Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008195.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08216, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1440 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 19--1974 Score: 2018
Period size: 332 Copynumber: 5.9 Consensus size: 329
9 ATTGTAGGGA
*
19 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTTTTTTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCC-----TATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAA
* * *
84 ATCGGTTTTTGATGCTCGTAAAAACAAAT-TTCCAAATCCAATGAGGCTGAGATTTGGTTAGCTA
61 ATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTT-CAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTG
* * * * * *
148 AATAAAAATATTTCAATGAG-CTTAGGCGCCAAATATCATTCAAAACTGAGTTAC-AGCCCCAGA
125 AATAGAGATATTTCAATGAGTC-TAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-T-CGAGGCCCGGA
* * * * *
211 ACGCGTTTTTAGCAAAATACTGTGATGGTTAGAACACGATTTTCGGCTAAATTTTTGTAAAAATT
187 ACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATT
* * * *
276 GA-CCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGACCAAAACA-ATAAAAAAACTATAAAATTCAACACCA
252 GACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTG-GCAAAACACACATAAAAA-TATATAATTCAACACCA
* *
339 AAAGTATTGGACGGA-
315 AAAATATTAGAC-GAC
* * * **
354 TGTTCACGCTTCTAATATCATTTCCCT-TTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTCAATCGAAATTAG
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGG
* * * * *
418 TTTATAATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTTGTTGAATAGA
66 TTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGA
* * * * *
483 TAT-TTTCAATGAGCCTAAGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-A----AGCCCCTGAACGCGTTTT
131 GATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCGGAACGCGTTTT
* *
542 TAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTT-GGCTCAATTTTTG-AAAAATTGA-CCAAAA
196 TAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
* * * ** *
604 TATTTTTCCTTAATTTTTGGTTAAAACA-ATCAAAAAAATATATGATTCAACATGAAAACTATTA
261 TATTTTTCCTTAATTTTTGG-CAAAACACA-CATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTA
668 GACGAC
324 GACGAC
* *
674 TTTTTACGCTTCTAATATCA-TTTCTCTATTTCTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAT
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTC-CTA-TT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAT
** * **
738 CGGTTTATGACACTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCAAAAATGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAA
63 CGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAA
* * * * * *
802 TAGAGATATTTCAATGAGTTTTGACGCCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTCCTGGAACAC
127 TAGAGATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG-CCCGGAACGC
* * *
867 GTTTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGTAAATGA-TTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC
191 GTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACC
* * * * *
931 TGAAAAATTTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACCCATAAAAATATACAATTCAACACCAAAAAT
256 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGG-CAAAACACACATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAT
* *
996 ATTGGACAAC
320 ATTAGACGAC
* * *
1006 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTCCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATTG
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCG
* * * *
1071 GTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCCAATCCAATGTAGCTGAGATTTGGTTAACTGAATAG
65 GTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAG
* * * * * * *
1136 AGATATTTGATTGAGTCTAAGCG-CAAAAATCATGAAAAATTGAGTCGGGGTCCCGGAACGTGTT
130 AGATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG-CCCGGAACGCGTT
* * * * * * *
1200 TTTAGCCATATCCCGTGATCGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAA-ATTTGATAAAAATTGATCTG
194 TTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTG-CAAAAATTGACCCG
* * * * *
1264 AAATATTTTTTGCTCAATTTTTGGCAAAAATACACATAAAAATATAGATAATTCAATA-GAGAAA
258 AAATA-TTTTTCCTTAATTTTTGGC-AAAACACACATAAAAATAT--ATAATTCAACACCA-AAA
1328 ATATT-GACGAC
318 ATATTAGACGAC
* * * * * *
1339 TTTTCATGCTTCCAGTATCGTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGG
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGG
* * * * * **
1404 TTTTTGATGCTCGGAAAAACAAATCTTTAGATCCAATGTGGTTGAG-TTTATCTTAGCTGAATAG
66 TTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTT-GGTTAGCTGAATAG
* * * * * * * * *
1468 AGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATCCAAAACAGGGTCGAAGCCCCGCAACACG-T
130 AGATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG-AGGCCCGGAACGCGTT
* * * * *
1532 TTTAGACGAATACCGTAATGGTTAGTACA-CAATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGA
194 TTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGA
* * * *
1596 AATAATTTTT--TTAGTTTTT--CAAAACACTCATAAAAATATATAATTAAACAACAAAAATATT
259 AAT-ATTTTTCCTTAATTTTTGGCAAAACACACATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATT
*
1657 AGACGGC
323 AGACGAC
** * * *
1664 TTTTCACTATTCTAATATCATTTTTCCT-TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTCAATCAAAACCG
1 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCG
* * * *
1728 GTTTCTGATACTCGTAAAAACAAATTCTT-ATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGCTGAATA
65 GTTTATGATGCTCGTAAAAACAAA-TCTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATA
* * * * ** * *
1792 GAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGGGCCGCAAAACGTGA
129 GAGATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCC-CGGAACGCGT
* * * * * *
1857 TTTTAGCCAAATATCGTGATGGTTTGTACA-CAATTTCGGTTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTG
193 TTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCG
*
1921 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACTCATAAAAATATATAATTCAAC
258 AAATATTTTTCCTTAATTTTTGG-CAAAACACACATAAAAATATATAATTCAAC
1975 CAGGGGCGTA
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 221, Indels: 99
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
319 5 0.00
320 83 0.06
321 19 0.01
322 49 0.04
323 85 0.06
324 53 0.04
325 153 0.11
326 91 0.07
327 10 0.01
328 32 0.02
329 103 0.08
330 148 0.11
331 175 0.13
332 247 0.18
333 58 0.04
334 18 0.01
335 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGG
TTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGA
GATATTTCAATGAGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCGGAACGCGTTTT
TAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
TATTTTTCCTTAATTTTTGGCAAAACACACATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTAGA
CGAC
Found at i:1918 original size:988 final size:983
Alignment explanation
Indices: 19--1974 Score: 2354
Period size: 988 Copynumber: 2.0 Consensus size: 983
9 ATTGTAGGGA
* * *
19 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTTTTTTTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCC--TCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAA
* * *
84 ATCGGTTTTTGATGCTCGTAAAAACAAATTTCCAAATCCAATGAGGCTGAGATTTGGTTAGCTAA
64 ATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTCCAAATCCAATGAGGCTGAGATTTGGTTAACTAA
* * ** *
149 ATAAAAATATTTCAATGAGCTTAGGCGCCAAATATCATTCAAAACTGAGTTACAGCCCCAGAACG
129 ATAAAAATATTTCAATGAGCTTAAGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCACAGCCCCAGAACG
* * *
214 CGTTTTTAGCAAAATACTGTGATGGTTAGAACACGATTTTCGGCTAAATTTTTGTAAAAATTGAC
194 CGTTTTTAGCAAAATACCGTGATCGTTAGAACACGATTTTCGGCTAAATATTTGTAAAAATTGAC
* * * *
279 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGACCAAAACAATAAAAAAACTATAAAATTCAACACCAAAAGT
259 CGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGACAAAAACAATAAAAAAACTAGAAAATTCAACACCAAAAAT
* * *
344 ATTGGACGGATGTTCACGCTTCTAATATCATTTCCCTTTTTTTCTGAATTAATTTCTATTTCAAT
324 ATTGGACGGATGTTCACGCTTCCAATATCATTTCCCTTTTTTTATGAATTAATTTCTAATTCAAT
* * *
409 CGAAATTAGTTTATAATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTTG
389 CGAAATCAGTTTATAATGCTCGGAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTTG
* * * * *
474 TTGAATAGATATTTTCAATGAGCCTAAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCCCTGAACGCGT
454 CTGAATAGAGATTTTCAACGAGCCTAAGCGCCAAAAATCATCCAAAACTAAGCCCCTGAACACGT
* * ** * *
539 TTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGCTCAATTTTTGAAAAATTGACCAAAA
519 TTTTAGACAAATACCGTAATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAATTTTTGAAAAATTGACCAAAA
* * * * ** *
604 TATTTTTCCTTAATTTTTGGTTAAAACAATCAAAAAAATATATGATTCAACATGAAAACTATTAG
584 TATTTTT-CTTAAGTTTT-GTCAAAACAATCAAAAAAATATATAATTAAACAACAAAAATATTAG
* * *
669 ACGACTTTTTACGCTTCTAATATCATTTCTCTATTTCTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCG
647 ACGACTTTTCACGATTCTAATATCATTTCTCTATTTCTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCA
*
734 AAATCGGTTTATGACACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAATGGCTGAGATTTGGTTAGCT
712 AAACCGGTTTATGACACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAATGGCTGAGATTTGGTTAGCT
* * * * *
799 GAATAGAGATATTTCAATGAGTTTTGACGCCTAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTCCTGGAA
777 GAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGGCCTGCAA
* **
864 CACGTTTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGTAAATGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGA
842 AACGTTTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGTAAACAATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGA
929 CCTGAAAAATTTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACCCATAAAAATATACAATTCAACACCAAAA
907 CCTGAAAAATTTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACCCATAAAAATATACAATTCAACACCAAAA
994 ATATTGGACAAC
972 ATATTGGACAAC
1006 TTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTCC-CTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAT
1 TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAT
* *
1069 TGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCC-AATCCAATGTA-GCTGAGATTTGGTTAACTGA
66 CGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTCCAAATCCAATG-AGGCTGAGATTTGGTTAACTAA
* * * * * *** * *
1132 ATAGAGATATTTGATTGAG-TCTAAGCG-CAAAAATCATGAAAAATTGAGTCGGGGTCCCGGAAC
129 ATAAAAATATTTCAATGAGCT-TAAGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCACAGCCCCAGAAC
* * * * * *
1195 GTGTTTTTAGCCATATCCCGTGATCGTTAGTACATGATTTTCGGCTAAA-ATTTGATAAAAATTG
193 GCGTTTTTAGCAAAATACCGTGATCGTTAGAACACGATTTTCGGCTAAATATTTG-TAAAAATTG
* * * * * *
1259 ATCTGAAATATTTTTTGCTCAATTTTTGGCAAAAATACACATAAAAATA-TAGATAATTCAATA-
257 A-CCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTGAC-AAAA-ACA-ATAAAAAAACTAGAAAATTCAACAC
* * * * * * *
1322 GAGAAAATATT-GAC-GACTTTTCATGCTTCCAGTATCGTTTTCTTATTTTTTATGAATTAATTT
317 CA-AAAATATTGGACGGA-TGTTCACGCTTCCAATATCATTTCCCT-TTTTTTATGAATTAATTT
* * * * * * **
1385 CTAATTCAATCGAAATCGGTTTTTGATGCTCGGAAAAACAAATCTTTAGATCCAATGTGGTTGAG
379 CTAATTCAATCGAAATCAGTTTATAATGCTCGGAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAG
* ** *
1450 -TTT-ATCTTAGCTGAATAGAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATCCAAAACAGGG
444 ATTTGAT-TT-GCTGAATAGAGAT-TTTCAACGAGCCTAAGCGCCAAAAATCATCCAAAAC----
*
1513 TCGAAGCCCC-GCAACACG-TTTTAGACGAATACCGTAATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAT
502 T--AAGCCCCTG-AACACGTTTTTAGACAAATACCGTAATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAT
* * *
1576 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAATTTTT-TT-AGTTTT-TCAAAACACTCATAAAAATATATA
564 TTTTG-AAAAATTGA-CCAAAAT-ATTTTTCTTAAGTTTTGTCAAAACAATCAAAAAAATATATA
* * * * *
1638 ATTAAACAACAAAAATATTAGACGGCTTTTCACTATTCTAATATCATTTTTC-CTTT-TTTTCTG
626 ATTAAACAACAAAAATATTAGACGACTTTTCACGATTCTAATATCATTTCTCTATTTCTTTTCTA
* * * * * * *
1701 AATTAATTTCTTATTCAATCAAAACCGGTTTCTGATACTCGTAAAAACAAATTCTTATATCCAAT
691 AATTAATTTCTAATTCAATCAAAACCGGTTTATGACACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAA
* * * *
1766 GTGGCTGAGATTTGGTTTGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCTTGCAA
756 ATGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAA
* * *
1831 AACTGAGCCG-GGGCC-GCAAAACGTGATTTTAGCCAAATATCGTGATGGTTTGTACACAATTTC
821 AACTGAGCCGAGGGCCTGCAAAACGT--TTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGTAAACAATTTC
* * * *
1894 GGTTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACTCATAA
884 GGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAAAATTTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACCCATAA
*
1959 AAATATATAATTCAAC
949 AAATATACAATTCAAC
1975 CAGGGGCGTA
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 125, Indels: 53
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
981 4 0.00
982 78 0.10
983 114 0.14
984 23 0.03
985 32 0.04
986 115 0.14
987 62 0.08
988 238 0.29
989 3 0.00
990 63 0.08
991 1 0.00
992 49 0.06
993 23 0.03
994 6 0.01
995 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (983 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAT
CGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCTCCAAATCCAATGAGGCTGAGATTTGGTTAACTAAAT
AAAAATATTTCAATGAGCTTAAGCGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCACAGCCCCAGAACGCG
TTTTTAGCAAAATACCGTGATCGTTAGAACACGATTTTCGGCTAAATATTTGTAAAAATTGACCG
AAATATTTTTCCTCAATTTTTGACAAAAACAATAAAAAAACTAGAAAATTCAACACCAAAAATAT
TGGACGGATGTTCACGCTTCCAATATCATTTCCCTTTTTTTATGAATTAATTTCTAATTCAATCG
AAATCAGTTTATAATGCTCGGAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTTGCT
GAATAGAGATTTTCAACGAGCCTAAGCGCCAAAAATCATCCAAAACTAAGCCCCTGAACACGTTT
TTAGACAAATACCGTAATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAATTTTTGAAAAATTGACCAAAATA
TTTTTCTTAAGTTTTGTCAAAACAATCAAAAAAATATATAATTAAACAACAAAAATATTAGACGA
CTTTTCACGATTCTAATATCATTTCTCTATTTCTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCAAAAC
CGGTTTATGACACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAATGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAAT
AGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGGCCTGCAAAACG
TTTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGTAAACAATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTG
AAAAATTTTTCCTGAATTTTTGGCCAAAACACCCATAAAAATATACAATTCAACACCAAAAATAT
TGGACAAC
Found at i:2619 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2591--2641 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
2581 TTTGTTTTGT
* *
2591 ATATTTTATTTAACAAAAGTATTCA
1 ATATTTTATTCAA-AAAA-AATTCA
2616 ATA-TTTATTCAAAAAAAATTCA
1 ATATTTTATTCAAAAAAAATTCA
2638 ATAT
1 ATAT
2642 ACTTCTTCGC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.35
23 4 0.17
24 8 0.35
25 3 0.13
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
ATATTTTATTCAAAAAAAATTCA
Found at i:4883 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 2695--4961 Score: 1985
Period size: 322 Copynumber: 6.9 Consensus size: 322
2685 AATTCAACGC
* * *
2695 CAAAAATATTGGACGACTTTTCATGCTTCTAATGTCATTCTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTC
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATT-TTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTC
* * * *
2760 TAATT-TACCTGAAATCGATTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAG
65 TAATTCAATC-GAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * * *
2824 ATTTGGTTTGCTGAATAGAGATATTTCAATTAGTCTTGGCGCTAAAAACCA-G-ATAAAACTGAA
129 ATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCA-AAAA-TGAG
* * * * * * *
2887 CCGGGGTCCCAGAACGCCTTTTTAGCCAAATACTGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTAAAAT
192 TCGGGG-CCCCGAACGCGTTTTTAACCAAATAC-----CG-TTA-TACACGATTTCGGCTAAATT
* * * * *
2952 TTTGTAAAAATTGATTTGAAATGTTTTTCTTCAATTTTTGGC-AAATACATTCATAAGAAATACA
249 TTTGCAAAAATTGATCTGAAATATTTTTCTTCAATTTTTGGCAAAATAC--TCATAAAAAATAGA
* *
3016 TAATTCAACGG
312 TAATTAAACAG
* * * * * * * *
3027 CGAAAATATTTGACGACTTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTCCTA-TTTTTCTAAATCAATTTAT
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
* * * * * * *
3091 AATCCAATCGAAATCGGTTTTTGATGCTTGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAAAGAGACTGAGAT
66 AATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * * * * *
3156 TTGGTTATCT-ACATAAAGATTTTTCAATGAGTCTAGGTGCCAAAAATCATTCAAAACA-GAGTT
131 TTGGTTAGCTGA-ATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAA-ATGAGTC
*** * * *
3219 AAAGCCCCGGAATGCGTTTTTAACCAAATACCATGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAGTTTT
194 GGGGCCCC-GAACGCGTTTTTAACCAAATACC------GTTA-TACACGATTTCGGCTAAATTTT
* * * *
3284 TGC-AAAATTGA-CCGAAATATTTTTCCTT-AATTTTTGGCCAAA-AC-AATAAAAAATATATAT
251 TGCAAAAATTGATCTGAAATATTTTT-CTTCAATTTTTGGCAAAATACTCATAAAAAATAGATA-
3344 AGTTCAACACA-
314 A-TT-AA-ACAG
* * *
3355 AAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTATAATATCATTTTCTCTATTTTTT-T-AATTACTTTC
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTC-CTATTTTTTCTGAATTAATTTC
* **
3418 TAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAAGAAAT-CTTCAAATCCAAAATGGCTGAG
65 TAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCCAATGTGGCTGAG
* * *
3482 ATTTGGTTAGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTTTTGGTGCCAAAACTCATG-AAAAACTGAGT
129 ATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAA-TGAGT
* * *** **
3546 CGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATATCATGATGGTTAGTATGTGATTT---C-ATTTTT
193 CGGGG-CCCCGAACGCGTTTTTAACCAAATA-C-----CGTTA-TACACGATTTCGGCTAAATTT
* * * * * * * * *
3607 TTGCAAAAATTTACCCGAAATATTTTTCTTGAATCTTTGGCCAAAACACTCAT-AAAAGTATACA
250 TTGCAAAAATTGATCTGAAATATTTTTCTTCAATTTTTGG-CAAAATACTCATAAAAAATAGATA
*
3671 ATTCAAA-AC
314 ATT-AAACAG
** *
3680 CAAAAATATTGGACGGA-TTTTCACGCTTCTAATATTGTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTC
1 CAAAAATATTGGAC-GACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTC
* * * *
3744 TAGTTCAATCGAAATCGGTTTATAATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGGCTAAGA
65 TAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * * *
3809 TTTTGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCAGGCAAAAATGAGCCG
130 TTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGTCG
* * * *
3874 GGGTCCCGGAATGC-TATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTACTACGCAATTTCGGCTAAAATTT
195 GGG-CCCCGAACGCGT-TTTTAACCAAATACCGT--T--ATAC-ACG--ATTTCGGCT-AAATTT
* *
3938 CTT--AAAAATTGATCTGAAATATTTTTCCTT-AATTTTTGGCAAAAATATTCATAAACAATAGA
250 -TTGCAAAAATTGATCTGAAATATTTTT-CTTCAATTTTTGGC-AAAATACTCATAAAAAATAGA
* * *
4000 AAATTCAACAC
312 TAATTAAACAG
* *
4011 CAAAAATATTGGGCGACTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTCCATATTTTTTTCTGAATTAATTT
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCC-TA-TTTTTTCTGAATTAATTT
* * * * * *
4076 CTAATTCAATCGAAATCGGATTATAATGCTTGTTAAAACAAATCCTCAAATCCAATATGGCTGAG
64 CTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
4141 ATTTGGTTAGCTGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCCAAAATCATGTAAAACTGAGCC
129 ATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGTC
* * ** * *
4206 GGGGCCCTCGAATGCATTTTTTTGCCAAATATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAATTT
194 GGGGCCC-CGAACGC-GTTTTTAACCAAATA-C-----CGTTA-TACACGATTTCGGCTAAATTT
* * ** *
4271 TTGCAAAAATTGATTTGAAAATTTTTTTTCTTCAATTTGGGGCTAAAATACTCATATAAAATAGA
250 TTGCAAAAATTGATCTG-AAA-TATTTTTCTTCAATTTTTGGC-AAAATACTCATAAAAAATAGA
* *
4336 TAATTCAACGG
312 TAATTAAACAG
* * * *
4347 CAAAAATATTCGACGACTTTTAACACTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTTT
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
* * * *
4412 AATTCAATCGAAATCGGTTTTTGATACTCGTAAAAACAAAT-CTTCAAATCCAATGAGGCTGCGA
66 AATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * * *
4476 TTTGGTTAGCTAAATAGAGATATCTCAATGAATCTTGGTGCCAAAAGTCATGCAAAAGTGAGTCG
130 TTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGTCG
* * * * *
4541 GGGTCCCAGAACGTGTTTTTAACTAAATACCG-T-TACATGATTTCGGCTAAATTATTGCAAAAA
195 GGG-CCCCGAACGCGTTTTTAACCAAATACCGTTATACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAA
* * * * *
4604 TTTATTTGAAATATTTTTCTTCAATTTGTGGCTAAAATACTCATAAAAAATAGATAAATAAATAG
259 TTGATCTGAAATATTTTTCTTCAATTTTTGGC-AAAATACTCATAAAAAATAGATAATTAAACAG
* * * * * * *
4669 CGAAAATATTGGACGACTTTTCATGCTTCGAATATCGTTTTACTATTTTTTTTGAACTAATTTCT
1 CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
* *
4734 AATTCAATCGAAATTGGTTTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
66 AATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * *
4799 TTGCG-TAGCTGAATAGAGATATTTCATTGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATCCAAAATATG-GTC
131 TTG-GTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAA-ATGAGTC
* * *
4862 GGAGCCCCGCAACGCGTTTTTAGCCAAATACTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTT
194 GGGGCCCCG-AACGCGTTTTTAACCAAATAC------CGTTA-TACACGATTTCGGCTAAATTTT
* * * *
4927 TGCAAAATTTGACCTG-AATCTTTTT-TTTAATTTTT
251 TGCAAAAATTGATCTGAAATATTTTTCTTCAATTTTT
4962 TTTCCTATTT
Statistics
Matches: 1585, Mismatches: 256, Indels: 191
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 2 0.00
321 4 0.00
322 230 0.15
323 11 0.01
324 53 0.03
325 61 0.04
326 175 0.11
327 21 0.01
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330 205 0.13
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337 3 0.00
338 1 0.00
340 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
CAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
AATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
TTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAATGAGTCGG
GGCCCCGAACGCGTTTTTAACCAAATACCGTTATACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATT
GATCTGAAATATTTTTCTTCAATTTTTGGCAAAATACTCATAAAAAATAGATAATTAAACAG
Found at i:5457 original size:239 final size:240
Alignment explanation
Indices: 5037--5507 Score: 644
Period size: 239 Copynumber: 2.0 Consensus size: 240
5027 AAATCCTTTT
* * *
5037 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTTCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
1 ATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTTCCTGAATAAAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* * * * * * *
5102 CATGGAAAACAGAGTCGGAGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATTGTTAGTATACG
66 CATGCAAAACAGAGACGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGAACACG
* *
5167 ATTTCGGCTAAATTATTGGAAAAATTAACCCGAAATACTTTTCCTTAATTTTTAGCAAAAACACT
131 ATTTCGGCTAAATTATTGCAAAAATTAACCCGAAATACTTTTCCTTAATTTTTAGCAAAAACACA
*
5232 CAAAAAAATATA-TATTCAACACCA-AAAATATTGGACGACTTTGAA
196 CAAAAAAATATACAATTCAACA--AGAAAATATTGGACGACTTTGAA
* * *
5277 ATCCAATGTGACTTAGATTT-GTTTACCTGAATAAAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAT
1 ATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTT-CCTGAATAAAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* * * * *
5341 TCTTGCAAAACTGAGACGG-GTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATATCATGATGGTTAGAACAC
65 TCATGCAAAACAGAGACGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGAACAC
* * * * *
5405 GATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAACAC
130 GATTTCGGCTAAATTATTGCAAAAATTAACCCGAAATACTTTTCCTTAATTTTTAGCAAAAACAC
*
5470 ACATAAAAATATACAATTCAACAAGAAAATATTGGACG
195 ACAAAAAAATATACAATTCAACAAGAAAATATTGGACG
5508 GATTTTCACG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 27, Indels: 7
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
238 1 0.00
239 124 0.62
240 76 0.38
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (240 bp):
ATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTTCCTGAATAAAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
CATGCAAAACAGAGACGGAGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGAACACG
ATTTCGGCTAAATTATTGCAAAAATTAACCCGAAATACTTTTCCTTAATTTTTAGCAAAAACACA
CAAAAAAATATACAATTCAACAAGAAAATATTGGACGACTTTGAA
Found at i:6236 original size:424 final size:423
Alignment explanation
Indices: 5419--6236 Score: 1026
Period size: 424 Copynumber: 1.9 Consensus size: 423
5409 TCGGCTAAAT
* *
5419 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAACACACATAAAAATATAC
1 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACACATAAAAATATAC
* * *
5484 AATTCAACAAGAAAATATTGGACGGATTTTCACGTTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCAGA
66 AATTAAACAAGAAAATATTAGACGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCAGA
* *
5549 ATTAATTTCTAATTCTATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATG
131 ATTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCATCAAATCCAATG
* * *
5614 TGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAA
196 TGACAGAGATTTGGTTAGCTAAATAGAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAA-CATGCAAA
* *** *
5679 ACTAAGTCGGGTCCCTGAAACGTGTTTTTAGCCAAATCTCATGATGGTTAGTATACGATTTCGTC
260 ACTAAGTCGGGTCCCCGAAACGCAATTTTAGCCAAATCTCATGATGGTTAGTATACGATTTCGGC
* * * ** *** * *
5744 TAAAATTTTGTAAAAATTGATCTAAAATATTTTTTGCTCAAGTTTTGACAAAATACTCATATAAA
325 TAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATACCTTCACCTCAAGTTTTGACAAAACACTCATAAAAA
5809 TATAGATAATTCAACGGTGAAAATATTGGATGAC
390 TATAGATAATTCAACGGTGAAAATATTGGATGAC
* * *
5843 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAACA-TTTTCCTTAATTTTTGGCCAAGACACTCATAAAAATATAT
1 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACACATAAAAATATAC
* * ** *
5907 AATTAAACACCA-AAAATATTAGATGGCTCTTT-ACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTCTTTT
66 AATTAAACA--AGAAAATATTAGACGGAT-TTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTC--CCTATTTT
* * * *
5970 TTCTA-ATTTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCATTAAA
125 TTC-AGAATTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCATCAAA
* * *
6034 TCCAATGTGACAGAGATTTGGTTTGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAA-A
189 TCCAATGTGACAGAGATTTGGTTAGCTAAATAGAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAACA
* * * *
6097 TGCAAAACTGAGTTGGAG-CCCCGGAACGCAATTTTAGCCAAATAC-CGTGATGGTTAGTATACG
254 TGCAAAACTAAGTCGG-GTCCCCGAAACGCAATTTTAGCCAAAT-CTCATGATGGTTAGTATACG
* * * *
6160 ATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATT-ACCCCAAAAT-CCTTCACCTTAATTTTTGGCCAAAACA
317 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCAAAATACCTTCACCTCAAGTTTT-GACAAAACA
6223 CTCATAAAAATATA
380 CTCATAAAAATATA
6237 CAATTCGACA
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 48, Indels: 22
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
423 55 0.16
424 151 0.45
425 11 0.03
426 4 0.01
427 113 0.34
428 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (423 bp):
TTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACACATAAAAATATAC
AATTAAACAAGAAAATATTAGACGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCAGA
ATTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCATCAAATCCAATG
TGACAGAGATTTGGTTAGCTAAATAGAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAACATGCAAAA
CTAAGTCGGGTCCCCGAAACGCAATTTTAGCCAAATCTCATGATGGTTAGTATACGATTTCGGCT
AAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATACCTTCACCTCAAGTTTTGACAAAACACTCATAAAAAT
ATAGATAATTCAACGGTGAAAATATTGGATGAC
Found at i:6616 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 5977--6637 Score: 901
Period size: 362 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
5967 TTTTTCTAAT
* * * *
5977 TTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTTCTGATTCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGT
1 TTAATTTATAATTCAATCAAAATCGGTTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGT
** * * *
6042 GACAGAGATTTGGTTTGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATGCAAAACTG
66 GACAGAGATTTAATTAGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATGCAAAACTG
** * *
6107 AGTTGGAGCCCCGGAACGCAATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAA
131 AGACGGAGCCCCAGAACGCAATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAA
* * *
6172 TTTTTGCAAAAATTACCCCAAAATCCTTCACCTTAATTTTTGGCCAAAACACTCATAAAAATATA
196 TTTTTACAAAAATTACCCCAAAAT-CTTCACCTTAATTTTTGACAAAAACACTCATAAAAATATA
* * *
6237 CAATTCGACACCAAAAATATTGGACGGATTTTCAGGCTTTTTTTTTTGGTAACAGATTTTCACGC
260 CAATTCAACACCAAAAATATTGGACGAATTTTCACGCTTTTTTTTTTGGTAACAGATTTTCACGC
6302 TTCTAATAACACTTTCCCTATTTTTTTTCCTGAA
325 TTCTAATAACACTTTCCCTATTTTTTTTCCTGAA
* * *
6336 TTAATTTATAATTCAATCGAAATCGGTTTCCGATGCTCGTAAGAACAAATCCTTAAATCCAATGT
1 TTAATTTATAATTCAATCAAAATCGGTTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGT
* ** * *
6401 GGCTTAGATTTAATTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGATGCAAAAAATGAAGCAAAA
66 GACAGAGATTTAATTAGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAAT---GCAAAA
* * ** *
6466 TTGAGACGGGGCCGTAGAACGCAATTTTAGCCAAATATCGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCT
128 CTGAGACGGAGCCCCAGAACGCAATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCT
* ** *
6531 AAATTTTTACAAAAATTGACCCGAAATAT-TTTTCCTTAATTTTTTACAAAAACACTCATAAAAA
193 AAATTTTTACAAAAATT-ACCCCAAA-ATCTTCACCTTAATTTTTGACAAAAACACTCATAAAAA
* * **
6595 TATATAATTTAACGTCAAAAATATTGGACGAATTTTCACGCTT
256 TATACAATTCAACACCAAAAATATTGGACGAATTTTCACGCTT
6638 CTAATATCAT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 40, Indels: 7
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
359 104 0.40
362 144 0.56
363 7 0.03
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (358 bp):
TTAATTTATAATTCAATCAAAATCGGTTTCCGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGT
GACAGAGATTTAATTAGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATGCAAAACTG
AGACGGAGCCCCAGAACGCAATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAA
TTTTTACAAAAATTACCCCAAAATCTTCACCTTAATTTTTGACAAAAACACTCATAAAAATATAC
AATTCAACACCAAAAATATTGGACGAATTTTCACGCTTTTTTTTTTGGTAACAGATTTTCACGCT
TCTAATAACACTTTCCCTATTTTTTTTCCTGAA
Found at i:7829 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 5843--7928 Score: 1796
Period size: 333 Copynumber: 6.2 Consensus size: 330
5833 ATTGGATGAC
* * * * * *
5843 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATTTTCCTTAATTTTTGGCCAAGACACTCATAAAAATATATA
1 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATATATA
* * * * * * * *
5908 ATTAAACACCAAAAATATTAGATGGCTCTTT-ACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTCTTTTTT
66 ATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACT-TTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATT-TTTTTT
* * * * *
5972 CTAATTTAATTTCTAATTCTATCAAAATCGGTTT-CTGATTCTCGTAAAAACAAATCATTAAATC
129 -TAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTAC-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* * * *
6036 CAATGTGACAGAGATTTGGTTTGCTAAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT--G
192 CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAG
** * ** * *
6099 CAAAACTGAGTTGGAGCCCCGGAACGCAATTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTATACGATTT
257 CAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACACGATTT
6164 CGGCTAAAT
322 CGGCTAAAT
* * ** * *
6173 TTTTGCAAAAATT-ACCCCAAA-ATCCTTCACCTTAATTTTTGGCCAAAACACTCATAAAAATAT
1 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATAT--TT-TTCTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATAT
* * * * * *
6236 ACAATTCGACACCAAAAATATTGGACGGA-TTTTCAGGCTTTTTTTTTTGGTAACAGATTTTCAC
63 ATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAC-GACTTTTCACGC--------TT-CT---A-A-TATCA-
* * *
6300 GCTTCTAATAACACTTTCCCTATTTTTTTTCCTGAATTAATTTATAATTCAATCGAAATCGGTTT
112 --TT-T--T--C-C-CT----ATTTTTTTT--TAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTT
* * * **
6365 CCGATGCTCGTAAGAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTAGATTTAATTAGCTGAATAGAGAT
162 ACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGAT
** * * * * * **
6430 ATTTCAATGAGTCTTGATGCAAAAAATGAAGCAAAATTGAGACGG-G-GCCGTAGAACGCAATTT
227 ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT-CAGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCG-A-AACGCGTTTT
* * * *
6493 TAGCCAAATATCGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAAT
289 TAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAT
6535 TTTT-ACAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTA-CAAAAACACTCATAAAAATAT
1 TTTTGA-AAAAATTGACCCGAAATATTTTT-CTTAA-TTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATAT
* * * * *
6598 ATAATTTAACGTCAAAAATATTGGACGAATTTTCACGCTTCTAATATCATTCTCCCTA-CTTTTT
63 ATAATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTT
* *
6662 TTGAATTAATTTCTAA-TCTAATCGAAATCGGTTTAAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATC
128 TTAAATTAATTTCTAATTC-AATCGAAATCGGTTTACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
* * * * ** *
6725 CAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAAAGATATTTGAATGAGTCTTGGCACCTTAAACCAG
192 CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAG
* * * * * * * *
6790 ACAAAACTAAACCGGGGTCCCGGAACGCTTTTTTACCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATT
257 -CAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACACGATT
*
6855 TCGGCTAAAA
321 TCGGCTAAAT
* *** * ** * *
6865 TTTTGTAAAAATTGATTTG-AATA-TTTCCTTAATTTTGGGCTAAAACACTTATAAAAATATATA
1 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATATATA
* * *
6928 ATTCAACGCCAAAAATATTGGACAACTTTTCACGCTTCTAATATCATTCTCCCTATTTTTTCTT-
66 ATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTTTA
* * * * * *
6992 AATTAATTTCTACTTTAATTGAAATCGATTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAAT
131 AATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
7057 GTGGATGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAACCAGAAAA
196 GTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAG-CAA
* * * * * * * * *
7122 AACTGAACCGGGGTCCCGTAATGCTTTTTTAGCCAAAT-CTCGTGATATTGCTTAGTACACGAGT
260 AACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATAC-CATG--A-TGGTTAGTACACGATT
7186 TCGGCTAAA-
321 TCGGCTAAAT
* * *
7195 ATTTGATAAAAATTGATCTGAAA-ATTTTTCTGCTCAATTTTTCA-CAAAAACACTCATAAAAAT
1 TTTTGA-AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCT--T-AATTTTT-AGCAAAAACACTCATAAAAAT
* * * * * * * * *
7258 AAAGATAATTCAACGGCGAAAATATTGGACGTCTTTTTAAGCTTCCAATATCGTTTT-ACTA-TT
61 --ATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTT
* ** *
7321 TTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTTTGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAG
124 TTTTTTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * ** * *
7385 ATCCAGTTTGGCTGAGATTTTTTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAATAAT
189 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* * * ** * * * *
7450 CATCCAAAACAGGGGAGGAGCCCC-ACAACGTGTTTTTGGACAAATACCATAATGGTTAGTACAC
254 CA-GCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACAC
7514 GATTTCGGCTAAAT
317 GATTTCGGCTAAAT
* * *
7528 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATAATTTTTGTTAATTTTTAGCCAAAACACTCATAAAAATAGAT
1 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAAT-ATTTTTCTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATATAT
* * * *
7593 AATTCAACACCAAAAATATTAGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTTT
65 AATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTA-TTTTTTTT
** * * * * *
7658 TAAATTAATTTCTAATTCAATTAAAAGCGGTTTCCGATGCTTGTAAAAACAAATCCTGATATCCA
129 TAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * ** *
7723 ATGTGCCTGAGTTTTGGTTTCCTGAATAAAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
194 ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA-GC
* * * *
7788 AAAATTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTATATGATTTC
258 AAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
*
7853 AGG-TTAAT
323 -GGCTAAAT
* * * * *
7861 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT-TCTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACAATCAAAAAAATATA
1 TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATAT-TTTT-CTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATATA
7925 TAAT
64 TAAT
7929 GCTCGTAAGA
Statistics
Matches: 1440, Mismatches: 232, Indels: 165
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 4 0.00
327 119 0.08
328 122 0.08
329 59 0.04
330 161 0.11
331 163 0.11
332 97 0.07
333 194 0.13
334 12 0.01
335 128 0.09
336 41 0.03
337 45 0.03
338 1 0.00
339 3 0.00
340 2 0.00
342 1 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
345 6 0.00
348 6 0.00
349 2 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
353 1 0.00
354 3 0.00
355 2 0.00
358 6 0.00
359 108 0.08
360 4 0.00
361 3 0.00
362 129 0.09
363 12 0.01
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
TTTTGAAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTAATTTTTAGCAAAAACACTCATAAAAATATATA
ATTCAACGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTTTA
AATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTACGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAGCAAA
ACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
TAAAT
Found at i:8125 original size:233 final size:233
Alignment explanation
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Period size: 233 Copynumber: 2.0 Consensus size: 233
7684 GCGGTTTCCG
* * * *
7694 ATGCTTGTAAAAACAAATCCTGATATCCAATGTGCCTGAGTTTTGGTTTCCTGAATAAAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTGAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTACCTGAATAAAGATATT
* * * *
7759 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC
66 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACACATTTTTAGCC
* ** * *
7824 AAATACCATGATGGTTAGTATATGATTTCAGGTTAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATTCTTT
131 AAATACCATGATGGTTAGTACACAATTTCAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATTCTTT
7889 TCCTTAATTTTTGGCCAAAACAATCAAAAAAATATATA
196 TCCTTAATTTTTGGCCAAAACAATCAAAAAAATATATA
* * * * ** *
7927 ATGCTCGTAAGAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTTTGATTTGGTTAGCTGAATAGAA-ATAT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTGAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTACCTGAATA-AAGATAT
* * * *
7991 TTCAATGAGTCTTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCCTGAAACACATTTTTAGC
65 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACACATTTTTAGC
* * * * *
8056 CAAATATCGTGATGGTTATTACACAATTTCTGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATAT-T
130 CAAATACCATGATGGTTAGTACACAATTTCAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAAT-TCT
* * * *
8120 TTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCACAATAATATATA
194 TTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACAATCAAAAAAATATATA
8160 AT
1 AT
8162 TCAAAGCCAA
Statistics
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ATGCTCGTAAAAACAAATCCTGAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTACCTGAATAAAGATATT
TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACACATTTTTAGCC
AAATACCATGATGGTTAGTACACAATTTCAGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATTCTTT
TCCTTAATTTTTGGCCAAAACAATCAAAAAAATATATA
Found at i:8646 original size:329 final size:328
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7917 AAAATATATA
* * ** *
7927 ATGCTCGTAAGAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTTTGATTTGGTTAGCTGAATAGAAATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATT
* *
7992 TCAATGAGTCTTGGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGG-CCCTGAAACACATTTTTAGC
66 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC-GAAACACATTTTTAGC
* * *
8056 CAAATATCGTGATGGTTATTACACAATTTCTGCT-AAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATT
130 CAAATATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GATCAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATA-T
* * * * *
8120 TTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCACAATAATATATAATTCAAAGCCAAAAATAATGGACGA
193 TTTCCTTAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAT-ATTGACGA
* * * * * *
8185 CTTCTCACGCTTCTAATATCATTCTCAATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTTAATCGAAGCC
257 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTC-CTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACC
*
8250 GGTTTTTG
321 GATTTTTG
* * * * *
8258 ATGCTCGTATAAAGAAATCCTTAAATCCAATGTTGCTGAGATTTGATTAGCGGAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATT
* * * * * * * * * *
8323 TTAAAGAGTTTTGGCGCCAAAAACCA-GACAAAATTTA-TCGGGGTCCCAAAATACTTTTTTAGC
66 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATG-CAAAACTGAGTCGGGGTCCCGAAACACATTTTTAGC
* * **
8386 CAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATCAAA-TTTTGTAAAAATTGATTTGAAATATT
130 CAAATATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GATCAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATT
* * * *
8450 TTCCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAATAGATAATTCAACGGCGAAAATATTCGACG
194 TT-CCTTAATTTTTGGCAAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATT-GACG
* * *
8515 ACTTTTCACGGTTCTAATATCGTTTTCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATC
256 ACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACC
8579 GATTTTTG
321 GATTTTTG
* * *
8587 ATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTAAATAGAGATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATT
* * * * *
8652 TCAATGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCATAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCC
66 TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGAAACACATTTTTAGCC
* * **
8717 GAATATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGA-CGAAATTTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTA
131 AAATATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATC-AAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATT-
*
8781 TTCCTTAATTTTT-CCAAATAA-A-TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGTAC-A
194 TTCCTTAATTTTTGGCAAA-AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTG-ACGA
*
8842 GCTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTCCTTAGTTTTTTCTAAAT
257 -CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCC-TA-TTTTTTCTAAAT
8886 CGGTTTCTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATT
TCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGAAACACATTTTTAGCC
AAATATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATCAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATTTT
CCTTAATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGACGACTTT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACCGATTT
TTG
Found at i:10854 original size:330 final size:330
Alignment explanation
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9596 ACTATTGTGG
* * * * * * *
9606 TAGTATACGATTTCGCCTAAATTATTGTAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCACAACTTTTT-C
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTTGG
* ** ** * *
9670 CCAAAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAACGATTGGACGGCTTTTCATGCTTCTA
65 CCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTA
* * ** * * * * *
9735 ATATTGTTTTTCCTATTTTTT-AAAAATAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTAATGATGGTCA
129 ATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCG
* * * * ** * *
9799 TAAGAATAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTACTTAGCTAAATAGAGATATTCCAATGA
194 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGA
* * * * * *
9864 GTCGTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAATACC
259 GTCTTG-GGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACC
*
9929 GT-A---A
323 GTGATGGT
* * * * *
9933 CA-TACACGATTTCGGTTAAATTTTTGCAAAAAATGACCCGAAATATTTTTCCACAATTTTTGTC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * *
9997 GAAAATACTCATAAAAAGTAGATAATTCAATGCCAAATATATTGGA-GACCTTTTCACACTTCAA
66 CAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGA-CTTTTCACGCTTCTA
* * * * * * *
10061 ATATCGTTTTCCATTTTTTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTTAATCGAAACCGGTTTTTGATGGT
129 ATATCGTTTTCC--CTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCT
* * * * * *
10126 CGTCAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGCCTGAA-ATTTGGTTATCCGAGTAGAGATATTTCAA
192 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* * * ** * * * *
10190 CGAGTTTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGGCTGCAGAACCCATTTTTAACCAAAT
256 TGAGTCTTGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT
10255 ACCGTGATGGT
320 ACCGTGATGGT
* * * * * * *
10266 TAATACACGATTTGGGCTAATTTTTTGC--AAATTGACCCGGAATATTTATCATCAATTTTTAGC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * * *
10329 GACAATACTCATAAAAAGTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGATTCTAA
66 CAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAA
* * ** *
10394 TATCGTTTTCCTTATCTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAATCGGTTTCCGATGGTCG
130 TATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCG-AAATCGGTTTATGATGCTCG
* * * *
10459 CAAAAAC-ATTCC-TAAATCCAATGTGAC-AGAGATTTGGTTAGCTGAATAGAAATATTTCAATG
194 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTA-AGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATG
*** * *
10521 AGTCTTGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCATAGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAATATC
258 AGTCTTGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACC
10586 GTGATGGT
323 GTGATGGT
* * * *
10594 TAGTACACAATTTCTGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCTGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
*
10659 CAAAATACTCA-AAATAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTCTCACGCTTCTAA
66 CAAAATACTCATAAA-AATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAA
* * ** * * * *
10723 TATCATTCTCAATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGACA-CTTGTTTATGATGTTCG
130 TATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATC-GGTTTATGATGCTCG
* * *
10787 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGCGGAATAGAGATATTTTAATGA
194 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGA
* * * * *
10852 GTCTTGACGCCAAAAA-CAAGACAAAACTGA-CCGGGGTCCCGGAACGC-TTTGTTAGCCAAATA
259 GTCTTG-GGCAAAAAATCATG-CAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTT-TTAGCCAAATA
10914 CCGTGATGGT
321 CCGTGATGGT
* * * ***
10924 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGATTTGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * * *
10989 AAAAATACTCATAAAAAATAGATAATTCAACGGCGAAAATATTCGACGACTTTTCACGCTTCTAA
66 CAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAA
* * * *
11054 TATTGTTTT-CCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAACCGGTTTTTGATGCTCGT
130 TATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGT
* * * * * * *
11118 AAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAGCTAAATATAGTTATTTCGATGAG
195 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* * * * * *
11183 TTTTGGCACAAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGTGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAATATCG
260 TCTTGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCG
11248 TGATGGT
324 TGATGGT
* * * * * * *
11255 TAGTATACGATTTCGACTAAATTTTTACAAAAATTGATCTGAAATATTATTCCTTAATTTTTGGC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * *
11320 CAAAAAAATCATAAAAATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGTAC-AGCTTTTCACGCATCTAA
66 CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGA-CTTTTCACGCTTCTAA
*
11384 TATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTT-TAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGT
130 TATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGT
* ** * *
11448 AAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGGCTCTGA-TTGGTTAGCTAAATAGAGATATTTCTATGAG
195 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* * * * * * * *
11512 TCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCAGGGCCCCTGATCGCGATTTTAGCCAAACACCT
260 TCTTGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCG
11577 TGATGGT
324 TGATGGT
* * * * *
11584 TAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGCCAAAATTGACCCGAAATATGTTTCCTTAATTTTTGAC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * ** *
11649 CAAAATACTCATAAGAATATAGAACTCAATGCCAAAAATATTGGACGTGTTTTCATGCTTCTAAT
66 CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * *
11714 ATCCTTTTCCGTATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTCTATCCAAATCGGTTTATGATGCTCGTA
131 ATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTA
* * *
11779 AAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGCTAAAATTTGGTTAGTTGAATAGAGATATTTCAATGAGT
196 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGT
* * * * *
11844 -TTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCTTTTTTAGCCAAATACCA
261 CTTGGGCA--AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCG
11908 TGATGGT
324 TGATGGT
* ** * * * * *
11915 GCTCGGATACTGGTGAGTTAGGCT-TATTTGGGTCGTGTTATAAATT--CCCTGACTAAGCTTAT
1 --T-AG-TAC--ACGATTTCGGCTAAATTT---T--TG-CAAAAATTGACCC-GA--AA---TAT
** * * * ** ** * * * **
11977 TGACGGTCGAGGTGAAATTTCAGCTTCTGAAT-CTCGGT--TAAT-T-GAATCTC-CCGCCCCAG
48 T---TTTC---CTCAATTTTTGGC--CAAAATACTC-ATAAAAATATATAAT-TCAATG--CCA-
** * * * * * * ** **
12036 GTATCATTTTGAGACGTTTCGTTTATGA-GCCTCTTAA-AACAGGCCTTATTGCTATTGATTC-G
100 --AAAATATTG-GACG--AC-TTT-TCACGCTTC-TAATATC--G--TTTTCCCTATTTTTTCTG
* * * * * * * * * ** * **
12098 -A-TGATCCCTGTAAGTGTGGTCAA-CGAGAA----TTAATTAT-TTGGGATAGTCAGATCGGTA
153 AATTAAT--TTCTAA---T--TCAATCGA-AATCGGTTTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * ** * * * * * **
12155 AA-ACAGCA-GTAGCCACTGATACGATT--CTCAATCAGCAAGGGAAAAATTCAATGTGT-TTAT
210 AATCCA--ATGTGGCTA-AGATTTGGTTAGCTGAAT-AG--A--G-ATATTTCAATGAGTCTTGG
* *** * ** * * * * * ** ** **
12215 GTAGTTATTGGT-CAAAAAGCAT-ATTCTGTGGCACAGGTAATGACAGCTTTACAAGATAGAGGA
266 GCAAAAAATCATGC-AAAA-C-TGAGTC-GGGGCCCCGG-AACG-C-G-TTT-TTAGCCA-AATA
* *
12278 GCGATGGAACACTATTGTGG
321 CCG-T-G------A-TG-GT
* * * * **
12298 TAGTATACGATTTCGCCTAAATTATTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCAC-ATCTTTTTC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAAT-TTTTGG
* * * * * *
12362 CCAAAATACTCATCAAAAATATAAAACTCAATACCAAAAAGATTGGACGGCTTTTCATGCTT-T-
65 CCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTA
* * * * * *
12425 -TA-----AT---T-TTGTTT-T-AAATAATTTCTATTTAAATCGAAATCGGTTTATGATGGTCG
129 ATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCG
* * * *
12478 TAAGAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTCCAATGA
194 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGA
* * * * * *
12543 TTCATGATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAATACC
259 GTCTTG-GGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACC
12608 GT-A----
323 GTGATGGT
* * *
12611 -ACGTACACGATTTTGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCAT-ATTTTTTG
1 TA-GTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC-TCAATTTTTG
* * * * *
12674 GCGAAAATACTCATAAAAAGTAGATAATTCAACGCCAAATATATTGGA-GAGCTTTTCACACTTC
64 GCCAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGA-CTTTTCACGCTTC
* * * * *
12738 TAATATCGTTTTCCAT-TTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTTAATCGAAATCGGTTTCTGATGGT
127 TAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCT
* * * *
12802 CGTAAAAACAAATCCTTGAATCCAATGTGCCTGAGATTTGGTTATCT-AAGTAGAGATATTTCAA
192 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAA-TAGAGATATTTCAA
* * * * *
12866 CGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGGCCGCGGAACCCGTTTTTATCCAAAT
256 TGAGTCTTGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT
12931 ACCGTGATGGT
320 ACCGTGATGGT
* * *
12942 TAGTACACGATTT-GAGCTAATTTTTTGC--AAATTGACCCGAAATAGTTATCCTCAATTTTTAG
1 TAGTACACGATTTCG-GCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-G
* ** * *
13004 TG-AAAAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTC
64 -GCCAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTC
* ** *
13068 TAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAAATCGGTTTCCGATGG
127 TAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCG-AAATCGGTTTATGATGC
* * * *
13133 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTATCTGAGTAGAGATATTTTAA
191 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAA
* * ** * *
13198 TGAGTTTTGCCGCCGAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT
256 TGAGTCTTG-GGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT
**
13263 ATTGTGAT-GT
320 ACCGTGATGGT
* * * * ** *
13273 TAGTACACGATTTCGACTAACTTTTTTG-ATAAAATTTAGCCGAAATATTTTTCAACAACATTTT
1 TAGTACACGATTTCGGCTAA-ATTTTTGCA-AAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTT
* *
13337 GGCCAAAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTC
63 GGCCAAAATACTCA-TAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTC
* * * * * *
13402 TAATATTGTTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATTGGTTTCTGATGCT
127 TAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCT
* * * * *
13467 TGTAAGAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATA-TTCAAT
192 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAAT
* * * * * * *
13531 GAGTGTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTAGGGGCCCCAGAACCCGTTTTTAGACAAATA
257 GAGT-CTTGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATA
13596 -C--------
321 CCGTGATGGT
* *
13597 -A-T----GATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
1 TAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * * * * * *
13656 CAAAATACTCATAAAAATATATACTTCAACGGCAAAAATGTTGGACGGCTTTTCACACTTTTAAC
66 CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAAT
* *
13721 ATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGATTTCTGATGCTCGTA
131 ATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTA
* * * * * * *
13786 AAAACAAACCCTTAAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGATTAGCTAAATGGAGATATTTAAATGAG
196 AAAACAAATCCTT-AAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAG
* * * * **
13851 TCTTGGTGCCATAAATCATACAAAATTGAGTCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
260 TCTTGG-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
13905 AAATTTTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGACTTTTCACGCTTCTAAT
ATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTATGATGCTCGTA
AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGCTGAATAGAGATATTTCAATGAGT
CTTGGGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTG
ATGGT
Found at i:13170 original size:332 final size:325
Alignment explanation
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* * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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1 TAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * * *
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66 GCTGAGATTTGCTTAGCTAA-TAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * *
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130 TTAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT-AT-GTTAGTACACGATTTGA-CTA
* * * *
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192 ATTTTTTGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-G-GCCAAAATACTCATAAAAA-T
* * * *
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254 ATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTT
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319 TCTGAAT
* *
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1 TAATTTCTAATTAAATCG-AAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * * * * *
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* * * **
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129 CTTAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT-ATGTTAGTACACGATTT-GACTA
* * ** * *
13292 ACTTTTTTGATAAAATTTAGCCGAAATATTTTTCAACAACATTTTGGCCAAAATACTCAGAAAAA
192 A-TTTTTTG--AAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTTGGCCAAAATACTCA-TAAAA
* * *
13357 ATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTT
252 ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCTATTT
*
13422 TTTCCGAAT
317 TTTCTGAAT
* * * * *
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1 TAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * *
13496 GTTGAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATA-TTCAATGAGTGTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAA-
66 GCTGAGATTTGCTTAGCT-AATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * * ** *
13559 TTGAGTAGGGGCCCCAGAACCCGTTTTTAGACAAATA-C--ATGATT--T---CG-GCT-A-AAA
130 TT-AGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTATG-TTAGTACACGATTTGACTAA
* *
13613 TTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAT
193 TTTTTTGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAT
* * * * *
13678 ACTTCAACGGCAAAAATGTTGGACGGCTTTTCACACTTTTAACATCGTTTTCCCTATTTTTTCTG
258 AATTCAACGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTG
13743 AAT
323 AAT
* * * * *
13746 TAATTTCTAATTCAATCGAAATCGATTTCTGATGCTCGTAAAAACAAACCCTTAAAATCTAATGT
1 TAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCCAATGT
* * * * * *
13811 GGCTGAGATTTGATTAGCTAAATGGAGATATTTAAATGAGTCTTGGTGCCATAAATCATACAAAA
65 GGCTGAGATTTGCTTAGCT-AATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
**
13876 -TTGAGTCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
129 CTT-AGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
13905 AAATTTTACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
GCTGAGATTTGCTTAGCTAATAGAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT
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TTTGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAAT
TCAACGCCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAAT
Found at i:13869 original size:649 final size:650
Alignment explanation
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12430 TTGTTTTAAA
* * * * *
12440 TAATTTCTATTTAAATCGAAATCGGTTTATGATGGTCGTAAGAATAAATCCTTAAATCCAATGTG
1 TAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * ** * *
12505 GCTAAGATTTGCTTAGCTGAATAGAGATATTCCAATGATTCATGATGCCAAAAATCATGCAAAAC
66 GCTGAGATTTGATTAGCTGAATAGAGATATTTAAATGAGTCTTGATGCC-AAAATCATGCAAAAC
* * * *
12570 TGAGTCGGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTAACGTACACGATTTTGGCTAAATTT
130 TGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTAACGTACACGATTTCGACTAAATTT
** * * *
12635 TTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCATATTTTTTGGCGAAAATACTCATAAAAAGTAGATA
195 TTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCATACATTTTGGCCAAAATACTCAGAAAAAATAGATA
* *
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260 ATTCAACGCCAAAAATATTGGAGAGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAA
* * * *
12765 TTAATTTTTAATTTAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTGAATCCAATGT
325 TTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* *
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* * * ** * ** *
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* **
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514 AATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATAGTTATCCTCAATTTTTAGTGAAAAATACTCATAAAAATT
* * * *
13025 ATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCCTATTTTT
579 ATATAATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTCCCTATTTTT
13090 TCTGAAT
644 TCTGAAT
*
13097 TAATTTCTAATTCAATCGAAAATCGGTTTCCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
1 TAATTTCTAATTCAATCG-AAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * * * **
13162 GGCTGAGATTTGGTTATCTGAGTAGAGATATTTTAATGAGTTTTGCCGCCGAAAATCATGCAAAA
65 GGCTGAGATTTGATTAGCTGAATAGAGATATTTAAATGAGTCTTGATGCC-AAAATCATGCAAAA
* * **
13227 CTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAATATTGTGATGTTA-GTACACGATTTCGACT
129 CTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT-A----ACGTACACGATTTCGACT
* *
13291 AACTTTTTTG-ATAAAATTTAGCC-GAAATATTTTTCAACA-ACATTTTGGCCAAAATACTCAGA
189 AA-ATTTTTGCA-AAAATTGA-CCAGAAATATTTTTC--CATACATTTTGGCCAAAATACTCAGA
* * * * *
13353 AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGGACG-GCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCC
249 AAAAATAGATAATTCAACGCCAAAAATATTGGA-GAGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCA
* * * *
13417 TATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATTGGTTTCTGATGCTTGTAAGAACAAATCC
313 T-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCC
** * * *
13482 TTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGCTTAGCTGAA-TAGAGATA-TTCAATGAGTGTTTGCGCAA
377 TTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGCTTAGCT-AAGTAGAGATATTTCAACGAGTCTTGGCGCAA
13545 AAAATCATGCAAAA-TTGAGTAGGGGCCCCAGAACCCGTTTTTAGACAAATA-C-ATGATT-T-C
441 AAAATCATGCAAAACTT-AGTAGGGGCCCCAGAACCCGTTTTTAGACAAATACCGATGATTATAC
* * *
13605 G-GCT-A-AAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-G-GCCAAAATACT
505 GAGCTGACAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATAGTTATCCTCAATTTTTAGTG-AAAAATACT
* ** * *
13665 CATAAAAA-TATATACTTCAACGGCAAAAATGTTGGACGGCTTTTCACACTTTTAACATCGTTTT
569 CATAAAAATTATATAATTCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTT
13729 CCCTATTTTTTCTGAAT
634 CCCTATTTTTTCTGAAT
* * * *
13746 TAATTTCTAATTCAATCGAAATCGATTTCTGATGCTCGTAAAAACAAACCCTTAAAATCTAATGT
1 TAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTT-AAATCCAATGT
* * * *
13811 GGCTGAGATTTGATTAGCTAAATGGAGATATTTAAATGAGTCTTGGTGCCATAAATCATACAAAA
65 GGCTGAGATTTGATTAGCTGAATAGAGATATTTAAATGAGTCTTGATGCCA-AAATCATGCAAAA
* **
13876 TTGAGTCAAGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
129 CTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
13905 AAATTTTACA
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 99, Indels: 44
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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654 1 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (650 bp):
TAATTTCTAATTCAATCGAAATCGGTTTCTGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
GCTGAGATTTGATTAGCTGAATAGAGATATTTAAATGAGTCTTGATGCCAAAATCATGCAAAACT
GAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTAACGTACACGATTTCGACTAAATTTT
TGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCATACATTTTGGCCAAAATACTCAGAAAAAATAGATAA
TTCAACGCCAAAAATATTGGAGAGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAAT
TAATTTCTAATTAAATCGAAATCGGTTTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
CCTGAGATTTGCTTAGCTAAGTAGAGATATTTCAACGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAAC
TTAGTAGGGGCCCCAGAACCCGTTTTTAGACAAATACCGATGATTATACGAGCTGACAAATTTTG
TAAAAATTGACCCGAAATAGTTATCCTCAATTTTTAGTGAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
TCAACACCAAAAATATTGGACGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAAT
Found at i:21012 original size:41 final size:41
Alignment explanation
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Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
20957 CAACTAATCC
20967 GAAGTCAAGCCGCATTAGACTTCAAGTGAGGGAAAGCTCTG
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*
21008 GAAGTCAAGCCGCATTAGACTTCAAGTGAGTGAAAGCTCTG
1 GAAGTCAAGCCGCATTAGACTTCAAGTGAGGGAAAGCTCTG
21049 G
1 G
21050 TTTTACTGTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
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GAAGTCAAGCCGCATTAGACTTCAAGTGAGGGAAAGCTCTG
Found at i:34933 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 34902--34935 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
34892 GAATTTTGGG
**
34902 AATAATTATTGAATAAT
1 AATAATTATAAAATAAT
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1 AATAATTATAAAATAAT
34936 TATTACTAGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATAAAATAAT
Done.