAAGATAT
130 AAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATAT
* * *
2585 TTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAAATCAACATAAAGAAGTTTGAAGGGC
195 TTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGAC
*
2650 TTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCAAAACAA
260 TTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAA
2715 -ACTTCTAA
325 GA-TTCTAA
* * * * * * * * * ** * *
2723 TGTTTGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTTTGTCTGAGATTTTGTAT-AAAAAAATAGATAATT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* ** **
2787 CATGGACCCTTCGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGATGGGGTCCAC-GAACGCGTTTTT--TT
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGG-CC-CGGAACGCGTTTTTAGCA
* * * * *
2849 AAAAAAATCATGATGGTTATTACTTGATTTCAGCTAAAATTATGCAAAAATTATCCCGAAAGATA
129 AAAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATA
* ** * * * *
2914 ATTGCTC-ATTTGAAGCCACAATTGTCATAGAATTATGTAATTCAACATAAAAAAGATTGCAGGA
194 TTTGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGA
* * * * * *
2978 CTTTTTACACTTCCATTACCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
259 CTTTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
* *
3043 AAATTCTGA
324 AGATTCTAA
*
3052 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATCT
1 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
* * *
3117 CATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAA-CCGGGGC
66 CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACT-AAGCCGGGGC
3161 TTTTTACGCT
Statistics
Matches: 2279, Mismatches: 416, Indels: 264
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 4 0.00
328 4 0.00
329 154 0.07
330 111 0.05
331 4 0.00
332 431 0.19
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341 4 0.00
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344 9 0.00
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347 8 0.00
348 1 0.00
349 2 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
352 1 0.00
353 1 0.00
354 1 0.00
355 6 0.00
356 1 0.00
357 1 0.00
358 2 0.00
359 1 0.00
360 1 0.00
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362 1 0.00
363 1 0.00
364 1 0.00
365 1 0.00
366 1 0.00
367 2 0.00
368 1 0.00
369 8 0.00
370 4 0.00
371 19 0.01
372 7 0.00
373 10 0.00
374 3 0.00
375 1 0.00
376 3 0.00
377 3 0.00
378 2 0.00
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381 31 0.01
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384 6 0.00
387 2 0.00
388 4 0.00
389 4 0.00
390 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTT
CATGGACCCTTGGCACCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAA
AAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAAGATATT
TGCTCAATTTTTAGCCACAATTATCATAGAAATATGTAATTCAACATAAAGAAGATTGAAGGACT
TTTTACACTTCTATTATCGTATTTCCATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAG
ATTCTAA
Found at i:3290 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 2978--3331 Score: 469
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 182
2968 GATTGCAGGA
* *
2978 CTTTTTACACTTCCATTACCGTTTTTCCATTTTTTTCTGATTTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
1 CTTTTTACACTTCCATTACCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
* * * * * * *
3043 AAATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
66 AAATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCGATGAGATTTGGTTTGACGAATA
* *
3108 TAGATATCTCATGGACGCTTGGCACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGGGG
131 TAGATATCTCATGGACACTTGGAACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGGGG
* * ** *
3160 CTTTTTACGCTTCTATTATTGTATTTCCA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACA
1 CTTTTTACACTTCCATTACCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
* * * * *
3224 AGATTCTAATGCTCGGAAATACAAAACATTAAATCCATTGTCTATGATATTT-TTTATGACGAAT
66 AAATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCGATGAGATTTGGTT-TGACGAAT
* * *
3288 ATAGATATTTCATGGACACTTGGAACCAAAAATCATATAAAACT
130 ATAGATATCTCATGGACACTTGGAACCAAAAATCACACAAAACT
3332 ATGTCGAGGC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 24, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 121 0.82
182 24 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (182 bp):
CTTTTTACACTTCCATTACCGTATTTCCATTTTTTTCTGAATTAAATTCTAATAAAATCGAAACA
AAATTCTAATGCTCGGAAAAACAAAACATTAAATCCATTGTCGATGAGATTTGGTTTGACGAATA
TAGATATCTCATGGACACTTGGAACCAAAAATCACACAAAACTGAACCGGGG
Done.