Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008698.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08719, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38834
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Found at i:3229 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 2748--4250 Score: 1727
Period size: 205 Copynumber: 7.5 Consensus size: 199
2738 ATTATTTTTG
* * * * * *
2748 TGAAATGAGATGTGTGTCAACTTTTTAATCCGCTTATGGAATTCAAAATTTACACTGACAATTTA
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
* *
2813 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
* * *
2878 TGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAAGGAATTATGTATTAATATTAAATA-TT--TT
131 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAA-TATGTATTAATATTAAATATTTAATT
2940 AATTA
195 AATTA
* * * *
2945 TGAAATG-GGTAATGTATCAACTTCTTATCCCGGTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTTT
1 TGAAATGAGGT-ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTT
* * *
3009 ATTGTAAAATAATCCTATAAGAAATATTATACTATACACCGTAAGTAGAGTTTAGCAGACTGCAC
65 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
* * *
3074 GTGCAGGGTTTAAGGGTAGGCATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTATTT
130 GTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATT
3139 AATTA
195 AATTA
* * * *
3144 T-AAATGTGGGGGTATGCGTCAACTTCTTAACCCGCGTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAAT
1 TGAAA--T-GAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAAT
*
3208 TTATTGTATAATAATCCTATAAGAACAATTATAC-AGTACACCGTCAA-TGGAGTTTAGCAGACT
63 TTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTA-TACACCGT-AAGTGGAGTTTAGCAGACT
* * * * *
3271 GCGCGTGCAGGGTTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTTGGGAATAGGTATTAATATTAAATTGTT
126 GCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA-TATT
*
3336 TGATTAATTA
190 TAATTAATTA
* * * * **
3346 TGAAATAAGGTATATTTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTTCCAAAATTTACA-T-TTAATGT
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAG-TCCAAAATTTACACTGACAAT-T
* * * ** ** *
3409 GTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTGTACAATACAACGCCAGTCAAGTTTAGTAGACTGC
64 -TATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGC
*
3474 ACGTGCTGGACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTA
128 ACGTGC---A------GGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTA
3539 AATA-TT--TTAATTA
184 AATATTTAATTAATTA
* * * * * * *
3552 TGAAATGAGGTATGTGTCAATTTCTTAACCCGCTTTTGGATTCCAAAATTTAGAGTGATAGTTTA
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
* *
3617 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAACTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
** * * *
3682 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCTTCTTAGGGAATATGTACTAATATTATATATTTAATTG
131 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA
*
3747 ATGA
196 ATTA
* ** * * *** *
3751 TGAAATGAGTTATGTGTCAACTTCTTAACCCTATTATAGAGTCTAAAATTTACACTGACAGCGTG
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
* * * * *
3816 TTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATA-TAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTGTAC
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACT-ATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
* * *
3880 GTGCGGGGTTGAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATGTGTATTAATATTAAATTAAATAT
130 GTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAG-GGAATATGTATT-A-A-T--ATTAAATAT
3945 TTAATTAATTA
189 TTAATTAATTA
* * * * * **
3956 TGAAATGAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGATTCCAAAATTTACACTCACAGTGGA
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
* * * * * * *
4021 TTGTATAATGATCTTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTCGAATTTAGCGGACTGCACG
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
* * * * *
4086 TGGAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTTTTAATATTAAATATTTAATTG
131 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA
4151 ATTA
196 ATTA
* * * * *
4155 TGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAGGGAGTGCAAAATTTACACTGAAAAATGT
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTG-ACAATTT
*
4220 ATTGTATAATACTCCTATAAGAAAAATTATA
65 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATA
4251 TAAAGTGATT
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 160, Indels: 77
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
196 69 0.06
197 149 0.13
198 3 0.00
199 223 0.20
200 75 0.07
201 226 0.20
202 21 0.02
203 5 0.00
204 11 0.01
205 227 0.21
206 44 0.04
207 3 0.00
208 2 0.00
209 1 0.00
210 47 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (199 bp):
TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA
ATTA
Found at i:4044 original size:404 final size:398
Alignment explanation
Indices: 2748--4253 Score: 1782
Period size: 404 Copynumber: 3.7 Consensus size: 398
2738 ATTATTTTTG
* * * *
2748 TGAAATGAGATGTGTGTCAACTTTTTAATCCGCTTATGGAATT-CAAAATTTACACTGACAATTT
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGG-ATTCCAAAATTTACACTGACAATTT
** *
2812 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATATACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
65 ATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCAC
* *
2877 GTGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAAGGAATTATGTATTAATATTAAATA-TT--T
130 GTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAA-TATGTATTAATATTAAATATTTAAT
* * * *
2939 TAATTATGAAATG-GGTAATGTATCAACTTCTTATCCCGGTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGA
194 TGATTATGAAATGAGGT-ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGA
* * * * *
3003 CAGTTTATTGTAAAATAATCCTATAAGAAATATTATACT-ATACACCGTAAGTAGAGTTTAGCAG
258 CAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATA-TAATACACCGTCAGTAGATTTTAGCAG
* * * *
3067 ACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTAGGCATGTGTCCCCTTAG-GGAATATGTATTAATATTAAAT
322 ACTGTACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATATGTATTAATATTAAAT
3131 ATTTATTTAATTA
387 ATTTA-TTAATTA
* * * * *
3144 T-AAATGTGGGGGTATGCGTCAACTTCTTAACCCGCGTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACAAT
1 TGAAA--T-GAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGATTCCAAAATTTACACTGACAAT
*
3208 TTATTGTATAATAATCCTATAAGAACAATTATA-CAGTACACCGTCAA-TGGAGTTTAGCAGACT
63 TTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCA-TACACCGT-AAGTGGAGTTTAGCAGACT
* * ** * *
3271 GCGCGTGCAGGGTTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTTGGGAATAGGTATTAATATTAAATTGTT
126 GCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAA-TATT
* * * * * *
3336 TGATTAATTATGAAATAAGGTATATTTCAACTTCTTAACCCGCTTATTGAGTTCCAAAATTTACA
190 TAATTGATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAG-TCCAAAATTTACA
* * * * * *
3401 TTTA-ATGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTGTACAATACAACGCCAGTCA-AGTTT
254 CTGACA-GTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGT-AGA-TTT
*
3464 AGTAGACTGCACGTGCTGGACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTA-AGGAATATG
316 --TAG-CAG-AC-TG-T--ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATATG
3528 TATTAATATTAAATA-TT-TTAATTA
373 TATTAATATTAAATATTTATTAATTA
* * * * * *
3552 TGAAATGAGGTATGTGTCAATTTCTTAACCCGCTTTTGGATTCCAAAATTTAGAGTGATAGTTTA
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGATTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
*
3617 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAACTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
** * * *
3682 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCTTCTTAGGGAATATGTACTAATATTATATATTTAATTG
131 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTG
* * ** * *
3747 ATGATGAAATGAGTTATGTGTCAACTTCTTAACCCTATTATAGAGTCTAAAATTTACACTGACAG
196 ATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAG
* * * * *
3812 CGTGTTGTATGATAATTCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTG
261 TGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTAGATTTTAGCAGACTG
* *
3877 TACGTGCGGGGTTGAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATGTGTATTAATATTAAATTAAA
326 TACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATATGTATT-A-A-T--ATTAAA
3942 TATTTAATTAATTA
386 TATTT-ATTAATTA
* * * * **
3956 TGAAATGAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGATTCCAAAATTTACACTCACAGTGGA
1 TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGATTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
* * * * * * * *
4021 TTGTATAATGATCTTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTCGAATTTAGCGGACTGCACG
66 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
* * *
4086 TGGAGAGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTTTTAATATTAAATATTTAATTG
131 TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTG
* * * *
4151 ATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAGGGAGTGCAAAATTTACACTGAAAA
196 ATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTG-ACA
* *
4216 ATGTATTGTATAATACTCCTATAAGAAAAATTATATAA
260 GTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAA
4254 AGTGATTTGA
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 130, Indels: 71
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
395 38 0.04
396 13 0.01
397 22 0.02
398 140 0.15
399 7 0.01
400 2 0.00
401 50 0.05
402 62 0.07
403 6 0.01
404 284 0.30
405 84 0.09
406 156 0.17
407 5 0.01
408 10 0.01
409 3 0.00
410 2 0.00
411 56 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (398 bp):
TGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGATTCCAAAATTTACACTGACAATTTA
TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACCATACACCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACG
TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTG
ATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAG
TGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTAGATTTTAGCAGACTG
TACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGGAATATGTATTAATATTAAATATTT
ATTAATTA
Found at i:23811 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 23774--23878 Score: 113
Period size: 29 Copynumber: 3.6 Consensus size: 29
23764 TCAAAATGCT
* *
23774 CAAACAAGGGTCTGATCTTTTAATTTGGC
1 CAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGC
* * ** *
23803 CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAAT-AC
1 CAAATAAGGGTCTAATCTT-TT-AATTTGGC
23833 TCAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGC
1 -CAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGC
23863 CAAATAAGGGTCTAAT
1 CAAATAAGGGTCTAAT
23879 GTTATCGAAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 12, Indels: 8
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 34 0.57
30 6 0.10
31 20 0.33
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
CAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGC
Found at i:23830 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 23745--23903 Score: 239
Period size: 60 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
23735 TAATTGCTCG
* * * *
23745 AATAAGGGCCTTACGTTTATC-AAAATGCTCAAACAAGGGTCTGATCTTTTAATTTGGCCA
1 AATAAGGGCCTAATG-TTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGCCA
* *
23805 AATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAATACTCAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGCCA
1 AATAAGGGCCTAATGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGCCA
*
23865 AATAAGGGTCTAATGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGG
1 AATAAGGGCCTAATGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGG
23904 CCTGGCGTCA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 9, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 4 0.04
60 85 0.96
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (60 bp):
AATAAGGGCCTAATGTTATCGAAAATGCTCAAATAAGGGTCTAATCTTTTAATTTGGCCA
Found at i:23838 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 23803--23906 Score: 115
Period size: 31 Copynumber: 3.4 Consensus size: 31
23793 TTAATTTGGC
*
23803 CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAATACT
1 CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAATGCT
* * **
23834 CAAATAAGGGTCTAATCTT-TT-AATTTGGC-
1 CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAAT-GCT
* *
23863 CAAATAAGGGTCTAATGTTATCGAAAATGCT
1 CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAATGCT
23894 CAAATAAGGGCCT
1 CAAATAAGGGCCT
23907 GGCGTCAGTT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 10, Indels: 8
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 21 0.36
30 6 0.10
31 32 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (31 bp):
CAAATAAGGGCCTAATGTTATTGAAAATGCT
Found at i:24104 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 23947--24108 Score: 193
Period size: 60 Copynumber: 2.7 Consensus size: 60
23937 TCGATGCAAG
* * *
23947 GTCCTTATTTGAGCATTTTGGCAAATGTTAGACTCTTATTTGGTCAAATTAAAAAACTAA
1 GTCCTTATTTGAACATTTTGGCAAATGTTAGACCCTTATTTGGCCAAATTAAAAAACTAA
* ** * * *
24007 G-CTCTTATTTGACCATTTTGATAAACGTTAGATCCTTATTTGGCCAAATTAAAAGA-TCAA
1 GTC-CTTATTTGAACATTTTGGCAAATGTTAGACCCTTATTTGGCCAAATTAAAAAACT-AA
* *
24067 GTCCTTATTTGAACATTTTGGCAAATATTAGGCCCTTATTTG
1 GTCCTTATTTGAACATTTTGGCAAATGTTAGACCCTTATTTG
24109 AGCAATTAGC
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 15, Indels: 6
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
59 2 0.02
60 81 0.96
61 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (60 bp):
GTCCTTATTTGAACATTTTGGCAAATGTTAGACCCTTATTTGGCCAAATTAAAAAACTAA
Found at i:24370 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 24354--24378 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
24344 TTTCTAGGGG
24354 AAAAAAAGAAA
1 AAAAAAAGAAA
24365 AAAAAAAGAAA
1 AAAAAAAGAAA
24376 AAA
1 AAA
24379 GAAATCTATG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.92, C:0.00, G:0.08, T:0.00
Consensus pattern (11 bp):
AAAAAAAGAAA
Found at i:33457 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 33429--33507 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 3.5 Consensus size: 25
33419 TTTTTTTATA
*
33429 AATTTTCAATTAATATACTACTAGT
1 AATTTTTAATTAATATACTACTAGT
33454 AATTTTTAATT--T-T--TA-TA--
1 AATTTTTAATTAATATACTACTAGT
*
33471 AATTTTAAATTAATATACTACTAGT
1 AATTTTTAATTAATATACTACTAGT
33496 AATTTTTAATTA
1 AATTTTTAATTA
33508 TACTTCAATA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 16
0.69 0.05 0.26
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.23
19 3 0.07
20 3 0.07
22 3 0.07
23 3 0.07
25 21 0.49
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (25 bp):
AATTTTTAATTAATATACTACTAGT
Found at i:33474 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 33421--33506 Score: 163
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
33411 TATATATTTT
*
33421 TTTTTATAAATTTTCAATTAATATACTACTAGTAATTTTTAA
1 TTTTTATAAATTTTAAATTAATATACTACTAGTAATTTTTAA
33463 TTTTTATAAATTTTAAATTAATATACTACTAGTAATTTTTAA
1 TTTTTATAAATTTTAAATTAATATACTACTAGTAATTTTTAA
33505 TT
1 TT
33507 ATACTTCAAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 43 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (42 bp):
TTTTTATAAATTTTAAATTAATATACTACTAGTAATTTTTAA
Found at i:36363 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 36356--36380 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
36346 TTTTCTTAGC
36356 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
36381 ATGTCATCAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:38591 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 38566--38607 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
38556 ATGAAGTGAA
*
38566 TTACTAAATACCGCCTCCTT
1 TTACTAAATACCGCCCCCTT
**
38586 TTACTAGCTACCGCCCCCTT
1 TTACTAAATACCGCCCCCTT
38606 TT
1 TT
38608 TGGACTATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TTACTAAATACCGCCCCCTT
Done.