Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008828.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08849, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 66535
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.17, T:0.32
Found at i:2976 original size:121 final size:121
Alignment explanation
Indices: 2762--3006 Score: 490
Period size: 121 Copynumber: 2.0 Consensus size: 121
2752 TAATTTCTTG
2762 GCTTGAAACTATCCTGTTCAACCTCATGGACTTCTACTTCCTTCTTCTTCTGGCTAGCCTATTCT
1 GCTTGAAACTATCCTGTTCAACCTCATGGACTTCTACTTCCTTCTTCTTCTGGCTAGCCTATTCT
2827 TTTTCTCAACATCTTCTATTGCACCTGTTCTAACTCCGGCTTCATATACCTCAGCC
66 TTTTCTCAACATCTTCTATTGCACCTGTTCTAACTCCGGCTTCATATACCTCAGCC
2883 GCTTGAAACTATCCTGTTCAACCTCATGGACTTCTACTTCCTTCTTCTTCTGGCTAGCCTATTCT
1 GCTTGAAACTATCCTGTTCAACCTCATGGACTTCTACTTCCTTCTTCTTCTGGCTAGCCTATTCT
2948 TTTTCTCAACATCTTCTATTGCACCTGTTCTAACTCCGGCTTCATATACCTCAGCC
66 TTTTCTCAACATCTTCTATTGCACCTGTTCTAACTCCGGCTTCATATACCTCAGCC
3004 GCT
1 GCT
3007 ACTATCAACT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
121 124 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (121 bp):
GCTTGAAACTATCCTGTTCAACCTCATGGACTTCTACTTCCTTCTTCTTCTGGCTAGCCTATTCT
TTTTCTCAACATCTTCTATTGCACCTGTTCTAACTCCGGCTTCATATACCTCAGCC
Found at i:16979 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16937--16978 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
16927 TTTCTACGTT
*
16937 TTTTTTATTATTTTCTAAAATC
1 TTTTTTATCATTTTCTAAAATC
16959 TTTTTTATCATTTTCTAAAA
1 TTTTTTATCATTTTCTAAAA
16979 AAACAATTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTTATCATTTTCTAAAATC
Found at i:23662 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 23655--23698 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 22.0 Consensus size: 2
23645 TAATTTACCC
* *
23655 AT AT AT AT AT AT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT GT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
23697 AT
1 AT
23699 GAATGCATCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 38 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:23678 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23655--23698 Score: 88
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
23645 TAATTTACCC
23655 ATATATATATATATATGT
1 ATATATATATATATATGT
23673 ATATATATATATATATGT
1 ATATATATATATATATGT
23691 ATATATAT
1 ATATATAT
23699 GAATGCATCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 26 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
ATATATATATATATATGT
Found at i:24458 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 24420--24641 Score: 320
Period size: 32 Copynumber: 6.9 Consensus size: 32
24410 TATTGACTCC
* * *
24420 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTTTTTTTCC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
*
24452 ACTTAATTACCATGAATTAAGTTCTTTATTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
24484 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
*
24516 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
* * * * *
24548 ACATAATTTCCCTGAACTAAG-CCTTTTATCCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC-TTTATTCT
24580 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
**
24612 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCTTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATT
24642 GACTCTACTT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 17, Indels: 4
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.01
32 169 0.99
33 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTCT
Found at i:24696 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 24651--24973 Score: 513
Period size: 41 Copynumber: 7.9 Consensus size: 41
24641 TGACTCTACT
* * *
24651 TAATTTTCTTCCCTAAAATTAAGTCTGTGC-TTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTA-CTTTACC
24692 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
*
24733 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* *
24774 TAATTTTCTTCCTTGAAATCAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* * *
24815 TAATTTTCTTCCTTGAAATCAAGTTTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* * *
24856 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTCAAC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
24897 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
*
24938 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTCTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACT
24974 ATTCTTACTT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 17, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
41 261 0.99
42 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
Found at i:25116 original size:41 final size:39
Alignment explanation
Indices: 25013--25809 Score: 333
Period size: 41 Copynumber: 19.6 Consensus size: 39
25003 TTATGATTAC
*
25013 CTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTA
1 CTTTCTTAATTACC-TGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * * *
25053 CTTTTCCTTAATTTCTATGAATTAAGACCTTAAATGTGTATG
1 C-TTT-CTTAATTAC-CTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* ** * *
25095 CTCTTCTTAATGACACTGAATTAAGACTCTGGA-TGTGCTTA
1 CT-TTCTTAATTAC-CTGAATTAAGAC-CTTAACTGTGTTTG
* *
25136 CTTTCCATAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTG
1 CTTT-CTTAATTACC-TGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* *
25177 ACTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTTTG
1 -CTTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * * *
25218 ACTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACCTTGACTATATTTG
1 -CTTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * *
25259 CTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAATTGTGTTTT
1 C-TTTCTTAATTACC-TGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* *
25300 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTACTTACCAAAT-TAAGACCTTG
1 C-TTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGAC---CTT---AACTGT--G--TTTG
* * ** * *
25350 ACTATGTTTGTT-CTTCTTAATTACCCTAAATTAAGA-CTCTAACTGTGTTTA
1 -CTTTCTTAATTAC--CTGAA-T---------TAAGACCT-TAACTGTGTTTG
* *
25401 CTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTATG
1 CTTT-CTTAATTACC-TGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * * *
25442 CTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA-TTCTGACTGTGTGTA
1 CT-TTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCT-TAACTGTGTTTG
*
25483 CTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGA-CTT-AC------T-
1 C-TTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * *
25515 -TTTCTTAATTACC-AAATTAAGA-CTCTGAGTGTGTTTG
1 CTTTCTTAATTACCTGAATTAAGACCT-TAACTGTGTTTG
25552 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA-CTCTAACTGTGTTTG
1 C-TTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCT-TAACTGTGTTTG
*
25593 CTTTTCTTAATTACC-AAATTAAGA-CTT-AC------T-
1 C-TTTCTTAATTACCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* *
25623 C-CTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTG
1 CTTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * * *
25662 TTTTTCTTAATTACCCTTAATTAGGA-CTCTAAATGTGTTTG
1 -CTTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCT-TAACTGTGTTTG
* * * *
25703 TTTTTCTTAATTACC-AAATTAAGACTTTAACTGTGTCTG
1 -CTTTCTTAATTACCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
*
25742 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTG
1 C-TTTCTTAATTA-CCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
* * *
25783 TTTTTGTTAATTTCCCTGAATTAAGAC
1 -CTTTCTTAA-TTACCTGAATTAAGAC
25810 GTACTTTTCT
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 86, Indels: 157
0.71 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
28 18 0.03
29 5 0.01
30 21 0.04
31 3 0.01
32 2 0.00
33 1 0.00
36 1 0.00
37 2 0.00
38 2 0.00
39 51 0.09
40 22 0.04
41 362 0.61
42 52 0.09
44 2 0.00
46 1 0.00
47 3 0.01
48 2 0.00
50 17 0.03
51 11 0.02
52 1 0.00
53 1 0.00
54 3 0.01
55 1 0.00
56 2 0.00
57 1 0.00
60 5 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (39 bp):
CTTTCTTAATTACCTGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTG
Found at i:25327 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 25009--25328 Score: 394
Period size: 123 Copynumber: 2.6 Consensus size: 123
24999 AGCCTTATGA
* * * **
25009 TTACCTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACCTTAACTGTGTTTACTTTTCCTTAATTTCTATGAA
1 TTACTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTACTTTT-CTTAATTACCCTGAA
* * * *
25074 TTAAGACCTTAAATGTGTATGCTCTTCTTAATGACACTGAATTAAGACTCTGGATGTGC
65 TTAAGACTTTAAATGTGTATGCTCTTCTTAATGACACTAAATTAAGACTCTGGATATAC
* *
25133 TTACTTTCCATAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGAC-TTTCTTAATTACCCTGAA
1 TTACTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTT-ACTTTTCTTAATTACCCTGAA
* * * * * * *
25197 TTAAGACTTTGACTGTGTTTGACT-TTCTTAATTACCCTAAATTAAGAC-CTTGACTATAT
65 TTAAGACTTTAAATGTGTATG-CTCTTCTTAATGACACTAAATTAAGACTCTGGA-TATAC
* * *
25256 TTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAATTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAAT
1 TTACTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAAT
25321 TAAGACTT
66 TAAGACTT
25329 ACTTACCAAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 23, Indels: 9
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
122 5 0.03
123 118 0.70
124 44 0.26
125 2 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (123 bp):
TTACTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAAT
TAAGACTTTAAATGTGTATGCTCTTCTTAATGACACTAAATTAAGACTCTGGATATAC
Found at i:25367 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 25235--25429 Score: 302
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
25225 TAATTACCCT
* * * *
25235 AAATTAAGACCTTGACTATATTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAATTGTGTTTT
1 AAATTAAGACCTTGACTATATTTGCTTTTCTTAATTACCATAAATTAAGACTCTAACTGTGTTTA
* *
25300 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTACTTACC
66 CTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTTACTTACC
* *
25336 AAATTAAGACCTTGACTATGTTTG-TTCTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAACTGTGTTT
1 AAATTAAGACCTTGACTATATTTGCTT-TTCTTAATTACCATAAATTAAGACTCTAACTGTGTTT
25400 ACTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTT
65 ACTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTT
25430 TAACTGTGTA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 8, Indels: 2
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
100 2 0.02
101 83 0.98
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (101 bp):
AAATTAAGACCTTGACTATATTTGCTTTTCTTAATTACCATAAATTAAGACTCTAACTGTGTTTA
CTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTTACTTACC
Found at i:25464 original size:183 final size:178
Alignment explanation
Indices: 25145--25689 Score: 560
Period size: 183 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
25135 ACTTTCCATA
* * * * *
25145 ATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTG-ACTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGA
1 ATTACCA--AATTAAGACCTTGACTGTGTTTGTTC-TTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCTAA
* *
25209 CTGTGTTTGACTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACCTTGACTATATTTGCTTTTCTTAATTACC
63 CTGTGTTT-ACTTTCTTAATTACCAT-AATTAAGA-CTT-AC--T-TTTGCTCTTCTTAATTACC
* *
25274 ATGAATTAAGACTTTAATTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTA-C
121 CTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTATC
* *
25331 -TTACCAAATTAAGACCTTGACTATGTTTGTTCTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAACTG
1 ATTACCAAATTAAGACCTTGACTGTGTTTGTTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCTAACTG
25395 TGTTTACTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTATGCTCTTCTTAATTACCCTG
66 TGTTTACTTT-CTTAATTACCAT-AATTAAGAC-TT-ACT-T-T-TGCTCTTCTTAATTACCCTG
* * * *
25460 AATTAAGA-TTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGACTTACTTTTC
124 AATTAAGACTT-TAACTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTA----TC
*
25519 TTAATTACCAAATTAAGA-CTCTGAGTGTGTTTGCTT-TTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCT
1 ---ATTACCAAATTAAGACCT-TGACTGTGTTTG-TTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCT
*
25582 AACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCA-AATTAAGACTTAC---T-C-C-TCTTAATTACCCTGA
61 AACTGTGTTTAC-TTTCTTAATTACCATAATTAAGACTTACTTTTGCTCTTCTTAATTACCCTGA
* *
25640 ATTAAGACTTTAACTGTGTTTGT-TTTTCTTAATTACCCTTAATTAGGACT
125 ATTAAGACTTTAACTGTGTTT-TCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACT
25690 CTAAATGTGT
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 28, Indels: 47
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
179 55 0.18
180 3 0.01
181 3 0.01
182 10 0.03
183 140 0.45
184 1 0.00
185 6 0.02
188 3 0.01
189 2 0.01
190 9 0.03
191 2 0.01
192 72 0.23
193 5 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATTACCAAATTAAGACCTTGACTGTGTTTGTTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCTAACTG
TGTTTACTTTCTTAATTACCATAATTAAGACTTACTTTTGCTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAG
ACTTTAACTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTATC
Found at i:25542 original size:69 final size:71
Alignment explanation
Indices: 25445--25579 Score: 202
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
25435 GTGTATGCTC
* *
25445 TTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGAC
1 TTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGAC
25510 TTACTT
66 TTACTT
* * * *
25516 TTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACTCTGAGTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAC
1 TTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGAC
25579 T
66 T
25580 CTAACTGTGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
69 46 0.79
70 2 0.03
71 10 0.17
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (71 bp):
TTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGAC
TTACTT
Found at i:25559 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 25398--25809 Score: 423
Period size: 110 Copynumber: 3.6 Consensus size: 109
25388 CTAACTGTGT
* * *
25398 TTACTTTCCTTAATTACCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTATGCTCTTCTTAATTACCCTGAAT
1 TTACTTTTCTTAATTACCA--AATTAAGACTTTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAAT
* * * * *
25463 TAAGATTCTGACTGTGTGTACTTTTCTTAATTACCCTGAACTAAGAC
64 TAAGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCC-AAACTAAGAC
* * *
25510 TTACTTTTCTTAATTACCAAATTAAGACTCTGAGTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTA
1 TTACTTTTCTTAATTACCAAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTA
*
25575 AGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTA-CCAAATTAAGAC
66 AGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCAAACTAAGAC
** * * *
25618 TTACTCCTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGTTTTTCTTAATTACCCTTAAT
1 TTACTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAAT
* * * *
25683 TAGGACTCTAAATGTGTTTGTTTTTCTTAATTA-CCAAATTAAGAC
64 TAAGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCAAACTAAGAC
* * *
25728 TTTAACTGTGTCTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGTTTTTGTTAA
1 -TT-A---------CTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAA
*
25793 TTTCCCTGAATTAAGAC
53 TTACCCTGAATTAAGAC
25810 GTACTTTTCT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 29, Indels: 17
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
108 22 0.09
109 4 0.02
110 149 0.58
111 2 0.01
112 19 0.07
121 62 0.24
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (109 bp):
TTACTTTTCTTAATTACCAAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTA
AGACTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCAAACTAAGAC
Found at i:25564 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 25220--25825 Score: 500
Period size: 151 Copynumber: 4.1 Consensus size: 152
25210 TGTGTTTGAC
* * * *
25220 TTTCTTAATTACCCTAAATTAAGAC-CTTGACTATATTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAG
1 TTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTC-TAAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAG
* * * * *** *
25284 ACTTTAATTGTGTTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA--CTTACT-TACCAA----ATTA
65 ACTTTAACTGTGTATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTAACTGTGTTAATTTTCTTA
* * * **
25342 A-GACCTTG-ACTATG--TTTGT
130 ATTACCCTGAACTAAGACTTACT
* * *
25361 TCTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAACTGTGTTTACTTTCCTTAATTACCATGAATTAAG
1 T-TTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAG
* * *
25426 ACTTTAACTGTGTATGCTCTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTGACTGTGTGTACTTTTCTT
65 ACTTTAACTGTGTATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTAACTGTGT-TAATTTTCTT
25491 AATTACCCTGAACTAAGACTTACT
129 AATTACCCTGAACTAAGACTTACT
* * *
25515 TTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACTCTGAGTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA
1 TTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGA
* * * * * * ** *
25578 CTCTAACTGTGTTTGCTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGA--CTTACTCCTCTTAATTACCCTG
66 CTTTAACTGTGTATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTAACT-GTGTTAATT-TTCTT
* * * ** * **
25639 AATTAAGACTTTAACTGTG-TTTGTT
129 AATT-A-CCCTGAACTAAGACTTACT
* * *
25664 TTTCTTAATTACCCTTAATTAGGACTCTAAATGTGTTTGTTTTTCTTAATTACCA--AATTAAGA
1 TTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGA
* ** *
25727 CTTTAACTGTGTCTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTT-TAACTGTGTTTGTTTTTGTT
66 CTTTAACTGTGTATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA-TTCTAACTGTG-TTAATTTTCTT
* * *
25791 AATTTCCCTGAATTAAGACGTACT
129 AATTACCCTGAACTAAGACTTACT
25815 TTTCTTAATTA
1 TTTCTTAATTA
25826 ATTTTTTTCT
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 73, Indels: 44
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
141 1 0.00
142 94 0.26
143 1 0.00
144 5 0.01
145 1 0.00
146 1 0.00
147 9 0.02
148 8 0.02
149 57 0.16
150 23 0.06
151 130 0.36
152 13 0.04
153 18 0.05
154 4 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (152 bp):
TTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGA
CTTTAACTGTGTATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTCTAACTGTGTTAATTTTCTTAA
TTACCCTGAACTAAGACTTACT
Found at i:25611 original size:80 final size:81
Alignment explanation
Indices: 25513--25809 Score: 320
Period size: 80 Copynumber: 3.8 Consensus size: 81
25503 CTAAGACTTA
*
25513 CTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACTCTGAGTGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA
1 CTTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCT-AATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA
*
25576 GACTCTAACTGTGTTTG
65 GACTTTAACTGTGTTTG
**
25593 CTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAAGACT-T-A--------CTCCTCTTAATTACCCTGAATTAAG
1 CTTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG
25646 ACTTTAACTGTGTTTG
66 ACTTTAACTGTGTTTG
* * * * *
25662 TTTTTCTTAATTACCCTTAATTAGGACTCTAAATGTGTTTGTTTTTCTTAATTA-CC-AAATTAA
1 CTTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCT-AATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA
*
25725 GACTTTAACTGTGTCTG
65 GACTTTAACTGTGTTTG
* * * * *
25742 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTGTTTTTGTTAATTTCCCTGAATTAA
1 CTTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAA-TGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA
25807 GAC
65 GAC
25810 GTACTTTTCT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 19, Indels: 30
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
69 50 0.27
70 2 0.01
71 9 0.05
72 1 0.01
74 1 0.01
79 3 0.02
80 93 0.51
81 4 0.02
82 19 0.10
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (81 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTAAATTAAGACTCTAATGTGTTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG
ACTTTAACTGTGTTTG
Found at i:25846 original size:53 final size:51
Alignment explanation
Indices: 25783--25884 Score: 141
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
25773 ACTGTGTTTG
* *
25783 TTTTTGTTAATTTCCCTGAATTAAGACGTACTTTTCTTAATTAATTTTTTTCT
1 TTTTTGTTAATTACACTGAATTAAGACGTACTTTTCTTAATT--TTTTTTTCT
* * *
25836 TTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGCTTACTTTTCTTAATTTTTTTTT
1 TTTTTGTTAATTACACTGAATTAAGACGTACTTTTCTTAATTTTTTTTT
25885 AATTACACTG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 7 0.16
53 37 0.84
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.07, T:0.59
Consensus pattern (51 bp):
TTTTTGTTAATTACACTGAATTAAGACGTACTTTTCTTAATTTTTTTTTCT
Found at i:25887 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 25835--25944 Score: 188
Period size: 41 Copynumber: 2.7 Consensus size: 41
25825 AATTTTTTTC
25835 TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGCTT-ACTTTTCTTAA
1 TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGG-TTCACTTTTCTTAA
25876 TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGTTCACTTTTCTTAA
1 TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGTTCACTTTTCTTAA
*
25917 -TTTTTCTTAATTACACTGAATTAAGGTT
1 TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGTT
25945 TTAGTTGTAC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 1, Indels: 3
0.94 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 29 0.43
41 38 0.57
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.08, T:0.53
Consensus pattern (41 bp):
TTTTTTTTTAATTACACTGAATTAAGGTTCACTTTTCTTAA
Found at i:32801 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 32776--32815 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
32766 CTCCTCTTGC
32776 ATGAAAAACACTTTTTTTTT
1 ATGAAAAACA-TTTTTTTTT
*
32796 ATGAAAAAGATTTTTTTTT
1 ATGAAAAACATTTTTTTTT
32815 A
1 A
32816 ACTACCCTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.53
20 9 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
ATGAAAAACATTTTTTTTT
Found at i:60233 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 60227--60251 Score: 50
Period size: 1 Copynumber: 25.0 Consensus size: 1
60217 CTACGGGCGG
60227 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
60252 CTTTCTAGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 24 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:60608 original size:44 final size:46
Alignment explanation
Indices: 60559--60648 Score: 148
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
60549 GATTACTTCT
*
60559 CCAGCTCATCATTAATTCG-GGTAGGGA-TTTTTTAGTAATTCCAC
1 CCAGCTCATCATTAATTCGAGGTAGAGATTTTTTTAGTAATTCCAC
*
60603 CCAGCTTATCATTAATTCGAGGTAGAGATTTTTTTAGTAATTCCAC
1 CCAGCTCATCATTAATTCGAGGTAGAGATTTTTTTAGTAATTCCAC
60649 TACTCTATTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 18 0.43
45 7 0.17
46 17 0.40
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (46 bp):
CCAGCTCATCATTAATTCGAGGTAGAGATTTTTTTAGTAATTCCAC
Found at i:61220 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 61181--61244 Score: 96
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
61171 TTCTCACTTT
61181 TCTTTTCACCTTTTTAATA-AA-CTTTCACAACC
1 TCTTTTCACCTTTTTAATATAATCTTTCACAACC
**
61213 TCTTTTCATTTTTTTAATATAATCTTTCACAA
1 TCTTTTCACCTTTTTAATATAATCTTTCACAA
61245 AACCTTCTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.61
33 2 0.07
34 9 0.32
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (34 bp):
TCTTTTCACCTTTTTAATATAATCTTTCACAACC
Found at i:62321 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 62286--62321 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
62276 CCCAATCAAC
62286 AATTATGATGTAGTAAAT
1 AATTATGATGTAGTAAAT
62304 AATTGATGATGTAG-AAAT
1 AATT-ATGATGTAGTAAAT
62322 TCCAAATCCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.47
19 9 0.53
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATGATGTAGTAAAT
Found at i:65299 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 65245--65311 Score: 91
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
65235 TTCAAATAAT
* *
65245 TAAACTAAACTAGGAAAACAA-TTAATTAAAAC
1 TAAACTAAACTAAGAAAACAATTTAAGTAAAAC
65277 TAAACTAATGACTAAGAAAACAATTTAAGTAAAAC
1 TAAACTAA--ACTAAGAAAACAATTTAAGTAAAAC
65312 AATTAATCGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 8 0.27
34 12 0.40
35 10 0.33
ACGTcount: A:0.58, C:0.12, G:0.07, T:0.22
Consensus pattern (33 bp):
TAAACTAAACTAAGAAAACAATTTAAGTAAAAC
Found at i:66257 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 66207--66330 Score: 144
Period size: 33 Copynumber: 3.7 Consensus size: 33
66197 CCGCGCAACA
66207 CCGGCCACAAGACCGGCCACGCGACATGGACATGT
1 CCGGCCAC-A-ACCGGCCACGCGACATGGACATGT
66242 CCGGCCATC-ACCGGCCACGCGACATGGACATGT
1 CCGGCCA-CAACCGGCCACGCGACATGGACATGT
* ** * * *
66275 CCGGCTACAACCGGCCAAACAAC-TCGGCCATGC
1 CCGGCCACAACCGGCCACGCGACAT-GGACATGT
66308 CCGGCCACAACCGGCCACGCGAC
1 CCGGCCACAACCGGCCACGCGAC
66331 CCTTTGTCTA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 10, Indels: 8
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.03
33 66 0.87
35 7 0.09
36 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.42, G:0.26, T:0.08
Consensus pattern (33 bp):
CCGGCCACAACCGGCCACGCGACATGGACATGT
Done.