Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008478.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08499, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4577
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.21, T:0.33
Found at i:1588 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1549--2019 Score: 566
Period size: 35 Copynumber: 13.4 Consensus size: 35
1539 AGAAATTTAG
*
1549 TTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
*
1584 TTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAA
*
1615 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTC---AGTAATCAACTTAA
* * *
1653 TTCAGGGTAGTTAAGCAAATCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
*
1688 TTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1723 TTC-GGTGTAATTAAGTCAGTAAGTAAT----TTAA
1 TTCAGG-GTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
1754 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAA
* * *
1792 TTCAGGGTAATTAAGCAAATCCGTAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGT-C--AGTAATCAACTTAA
* * *
1830 TTCAGGGTAATTAAGCAAATCAATAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
*
1865 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1900 TTCAAGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* *
1935 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAAACAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
* * *
1970 TTCAGGGTAATCAAGTAAGTCGGTAAACAACTTAA
1 TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
2005 TTCAGGGTAATTAAG
1 TTCAGGGTAATTAAG
2020 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 32, Indels: 42
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
31 48 0.13
32 4 0.01
34 7 0.02
35 238 0.62
37 2 0.01
38 82 0.21
39 1 0.00
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
TTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAA
Found at i:1594 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1563--1637 Score: 82
Period size: 31 Copynumber: 2.6 Consensus size: 28
1553 GGGTAATTAA
1563 GTAATTCAGTAA-TCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTCAGTAAGTCAACTTAATTCAGG
*
1590 GTAATTAAGTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAGG
1 GTAA-T---TCAGTAAGTCAACTTAATTCAGG
*
1621 GTAATTAAGTAAGTCAA
1 GTAATTCAGTAAGTCAA
1638 TAATAATCAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 11
0.74 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.31
28 2 0.05
30 1 0.03
31 23 0.59
32 1 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (28 bp):
GTAATTCAGTAAGTCAACTTAATTCAGG
Found at i:1848 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 1580--2019 Score: 601
Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 175
1570 AGTAATCAAC
** * *
1580 TTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1641 TAATCAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGCAAATCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
66 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
* * *
1706 TTCAGTAATCAACTTAATTC-GGTGTAATTAAGTCAGTAAGTAAT-
131 GTCAGTAATAAACTTAATTCAAG-GTAATTAAGTCAGTAAGTAATA
* * *
1750 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCCG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-A-AA-CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1815 TAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
63 TAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
1880 TAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAA
128 TAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTCAGTAAGTAAT--A
* * *
1930 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCGGT-
1 -TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
1994 A-AA-CAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
65 ATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
2020 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 19, Indels: 19
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.06
171 1 0.00
174 9 0.04
175 24 0.10
176 3 0.01
177 129 0.54
178 29 0.12
179 2 0.01
180 1 0.00
181 27 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (175 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
GTCAGTAATAAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTCAGTAAGTAATA
Done.