Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008110.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08131, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3740
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.14, T:0.40
Found at i:477 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 298--476 Score: 259
Period size: 36 Copynumber: 5.0 Consensus size: 35
288 AGATTAAGTT
* * * * *
298 CTTTATTGACTCCACCTAATTACCCTGAATTAAAC
1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGC
*
333 CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGC
1 C-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGC
369 CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCC
1 C-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAG-C
406 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGTAC
1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAG--C
443 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAG
1 CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAG
477 TCCCTAACTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 6, Indels: 4
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 97 0.72
37 37 0.27
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (35 bp):
CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGAATTAAGC
Found at i:511 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 469--641 Score: 197
Period size: 37 Copynumber: 4.7 Consensus size: 36
459 TAATTACCCC
* *
469 GAATTAAGTCC-CTAACTTGACTTAATTTCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCT-ACTT-ACTTAATTCCCTTCCTTG
* *
506 AAATTAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
*
543 GAATCAAGTCCTCTACTCCACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
**
580 GAATCAAGTCC-CTTTTCTACTTAATTCCCTTCCTTG
1 GAATCAAGTCCTCTACT-TACTTAATTCCCTTCCTTG
* *
616 GAATCAAGTCCTTTTCTTTACTTAAT
1 GAATCAAGTCCTCTAC-TTACTTAAT
642 CCCCGGAGGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 10, Indels: 8
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 33 0.27
37 85 0.70
38 4 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
GAATCAAGTCCTCTACTTACTTAATTCCCTTCCTTG
Found at i:593 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 569--626 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
559 TCCACTTAAT
569 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
** * * *
588 TCCCTT--TTCTACTTAAT
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
605 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
624 TCC
1 TCC
627 TTTTCTTTAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 10, Indels: 4
0.66 0.24 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.44
19 15 0.56
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TCCCTTCCTTGGAATCAAG
Found at i:641 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 488--627 Score: 228
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
478 CCCTAACTTG
* *
488 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
553 CTCTACTCC
66 CTCTACTCC
* **
562 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCC-CTTTTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
626 CT
66 CT
628 TTTCTTTACT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
73 35 0.57
74 26 0.43
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (74 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTCTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
CTCTACTCC
Found at i:908 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 823--1264 Score: 330
Period size: 36 Copynumber: 11.9 Consensus size: 36
813 ACTTATTTTT
*
823 TTAACTG-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
858 TTCAACTGCTTTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTTC
1 TT-AACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
** *
895 TTAACTGCTTTTACTTAATTGTCCTGAACTAAGTTC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
931 TTAACTGCTTTTTATTTAATTATCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
968 TTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTCC
1 -TTAACTGC-T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTC
* * *
1006 TTTGACTGCTTTTACCTT-ATTTCCGTGAATTAAGATT-
1 -TTAACTGCTTTTA-CTTAATTACCCTGAATTAAG-TTC
1043 TTGACCGACTATGTTTACTTTT-CTTAATTGA-CCTGAATTAAGATT-
1 TT-A---AC--TG----CTTTTACTTAATT-ACCCTGAATTAAG-TTC
** * *
1088 TCGACTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
1124 TTAACTGCTCCTTCACTTAACTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGCT--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * *
1162 TTTAC--C-TATACTTAACTAGCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
** * *
1195 TTAACTGCTTTTACTTAATTGTCTTGAACTAAGTTC
1 TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
1231 TTAATTGCTTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAG
1 TTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG
1265 ATTCCGACTA
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 46, Indels: 58
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 28 0.08
35 9 0.03
36 100 0.30
37 96 0.29
38 60 0.18
39 6 0.02
40 3 0.01
41 2 0.01
42 2 0.01
44 3 0.01
45 17 0.05
46 5 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (36 bp):
TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
Found at i:1333 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 1273--1514 Score: 290
Period size: 41 Copynumber: 5.9 Consensus size: 41
1263 AGATTCCGAC
**
1273 TAACTATGTTT-ACTTTTCTTAATTACCCTGGATTAAAAACC-
1 TAACTATGTTTGAC-TTTCTTAATCGCCCTGGATT-AAAACCT
* * * ** *
1314 TAACTATGTCTGACGTTCTTAATCACCCCAGATTTAAACCT
1 TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
*
1355 TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACTT
1 TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
*
1396 TAACTATGTTGGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
1 TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
* * * *
1437 TGACTATCTTTGACTTTCTTGATCGCCCTGGATTAAAACTT
1 TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
* *
1478 TATCTATGTTTTGACGTTTCTTAATCGTCCTGGATTA
1 TAACTATG-TTTGAC-TTTCTTAATCGCCCTGGATTA
1515 GAACTTTACT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 25, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 5 0.03
41 140 0.81
42 8 0.05
43 19 0.11
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (41 bp):
TAACTATGTTTGACTTTCTTAATCGCCCTGGATTAAAACCT
Done.