Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01000849.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00849, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2130
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37


Found at i:1124 original size:109 final size:108

Alignment explanation


    Indices: 817--1186  Score: 576
    Period size: 109  Copynumber: 3.5  Consensus size: 108

        807 AATTTTTTTA

                           * **               *    *                         
        817 ACCCTTAAAATAAAATTTTAATTTTAATTT-GGGATAAATTTAGTG-AATTAG-TTATATATTTT
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTATATATTTT

                                                 *     
        879 ATTTCT-AAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGAAATTT
         66 ATTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGGAATTT

                                                                       *     
        921 ACCCTTAAAATGAAAAA-AAAA--TTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTT-TGTATTT
          1 ACCCTTAAAAT-AAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTATATATTT

                                                        
        982 TATTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGGAATTT
         65 TATTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGGAATTT

                                    *                                        
       1026 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTCAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATATTT
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAG-TTTATATATTT

                                    *                   
       1091 TATTTCTAAAACCCTATAACAATAGATTATTAATTATGGAATTT
         65 TATTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGGAATTT

                                             *                  
       1135 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGACTAAACTTAGTGAAATTA
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTA

       1187 AGGCTAAACT


Statistics
Matches: 244,  Mismatches: 12, Indels: 15
        0.90            0.04        0.06

Matches are distributed among these distances:
 102    7  0.03
 103   13  0.05
 104   37  0.15
 105   56  0.23
 107   29  0.12
 108    3  0.01
 109   99  0.41

ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39


Consensus pattern (108 bp):   
ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTATATATTTT
ATTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTATGGAATTT
Done.