Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008427.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08448, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26833
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.20, T:0.32
Found at i:2453 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2417--2479 Score: 101
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
2407 TCGCACGGGA
*
2417 CATCGCAC-GAGCCATCTGGCCACAACCGGC
1 CATCGCACGGA-CCATCCGGCCACAACCGGC
2447 CATCGCACGGACCATCCGGCCACAACCGGC
1 CATCGCACGGACCATCCGGCCACAACCGGC
2477 CAT
1 CAT
2480 TCGATCCATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 29 0.94
31 2 0.06
ACGTcount: A:0.24, C:0.44, G:0.22, T:0.10
Consensus pattern (30 bp):
CATCGCACGGACCATCCGGCCACAACCGGC
Found at i:8522 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8488--8563 Score: 89
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 29
8478 TCGCACGGGA
*
8488 CATCGCACGAGCCATCCAGCCGCAACCGAC
1 CATCGCACG-GCCATCCAGCCACAACCGAC
* *
8518 CATCGCACGGACCATCCGGCCACAACCGGC
1 CATCGCACGG-CCATCCAGCCACAACCGAC
*
8548 CATCGTACGGGCCATC
1 CATCGCAC-GGCCATC
8564 GCACGGACCA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 37 0.93
31 2 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.45, G:0.22, T:0.09
Consensus pattern (29 bp):
CATCGCACGGCCATCCAGCCACAACCGAC
Found at i:11629 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 11620--11652 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
11610 AAAGCAAAGC
*
11620 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCC AAATCT AAA
1 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
11653 GCAGATTATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 25 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.18, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (6 bp):
AAATCT
Found at i:11664 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 11649--11693 Score: 74
Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
11639 AATCCAAATC
11649 TAAAGCAGATT-A
1 TAAAGCAGATTAA
*
11661 TAAAGCAAATTAA
1 TAAAGCAGATTAA
11674 TAAAGCAGATTAA
1 TAAAGCAGATTAA
11687 TAAAGCA
1 TAAAGCA
11694 AACAATAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.33
13 20 0.67
ACGTcount: A:0.56, C:0.09, G:0.13, T:0.22
Consensus pattern (13 bp):
TAAAGCAGATTAA
Found at i:11700 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11649--11701 Score: 81
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
11639 AATCCAAATC
*
11649 TAAAGCAGATTATAAAGCAAATTAA
1 TAAAGCAGATTATAAAGCAAATCAA
11674 TAAAGCAGATTAATAAAGCAAA-CAA
1 TAAAGCAGATT-ATAAAGCAAATCAA
11699 TAA
1 TAA
11702 TTAAAAAGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 16 0.62
26 10 0.38
ACGTcount: A:0.58, C:0.09, G:0.11, T:0.21
Consensus pattern (25 bp):
TAAAGCAGATTATAAAGCAAATCAA
Found at i:17293 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 17200--17330 Score: 134
Period size: 30 Copynumber: 4.3 Consensus size: 31
17190 CGGCCACTTG
17200 ACCGGCCATCGCAT-GG-A-CCAACCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCATGGGCATCC--CCGGCCACA
17230 ACCGGCCATCGCAT-GG-A-CCAACCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCATGGGCATCC--CCGGCCACA
17260 ACCGGCCATCGCATGGGGCATCGCCCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCAT-GGGCATC-CCCGGCCACA
*
17293 ACCGGCCATCGCATTGGGCATCCGC-G-CACA
1 ACCGGCCATCGCA-TGGGCATCCCCGGCCACA
17323 ACCGGCCA
1 ACCGGCCA
17331 ATGGATCCTT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 1, Indels: 12
0.88 0.01 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 56 0.60
31 1 0.01
32 4 0.04
33 30 0.32
34 2 0.02
35 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.43, G:0.26, T:0.08
Consensus pattern (31 bp):
ACCGGCCATCGCATGGGCATCCCCGGCCACA
Found at i:17330 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 17200--17306 Score: 160
Period size: 30 Copynumber: 3.5 Consensus size: 30
17190 CGGCCACTTG
17200 ACCGGCCATCGCATGGACCAACCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCATGGACCAACCGGCCACA
17230 ACCGGCCATCGCATGGACCAACCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCATGGACCAACCGGCCACA
* **
17260 ACCGGCCATCGCATGGGGCATCGCCCGGCCACA
1 ACCGGCCATCGCAT--GG-ACCAACCGGCCACA
17293 ACCGGCCATCGCAT
1 ACCGGCCATCGCAT
17307 TGGGCATCCG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 3, Indels: 3
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
30 44 0.62
32 2 0.03
33 25 0.35
ACGTcount: A:0.23, C:0.43, G:0.25, T:0.08
Consensus pattern (30 bp):
ACCGGCCATCGCATGGACCAACCGGCCACA
Found at i:21199 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 21079--21204 Score: 108
Period size: 36 Copynumber: 3.5 Consensus size: 36
21069 CGCTACGTCA
** * * * *
21079 ACCCTGAATTAAGTTCTTCATTGACCCGAATTAAAT
1 ACCCTGAATTAAGCCCTTTATTGACCCTACTTAATT
*** * ** *
21115 ACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTACATAATT
1 ACCCTGAATTAAGCCCTTTATTGACCCTACTTAATT
* *
21151 ACCCTAAATTAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAATT
1 ACCCTGAATTAAGCCCTTTATTGACCCTACTTAATT
21187 ACCCTGAATTAAGTCCCT
1 ACCCTGAATTAAG-CCCT
21205 GACTTGACTT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 18, Indels: 1
0.79 0.20 0.01
Matches are distributed among these distances:
36 67 0.94
37 4 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (36 bp):
ACCCTGAATTAAGCCCTTTATTGACCCTACTTAATT
Found at i:21220 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 21172--21250 Score: 124
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 32
21162 AGCCCTTTAT
*
21172 TGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC
1 TGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC
*
21204 TGACT-TGACTTAATTACCCTGAGTTAAGTCCC
1 TGACTCT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC
21236 TGACTCTACTTAATT
1 TGACTCTACTTAATT
21251 TCCTTCCCTG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.02
32 41 0.95
33 1 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (32 bp):
TGACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCC
Found at i:21269 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 21188--21347 Score: 93
Period size: 37 Copynumber: 4.4 Consensus size: 37
21178 TACTTAATTA
*
21188 CCCTG-AATTAAGTCCCTGACT-TGACTTAA--T--TA
1 CCCTGAAATTAAGTCCCTGACTCT-ACTTAATTTCCTT
*
21220 CCCTG-AGTTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTTCCTT
1 CCCTGAAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTTCCTT
* * ** *
21256 CCCTGAAATTAAGTGCTTTTC-CTTACCTAATTTCCTT
1 CCCTGAAATTAAGTCCCTGACTC-TACTTAATTTCCTT
* * * * *
21293 CCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTTACTTAATTTCCTT
1 CCCTGAAATT-A--A-GTCCCTGACTCTACTTAATTTCCTT
*
21334 CCTTGAAATTAAGT
1 CCCTGAAATTAAGT
21348 TTGTGCTTTA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 12, Indels: 19
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
32 26 0.25
33 1 0.01
34 1 0.01
36 7 0.07
37 34 0.33
38 2 0.02
40 2 0.02
41 31 0.30
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
CCCTGAAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTTCCTT
Found at i:21313 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 21246--21601 Score: 551
Period size: 41 Copynumber: 8.8 Consensus size: 41
21236 TGACTCTACT
* * *
21246 TAATTTCCTTCCCTGAAATTAA----GTGCTTTTCCTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* *
21283 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* * *
21324 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTTAATTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
*
21365 TAATTTCCTTCGTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* *
21406 TAATTTCCTACCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
*
21447 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTATGCTCTT-CTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT-TTACTTTACC
*
21488 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
21529 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
21570 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT
21602 GTCTGTTTTT
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 19, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
37 21 0.07
40 2 0.01
41 269 0.91
42 2 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (41 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
Found at i:21660 original size:123 final size:118
Alignment explanation
Indices: 21254--21656 Score: 433
Period size: 123 Copynumber: 3.3 Consensus size: 118
21244 CTTAATTTCC
* *
21254 TTCCCTGAAATTAAGTGCTTTTC-C--TTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTT
1 TTCCTTGAAATTAAGT-CTTTTCTCTTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT
* *
21316 ACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTT-TAATTTACTTAAT
65 ACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTCTTATTTACTTAAT
* * * *
21369 TTCCTTCGTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTACCTTGAAATTAAGTCTGT
1 TT-C--C-TTGAAATTAAGTCTTTTCTCT--TTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGT
* * *
21434 GCTTTACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTATGC-TCTTCTTTACCTAATTT
60 GCTTTACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTCTTATTTACTTAA--T
* *
21494 CCTTCCTTGAAATTAAGT-TTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
1 --TTCCTTGAAATTAAGTCTT-TTCTCT--TTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
* *
21558 CTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTGTTTTTACTTAAT
61 CTTTACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC-T-TCT-TATTTACTTAAT
* *
21619 TTCCATG-AATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTTTT-CT-CTTTTACCTAATTT
21657 TCCTGAATTA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 21, Indels: 37
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
115 2 0.01
116 1 0.00
118 5 0.02
119 11 0.04
122 22 0.09
123 185 0.76
124 2 0.01
125 2 0.01
126 4 0.02
127 11 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (118 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTTTTCTCTTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTA
CTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTCTTATTTACTTAAT
Found at i:21676 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 21608--22991 Score: 513
Period size: 37 Copynumber: 36.9 Consensus size: 37
21598 GCTTGTCTGT
* *
21608 TTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGT-CTTTTACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *
21644 TTTTACTTAATTTTCCTGAATTAACTCATTTTACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * ** *
21681 TTTAACTTAATTACCGTGAATTAAGTCCTTTAGTTGT
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
*
21718 TTTTACTTAATTTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
21755 TTTTACATAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
21792 TGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* *
21829 TTTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
21866 TGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* *
21903 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCCCTTTAATTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
21940 TTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCCCTTT-ATTG-
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * * *
21975 TTTTACTTAATCT-CTTGTTAGATTAAGTTCTTT-ATTGA
1 TTTTACTTAATTTCCCTG--A-ATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *
22013 TTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT-ATTGAC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTG-C
*** * * * *
22050 -CCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTT-ATTGGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACT-GC
* * * *
22086 -TTTACATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAAC-GC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC--T-TTAACTGC
*
22124 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC-----CTGAC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTG-C
* * * *
22154 -TTGACTTAATTACCTTGAATTAAGTCC-CTAACT-C
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *** *
22188 TACTAAATTTGCTTCCCTGAAATTAAGTGCTTT---T-C
1 T-TTTACTTAATTTCCCTG-AATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *** *
22223 -TTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGT-ATGTTCTTTAC
1 TTTTACTTAATTT-C--CC-T-GAATTAAGTCCT-TTAACTGC
* * *
22264 -ATTACTTAATTTTCTTCCTTGAAATTAAGT--TTGT-GCT-T
1 TTTTACTTAA-TTTC--CC-TG-AATTAAGTCCTT-TAACTGC
* * * * *
22302 TACTTTACTTAATTTTCTTCCTTCAAATTTAGT-CTGT-GCT-T
1 T--TTTACTTAA-TTTC--CC-T-GAATTAAGTCCTTTAACTGC
*
22343 TACTTTACCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGT-C--T-A-TGC
1 T--TTTACTTAATTT-C--CC-TG-AATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *
22382 TTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT-ATGT-GCT-T
1 -TT---TTACTTAATTT-C--CC-TG-AATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *
22425 TACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT-CTGT-GCT-T
1 T--TTTACTTAATTT-C--CC-TG-AATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22466 TACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT--TTGT-TCT-T
1 T--TTTACTTAATTT-C--CC-TG-AATTAAGTCCTT-TAACTGC
* * ** **
22507 TTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTGCTTGTCTAT
1 TT--TTACTTAATTT-C--CC-TG-AATTAAGTC-CT--TTAACTGC
* *
22554 TTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGT-CTTTTACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22590 TTTTACTTAATTTTCCTGAATTAAGTCATTTTACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22627 TTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTAGCTGT
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
*
22664 TTTTACTTAATTTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22701 TTTGACCTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGAA-TGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTT-AACTGC
* * *
22738 TGTTACTT-ATATACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGC
1 TTTTACTTAAT-TTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22775 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGA
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * * *
22812 TGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAATTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22849 TTTTATTTAATTTCCCTGAATTAAGCCCTTTAATTGC
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
* *
22886 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAG-CTCTTTTATTG-
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC-CTTTAACTGC
* ** * * * *
22922 TTTTACTTAATCTCTTTTTAGATTAAGTTCTTT-ATTGA
1 TTTTACTTAATTTC-CCTGA-ATTAAGTCCTTTAACTGC
* * *
22960 TTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTA
1 TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTA
22992 TTGATCCGAC
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 169, Indels: 149
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 1 0.00
29 1 0.00
30 1 0.00
32 23 0.02
33 5 0.00
34 4 0.00
35 14 0.01
36 188 0.17
37 562 0.51
38 42 0.04
39 9 0.01
40 17 0.02
41 208 0.19
42 6 0.01
43 1 0.00
44 4 0.00
45 11 0.01
46 4 0.00
47 3 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (37 bp):
TTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGC
Found at i:21685 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21635--21692 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
21625 GAATTAAGTC
*
21635 TTTTACTGCTTTTACTTAA
1 TTTTACTGCTTTAAC-TAA
* ** *
21654 TTTTCCTGAATTAACTCA
1 TTTTACTGCTTTAACTAA
21672 TTTTACTGCTTTAACTTAA
1 TTTTACTGCTTTAAC-TAA
21691 TT
1 TT
21693 ACCGTGAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 9, Indels: 2
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.48
19 15 0.52
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.05, T:0.53
Consensus pattern (18 bp):
TTTTACTGCTTTAACTAA
Found at i:22097 original size:72 final size:72
Alignment explanation
Indices: 21996--22144 Score: 201
Period size: 72 Copynumber: 2.1 Consensus size: 72
21986 CTCTTGTTAG
* * * ** *
21996 ATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATT
1 ATTAAATTCTTTATTGATTCTACATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAACCCGACTTAATT
22061 ACCCTGA
66 ACCCTGA
* * *
22068 ATTAAATTCTTTATTGGCTT-TACATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAACGCTACTTAAT
1 ATTAAATTCTTTATT-GATTCTACATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAACCCGACTTAAT
22132 TACCCTGA
65 TACCCTGA
22140 ATTAA
1 ATTAA
22145 GTCCCTGACT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 2
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
72 64 0.96
73 3 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (72 bp):
ATTAAATTCTTTATTGATTCTACATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAACCCGACTTAATT
ACCCTGA
Found at i:22281 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 22214--22547 Score: 461
Period size: 41 Copynumber: 8.1 Consensus size: 41
22204 CTGAAATTAA
* * *
22214 GTGCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGTAT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
* * * * *
22255 GTTCTTTACATTACTTAATTTTCTTCCTTGAAATTAAGTTT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
* * * *
22296 GTGCTTTACTTTACTTAATTTTCTTCCTTCAAATTTAGTCT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
* *
22337 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGTCT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
* * * *
22378 ATGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTAT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
22419 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
*
22460 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTT
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
* * * *
22501 GTTCTTTTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCA
1 GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
22542 GTGCTT
1 GTGCTT
22548 GTCTATTTTT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 35, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 258 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (41 bp):
GTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCT
Found at i:22910 original size:946 final size:947
Alignment explanation
Indices: 21079--23074 Score: 3476
Period size: 946 Copynumber: 2.1 Consensus size: 947
21069 CGCTACGTCA
* * *
21079 ACCCTGAATTAAGTTCTTCATTGACCCGAATTAAATACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
1 ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
* *
21144 CATAATTACCCTAAATTAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
66 CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
* * *
21209 TGACTTAATTACCCTGAGTTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTGCTT
131 TGACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTAACTCTACTAAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTGCTT
* *
21274 TTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTTACTTAATTTCCTTCCTTG
196 TTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGTATGTGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTG
* *
21339 AAATTAAGTTTGTGCTTTAATTTACTTAATTTCCTTCGTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTA
261 AAATTAAGTTTGTGCTTTAATTTACTTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTA
* * *
21404 CCTAATTTCCTACCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAA
326 CCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGTCTATGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAA
* *
21469 GTCTATGCTCTTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTTACTTTACCTAATT
391 GTATATGCTCTTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATT
* *
21534 TCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG
456 TCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTG
*
21599 CTTGTCTGTTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCCTGAA
521 CTTGTCTATTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCCTGAA
* *
21664 TTAACTCATTTTACTGCTTTAACTTAATTACCGTGAATTAAGTCCTTTAGTTGTTTTTACTTAAT
586 TTAACTCATTTTACTGCTTTAACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAGCTGTTTTTACTTAAT
* *
21729 TTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGCTTTTACATAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGCTG
651 TTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGCTTTGACATAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGAATGCTG
*
21794 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTATTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTT
716 TTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTT
*
21859 TAACTGCTGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAAT
781 TAACTGATGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAAT
21924 TAAGCCCTTTAATTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGC-CCTTTATTGTTTTACTTAATCT
846 TAAGCCCTTTAATTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCTCCTTTATTGTTTTACTTAATCT
21988 CTTGTTAGATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATT
911 CTTGTTAGATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATT
22025 ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
1 ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
*
22090 CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTAACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
66 CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
* *
22155 TGACTTAATTACCTTGAATTAAGTCCCTAACTCTACTAAATTTGCTTCCCTGAAATTAAGTGCTT
131 TGACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTAACTCTACTAAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTGCTT
* * *
22220 TTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGTATGTTCTTTACATTACTTAATTTTCTTCCTTG
196 TTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGTATGTGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTG
* * *
22285 AAATTAAGTTTGTGCTTTACTTTACTTAATTTTCTTCCTTCAAATTTAGTCTGTGCTTTACTTTA
261 AAATTAAGTTTGTGCTTTAATTTACTTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTA
22350 CCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGTCTATGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAA
326 CCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGTCTATGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAA
*
22415 GTATGTGCT-TTACTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAAT
391 GTATATGCTCTT-CTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAAT
* * *
22479 TTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTTCTTTTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
455 TTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
22544 GCTTGTCTATTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCCTGA
520 GCTTGTCTATTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCCTGA
* * *
22609 ATTAAGTCATTTTACTGCTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTAGCTGTTTTTACTTAA
585 ATTAACTCATTTTACTGCTTTAACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAGCTGTTTTTACTTAA
*
22674 TTTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGCTTTGACCTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGAATGCT
650 TTTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGCTTTGACATAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGAATGCT
22739 GTTACTT-ATATACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
715 GTTACTTAAT-TACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
* * *
22803 TTTGACTGATGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAATTGCTTTTATTTAATTTCCCTGA
779 TTTAACTGATGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGA
* *
22868 ATTAAGCCCTTTAATTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTCTTTTATTGTTTTACTTAAT
844 ATTAAGCCCTTTAATTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCTCCTTTATTGTTTTACTTAAT
*
22933 CTCTTTTTAGATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATT
909 CTCTTGTTAGATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATT
* * **
22972 ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGATCCGACCTAATTAAACTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
1 ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
23037 CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTGACGCTACT
66 CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTGACGCTACT
23075 AGGTTCAATG
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 54, Indels: 5
0.94 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
945 4 0.00
946 834 0.84
947 155 0.16
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (947 bp):
ACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACCCGACTTAATTACCCTGAATTAAATTCTTTATTGGCTTTA
CATAATTACCCTGAATGAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTGACT
TGACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTAACTCTACTAAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTGCTT
TTCCTTACCTAATTTCCTTCCTTAAAATTAAGTATGTGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTG
AAATTAAGTTTGTGCTTTAATTTACTTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTA
CCTAATTTCCTACCATGAAATTAAGTCTATGCTTTACATTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAA
GTATATGCTCTTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACCTAATT
TCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACCTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTG
CTTGTCTATTTTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCTTTTACTGCTTTTACTTAATTTTCCTGAA
TTAACTCATTTTACTGCTTTAACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAGCTGTTTTTACTTAAT
TTCCCTGAATCAAGTCCTTTAACTGCTTTGACATAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTGAATGCTG
TTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTT
TAACTGATGTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAAT
TAAGCCCTTTAATTGCTTTTACTTAATTTCCCTAAATTAAGCTCCTTTATTGTTTTACTTAATCT
CTTGTTAGATTAAGTTCTTTATTGATTCTACTTAATT
Done.