Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01008770.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08791, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6750
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.17, T:0.32


Found at i:3705 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 2916--3697  Score: 1176
    Period size: 35  Copynumber: 22.3  Consensus size: 35

       2906 TTAAGTCGAT

                                   *           
       2916 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGTTTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                   *    *      
       2951 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGTTTACCGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                             * 
       2986 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                  *            
       3021 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                            *  *
       3056 CTTAATTACCCTGAATTAAGTT-AGTTACTGATTTG
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA

                                              *   
       3091 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTACTGAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTACTGACTTA

                                          * *   
       3129 CTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTTAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA

                *                     *      * 
       3164 CTTAGTTACCCTGAATTAAGTT-ATTGCTGACTCA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                       *          *            
       3198 CTTAATTACCCCGAATTAAGTTTATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                   *                           
       3233 CTTAATTTCCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                      *                        
       3268 CTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                  *     *    * 
       3303 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGACTCA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                       *                   *   
       3338 CTTAATTACCCAGAATTAAGTTGATTACTGAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                      *      *  
       3373 CTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCACTGACCTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTTA

                                               
       3408 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                           *   
       3443 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                               *             * 
       3478 CTTAATTACCCTGAATTAAATTGATTACTGACTGA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

               *                               
       3513 CTTCATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                 *                     *   *   
       3548 CTTAACTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                               
       3583 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                                               
       3618 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                 *                     *   *   
       3653 CTTAACTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTA
          1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

                      
       3688 CTTAATTACC
          1 CTTAATTACC

       3698 GAGAATTATA


Statistics
Matches: 680,  Mismatches: 58, Indels: 18
        0.90            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
  34   30  0.04
  35  617  0.91
  36    1  0.00
  38   31  0.05
  39    1  0.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.11, T:0.40


Consensus pattern (35 bp):   
CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTA

Found at i:6322 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 6298--6341  Score: 88
    Period size: 21  Copynumber: 2.1  Consensus size: 21

       6288 AACATAATTT

                                 
       6298 CTAATGCGCGAAATGGACTAA
          1 CTAATGCGCGAAATGGACTAA

                                 
       6319 CTAATGCGCGAAATGGACTAA
          1 CTAATGCGCGAAATGGACTAA

              
       6340 CT
          1 CT

       6342 TAACATGAGC


Statistics
Matches: 23,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  21   23  1.00

ACGTcount: A:0.36, C:0.20, G:0.23, T:0.20


Consensus pattern (21 bp):   
CTAATGCGCGAAATGGACTAA
Done.