Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008937.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08958, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8913
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Found at i:2956 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2840--3247 Score: 317
Period size: 22 Copynumber: 18.2 Consensus size: 22
2830 TTTCAGGTAT
* *
2840 TGTTTTATGGTTAATTTGGTAC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
* *
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1 TGTTTTA-TGCTT-AATTTGCTAC
* * *
2885 TGTTTTATGATTGAATATGTTAC
1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* *
2908 TGTTTTATGATTGAATATGCTAC
1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
2931 TGTTTCT-TGCTTATAATTTGCTAC
1 TGTTT-TATGC-T-TAATTTGCTAC
*
2955 TGTTTTATGCTTAATTTGCTCC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
* * * * *
2977 TATTTTAGGGTTCATGTAGCTAC
1 TGTTTTATGCTTAAT-TTGCTAC
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1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* * * *
3022 TTTTTTAGGGTTCATTTGCTAC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
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1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* * *
3066 TGTTTTAGGGTTCATTTGCTAC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
*
3088 TGTTTTGTGCTTAAATTT-CTAC
1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* * * *
3110 TATTTTAGGGTTCATTTGCTAC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
*
3132 TGTTTTATGCTTAAAATT-CTAC
1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* * * *
3154 TGTTTTAGGGTTCATGTAGCTAC
1 TGTTTTATGCTTAAT-TTGCTAC
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1 TGTTTTATGCTT-AATTTGCTAC
* * *
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1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
*
3221 TGTTTTATGCTTAATTTGCTTC
1 TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
3243 TGTTT
1 TGTTT
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Statistics
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22 161 0.53
23 95 0.31
24 27 0.09
25 1 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.12, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (22 bp):
TGTTTTATGCTTAATTTGCTAC
Found at i:3058 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2946--3247 Score: 473
Period size: 44 Copynumber: 6.8 Consensus size: 44
2936 CTTGCTTATA
* *
2946 ATTTGCTACTGTTTTATGCTT-AATTTGCTCCTATTTTAGGGTTC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTT-CTACTGTTTTAGGGTTC
* *
2990 ATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTTTTTTAGGGTTC
1 AT-TTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
3035 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
* *
3079 ATTTGCTACTGTTTTGTGCTTAAATTTCTACTATTTTAGGGTTC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
*
3123 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAAATTCTACTGTTTTAGGGTTC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
*
3167 ATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
1 AT-TTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
*
3212 ATTTGCTACTGTTTTATGCTT-AATTTGCTTCTGTTT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTT-CTACTGTTT
3248 GTTTGATGCT
Statistics
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0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 5 0.02
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ACGTcount: A:0.18, C:0.14, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (44 bp):
ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
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Alignment explanation
Indices: 2946--3247 Score: 493
Period size: 89 Copynumber: 3.4 Consensus size: 89
2936 CTTGCTTATA
* *
2946 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTCCTATTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCT
*
3011 TAAATTTCTACTTTTTTAGGGTTC
66 TAAATTTCTACTATTTTAGGGTTC
* *
3035 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTT-CTACTGTTTTAGGGTTCAT-TTGCTACTGTTTTGTGC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTT-AATTTGCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGC
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65 TTAAATTTCTACTATTTTAGGGTTC
*
3123 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAAAATT-CTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGC
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTT-AATTTGCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGC
*
3187 TTAAATTTCTACTGTTTTAGGGTTC
65 TTAAATTTCTACTATTTTAGGGTTC
*
3212 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTTCTGTTT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTACTGTTT
3248 GTTTGATGCT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 11, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
88 88 0.44
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Consensus pattern (89 bp):
ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCT
TAAATTTCTACTATTTTAGGGTTC
Found at i:3091 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 2946--3240 Score: 504
Period size: 133 Copynumber: 2.2 Consensus size: 133
2936 CTTGCTTATA
*
2946 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTCCTATTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTACTATTTTAGGGTTCAT-TAGCTACTGTTTTATGCT
* * *
3011 TAAATTTCTACTTTTTTAGGGTTCAT-TTGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGG
65 TAAAATTCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGG
3075 GTTC
130 GTTC
* *
3079 ATTTGCTACTGTTTTGTGCTTAAATTT-CTACTATTTTAGGGTTCATTTGCTACTGTTTTATGCT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTT-AATTTGCTACTATTTTAGGGTTCATTAGCTACTGTTTTATGCT
3143 TAAAATTCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGG
65 TAAAATTCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGG
3208 GTTC
130 GTTC
3212 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCT
1 ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCT
3241 TCTGTTTGTT
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 7, Indels: 6
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
132 46 0.30
133 101 0.66
134 5 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.14, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (133 bp):
ATTTGCTACTGTTTTATGCTTAATTTGCTACTATTTTAGGGTTCATTAGCTACTGTTTTATGCTT
AAAATTCTACTGTTTTAGGGTTCATGTAGCTACTGTTTTATGCTTAAATTTCTACTGTTTTAGGG
TTC
Found at i:3396 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3309--3398 Score: 112
Period size: 22 Copynumber: 4.1 Consensus size: 22
3299 CTAATTCTGT
*
3309 AATTCTGTTTTTGCTTAAGGTC
1 AATTCTGTTTTTGCTTAAGTTC
* *
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1 AATTCTGTTTTTGCTT-AAGTTC
*
3353 AATTTTGTTTTTGCTTAAGTTC
1 AATTCTGTTTTTGCTTAAGTTC
*
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1 AATTCTGTTTTTGCTTAAGTTC
3396 AAT
1 AAT
3399 ATTAGTTGAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 5
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.18
22 47 0.77
23 3 0.05
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Consensus pattern (22 bp):
AATTCTGTTTTTGCTTAAGTTC
Done.