Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008246.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08267, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23830
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:6795 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6788--6823 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
6778 TCATGTAATC
6788 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT -T AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
6824 AGAGATCATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 32 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:7020 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6963--7020 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
6953 TAGTTTTAAA
**
6963 TTATCAAGTCAAAATTGTAAAT
1 TTATCAAGTCAAAA-TAAAAAT
**
6985 TTAT-AAACCAAAATAAAAATT
1 TTATCAAGTCAAAATAAAAA-T
7006 TTATCAAGTCAAAAT
1 TTATCAAGTCAAAAT
7021 TTTAAATCAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 6, Indels: 4
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.14
21 12 0.43
22 12 0.43
ACGTcount: A:0.52, C:0.10, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TTATCAAGTCAAAATAAAAAT
Found at i:10051 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 9998--10358 Score: 465
Period size: 47 Copynumber: 7.7 Consensus size: 46
9988 ACGAGAGCTC
* * *
9998 TAGTAAATTTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATTTATTT
1 TAGTAAA-TTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTACTT
*
10045 TAGTAAAATTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTTACTT
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAA-TTTACTT
* *
10092 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTTTACTC
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAA-ATTTACTT
* *
10139 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTGCTAATT
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATT--TACTT
* *
10187 TAGCAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTCTACTT
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATT-TACTT
*
10234 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTCAAATTAAAATATTA-TCT
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAAT-TTACT-T
** * *
10281 TAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTTTACTT
1 TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAA-TTTACTT
* *
10328 TAGTAAATTTAGCTT-ACACCAGAAGTTGTCA
1 TAGTAAATTTA-ATTGACACTAGAAGTTGTCA
10359 CAAAGATAAA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 24, Indels: 18
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
46 33 0.12
47 200 0.71
48 48 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (46 bp):
TAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTACTT
Found at i:10250 original size:142 final size:140
Alignment explanation
Indices: 9995--10358 Score: 509
Period size: 142 Copynumber: 2.6 Consensus size: 140
9985 AGCACGAGAG
* * * *
9995 CTCTAGTAAATTTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATTTATTTTAGTAAAATTAATTG
1 CTCTAGTAAA-TTTAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAATTTTAATTTAGTAAATTTAATTG
*
10060 ACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAA
65 ACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTCAAA
* *
10125 TTAAATTTTTA
130 TTAAAATATTA
* * *
10136 CTCTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTGCTAATTTAGCAAATTTAATT
1 CTCTAGTAAATTTAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAATTT--TAATTTAGTAAATTTAATT
10201 GACACTAGAAGTTGTCAAATT-AAATTTCTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTCA
64 GACACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTT-TACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTCA
10265 AATTAAAATATTA
128 AATTAAAATATTA
** * *
10278 -TCTTAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTTTACTTTAGTAAATTTAGCT
1 CTC-TAGTAAATTTAATTGACACAAGAAGTTATCAAATT-AAATTTTAATTTAGTAAATTTA-AT
*
10342 T-ACACCAGAAGTTGTCA
63 TGACACTAGAAGTTGTCA
10359 CAAAGATAAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 17, Indels: 12
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
140 31 0.16
141 47 0.23
142 116 0.58
143 6 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (140 bp):
CTCTAGTAAATTTAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAATTTTAATTTAGTAAATTTAATTGA
CACTAGAAGTTGTCAAATTAAAATTTTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTCAAAT
TAAAATATTA
Found at i:10267 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 10096--10268 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 7.2 Consensus size: 25
10086 TTACTTTAGT
10096 AAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTC
1 AAATTTAATTGACACTAGAAG-TGTC
* *** **
10122 AAATTAAATTTTTACT-CTA--GT-
1 AAATTTAATTGACACTAGAAGTGTC
10143 AAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTC
1 AAATTTAATTGACACTAGAAG-TGTC
* **
10169 AAATTAAATTTG---CTA-ATTTAG-C
1 AAATTTAA-TTGACACTAGAAGT-GTC
10191 AAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTC
1 AAATTTAATTGACACTAGAAG-TGTC
* * **
10217 AAATTAAATT-TCTACT-TTA--GT-
1 AAATTTAATTGAC-ACTAGAAGTGTC
10238 AAATTTAATTGACACTAGAAGCTGTC
1 AAATTTAATTGACACTAGAAG-TGTC
10264 AAATT
1 AAATT
10269 AAAATATTAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 26, Indels: 40
0.60 0.16 0.24
Matches are distributed among these distances:
21 27 0.27
22 16 0.16
23 2 0.02
24 6 0.06
25 9 0.09
26 38 0.38
27 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (25 bp):
AAATTTAATTGACACTAGAAGTGTC
Found at i:10326 original size:189 final size:188
Alignment explanation
Indices: 10006--10358 Score: 530
Period size: 189 Copynumber: 1.9 Consensus size: 188
9996 TCTAGTAAAT
* *
10006 TTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATTTATTTTAGTAAAATTAATTGACACTAGAAGT
1 TTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATTTACTTTAGTAAAATTAATTGACACTAGAAGC
* ** * * *
10071 TGTCAAATTAAAATTTTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTTTA
66 TGTCAAATTAAAATATTACTTTAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTTTA
*
10136 CTCTAGTAAATTTA-ATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTGCTAATTTAGCAAA
131 CTCTAGTAAATTTAGATT-ACACCAGAAGTTGTCAAATTAAATTTGCTAATTTAGCAAA
* * * *
10194 TTTAATTGACACTAGAAGTTGTCAAATTAAATTTCTACTTTAGTAAATTTAATTGACACTAGAAG
1 TTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATT-TACTTTAGTAAAATTAATTGACACTAGAAG
10259 CTGTCAAATTAAAATATTA-TCTTAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTT
65 CTGTCAAATTAAAATATTACT-TTAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTT
* *
10323 TACTTTAGTAAATTTAGCTTACACCAGAAGTTGTCA
129 TACTCTAGTAAATTTAGATTACACCAGAAGTTGTCA
10359 CAAAGATAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 15, Indels: 5
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
188 32 0.22
189 113 0.77
190 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (188 bp):
TTTAATTGACACCAGAAGTTATCAAATTAAAATTTACTTTAGTAAAATTAATTGACACTAGAAGC
TGTCAAATTAAAATATTACTTTAGTAAACATAATTGACACAAGAAGTTATCAAATTAAAATTTTA
CTCTAGTAAATTTAGATTACACCAGAAGTTGTCAAATTAAATTTGCTAATTTAGCAAA
Found at i:16018 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15995--16034 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
15985 AGAGAGATAG
*
15995 AAAGAAGAAAGCAGAA-AA
1 AAAGAAGAAAGAAGAAGAA
16013 AAAGAAGAAAGAAGAAGAA
1 AAAGAAGAAAGAAGAAGAA
16032 AAA
1 AAA
16035 AGAGTCGAGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.75
19 5 0.25
ACGTcount: A:0.75, C:0.03, G:0.23, T:0.00
Consensus pattern (19 bp):
AAAGAAGAAAGAAGAAGAA
Found at i:16027 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 15996--16037 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 4.4 Consensus size: 10
15986 GAGAGATAGA
15996 AAGAAGAAAG
1 AAGAAGAAAG
*
16006 CAGAA-AAA-
1 AAGAAGAAAG
16014 AAGAAGAAAG
1 AAGAAGAAAG
*
16024 AAGAAGAAAA
1 AAGAAGAAAG
16034 AAGA
1 AAGA
16038 GTCGAGAGAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 4
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.15
9 6 0.22
10 17 0.63
ACGTcount: A:0.74, C:0.02, G:0.24, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAGAAGAAAG
Done.