Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008780.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08801, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3081
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1260 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1252--1285 Score: 68
Period size: 3 Copynumber: 11.3 Consensus size: 3
1242 TCAACAAATT
1252 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1286 ACCCCGCAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 31 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:1602 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1563--1607 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
1553 CTCTACCAAA
1563 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1584 CTAATGAATGATC-ATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1604 CTAA
1 CTAA
1608 AATAACATAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.46
21 13 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
CTAATGAATGATCAATGTGAT
Found at i:2033 original size:793 final size:789
Alignment explanation
Indices: 838--2376 Score: 2290
Period size: 793 Copynumber: 1.9 Consensus size: 789
828 CTAATTTTTC
*
838 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATTCTATAATAATGATTATAAAAAAGGCATAATACTACTATCAA
1 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATTC-ATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACTACTATCAA
*
903 ATAATTCAATAACCTTATAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAAT
65 ATAATTCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAAT
* * *
968 TAGAAAGCTAAACTCTATATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACTTTATCAAT
130 TAGAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAAT
*
1033 GGTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATT
195 GGTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATA
* * * *
1098 TAGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTTAGTTAAAGTTCTTA
260 TACGGTTAAAAAAATAGAGAGCGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTA
* * *
1163 TATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATTTTGTACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
325 TATATAGAATTAGAAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
* * * * *
1228 TTTCATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATACCCCGC
390 TTTCATAAATATTTTCAACAAA--TT-TTATTATCATTATTATTATTATGA-T-GT-CACACCGC
* * *
1293 AATACCTAATTTTACTATTTCAATCTCTCCAAAACAAATCTCACAATTCAACTAAACACATCCGG
449 AATACCTAATTTTACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACAT-CGG
* * **
1358 ACCTGTAAGTCAAATTTGTATAAGGTTGT-TTTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATT
513 ACCTGGAAGTCAAATTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATT
* * *
1422 AGGTGTACAAAATTAGTTCCTAATTACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAA
578 AGATGTACAAAATGA-TTCCTAATTAATAA-TCATATGTCC-TTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAA
* * * * *
1487 TTAAA-TT-TA-TATATATGCGTCTTTTTGGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGGTATCTAGCT
640 TTAAATTTATACTATATATGCATATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCT
1549 ATTACTCTACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCATGTGATCTAAAATAAC
705 ATTACTCTACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCATGTGATCTAAAATAAC
1614 ATAGCAAAAAGGTAATAATT
770 ATAGCAAAAAGGTAATAATT
* *
1634 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAA-TC-T-ATAATGA-TAAAAAAAAGGCATAATACTACTATGAAC
1 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATTCATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACTACTATCAAA
* * * *
1695 TAATTTAATAA-CTTACATTCTTAGTAATTTTGGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
66 TAATTCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
*
1759 AGAAAGCTAAACTATAGAATTATCAAGAAATTTAGCAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAAT
131 AGAAAGCTAAACTATA-AATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAAT
* * * *
1824 GGTGAA-TGTTATTAATTTTTTAATCTAAGATTACTAAAAAAGTTGTAGTGGATAATTTAAGAGA
195 GGTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGT-G--AA-TAAAGAGA
* *
1888 TATATACGGTT-AAAAAATAGTGAGCTTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTC
256 TATATACGGTTAAAAAAATAGAGAGCGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTC
* *
1952 CTTGTATATAGAATTAGAAGTTTAATTTTATTATCTTATTCTATGTGTATATGTTAATCAATCTT
321 CTTATATATAGAATTAGAAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTT
* * * * *
2017 AGTGTTTCATAAATATTTTCAACAAATTTTATTCTCATTATTGTTATTCTGATGTCACACTGTAA
386 AGTGTTTCATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATCATTATTATTATTATGATGTCACACCGCAA
* * *
2082 TATCTAATTTTACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAATCATATCGGACC
451 TACCTAATTTTACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATCGGACC
*
2147 TGGAAGTCAAGTTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGA
516 TGGAAGTCAAATTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGA
2212 TGTACAAAATGATTCCTAATTAATAATCATATGTCCTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAAAT
581 TGTACAAAATGATTCCTAATTAATAATCATATGTCCTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAAAT
* *
2277 TTATATGCTATATATGCATATCTTTAGCAAGTTGAAGTAAAATTAAAATTGATATCTCGCTATTA
646 TTATA--CTATATATGCATATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTA
* *
2342 CTCTACCAAATTAATGAATTATCAATGTGATCTAA
709 CTCTACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAA
2377 AATAGCAAAA
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 61, Indels: 29
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
784 28 0.04
785 12 0.02
786 44 0.07
787 105 0.16
788 1 0.00
789 84 0.13
790 123 0.18
791 90 0.13
792 7 0.01
793 137 0.20
794 16 0.02
795 2 0.00
796 22 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (789 bp):
TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATTCATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACTACTATCAAA
TAATTCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
AGAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACATTATCAATG
GTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATAT
ACGGTTAAAAAAATAGAGAGCGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTAT
ATATAGAATTAGAAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTGT
TTCATAAATATTTTCAACAAATTTTATTATCATTATTATTATTATGATGTCACACCGCAATACCT
AATTTTACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATCGGACCTGGAA
GTCAAATTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAAATTAGATGTAC
AAAATGATTCCTAATTAATAATCATATGTCCTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAAATTTATA
CTATATATGCATATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTACTCTACC
AAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCATGTGATCTAAAATAACATAGCAAAAAG
GTAATAATT
Done.