Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008988.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09009, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4610
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Found at i:139 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 100--143 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
90 TCTTGTTATC
100 TAAAATTACTAAAAAAGTTA
1 TAAAATTACTAAAAAAGTTA
* *
120 TAAAAGTTATTAAAATAGTTA
1 TAAAA-TTACTAAAAAAGTTA
141 TAA
1 TAA
144 TGCTTTCCAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.24
21 16 0.76
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATTACTAAAAAAGTTA
Found at i:1186 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 811--1253 Score: 832
Period size: 217 Copynumber: 2.0 Consensus size: 217
801 CATTATTAGT
*
811 AATTAGTAATATTGGTTATTGATTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTTATGGAAA
1 AATTAGTAATATTGGTTATTGATTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTCATGGAAA
* *
876 ACATTATAGTTCTATCTACATTCAAGTAATGTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACATTTAATCA
66 ACATTATAGTTATATCTACATTCAAGTAATCTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACATTTAATCA
*
941 ATAATGGAAGTTACCAATTTTATTACTTAAGTGATCTATTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAA
131 ATAATGGAAGTTACCAATTTTATTACTTAAGTGATCTACTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAA
1006 TTGTATTACCAATCCTTAATAA
196 TTGTATTACCAATCCTTAATAA
1028 AATTAGTAATATTGGTTATTGATTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTCATGGAAA
1 AATTAGTAATATTGGTTATTGATTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTCATGGAAA
*
1093 ACATTATAGTTATATCTACATTCAAGTAATCTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACTTTTAATCA
66 ACATTATAGTTATATCTACATTCAAGTAATCTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACATTTAATCA
1158 ATAATGGAAGTTACCAATTTTATTACTTAAGTGATCTACTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAA
131 ATAATGGAAGTTACCAATTTTATTACTTAAGTGATCTACTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAA
1223 TTGTATTACCAATCCTTAATAA
196 TTGTATTACCAATCCTTAATAA
*
1245 CATTAGTAA
1 AATTAGTAA
1254 ACTTTCATCA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 6, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
217 220 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (217 bp):
AATTAGTAATATTGGTTATTGATTTTCTTATCTAAGATTACTTAAAGTTATAAAGGTCATGGAAA
ACATTATAGTTATATCTACATTCAAGTAATCTTACATCCTTATTAATTTTAGTAACATTTAATCA
ATAATGGAAGTTACCAATTTTATTACTTAAGTGATCTACTGAAACACCTATAAAAGTTATTAAAA
TTGTATTACCAATCCTTAATAA
Found at i:2221 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2213--2243 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
2203 TCAACAAATT
2213 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
2244 ATCACACCGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:2548 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2524--2569 Score: 83
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
2514 CTCTACCAAA
*
2524 CTAATGAATGATCTATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
2545 CTAATGAATGATCAATGTGAT
1 CTAATGAATGATCAATGTGAT
2566 CTAA
1 CTAA
2570 AATAACATAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
CTAATGAATGATCAATGTGAT
Found at i:3338 original size:794 final size:792
Alignment explanation
Indices: 1799--3342 Score: 2288
Period size: 794 Copynumber: 1.9 Consensus size: 792
1789 CTAATTTTTC
* * *
1799 TTATTTAAGGTTACAAAAAAATTCTATAATAATGATTATAAAAAAGGCATAATACTACTATCAAA
1 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATC-ATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACCACTATCAAA
*
1864 TAATCCAATAACCTTATAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
65 TAATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
* *
1929 AGAAAGCTAAACTCTATATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACTTTATCAATG
130 AGAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACTTTATCAATG
*
1994 GTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATTT
195 GTGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATAT
* *
2059 AGGGTTAAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTTAGTTAAAGTTCTTA
260 AGGGTT-AAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTA
* *
2124 TATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATTTTGTACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
324 TATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTG
* * *
2189 TTTCATGAATATTTTCAACAAATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATATCACACCGC
389 TTTCATAAATATTTTCAACAAA---TATTATTATTATCATTATTATTATTATGATATCACACCGC
* * * *
2254 AATACCTAATTTTACTATTTCAATCTCTCCAAAACAAATCTCACAATTCAACTAAACACATCCGG
451 AATACCTAATTTCACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATCCGG
* **
2319 ACCTGTAAGTCAAATTTGTATAAGGTTATTTTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGAATAAAATTA
516 ACCTGGAAGTCAAATTTGTATAAGGTTATACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGAATAAAATTA
* **
2384 GGTGTACAAAATTGGTTCCTAATTACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAAT
581 GATGTACAAAATTAATTCCTAATTACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAAT
*
2449 TAAATTTATATATATGCGTATCTTTGGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTA
646 TAAATTTATATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTA
*
2514 CTCTACCAAACTAATGAATGATCTATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATA
711 CTCTACCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATA
2579 GCAAAAAGGTAATAATT
776 GCAAAAAGGTAATAATT
* *
2596 TTATTTAAGGTTACAAAAAAAAATC-T-ATAATGA-TAAAAAAAAGGCATAATACCACTATGAAC
1 TTATTTAAGGTTAC-AAAAAAAATCATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACCACTATCAAA
** * * *
2658 TAATTTAATAACCTTACATTCTTAGTAATTTTGGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
65 TAATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATT
*
2723 AGAAAGCTAAACTATAGAATTATCAAGAAATTTAGCAACCTTACATGCTTAGTAA-TATTATCAA
130 AGAAAGCTAAACTATA-AATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACT-TTATCAA
* * * *
2787 TGGTGAA-TGTTATTAATTTTTTTAATCTAAGATTACTAAAAAAGTTGTAGTGGATAATTTAAGA
193 TGGTGAATTGTTATTAA-CTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGT-G--AA-TAAAGA
* * **
2851 GATATATAGGGTT-AAAAATTAGTGAGTTTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAG
253 GATATATAGGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAG
* *
2915 TCCTTGTATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATTCTATGTGTATATGTTAATCAATC
318 TCCTTATATATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATC
* * * *
2980 TTAGTGTTTCATAAATATTTTCAAC-AA-ATT-TTATTCTCATTATTGTTATTCTGATGTCACAC
383 TTAGTGTTTCATAAATATTTTCAACAAATATTATTATTATCATTATTATTATTATGATATCACAC
* * * *
3042 TGTAATACCTAATTTCACCATTTCAATCTCTAC-AAACAAATCTCACAATTCAACCAATCATAT-
448 CGCAATACCTAATTTCACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATC
* *
3105 CGGACCTGGAAGTCAAGTTTGTATAAGGTTATAACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGTATAAA
513 CGGACCTGGAAGTCAAATTTGTATAAGGTTAT-ACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGAATAAA
3170 ATTAGATGTACAAAA-TAATTCCTAATTACTAATTCATATGTCC-TTCCTTTTTTTGGTGATAGA
577 ATTAGATGTACAAAATTAATTCCTAATTACTAATTCATATGTCCTTTCC-TTTTTTGGTGATAGA
*
3233 GAAATTAAATTTATATGCTATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGTAAAATTAAAATTGATAT
641 GAAATTAAA-TT-TA---TATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATAT
* *
3298 CTCGCTATTACTCTACCAAATTAATGAA-GTATCAATGTGATCTAA
701 CTAGCTATTACTCTACCAAACTAATGAATG-ATCAATGTGATCTAA
3343 AATAGCAAAA
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 57, Indels: 35
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
788 4 0.01
789 80 0.12
790 72 0.11
791 56 0.08
792 3 0.00
793 1 0.00
794 194 0.29
795 88 0.13
796 4 0.01
797 144 0.21
798 11 0.02
799 17 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (792 bp):
TTATTTAAGGTTACAAAAAAAATCATAATAATGATTAAAAAAAAGGCATAATACCACTATCAAAT
AATCCAATAACCTTACAATATTAGTAATTTTAGTTATCAAATTTCTCATTTATGGTTTCTAATTA
GAAAGCTAAACTATAAATTATCAAGAAATTTAACAACCTTACATGCTTAGTAACTTTATCAATGG
TGAATTGTTATTAACTTTTTAATCAAAGAATACTAAAAAAGTTGTAGTGAATAAAGAGATATATA
GGGTTAAAAAAATAGAGAGGGTAATTTATTGATATATAGATTGATGGTCAGTTAAAGTCCTTATA
TATAGAATTAGGAGTTTAATTTTATTATCTTATACTATGTGTATATGTTAATCAATCTTAGTGTT
TCATAAATATTTTCAACAAATATTATTATTATCATTATTATTATTATGATATCACACCGCAATAC
CTAATTTCACCATTTCAATCTCTACAAAACAAATCTCACAATTCAACCAAACACATCCGGACCTG
GAAGTCAAATTTGTATAAGGTTATACTAAACTTAATGCAACATGAGGAAGAATAAAATTAGATGT
ACAAAATTAATTCCTAATTACTAATTCATATGTCCTTTCCTTTTTTGGTGATAGAGAAATTAAAT
TTATATATATGCGTATCTTTAGCAAGTTGAAGCAAAATTAAAATTGATATCTAGCTATTACTCTA
CCAAACTAATGAATGATCAATGTGATCTAATGAATGATCAATGTGATCTAAAATAACATAGCAAA
AAGGTAATAATT
Done.