Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008343.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08364, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5646
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Found at i:3452 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3430--3465 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
3420 TATAATAAAC
3430 AAAACATTTAGAAAATT
1 AAAACATTTAGAAAATT
3447 AAAACATTTAGAAAATT
1 AAAACATTTAGAAAATT
3464 AA
1 AA
3466 CTATTGACAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 19 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.06, G:0.06, T:0.28
Consensus pattern (17 bp):
AAAACATTTAGAAAATT
Found at i:3785 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 3729--3792 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
3719 ATATTGATGA
3729 AAGGTTACTAAAATTTCTAAGAATGC
1 AAGGTTACTAAAATTTCTAAGAATGC
* *
3755 AAGGTCACTAAAACTTTC-AAGAATGT
1 AAGGTTACTAAAA-TTTCTAAGAATGC
*
3781 GAGGTTACTAAA
1 AAGGTTACTAAA
3793 TTTATGCAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 29 0.88
27 4 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
AAGGTTACTAAAATTTCTAAGAATGC
Found at i:4998 original size:536 final size:519
Alignment explanation
Indices: 3986--5116 Score: 1404
Period size: 536 Copynumber: 2.2 Consensus size: 519
3976 TTGTTGAATA
* * *
3986 TATTATATACAAAAAATTATAAAATACACTGTAAGTGGAGTTTAGTAAACTATTCATGCAGGGTT
1 TATTATATACAAAAAATTATAAAATACACTGTAAATGGAGTTTAGCAAACTATCCATGCAGGGTT
** *
4051 AAAGGATTGACATGTATTTCCTTAGGGAGTTTTGAATATTAAGGTTTAGACTTTAGGATTGAACT
66 AAAGGATTGACATGTATCCCCTTAGGGAGTTTTGAATATTAAGATTTAGACTTTAGGATTGAAC-
* *
4116 ATACAAAGTAAAATGTATGTTTGAATATTACAACAATTAAATTAATAAAAGAACTAAATGAACCA
130 ATACAAAGTAAAATGTACGTTTGAATATTACAACAATTAAATTAATAAAACAACTAAATGAACCA
* *
4181 TTAATAAGGTTACTGAAATGCTTAATAAACTTACCAAAGTCACTTAAAAAAATACTTAATATAAT
195 TTAATAAGATTACTGAAATACTTAATAAACTTACCAAAGTCACTTAAAAAAATACTTAATATAAT
4246 ATCTCAAGAACTTATAAGTTTAATGAAAGTTTAATAAGTTACTAAAATACTTTATACAACTACAA
260 ATCTCAAGAACTTATAAGTTTAATGAAAGTTTAATAAGTTACTAAAATACTTTATACAACTACAA
* *
4311 AGTTGCTTAATAAAGCTAGATAAGTTTACTAAGAAACTTAATGAAAATATTAAACTTGCTTGATA
325 AGTTGCTTAATAAAGC---ATAAG--TAC-AAGAAACTT-AT--AAATATTAAACGTGCTAGATA
*
4376 AAAATTTTACAACAAAAATATATATAGTTACTAAAACCCTCATTAAAGTTTCCAAATAAATAAAT
381 AAAATTTTACAAAAAAAATATATATAGTTACTAAAACCCTC-----A-TTTCCAAATAAATAAAT
4441 TAAGTTATTAAAAATCTTATAAGTTTTTTCCCATATAATATTATAAAAAAATCATAATAAAGTAC
440 TAAGTTATTAAAAATCTTATAAGTTTTTTCCCATATAATATTATAAAAAAATCATAATAAAGTAC
4506 TTTTTTTTTTCAATC
505 TTTTTTTTTTCAATC
** * * * *
4521 TATTATATATGAAAAATTATAAAATACACTGTAAATGTAGTTTAGCAGATTGTCCATGCAGGGTT
1 TATTATATACAAAAAATTATAAAATACACTGTAAATGGAGTTTAGCAAACTATCCATGCAGGGTT
* * * * *
4586 AAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATTTTTGAATATTAAGATTTGGACTTTAGGATTGA
66 AAAGGATTGACATGTATCCCCTTAG-G--GAGTTTTGAATATTAAGATTTAGACTTTAGGATTGA
* *
4651 AC-TACAAAGTAACATGTACGTTTGAATATTACAACAATTAAATTAATAAAACAACTAAATGAAT
128 ACATACAAAGTAAAATGTACGTTTGAATATTACAACAATTAAATTAATAAAACAACTAAATGAAC
* ** * *
4715 CATTAATAAGATTACTGAAATACTTAATAAACTTACTAAAGTCACTTTTAAAAATACTTAATGTG
193 CATTAATAAGATTACTGAAATACTTAATAAACTTACCAAAGTCACTTAAAAAAATACTTAATATA
4780 ATATCTCAAGAACTTATAAGGTTAATAAGGTTAATGAAAGTTTAATAAGTTACTAAAATACTTTA
258 ATATCTCAAGAACTTATAA-G----T----TTAATGAAAGTTTAATAAGTTACTAAAATACTTTA
4845 TACAACTACTAAA-TTGCTTAATAAAGC-TAAG-A-AA-AAA-TT-T-AATATTAAACGTGACTA
314 TACAACTAC-AAAGTTGCTTAATAAAGCATAAGTACAAGAAACTTATAAATATTAAACGTG-CTA
4902 G-TAAAAATTTTACAAAAAAAAT-TATATA-TTAACTAAAA-CC-C-TTTCCAAATAAATAAGAT
377 GATAAAAATTTTACAAAAAAAATATATATAGTT-ACTAAAACCCTCATTTCCAAATAAATAA-AT
* * *
4961 TAAGTTATTAAAAATCTTATAAGTTTTTTCCCTTATAATATTAT-AAAAAATCTTAATAATGTAC
440 TAAGTTATTAAAAATCTTATAAGTTTTTTCCCATATAATATTATAAAAAAATCATAATAAAGTAC
*
5025 --TTTTCTTT-AATC
505 TTTTTTTTTTCAATC
* * * * * * *
5037 TATTATATATATGAAAAATTATAATATATA-TGTAAGTGAAGTTTAGCAGACTA-CACCTGCAGG
1 TATTATATACA--AAAAATTATAAAATACACTGTAAATGGAGTTTAGCAAACTATC-CATGCAGG
* *
5100 GTTTAAGGGTTGACATG
63 GTTAAAGGATTGACATG
5117 GTTTCCCTTA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 44, Indels: 56
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
516 15 0.03
517 49 0.09
518 15 0.03
519 33 0.06
520 45 0.08
526 1 0.00
527 4 0.01
528 13 0.02
529 32 0.06
530 3 0.01
532 1 0.00
534 2 0.00
535 80 0.15
536 138 0.26
537 1 0.00
538 35 0.07
541 5 0.01
545 58 0.11
546 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (519 bp):
TATTATATACAAAAAATTATAAAATACACTGTAAATGGAGTTTAGCAAACTATCCATGCAGGGTT
AAAGGATTGACATGTATCCCCTTAGGGAGTTTTGAATATTAAGATTTAGACTTTAGGATTGAACA
TACAAAGTAAAATGTACGTTTGAATATTACAACAATTAAATTAATAAAACAACTAAATGAACCAT
TAATAAGATTACTGAAATACTTAATAAACTTACCAAAGTCACTTAAAAAAATACTTAATATAATA
TCTCAAGAACTTATAAGTTTAATGAAAGTTTAATAAGTTACTAAAATACTTTATACAACTACAAA
GTTGCTTAATAAAGCATAAGTACAAGAAACTTATAAATATTAAACGTGCTAGATAAAAATTTTAC
AAAAAAAATATATATAGTTACTAAAACCCTCATTTCCAAATAAATAAATTAAGTTATTAAAAATC
TTATAAGTTTTTTCCCATATAATATTATAAAAAAATCATAATAAAGTACTTTTTTTTTTCAATC
Found at i:5387 original size:198 final size:196
Alignment explanation
Indices: 5078--5646 Score: 750
Period size: 198 Copynumber: 2.9 Consensus size: 196
5068 GTAAGTGAAG
* * * * *
5078 TTTAGCAGACTACACCTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGGTTTCCCTTAGGAAAAATGTATTAAT
1 TTTAGCATACTACACGTGCAGGG-TTAAGGGTTGACAT-GTGTCCCATAGGGAAAATGTATT-AT
* *
5143 ATTATATATTTAATTAATGATGAAATTAGATATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATAGAGTCCA
63 ATTATATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATAGAGTCCA
* * *
5208 AAATTTACACTGACAGCGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCGGT
128 AAATTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATAATATAATACACCGTCAGT
*
5273 GGAT
193 AGAT
* *
5277 TTTAGCATACTACACGTGCAGGGTATAA-GGTTGACATGTGTCCCCTAGGGGAAGATGTATTGAT
1 TTTAGCATACTACACGTGCAGGGT-TAAGGGTTGACATGTGTCCCATA-GGGAAAATGTATT-AT
* * * * * * * **
5341 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGCATCTGTCAACTTCTTAACCTGTTTATGGAGTTGA
63 ATTATATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATAGAGTCCA
* *
5406 AATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATAATATAATACACCGTCAGT
128 AAATTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATAATATAATACACCGTCAGT
5471 AGAT
193 AGAT
* * * *
5475 TTTAGCATACTGCACGTGCAGGGTTAAGGGTTGATATGTGTCCCATAAGAGAATATGTA--ATAT
1 TTTAGCATACTACACGTGCAGGGTTAAGGGTTGACATGTGTCCCAT-AGGGAAAATGTATTATAT
5538 TATATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACAC-GCTTATAGAGTCCAA
65 TATATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAAC-CTGCTTATAGAGTCCAA
* * *
5602 AATTTTACACTGATAGTGTGTTGTATAATAATTCTATAAGGAAAA
129 AA-TTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAA
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 43, Indels: 15
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
195 58 0.18
196 39 0.12
197 11 0.03
198 188 0.59
199 25 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (196 bp):
TTTAGCATACTACACGTGCAGGGTTAAGGGTTGACATGTGTCCCATAGGGAAAATGTATTATATT
ATATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATAGAGTCCAAAA
TTTACACTGACAGTGTGTTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATAATATAATACACCGTCAGTAGA
T
Done.