Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008488.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08509, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 945
Length: 1575
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:1081 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 4--1470 Score: 2566
Period size: 338 Copynumber: 4.4 Consensus size: 334
1 TAC
4 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCAATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAAATTTTTTTC
1 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTC-ATGCTTCTAATATCATTTTTTCT-AATTTTTTTC
* * *
69 CGAATTAATTTTGAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATGCA
64 CGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCA
* * *
134 ATGCGCCTGAGAATTT-TTTAAATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATAAAG
129 ATGTGCCTGAG-ATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAG
198 CAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
193 CAAAACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCG-TTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
*
263 TCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATATTCAT
257 TCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCAT
328 AAAAAAATGTATAA
322 -AAAAAATGTATAA
* * *
342 TTTAACTCTAAAAATATCGAAGTGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCT
1 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
407 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
66 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
*
472 GTGCCTGAGATTTTTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
131 GTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
* * *
537 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCATTTTTTTGCCAAAAACCGT-ACCGTGATAACGTACACGAT
196 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGC-GTTTTTTGCCAAAAACCGTGA---TGGTTA-GTACACGAT
*
601 TTCAGTTAAAATTTTGCAAAATTTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCA
256 TTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCA
666 TAAAAAATGTATAA
321 TAAAAAATGTATAA
680 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
1 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
* *
745 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTCAATTGCCAT
66 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
*
810 GTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGTCGCCAAAAATCAAGCAA
131 GTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
875 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG
196 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG
940 TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCATAAAA
261 TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCATAAAA
1005 AATGTATAA
326 AATGTATAA
1014 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
1 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
1079 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
66 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
*
1144 GTGCCTGAGA-CTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
131 GTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
*
1208 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAG
196 AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG
* ** *
1273 TTAAAATTTTG-TAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTCCTGGACAAAATATTCCT-AAA
261 TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCATAAAA
1336 AATGTATAA
326 AATGTATAA
* *
1345 TTCAACTCTAAAAAAATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTTCTAATTTTTTTCCG
1 TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
*
1410 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCCTTAATTG
66 AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTG
1471 TCGAATTAAA
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 37, Indels: 21
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 135 0.12
332 45 0.04
333 127 0.12
334 225 0.21
335 9 0.01
336 172 0.16
337 41 0.04
338 258 0.24
339 73 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (334 bp):
TTCAACTCTAAAAATATCGAAGGGTGTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCTAATTTTTTTCCG
AATTAATTTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAAT
GTGCCTGAGATTTGTTTAGATCAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAAGCAA
AACCGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG
TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGACAAAATATTCATAAAA
AATGTATAA
Found at i:1476 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 1412--1523 Score: 208
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
1402 TTTTTCCGAA
1412 TTAATT-TCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCC
1 TTAATTGTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCC
*
1464 TTAATTGTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCC
1 TTAATTGTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCC
1517 TTAATTG
1 TTAATTG
1524 CAATGTGCCT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 1
0.97 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
52 6 0.10
53 52 0.90
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (53 bp):
TTAATTGTCGAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATAAAAACAAATCC
Done.