Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008179.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08200, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--58 Score: 116
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1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
43 CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT
59 TGAAATGTAG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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2 56 1.00
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CT
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Indices: 109--140 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
99 CCTCATAATC
109 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
141 TTAAAACAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
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Indices: 2164--2227 Score: 83
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
2154 ATATTGACGA
* *
2164 AAGGTTACTAAAATTTGTAAGAATGC
1 AAGGTTACTAAAAATTATAAGAATGC
* *
2190 AAAGTTATTAAAAATTATAAGAATGC
1 AAGGTTACTAAAAATTATAAGAATGC
*
2216 GAGGTTACTAAA
1 AAGGTTACTAAA
2228 TTTATGTACT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 31 1.00
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AAGGTTACTAAAAATTATAAGAATGC
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Indices: 2740--4026 Score: 1384
Period size: 199 Copynumber: 6.7 Consensus size: 196
2730 TATAAGTTCA
*
2740 CTATAAGAAAAATTATACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCTA-ACTGCACGTGCGGGGTTTGA
1 CTATAAGAAAAATTATACAATAC--CGTCAGTGGAGTTTAGC-AGACTGCACGTGC-GGGTTTAA
* *
2804 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTTTGAAATGT
62 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGG
* *
2869 GGTATGTG------TC---ACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTACTGTATAA
127 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
2925 TAATC
192 TAATC
* * * * *
2930 ATATAAAAAAAATTATACAATACACTTTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTAAGTGCGGG----A--
1 CTATAAGAAAAATTATACAATAC-C-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGTTTAAGG
* * *
2989 -TT--TATGTGTACCCTTACGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGG
64 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
* * *
3047 TACGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATA
129 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
*
3112 ATT
194 ATC
* *
3115 CTATAAG-AAAATTATACAATACAACTTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAAGTGCGGG----A--
1 CTATAAGAAAAATTATACAATAC--CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGTTTAAGG
* *
3173 -TT--TATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGG
64 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGG
* * * * *
3231 TACGTGTCAACTTCTTAACCTGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACAGACAGTGTATTGTATAATA
129 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
3296 ATC
194 ATC
*
3299 CTATAAG-AAAATT-TACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAC
1 CTATAAGAAAAATTATACAAT--ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGG------
*
3362 TTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGA
57 TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGA
* * * *
3423 AATGGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTCTAAAATTTACACTGACAGTGTATTA
122 AATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
*
3488 TATAATAATT
187 TATAATAATC
* * * *
3498 TTATAAGAAAAATTATACAATAGCCGTCAGTGGATTTTTAGCAGACTGCATGTGCAGGATTTAAG
1 CTATAAGAAAAATTATACAATA-CCGTCAGTGGA-GTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGGTTTAAG
* * * *
3563 AGTTGATATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATAAAATAGG
63 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
* * *
3628 GTATGTGTCAACTTTTTAACCCACTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
128 GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
3693 AATC
193 AATC
* * * * **
3697 ATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTACCAGACTGCACGTGCGGGGTTTTTG
1 CTATAAGAAAAATTATACAAT--ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGG-TTTAA
* * ** * ** *
3762 GGGTTGGCATGTTTCCTTTTAGGGAATATGTGTTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAG
62 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGG
* * * * * *
3827 GGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCCTAACAATGTATTGTATAA
127 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
3892 TAATC
192 TAATC
* * * * *
3897 CTATAA-AAAGATTATATAATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCATGGTTTAAG
1 CTATAAGAAAAATTATACAAT--ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGGTTTAAG
* *
3961 GGTTGACATGTGTCTCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
63 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
4026 G
128 G
4027 CGGTAAGAAA
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 105, Indels: 74
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 20 0.02
178 1 0.00
180 35 0.04
182 4 0.00
183 33 0.03
184 185 0.19
185 56 0.06
189 5 0.01
190 45 0.05
194 1 0.00
195 47 0.05
197 3 0.00
198 60 0.06
199 277 0.29
200 152 0.16
201 27 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (196 bp):
CTATAAGAAAAATTATACAATACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGTTTAAGGGT
TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTA
TGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
C
Found at i:3941 original size:398 final size:390
Alignment explanation
Indices: 2740--4025 Score: 1539
Period size: 398 Copynumber: 3.3 Consensus size: 390
2730 TATAAGTTCA
* * *
2740 CTATAAGAAAAATTATACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCTA-ACTGCACGTGCGGGGTTTGA
1 CTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC-AGACTGCACGTGC-AGGTTTAA
* *
2804 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTTTGAAATGT
64 GAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG-
* *
2869 GGTATGTGT---C-----ACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTACTGTATAAT
128 GGTATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
** * * *
2926 AATCATATAAAAAAAATTATACAATACACTTTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTAAGTGC-GGG-A
193 AATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTT
* *
2989 TTT---AT-G--TG-TACCCTTACGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGG
258 TTTGGGTTGGCATGTTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGG
* * * * * *
3047 TACGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACTGACAGTGTATTGTATAATA
323 TATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
3112 ATT
388 ATT
* * *
3115 CTATAAG-AAAATTATACAATACAACTTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAAGTGC-GG-----GA
1 CTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGTTTAAGA
* *
3173 -TT--TATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAAATGGGG
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGG
* * * * *
3231 TACGTGTCAACTTCTTAACCTGTTTATGGAGTCCAAAATTCACACAGACAGTGTATTGTATAATA
130 TATGTGTCAACTT-TTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
* * * *
3296 ATCCTAT-AAGAAAATT-TACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTT
194 ATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG-TT
*
3359 AACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAA
258 ---TTT--GGGTTGGCATGT-TACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAA
*
3424 ATGGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAG-TCTAAAATTTACACTGACAGTGTATTA
317 ATGGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTC-AAAATTTACACTGACAGTGTATTG
3488 TATAATAATT
381 TATAATAATT
* * * *
3498 TTATAAGAAAAATTATACAATA-GCCGTCAGTGGATTTTTAGCAGACTGCATGTGCAGGATTTAA
1 CTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGA-GTTTAGCAGACTGCACGTGCAGG-TTTAA
* *
3562 GAGTTGATATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATAAAATAG
64 GAGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-G
* *
3627 GGTATGTGTCAACTTTTTAACCCACTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
128 GGTATGTGTCAAC-TTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
*
3692 TAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTACCAGACTGCACGTGCGGGGT
192 TAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGT
* * * * *
3757 TTTTGGGGTTGGCATGTTTCCTTTTAGGGAATATGTGTTAATATTTTATATTTAATTAATTATGA
257 TTTT-GGGTTGGCATGTTACC-CTTAGGGAATATGTATTAATA--TTA-A-ATATTTAATTATGA
* * * *
3822 AATAGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACCCTAACAATGTATTG
316 AATGGGGTATGTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
*
3887 TATAATAATC
381 TATAATAATT
* * * *
3897 CTATAA-AAAGATTATATAATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCATGGTTTAAG
1 CTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCA-GGTTTAAG
* * *
3961 GGTTGACATGTGTCTCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
65 AGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
4026 GCGGTAAGAA
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 79, Indels: 88
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
360 20 0.03
361 1 0.00
362 1 0.00
363 1 0.00
364 36 0.05
366 2 0.00
367 36 0.05
368 11 0.01
369 48 0.06
372 2 0.00
373 4 0.01
374 42 0.05
375 7 0.01
378 1 0.00
381 2 0.00
382 1 0.00
383 123 0.16
384 32 0.04
385 2 0.00
391 2 0.00
392 2 0.00
394 40 0.05
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397 6 0.01
398 171 0.22
399 107 0.14
400 43 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (390 bp):
CTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGTTTAAGA
GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGT
ATGTGTCAACTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT
CATATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTTT
GGGTTGGCATGTTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTAT
GTGTTAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATT
Found at i:6134 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 6109--6153 Score: 54
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
6099 ATCTTGAAAT
*
6109 TACATGTCCTCTAAAATTATTA
1 TACATGTCCT-T-AAATTACTA
*
6131 TACATTTCCTTAAATTACTA
1 TACATGTCCTTAAATTACTA
6151 TAC
1 TAC
6154 TTTCCGGCAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.52
21 1 0.05
22 9 0.43
ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TACATGTCCTTAAATTACTA
Found at i:6593 original size:22 final size:25
Alignment explanation
Indices: 6556--6603 Score: 66
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
6546 TAAGGATGAG
6556 AAATAATTTATGAAT-AATTT-TTA
1 AAATAATTTATGAATAAATTTCTTA
*
6579 AAATAA-TTATTAATAAATTTCTTA
1 AAATAATTTATGAATAAATTTCTTA
6603 A
1 A
6604 CAAATAAATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.32
23 11 0.50
24 4 0.18
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
AAATAATTTATGAATAAATTTCTTA
Found at i:8094 original size:27 final size:28
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Indices: 8063--8117 Score: 76
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
8053 CGTCTAGACT
*
8063 TTTTGCCCCA-AACTTCAATTTTGGACA
1 TTTTGCCCCAGAACTTCAATGTTGGACA
*
8090 TTTTGTCCCATGAACTTCAATGTTGGAC
1 TTTTGCCCCA-GAACTTCAATGTTGGAC
8118 CAAACCGCTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.38
29 15 0.62
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.15, T:0.38
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TTTTGCCCCAGAACTTCAATGTTGGACA
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Indices: 8203--8276 Score: 123
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
8193 CGTTAGGTTG
8203 AGGGGGCAAAATGTCCCAAAATTGAAGTTC
1 AGGGGGCAAAATGTCCCAAAATTGAAGTTC
*
8233 AGGGGGCAAAATGT-CCAAGATTGAAGTTC
1 AGGGGGCAAAATGTCCCAAAATTGAAGTTC
*
8262 AGGGGACAAAATGTC
1 AGGGGGCAAAATGTC
8277 TAGACGCTAC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 27 0.66
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AGGGGGCAAAATGTCCCAAAATTGAAGTTC
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Alignment explanation
Indices: 9457--9510 Score: 65
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
9447 TATTATATTG
*
9457 AAATTACTAAGAATATAAGATTACTAA
1 AAATTACTAAGAATATAAGATTAATAA
* * *
9484 AAATT-CTAAGAATGTGAGGTTAATAA
1 AAATTACTAAGAATATAAGATTAATAA
9510 A
1 A
9511 TTTATGTAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 18 0.78
27 5 0.22
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.13, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
AAATTACTAAGAATATAAGATTAATAA
Done.