Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008486.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08507, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8816
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.17, T:0.31
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:7850 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 6793--8022 Score: 1608
Period size: 334 Copynumber: 3.7 Consensus size: 332
6783 TTGAAAATGT
* * *
6793 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTAGTAAAAACAAATCTTTAATTGCA
1 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTA-TAAAAGCAAATCCTTAATTGCA
* * * * *
6858 ACGTGGCTGCGATTTGTTTAGATAAATATAGATATTTTAAAGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGC
65 ATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGC
** * * * * * * * *
6923 AAAATTGTGCCGGGTCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAAGATTAGTATACAATTTC
130 AAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-TACACGATTTC
6988 AGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTGGACAAAATATTCATAA
194 AGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTGGACAAAATATTCAT-A
**
7053 AAAATGTATAATTCAACTCTAAAACGATCGAAGGGTATTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTA
258 AAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTATTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTA
*
7118 ATTTTTTTTC
323 AATTTTTTTC
* * * *
7128 CGAATTAATTTCGAATTATATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCA
1 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT-ATAAAAGCAAATCCTTAATTGCA
** * *
7193 ATGTTACTGAGATTTGTTTAGATGAGTATAGGTATTTCAAGGA-TGCTTGGCGCCAAAAATCAAG
65 ATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTTGGCGCCAAAAATCAAG
*** * * *
7257 -AAAAAATATGTCGGGTCCCCGGAACGCGGTTTTAAGCAAAAAACC------G---TACATGATT
129 CAAAACCGA-GTCGGGTCCCCGGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATACACGATT
* * * *
7312 TCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTCCGGCCAAAATACTCAT
192 TCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTGGACAAAATATTCAT
* * *
7377 ACAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGCATTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTTC
257 A-AAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTATTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTC
*
7442 T-AA-TTATTTC
321 TAAATTTTTTTC
* *
7452 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAATTGCA
1 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT-ATAAAAGCAAATCCTTAATTGCA
* * *
7517 TTGTGGCTTAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGC-CCAAAAAATCAAG
65 ATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCC-AAAAATCAAG
* * * * *
7581 CAAAACCGAGTCGAGTCCTCGGAAAGCGTTTTTTGCCAAAAACTGTGATGGTTACTACACGATTT
129 CAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-TACACGATTT
* * *
7646 CAATTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATATTCATA
193 CAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTGGACAAAATATTCATA
* * *
7711 AAAATGTATAATTCAGCTCTAAAAATATCGAAGGGTGTATCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTA
258 AAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTATTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTA
7776 AATTTTTTTC
323 AATTTTTTTC
* *
7786 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGATGCGTATAAAAGCAAATCCTCAATTGCA
1 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC-TATAAAAGCAAATCCTTAATTGCA
* * *
7851 ATGTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAAAGC
65 ATGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGC
**
7916 AAAACCGAGTCGGGTCCATGGAACGCGTTTTT-GCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTC
130 AAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-TACACGATTTC
* * **
7980 AGTTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCTGAAAGATCATTCCTCAA
194 AGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA
8023 AATTGCAATG
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 94, Indels: 46
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 15 0.02
324 134 0.17
325 8 0.01
326 126 0.16
329 1 0.00
332 58 0.07
333 138 0.18
334 154 0.20
335 130 0.17
336 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTATAAAAGCAAATCCTTAATTGCAA
TGTGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCA
AAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATACACGATTTCAG
TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTGGACAAAATATTCATAAAA
ATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTATTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAAAT
TTTTTTC
Found at i:8629 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 8023--8815 Score: 1270
Period size: 332 Copynumber: 2.4 Consensus size: 332
8013 CATTCCTCAA
* *
8023 AATTGCAATGTGCCTTAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCTAAAA
1 AATTGCAATGTGCCTGAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
* *
8088 ATAAAGCAAAACCGAGTTGGGTCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACA
66 ATAAAGCAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
*
8153 CGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGACAAAATA
131 AGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGACAAAATA
*
8218 TTCATAAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATAGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTT
196 TTCATAAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATAGAAGGGTGTTCCATGCTTCTAATATCATTT
* *
8283 TTTCTAATTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAAAAAGGTTCAGATGCTTACAAAAACA
261 TTTCTAATTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCACAAAAACA
8348 AATCCTT
326 AATCCTT
* * * *
8355 AATTGCAATGTGCCAGAGATTTTTTTAGATCATTGTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCGAAA
1 AATTGCAATGTGCCTGAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
* *
8420 ATCAAGCAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAATGCCTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
66 ATAAAGCAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * *
8485 AGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAGTTGAC-CGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATA
131 AGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGACAAAATA
*
8549 TTCATAAAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTCCATGCTTCTAATATCA-T
196 TTCAT-AAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATAGAAGGGTGTTCCATGCTTCTAATATCATT
* * * *
8613 TTTTCTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTTATATGCTCATAAAAA
260 TTTTCTAA-TTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCACAAAAA
8678 CAAATCCTT
324 CAAATCCTT
* *
8687 AATTGCAATGTGCCTGAGATTTTTTTATATCAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
1 AATTGCAATGTGCCTGAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
* ** * *
8752 ATTAAG-AAAAATGAGGCGGGTCCCCGGGAANGCGTTTTTTGCC-AAAACCGTGATGGTTAGTAC
66 ATAAAGCAAAACCGAGTCGGGTCCCC-GGAATGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
8815 A
130 A
8816 C
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 34, Indels: 7
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 82 0.19
332 342 0.81
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AATTGCAATGTGCCTGAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAA
ATAAAGCAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
AGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTATTCCTCAATTTTTGGACAAAATA
TTCATAAAAATGTATAATTCAACTCTAAAAATATAGAAGGGTGTTCCATGCTTCTAATATCATTT
TTTCTAATTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCACAAAAACA
AATCCTT
Done.