Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01008374.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08395, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2179
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.15, T:0.34


Found at i:1523 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1477--2055  Score: 860
    Period size: 35  Copynumber: 16.5  Consensus size: 35

       1467 TTCTTACTAA

                                         *    * 
       1477 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAATT

                                     *     *    *
       1512 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACT-CATTAACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-TGAA-TT

                                   *           
       1547 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                            * *
       1582 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                     *    *        *           
       1617 ACTTAATTATCCTGGATTAAGTTAATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                   *           
       1652 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                            * *
       1687 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                     *    *        *           
       1722 ACTTAATTATCCTGGATTAAGTTAATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                       *                       
       1757 ACTTAATTACCGTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                              *
       1792 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                               
       1827 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                            * *
       1862 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                         *                     
       1897 ACTTAATTACCCTTAATTAAGTTGATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                            * *
       1932 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                                               
       1967 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

                       *                       *
       2002 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACT-AACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA-TT

                               
       2037 ACTTAATTACCCTGAATTA
          1 ACTTAATTACCCTGAATTA

       2056 CTTAATTACC


Statistics
Matches: 493,  Mismatches: 46, Indels: 10
        0.90            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
  34    6  0.01
  35  481  0.98
  36    5  0.01
  37    1  0.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.10, T:0.39


Consensus pattern (35 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT

Done.