Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01000892.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00892, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 636

Length: 1060
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.17, T:0.30


Found at i:605 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 582--642  Score: 56
    Period size: 18  Copynumber: 3.4  Consensus size: 18

        572 GTAATCAACT

                              
        582 TAATTCAAGGTAATTAAG
          1 TAATTCAAGGTAATTAAG

                          *   *
        600 TAATTCAA--TAATCAACT
          1 TAATTCAAGGTAATTAA-G

                               
        617 TAATTC-AGTGTAATTAAG
          1 TAATTCAAG-GTAATTAAG

              *     
        635 TAGTTCAA
          1 TAATTCAA

        643 TGAGTAACTT


Statistics
Matches: 33,  Mismatches: 5, Indels: 9
        0.70            0.11        0.19

Matches are distributed among these distances:
  16    7  0.21
  17    6  0.18
  18   13  0.39
  19    7  0.21

ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.36


Consensus pattern (18 bp):   
TAATTCAAGGTAATTAAG

Found at i:657 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 328--636  Score: 478
    Period size: 35  Copynumber: 8.8  Consensus size: 35

        318 GAATCAGTAA

                *                           *   
        328 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGATCAG
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-CCAG

                                                
        363 TAAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG
          1 T-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                                              *
        398 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAT
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                                               
        433 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                                               
        468 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                                               
        503 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                              *         *  **  
        538 TAATCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTTAG
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                            *             **  *
        573 TAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAA
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

                             *           
        608 TAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTA
          1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA

        637 GTTCAATGAG


Statistics
Matches: 256,  Mismatches: 15, Indels: 6
        0.92            0.05        0.02

Matches are distributed among these distances:
  34    3  0.01
  35  248  0.97
  36    5  0.02

ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.32


Consensus pattern (35 bp):   
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCCAG

Found at i:667 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 326--670  Score: 392
    Period size: 35  Copynumber: 9.9  Consensus size: 35

        316 ATGAATCAGT

                  *                             
        326 AATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGA-TC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA-ATTC

             *                               ** 
        361 AGTAAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCC
          1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

             *                              ** 
        396 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

             *                              ** 
        431 ATTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

             *                              ** 
        466 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

             *                              ** 
        501 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGCC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

             *                  *           *   
        536 AGTAATCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTT-
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTC

             *                *                
        571 AGTAATCAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

                               *           *   
        606 AATAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGTTC
          1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

                 *            *   *        
        641 AATGAGT-AACTTAATTCGGGGAAATTAAGT
          1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT

        671 TTTGTAAGAA


Statistics
Matches: 285,  Mismatches: 19, Indels: 12
        0.90            0.06        0.04

Matches are distributed among these distances:
  34    7  0.02
  35  272  0.95
  36    6  0.02

ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.16, T:0.32


Consensus pattern (35 bp):   
AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTC

Done.