Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01008708.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08729, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 20869
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.19, T:0.33


Found at i:941 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 917--956  Score: 62
    Period size: 21  Copynumber: 1.9  Consensus size: 21

        907 AGAGTTTGAT

                        *        
        917 AAAAAGCACGGAGCTTGAGAG
          1 AAAAAGCACGGAACTTGAGAG

                    *          
        938 AAAAAGCATGGAACTTGAG
          1 AAAAAGCACGGAACTTGAG

        957 TTTTTGTGCG


Statistics
Matches: 17,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.89            0.11        0.00

Matches are distributed among these distances:
  21   17  1.00

ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.30, T:0.12


Consensus pattern (21 bp):   
AAAAAGCACGGAACTTGAGAG

Found at i:5501 original size:1 final size:1

Alignment explanation


    Indices: 5495--5530  Score: 63
    Period size: 1  Copynumber: 36.0  Consensus size: 1

       5485 CTAAAACGGC

                                          *     
       5495 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAA
          1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

       5531 GGGAACAAGA


Statistics
Matches: 33,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
   1   33  1.00

ACGTcount: A:0.97, C:0.00, G:0.03, T:0.00


Consensus pattern (1 bp):   
A

Found at i:8409 original size:54 final size:54

Alignment explanation


    Indices: 8341--8756  Score: 636
    Period size: 54  Copynumber: 7.7  Consensus size: 54

       8331 CAATCAAAGA

                  *  *                                            
       8341 CTTAATCCAAAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

                                                         *        
       8395 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCTGTAATTGG
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

                                                    *            *
       8449 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGTAATCAGTAATTGA
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

                                                                 *
       8503 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGA
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

            *            *                                       *
       8557 TTTAATTCAGAGTGATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGA
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

                       *      *              *      *     *       
       8611 CTTAATTCAGAATAATTAGGTTAAAAAGAGT-ATAAATGGTAATCATTAATTGG
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

                         *     *                            *      
       8664 CTTAATTCAGAGTGATTAAATTAAAAAGAGTAACAAAATGGCAATCAGAAATTGG
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAA-AAAATGGCAATCAGTAATTGG

            *               *            *        
       8719 ATTAATTCAGAGTAATCAAGTTAAAAAGAATAAAAAAT
          1 CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAAT

       8757 TATTATCAGT


Statistics
Matches: 330,  Mismatches: 30, Indels: 4
        0.91            0.08        0.01

Matches are distributed among these distances:
  53   45  0.14
  54  240  0.73
  55   45  0.14

ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.17, T:0.29


Consensus pattern (54 bp):   
CTTAATTCAGAGTAATTAAGTTAAAAAGAGTAAAAAATGGCAATCAGTAATTGG

Found at i:8472 original size:19 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 8450--8526  Score: 50
    Period size: 19  Copynumber: 4.2  Consensus size: 18

       8440 TGTAATTGGC

                               
       8450 TTAATTCAGAGTAATTAAG
          1 TTAA-TCAGAGTAATTAAG

                **       **    
       8469 TTAAAAAGAGTAAAAAATG
          1 TTAATCAGAGTAATTAA-G

            *              * *
       8488 GTAATC--AGTAATTGAC
          1 TTAATCAGAGTAATTAAG

                               
       8504 TTAATTCAGAGTAATTAAG
          1 TTAA-TCAGAGTAATTAAG

                
       8523 TTAA
          1 TTAA

       8527 AAAGAGTAAA


Statistics
Matches: 40,  Mismatches: 14, Indels: 8
        0.65            0.23        0.13

Matches are distributed among these distances:
  16    3  0.08
  17    8  0.20
  18    9  0.22
  19   20  0.50

ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.16, T:0.32


Consensus pattern (18 bp):   
TTAATCAGAGTAATTAAG

Done.