Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008863.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08884, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12307
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.19, T:0.31
Found at i:714 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 675--1449 Score: 785
Period size: 35 Copynumber: 22.7 Consensus size: 34
665 CAGTAATAAG
*
675 TAACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAGTCAGTGAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-AA
710 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG---
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
741 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA-A
*
775 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGT---T-AGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
805 GTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAGTTAG
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-AGTCAG-TAA
* * * *
842 TAACTTAGTTCAGGGAAATTAAGCAAGGCAG---
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
873 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
907 TCAACTTAATTCAGGGTGATTAAGCAAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
942 TCAACTTAGTTCAGGGTAATTAACTGAGTCAGTAA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
977 TCAACCTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AGTTCAATGAG
1 T-AA-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGT-AA
* *
1014 TAACTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAA
* *
1049 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAA
* * *
1084 TAACTTAATTCAGGGTAATTAATTGAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAA
* *
1119 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAGTAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * *
1153 TTAACTTAATTCAGGGTGATTAAGTAATTCAATTA
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * *
1188 TTACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAA
1 TAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1223 TCAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AA
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1255 TAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
1289 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A--AA
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* * * *
1321 TAGCTTAATTCAAGGTAATTAAGCAAGTCAGTTAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAA
*
1356 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAATAA
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
* *
1390 GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGA
1 -TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
*
1425 TCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1450 TTAGTAAGTA
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 78, Indels: 66
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 126 0.20
32 7 0.01
34 35 0.06
35 404 0.64
36 52 0.08
37 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
Found at i:1182 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1124--1247 Score: 71
Period size: 16 Copynumber: 7.1 Consensus size: 18
1114 GTTAGCAACT
1124 TAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
1142 TCAGTCA--GTAATTAACT
1 TAATTCAGGGTAATTAA-G
*
1159 TAATTCAGGGTGATTAAG
1 TAATTCAGGGTAATTAAG
* * **
1177 TAATTCA--ATTATTACTT
1 TAATTCAGGGTAATTA-AG
1194 TAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
1212 TAATTTA--GTAATCAACT
1 TAATTCAGGGTAATTAA-G
*
1229 TAATTTAGGGTAATTAAG
1 TAATTCAGGGTAATTAAG
1247 T
1 T
1248 CAGTAAATAG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 20, Indels: 18
0.67 0.17 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.26
17 19 0.25
18 19 0.25
19 19 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCAGGGTAATTAAG
Found at i:8291 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 8282--8314 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
8272 AAAGCAAAGC
8282 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
1 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
8315 GCAGATTATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 27 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.15, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (6 bp):
AAATCT
Found at i:8326 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 8311--8355 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
8301 AATCTAAATC
8311 TAAAGCAGATT-A
1 TAAAGCAGATTAA
*
8323 TAAAGCAAATTAA
1 TAAAGCAGATTAA
*
8336 TAAAGTAGATTAA
1 TAAAGCAGATTAA
8349 TAAAGCA
1 TAAAGCA
8356 AACAATAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.36
13 18 0.64
ACGTcount: A:0.56, C:0.07, G:0.13, T:0.24
Consensus pattern (13 bp):
TAAAGCAGATTAA
Found at i:8362 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 8311--8363 Score: 72
Period size: 25 Copynumber: 2.1 Consensus size: 25
8301 AATCTAAATC
*
8311 TAAAGCAGATTATAAAGCAAATTAA
1 TAAAGCAGATTATAAAGCAAATCAA
*
8336 TAAAGTAGATTAATAAAGCAAA-CAA
1 TAAAGCAGATT-ATAAAGCAAATCAA
8361 TAA
1 TAA
8364 TTAAAAAGCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.60
26 10 0.40
ACGTcount: A:0.58, C:0.08, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (25 bp):
TAAAGCAGATTATAAAGCAAATCAA
Done.