Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008634.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08655, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:1166 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--5871 Score: 7597
Period size: 331 Copynumber: 17.7 Consensus size: 332
* * * * * *
1 TTAAGAACGCGTTTCGAGGTCCCAGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCGTGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* * * *
66 TAACTATATTCT-TCTAAGAAAATTTCAGCCAC-TTTGGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCAT
66 TATCTATATT-TATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
* * * * *
129 TTGAATTTTGTTCCTATTTAATGAGAAATTAATTCAAAAAATAAAAGGAAAAAGGTATAAAAAGC
129 TTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
** * * * * * * * *
194 ATGAAAAATCCTAAAATCTTTTCGACGTTAAATTATATAATTTTAATGAGTATTATGGTAAAAAA
194 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * *
259 TTAAGGAAAAACATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
324 GATTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* **
333 TTAAAAACGTGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
398 TATATATATTTATCTAAAAAAACTCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAA-TCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * * *
463 TGAATCCTATTTCGATTTAATGAGAAATTAATTAGAAAAATAAATGGAAAATGGTATAAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
** * * * * **
528 TGAAAAGCCCTTCAATATTTTCGGCAATGAATTATTTGTTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
195 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT-ACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * **
593 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTACACGTCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
658 GGTTTTTTGG
324 GG-TTTTTGG
* ** * * *
668 -TAAGATTGCGTTTTC-GGGATCCCGGCTCAGATTTGCATGAATTTTTGCGCTAA-ACCTCCGTG
1 TTAAAAACGCG-TTTCGGGGA-CCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGA-CTCCATG
* * * *
730 AAATATCTATATTCATCTAAGAAAATCTCAGCGACGTTAGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCA
63 AAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCA
* * * *
795 TTTGACTCTTGTTCCGA-TTAAAGAGAGATTAGTTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAG
128 TTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAG
* *
859 CATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATCCTTTTTATAAGTATTGTGGCAAAAA
193 CATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* *
924 ATTGAGGAAAAATACTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATAAATCA
258 ATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
989 CGGTTTTTGG
323 CGGTTTTTGG
* *
999 TTAAAAACGCATTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
1064 TATCTATATTTATCTAAATAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TTTACGAGCATTT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTT
* * *
1128 GAATCCTGTTCCGATTTATTGAAAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
131 GAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
* * * * * *
1193 GAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTTTTATGGCAAAAAATT
196 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * *
1258 GAGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCATGG
261 GAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACGG
1323 TTTTTGG
326 TTTTTGG
* * * * * *
1330 TTAGAAACGCGTTTCAGAGTCTCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
1395 TATCTATATTTATCTAAGAAAATCTCAGCCAC-TTTGGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* *
1459 TGAATTTTGTTCCTATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* *
1524 TG-AAAAGCACTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAA
195 TGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * ** * *
1587 TTGAGGAAAAATATTTCAGGTTAATTTTTGTAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTATTATATGTCAT
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
1652 GGTTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* * * *
1661 TTAAGAACGCGTTTCGAGGTCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCGTGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* * *
1726 TATTTATATTCT-TCTAAGAAAATCTCAGCCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGAAT
66 TATCTATATT-TATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
* *
1789 TTGAAT-TTTTTCCTATTTAATGAGAAATTAATTCG-AAAATAAAGGGAAAAT-GTATAAAAAGC
129 TTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
* * * * * * *
1851 ATGAAAAATCCGTCAATCTTTTCGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTATGGTAAAAAA
194 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * *
1916 CTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGTGCATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
1981 GATTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* * **
1990 TTAAAAACGTGTTTCGGGGATCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
2055 TATCTACATTTATCTAAAAAAAAATCTCAGCCACGTTTTGAATTC-CACATTTGGTTTTACGAGC
66 TATCTATATTTATCT--AAAAAAATCTCAGCCACG-TTTGAATTCTGA-ATTTGGTTTTACGAGC
* * * * **
2119 ATTTGAATCATATTCCGATTTAATAAGAAATTAATTAGAGTAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAA
127 ATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAA
* * * * * * *
2184 GCAAG-AAAAGCACTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCTAA
192 GCATGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAA
* * * * * *
2248 AAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTATTATATGT
256 AAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATAT
2313 CACGGTTTTTGG
321 CACGGTTTTTGG
* * ** * *
2325 TTAAAAACGCATTTCGGGGTCCCTACTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCAATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
2390 TATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * *
2454 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAATGATATAAATAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* * * * *
2519 AGAAAAGCAT--TTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATAT-GTTTTTATGAGTATTATGGCTAAAA
195 TGAAAA--ATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * * *
2581 ATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTATTATATGTCA
258 ATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
2646 CGGTTTTTGG
323 CGGTTTTTGG
* * * ** * * * *
2656 TTGAGAATGCGTTTCGGGCTCCCTGCTAAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCTATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
2721 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * * * * *
2785 TGAATCCTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGCAAAACGGTATAAACATCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
** *
2850 TGAAAAATAATTCAA-CTTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGC-AAAAA
195 TGAAAAATCCTTCAATC-TTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* ** *
2913 TTGAGGAAAAATATTTCAGGTCAAATTTTACAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
2978 GATTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* *
2987 TTAAAAACGTGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGAGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
*
3052 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TTTACGAGCATTT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTT
** * * * * *
3116 GAATCCCGTTCTGATTTTATAAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAG
131 GAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
* * *
3181 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
196 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * *
3246 GAGGAAAAATATTTCGGGTCTAAA-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTATTATATATAACA
261 GAGGAAAAATATTTCGGGTC-AAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACG
3310 GTTTTTGG
325 GTTTTTGG
* ** * * *
3318 TTAAAAACGAGTTTTTGGGACCCAGCTCAGATTTGCATGATTTTTTTGCGCTAAGACTACATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGA-TTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * * * *
3383 ATATCTATATTCATCTTAAAAAATATCATCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * *
3448 TCAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAGTAAA-GGAAAATGGTATAAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* * *
3512 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
195 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * *
3577 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAAATTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTATATATCACA
260 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACG
*
3642 ATTTTTGG
325 GTTTTTGG
* * ** * *
3650 TTAAAAACGAGTTTTGGGGATACGACTCAGATTTGTATGATTGTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
3715 TATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * *
3779 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAATGGCATGAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* * * * * *
3844 AG-AAAAGCACTTCAATCTTGTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAA
195 TGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * * *
3908 TTGAGGGAGAATATTTCGGGACAAATTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
3973 TGTTTTTGG
324 GGTTTTTGG
** * * * *
3982 TTAAAAACGCGTTTCACGGACCCGACTCAGATTTGCATGATTTTTAGCGCTAAGACTCAATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* * * *
4047 TATCTATATTCATCTAAAAAAAATCTCAACCACATTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCT-AAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
4112 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* ** * * * * *
4177 AGAAAAGCCCTTCAATATTTTCGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
195 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * * * *
4242 TGAGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTATTACATGTCACA
260 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC-
*
4307 GTTTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* ** * * ** *
4316 -TAAGATTGTGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGATTTGCT-TGATTTTTTGCGCTAA-ACCTCTGTTA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTG-TATGATTTTTTGCGCTAAGA-CTCCATGA
* * * * *
4378 AATATCTATATTCATCTAAGAAAATCTGAGCGACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
64 AATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
* * * *
4443 TTGACTCTTGTTCC-AATTAAGGAGAGATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
129 TTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
4507 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
194 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
*
4571 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAT
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
4636 GATTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* * ** *
4645 TTAAAAACGTGTTTCGGGAACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAGGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
4710 TATCTATATTTATCTAAAAAACTCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATTT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTT
* * * * **
4775 GAATCCTATTCCGATTTAATGAGAAATTAATTAGAAAAATGAAGGGAAAATTTTATAAAAAGCAT
131 GAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
** * * * * *
4840 GAAAAGCCCTTCAATATTTTAGGAATTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTGT-GTAAAAAAT
196 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-CTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA-
4904 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
** *
4969 GGTTTAAGC
324 GGTTTTTGG
* * *
4978 TTAATAACGCATTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* *
5043 TATCTATATTTATCTAAAGAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TTTACGAGCATTT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTT
* * * **
5107 GAATCCTGTTCCGATTTAATAAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATAATATAAAAAGCAT
131 GAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
* * * *
5172 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAACTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
196 GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * **
5237 AAGGAAAAATATTTCGGGTCTAAATTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCATA
261 GAGGAAAAATATTTCGGGTC-AAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACG
5301 G-TTTT--
325 GTTTTTGG
* * *
5306 TT--------G--T---GAACCCGGCTCAGGATTTATATGATTTTTTGCGCTATGACTCCATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCA-GATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * * * *
5358 ATATCTATATTCATCCAAAAAAATCTCATCCACATTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* ** *
5423 TCAATCCTT-TTGTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
130 TGAAT-CTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
** * *
5487 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTAACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAA
194 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * *
5552 TTGAGGAAAAATATTTCGTGTCAAAATTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTATATATCAC
259 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
*
5617 AGTTTTTGG
324 GGTTTTTGG
* * * * *
5626 TTAAAAACGAGTTTTGGGGACCCGACTCAGATTTGTATGAATTTTTGCGCTAAGACTCCATTAAA
1 TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
* * *
5691 TATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTATGAATTTGGTTTTACGAGCATT
66 TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* *
5755 TGAATCTTGTTCCAATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
130 TGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* * * * *
5820 AG-AAAAGCACTTCAATCTTGTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
195 TGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
5872 GTAGACACCC
Statistics
Matches: 4890, Mismatches: 564, Indels: 170
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
315 11 0.00
316 83 0.02
317 184 0.04
318 7 0.00
320 2 0.00
328 43 0.01
329 183 0.04
330 380 0.08
331 1539 0.31
332 1246 0.25
333 773 0.16
334 177 0.04
335 262 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TTAAAAACGCGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
TATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTT
GAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCAT
GAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
GAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACGG
TTTTTGG
Found at i:3704 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 1--5871 Score: 7494
Period size: 663 Copynumber: 8.9 Consensus size: 661
* * * *
1 TTAAGAACGCG-TTTCGAGGTCCCAGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCGTGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTCG-GGACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * * * *
65 ATAACTATATTCTTCTAAGAAAATTTCAGCCACTTTGGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
** * * *
130 TGAATTTTGTTCCT-ATTTAATGAGAAATTAATTCAAAAAATAAAAGGAAAAAGGTATAAAAAGC
129 TGAATCCTGTT-CTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
** * * * * * * *
194 ATGAAAAATCCTAAAATCTTTTCGACGTTAAATTATATAATTTTAATGAGTATTATGGTAAAAAA
193 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * *
259 TTAAGGAAAAACATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
258 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
* * *
324 GATTTTTGGTTAAAAACGTGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAAGAC
323 GGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTT-TTGCGCTAAGAC
* *
389 TCCATGAAATATATATATTTATCTAAAAAAACTCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGGTTTT
387 TCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAA-TCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTT
* * * * *
454 ACGAGCATTTGAATCCTATTTCGATTTAATGAGAAATTAATTAGAAAAATAAATGGAAAATGGTA
451 ACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCG-AAAATAAAGGGAAAATGGTA
** * * * *
519 TAAAAAGCATGAAAAGCCCTTCAATATTTTCGGCAATGAATTATTTGTTTTTTTATGAGTATTGT
515 TAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGT
* *
584 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATT
579 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATT
* ** *
649 ACACGTCACGGTTTTTTGG
644 ATATATCACAG-TTTTTGG
* ** * *
668 -TAAGATTGCGTTTTCGGGATCCCGGCTCAGATTTGCATGAATTTTTGCGCTAA-ACCTCCGTGA
1 TTAAAAACGCGTTTTCGGGA-CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGA-CTCCATGA
* *
731 AATATCTATATTCATCTAAGAAAATCTCAGCGACGTTAGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
64 AATATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
* * * * * *
796 TTGACTCTTGTTCCGA-TTAAAGAGAGATTAGTTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
128 TTGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
* * *
860 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATCCTTTTTATAAGTATTGTGGCAAAAAA
193 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* *
925 TTGAGGAAAAATACTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATAAATCAC
258 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
990 GGTTTTTGGTTAAAAACGCA-TTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCTTGCGCTAAGA
323 GGTTTTTGGTTAAAAACG-AGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTT-TTGCGCTAAGA
* *
1054 CTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAATAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TTT
386 CTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTT
* * *
1118 ACGAGCATTTGAATCCTGTTCCGATTTATTGAAAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTA
451 ACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCG-AAAATAAAGGGAAAATGGTA
* * * * * *
1183 TAAAAAGCATGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTTTTATG
515 TAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
* * * *
1248 GCAAAAAATTGAGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
580 GCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
**
1313 TATATCATGGTTTTTGG
645 TATATCACAGTTTTTGG
* * * *
1330 TTAGAAACGCG-TTTCAGAGTCTCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTC-GGGACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * *
1394 ATATCTATATTTATCTAAGAAAATCTCAGCCACTTTGGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCATCTAA-AAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
**
1459 TGAATTTTGTTCCT-ATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
129 TGAATCCTGTT-CTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
* * *
1523 ATG-AAAAGCACTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGACAAAAA
193 ATGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * ** *
1586 ATTGAGGAAAAATATTTCAGGTTAATTTTTGTAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTATTATATGTCA
257 ATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
* * * * *
1651 TGGTTTTTGGTTAAGAACGCGTTTCGAGGTCCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGCGCTAAGA
322 CGGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGA-TTTTTGCGCTAAGA
* * *
1716 CTCCGTGAAATATTTATATTCT-TCTAAGAAAATCTCAGCCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTT
386 CTCCATGAAATATCTATATT-TATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTT
* * *
1779 TTACGAGAATTTGAAT-TTTTTCCTATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAATAAAGGGAAAAT-GT
449 TTACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAATAAAGGGAAAATGGT
* * * * * *
1842 ATAAAAAGCATGAAAAATCCGTCAATCTTTTCGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTAT
514 ATAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
* * * *
1907 GGTAAAAAACTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGTGCATT
579 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATT
1972 ATATATCAC-GATTTTTGG
644 ATATATCACAG-TTTTTGG
* * * **
1990 TTAAAAACGTG-TTTCGGGGATCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAAGACTCCATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTC-GGGACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * * *
2054 ATATCTACATTTATCTAAAAAAAAATCTCAGCCACGTTTTGAATTC-CACATTTGGTTTTACGAG
65 ATATCTATATTCATCT---AAAAAATCTCAGCCACG-TTGGAATTCTGA-ATTTGGTTTTACGAG
* * * * * **
2118 CATTTGAATCATATTCCGATTTAATAAGAAATTAATTAGAGTAATAAAGGGAAAATGGTATAAAA
125 CATTTGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAA
* * * * * *
2183 AGCAAG-AAAAGCACTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCTA
190 AGCATGAAAAATC-CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAA
* * * * * *
2247 AAAATCGAGGAAAAATATTTCAGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTATTATATG
254 AAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATA
* ** *
2312 TCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCA-TTTCGGGGTCCCTACTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCT
319 TCACGGTTTTTGGTTAAAAACG-AGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGA-TTTTTGCGCT
* * *
2376 AAGACTCAATGAAATATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTCTGAATTTG
382 AAGACTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTG
2440 GTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAA
446 GTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAA-ATAAAGGGAAAA
* * * *
2505 TGATATAAATAGCAAGAAAAGCAT--TTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATAT-GTTTTTATGAG
510 TGGTATAAAAAGCATGAAAA--ATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAG
* * * * * * *
2567 TATTATGGCTAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCAAAATCG
573 TATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* *
2632 TGTATTATATGTCACGGTTTTTGG
638 TGTATTATATATCACAGTTTTTGG
* * * * * * *
2656 TTGAGAATGCG-TTTCGGGCTCCCTGCTAAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCTATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTCGGG-ACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* *
2720 ATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACTTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCATCT-AAAAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * * *
2785 TGAATCCTGTT-TCGATTTAATAAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGCAAAACGGTATAAACATC
129 TGAATCCTGTTCT-GATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
** * *
2849 ATGAAAAATAATTCAA-CTTTTTTGGCATTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGC-AAAA
193 ATGAAAAATCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* ** *
2912 ATTGAGGAAAAATATTTCAGGTCAAATTTTACAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
257 ATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
* * *
2977 CGATTTTTGGTTAAAAACGTGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTTGAGCTAAGA
322 CGGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGA-TTTTTGCGCTAAGA
*
3042 CTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TTT
386 CTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTT
** * * *
3106 ACGAGCATTTGAATCCCGTTCTGATTTTATAAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATGGTA
451 ACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAA-TAAAGGGAAAATGGTA
* * * * * *
3171 TAAAAAGCAGGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTG
515 TAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
*
3236 GCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCTAAA-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTATT
580 GCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC-AAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATT
*
3300 ATATATAACAGTTTTTGG
644 ATATATCACAGTTTTTGG
* * * *
3318 TTAAAAACGAGTTTTTGGGACCCAGCTCAGATTTGCATGATTTTTTTGCGCTAAGACTACATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTCGGGACCCGGCTCAGATTTGCATGA-TTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* *
3383 ATATCTATATTCATCTTAAAAAATATCATCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCATC-TAAAAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* *
3448 TCAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAGTAAA-GGAAAATGGTATAAAAAGCA
129 TGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
* *
3512 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
194 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * *
3577 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAAATTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTATATATCACA
259 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACG
* * ** *
3642 ATTTTTGGTTAAAAACGAGTTTTGGGGATACGACTCAGATTTGTATGATTGTTTGCGCTAAGACT
324 GTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATT-TTTGCGCTAAGACT
* *
3707 CCATGAAATATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTA
388 CCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTA
*
3771 CGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAATGGCAT
452 CGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAA-ATAAAGGGAAAATGGTAT
* * * *
3836 GAAAAGCAAG-AAAAGCACTTCAATCTTGTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
516 AAAAAGCATGAAAAATC-CTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
* * * * *
3900 ACAAAAAATTGAGGGAGAATATTTCGGGACAAATTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTATTA
580 GCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
*
3965 TATATCACTGTTTTTGG
645 TATATCACAGTTTTTGG
* * * *
3982 TTAAAAACGCG-TTTCACGGACCCGACTCAGATTTGCATGATTTTTAGCGCTAAGACTCAATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTC-GGGACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* *
4046 ATATCTATATTCATCTAAAAAAAATCTCAACCACATTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
65 ATATCTATATTCATCT--AAAAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCAT
* *
4111 TTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
128 TTGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGC
* ** * * * *
4176 AAGAAAAGCCCTTCAATATTTTCGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
193 ATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * * * *
4241 TTGAGGAAAAATAATTCTGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTATTACATGTCAC
258 TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCAC
* * ** * *
4306 AGTTTTTTGG-TAAGATTGTGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGATTTGCT-TGATTTTTTGCGCTAA-
323 -GGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTG-TATGA-TTTTTGCGCTAAG
** * * * * * *
4368 ACCTCTGTTAAATATCTATATTCATCTAAGAAAATCTGAGCGACGTTGGAATTCTGAATTTGGTT
385 A-CTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTT
* * * *
4433 TTACGAGCATTTGACTCTTGTTCC-AATTAAGGAGAGATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGG
449 TTACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCG-AAAATAAAGGGAAAATGG
*
4497 TATAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTG
513 TATAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTG
*
4561 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT
578 TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT
*
4626 TATATATCA-TGATTTTTGG
643 TATATATCACAG-TTTTTGG
* * ** *
4645 TTAAAAACGTG-TTTCGGGAACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCATGCGCTAGGACTCCATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTCGGG-ACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * *
4709 ATATCTATATTTATCTAAAAAACTCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCATCTAAAAAA-TCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * * **
4774 TGAATCCTATTCCGATTTAATGAGAAATTAATTAGAAAAATGAAGGGAAAATTTTATAAAAAGCA
129 TGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
** * * ** * *
4839 TGAAAAGCCCTTCAATATTTTAGGAATTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTGT-GTAAAAAA
194 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-CTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
4903 TTTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
258 -TTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCA
** * *
4968 CGGTTTAAGCTTAATAACGCA-TTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTCTTGCGCTAAG
322 CGGTTTTTGGTTAAAAACG-AGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTT-TTGCGCTAAG
* *
5032 ACTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAGAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTAAATTTGG-TT
385 ACTCCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTT
* * **
5096 TACGAGCATTTGAATCCTGTTCCGATTTAATAAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATAAT
450 TACGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAA-TAAAGGGAAAATGGT
* * * * * *
5161 ATAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAACTATATACTTTTAATGAGTATTGT
514 ATAAAAAGCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
*
5226 GGCAAAAAATTAAGGAAAAATATTTCGGGTCTAAATTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT
579 GGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGGTC-AAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAT
*
5290 TATATATCATAG-TTTT--
643 TATATATCACAGTTTTTGG
* ** *
5306 TT--------G---T--GAACCCGGCTCAGGATTTATATGATTTTTTGCGCTATGACTCCATGAA
1 TTAAAAACGCGTTTTCGGGACCCGGCTCA-GATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAA
* * *
5358 ATATCTATATTCATCCAAAAAAATCTCATCCACATTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
65 ATATCTATATTCAT-CTAAAAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATT
* * * *
5423 TCAATCCTTTTGTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAGTAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
129 TGAATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCA
** *
5488 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTAACGTTGAATTATATACTTTTAATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
194 TGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * * *
5553 TGAGGAAAAATATTTCGTGTCAAAATTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTATATATCACA
259 TGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACG
* *
5618 GTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTTGGGGACCCGACTCAGATTTGTATGAATTTTTGCGCTAAGACT
324 GTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATG-ATTTTTGCGCTAAGACT
* * * *
5683 CCATTAAATATCTATATTCATCTAAAAAAATCTCAACCAC-TTTGGAATTATGAATTTGGTTTTA
388 CCATGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTT-GAATTCTGAATTTGGTTTTA
*
5747 CGAGCATTTGAATCTTGTTCCAATTTAATGAGAAATTAATTCGAAATATAAAGGGAAAATGGTAT
452 CGAGCATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAA-ATAAAGGGAAAATGGTAT
* * *
5812 AAAAAGCAAG-AAAAGCACTTCAATCTTGTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
516 AAAAAGCATGAAAAATC-CTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTAT
5872 GTAGACACCC
Statistics
Matches: 4578, Mismatches: 535, Indels: 200
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
647 4 0.00
648 192 0.04
649 287 0.06
650 8 0.00
651 1 0.00
653 1 0.00
659 3 0.00
660 202 0.04
661 124 0.03
662 881 0.19
663 1186 0.26
664 781 0.17
665 323 0.07
666 430 0.09
667 153 0.03
669 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (661 bp):
TTAAAAACGCGTTTTCGGGACCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCATGAAA
TATCTATATTCATCTAAAAAATCTCAGCCACGTTGGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAGCATTTG
AATCCTGTTCTGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAAGCATG
AAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
AGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATCACGGT
TTTTGGTTAAAAACGAGTTTCGGGGACCCGGCTCAGATTTGTATGATTTTTGCGCTAAGACTCCA
TGAAATATCTATATTTATCTAAAAAAATCTCAGCCACGTTTGAATTCTGAATTTGGTTTTACGAG
CATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGAAAATAAAGGGAAAATGGTATAAAAA
GCATGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAA
AATTGAGGAAAAATATTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTATATATC
ACAGTTTTTGG
Done.