Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008623.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08644, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 875
Length: 1459
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.17, T:0.34
Found at i:1032 original size:196 final size:195
Alignment explanation
Indices: 507--1459 Score: 882
Period size: 196 Copynumber: 4.8 Consensus size: 195
497 TTGGCACAAA
* *
507 AACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTACAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTG---TATATAATAATCCTATA
* * * *
571 AG-AAAATTAATACAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACATGCGGGGTTTAACTTT
63 AGAAAAATT-ATACAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC--GTGTGG----A-GTT
* * *
634 AAGGG-TGACATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATT--A-A-TTATTTAATTATGAAAT
119 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
694 -AGGGTATGTGTC
184 GA-GGTATGTGTC
* * *
706 AACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCC-AAATTTACACTAACAATGTATTGTATAATAATCCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA---TATAATAATCCTATA
* * * *
770 AG-AAAATTATACAATAC-C-GTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTTG
63 AGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG-TGGAGTTAAGGGTTG
* * * * * **
832 ACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGATACC
127 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
897 TGTC
192 TGTC
* * *
901 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTATACTGGCAGTGTAT-TAATAATCCTATAAG
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAA-TTTACACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAG
* *
965 AAAAATTATCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAGTTAATGGGTTGAC
65 AAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAGTTAA-GGGTTGAC
* * * * * * *
1030 ATGTATCCCCTTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTTATTAATTATGAAATGGGGTGTGTG
129 ATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTG
1095 TC
194 TC
* * *
1097 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACGATATATTGTATAATAATAAT-AT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGAC-----AGTGTAT-ATAATAATCCT
* * * * * *
1161 AAAACAAAAATTATACAATATTACACTGTC-GTGGAGTTTGGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAA
60 ATAAGAAAAATTATAC-A-A-TACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAG-TTAA
* * * * *
1225 GGGTTGACATATGTCCTCTTAGGGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATTATGAAATA
121 GGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATG
1289 AGGTATGTGTC
185 AGGTATGTGTC
* * * *
1300 AACTTCTTAACCCGGTTGTGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTACA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA---TATAATAATCCTA-T
* * * * * * *
1365 AAAAAAAAGTT-TACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGTAGACTGTACATGCATGG-TTTAAGGG
62 AAGAAAAA-TTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG--TGGAGTTAAGGG
*
1428 TTGACATGTATCCCCCTTAGGGAATATGTATT
124 TTGACATGTGT-CCCCTTAGGGAATATGTATT
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 86, Indels: 78
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
190 8 0.01
191 33 0.05
193 16 0.03
194 18 0.03
195 65 0.10
196 144 0.23
197 13 0.02
198 14 0.02
199 56 0.09
200 62 0.10
201 37 0.06
202 22 0.04
203 126 0.20
204 14 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (195 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAGA
AAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAGTTAAGGGTTGACAT
GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTC
Found at i:1261 original size:203 final size:197
Alignment explanation
Indices: 507--1459 Score: 838
Period size: 203 Copynumber: 4.8 Consensus size: 197
497 TTGGCACAAA
* * * **
507 AACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTACAAAATTTACATTGAC-AGTGTATTATATAATAATCCTAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACGA-TGTATTGTATAATAATAATAT
* ** * *
570 --AAGAAAATTAATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACATGCG-GGGTTTAACT
65 AAAAAAAAATT-ATACAATACACTGT-AGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC--GCGTGGG-----GT
* * *
632 TTAAGGG-TGACATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATTA-A-TTATTTAATTATGAAAT
121 TTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATTTAATTAATTATGAAAT
*
694 AGGGTATGTGTC
186 AAGGTATGTGTC
* * * **
706 AACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCC-AAATTTACACTAACAATGTATTGTATAATAATCCTAT-
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACGATGTATTGTATAATAATAATATA
* * * ** *
769 -AAGAAAATTATACAATAC-C-GTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTT
66 AAAAAAAATTATACAATACACTGT-AGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGGGTT
* * * * * * *
831 GACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGATAC
130 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--ATATTTAATTAATTATGAAATAAGGTAT
*
896 CTGTC
193 GTGTC
* * * **
901 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTATACTGGC-A-G---TGTATTAATAATCCTA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAA-TTTACACTGACGATGTATTGTA-TAATAATAATA
* * * * *
961 T-AAGAAAAATTATCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAG-TTAATGG
64 TAAAAAAAAATTATACAATACACTG-TAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAA-GG
* * * * **
1024 GTTGACATGTATCCCCTTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTTATTAATTATGAAATGGGG
127 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--ATATTTAATTAATTATGAAATAAGG
*
1089 TGTGTGTC
190 TATGTGTC
* *
1097 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACGATATATTGTATAATAATAATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACGATGTATTGTATAATAATAATATA
* *
1162 AAACAAAAATTATACAATATTACACTGTCGTGGAGTTTGGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGG
66 AAA-AAAAATTATAC-A-A-TACACTGTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGG
* * *
1227 GTTGACATATGTCCTCTTAGGGAATATGTATTAATAATTTATATCTAATTAATTATGAAATAAGG
127 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT-A-TTATATTTAATTAATTATGAAATAAGG
1292 TATGTGTC
190 TATGTGTC
* * * ** *
1300 AACTTCTTAACCCGGTTGTGGAGTTCAAAATTTACACTGAC-AGTGTATTGTATAATAATCCTAC
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACGA-TGTATTGTATAATAATAATAT
* * * * *
1364 AAAAAAAAAGTT-TACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGTAGACTGTACATGCAT--GGTTTAAG
65 AAAAAAAAA-TTATACAATACACTGT-AGTGGAGTTTAGCAGACTG--CACGCGTGGGGTTTAAG
*
1426 GGTTGACATGTATCCCCCTTAGGGAATATGTATT
126 GGTTGACATGTGT-CCCCTTAGGGAATATGTATT
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 91, Indels: 68
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
190 8 0.01
191 32 0.05
192 4 0.01
193 13 0.02
194 18 0.03
195 63 0.10
196 142 0.23
197 10 0.02
198 9 0.01
199 68 0.11
200 55 0.09
201 30 0.05
202 15 0.02
203 148 0.24
204 11 0.02
205 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (197 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACGATGTATTGTATAATAATAATATA
AAAAAAAATTATACAATACACTGTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGGGTTG
ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATTTAATTAATTATGAAATAAGGTATGTG
TC
Found at i:1303 original size:399 final size:385
Alignment explanation
Indices: 507--1459 Score: 1024
Period size: 399 Copynumber: 2.4 Consensus size: 385
497 TTGGCACAAA
*
507 AACTTCTTAACCGCTTATGGAGTACAAAATTTACATTGACAGTGTATTATATAATAATCCTATAA
1 AACTTCTTAACCGCTTATGGAGTACAAAATTTACACTGACAGTG---TATATAATAATCCTATAA
* *
572 G-AAAATTAATACAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACATGCGGGGTTTAACTTTA
63 GAAAAATT-ATACAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATG-TGGG-TTAA---T-
* * *
635 AGGG-TGACATGTGTACGCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATTATTTAATTATGAAATAGGGT
120 -GGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATTATTTAATTATGAAATAGGGT
* *
699 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAATTTACACTAACAATGTATTGTATAATAAT
184 ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAATTTACACTAACAATATATTGTATAATAAT
** * * *
764 CCTATAAGAAAATTATACAATACCGTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGATTTAAGGG
249 AATATAAAAAAATTATACAATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTAAGGG
* * * * *
829 TTGACATGTGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATGTTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGAT
314 TTGACATATGTCCCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTAAGAAATAAGAT
894 ACCTGTC
379 ACCTGTC
* * *
901 AACTTCTTAACTCGCTTATGGAGTCCAAAATTTTATACTGGCAGTGTAT-TAATAATCCTATAAG
1 AACTTCTTAAC-CGCTTATGGAGTACAAAA-TTTACACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAG
* * *
965 AAAAATTATCCAATACACAGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGAGTTAATGGGTTGAC
64 AAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGTGG-GTTAATGGGTTGAC
* * * * *
1030 ATGTATCCCCTTATGGAATATTTATTAATATTACATATTTTATTAATTATGAAATGGGGTGTGTG
128 ATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT--A-ATTAT-TTAATTATGAAATAGGGTATGTG
* * *
1095 TCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTATACTGACGATATATTGTATAATAATAATA
189 TCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCC-AAATTTACACTAACAATATATTGTATAATAATAATA
* * ** *
1160 TAAAACAAAAATTATACAATATTACACTGT-CGTGGAGTTTGGCAGACTGCACGCGTGGGGTTTA
253 T--AA-AAAAATTATAC-A-A-TAC-C-GTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTA
* *
1224 AGGGTTGACATATGT-CCTCTTAGGGAATATGTATTAATAATT-TATATCTAATTAATTATGAAA
310 AGGGTTGACATATGTCCCT-TTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATCTAATTAATTAAGAAA
* **
1287 TAAGGTATGTGTC
373 TAAGATACCTGTC
* * * *
1300 AACTTCTTAACCCGGTTGTGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTACA
1 AACTTCTTAA-CCGCTTATGGAGTACAAAATTTACACTGACAGTGTA---TATAATAATCCTA-T
* * * * * *
1365 AAAAAAAAGTT-TACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGTAGACTGTACATGCATGGTTTAA-GGG
61 AAGAAAAA-TTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATG--TGGGTTAATGGG
1428 TTGACATGTATCCCCCTTAGGGAATATGTATT
123 TTGACATGTAT-CCCCTTAGGGAATATGTATT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 59, Indels: 52
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
386 3 0.01
387 31 0.07
388 1 0.00
389 1 0.00
390 4 0.01
391 56 0.12
392 80 0.17
393 9 0.02
394 13 0.03
395 27 0.06
396 13 0.03
397 1 0.00
398 21 0.04
399 112 0.24
400 5 0.01
401 1 0.00
402 11 0.02
403 53 0.11
404 24 0.05
405 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (385 bp):
AACTTCTTAACCGCTTATGGAGTACAAAATTTACACTGACAGTGTATATAATAATCCTATAAGAA
AAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGTGGGTTAATGGGTTGACATG
TATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATTATTTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTT
CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAATTTACACTAACAATATATTGTATAATAATAATATAAAAAAA
TTATACAATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGATTTAAGGGTTGACATATGTC
CCTTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTAAGAAATAAGATACCTGTC
Done.