Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008995.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09016, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8026
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.19, T:0.32
Found at i:7598 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7541--7853 Score: 285
Period size: 43 Copynumber: 7.0 Consensus size: 43
7531 AAGTTAAATC
*
7541 ATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
1 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
* *
7584 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTG
1 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
* * * ** * *
7627 A--T--TAAATTAA-GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTA
1 ATTTGGTAAA-CAACTTAATTCGGT--GTAA-TTAA----GT-AAATT-GGTA
* * *
7675 AATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTA
1 ATTTGG-----T---AAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
7726 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
1 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
* *
7769 ATCTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
1 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
*
7812 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGT
1 ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
7854 GATTAAATTA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 27, Indels: 46
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.05
40 2 0.01
41 3 0.01
42 4 0.02
43 155 0.70
46 3 0.01
47 4 0.02
48 3 0.01
50 1 0.00
51 8 0.04
52 4 0.02
53 2 0.01
57 5 0.02
58 2 0.01
59 2 0.01
60 10 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
ATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA
Found at i:7669 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 7483--8026 Score: 470
Period size: 99 Copynumber: 5.8 Consensus size: 99
7473 GATTTAAGAA
** * * * * *
7483 GTAATTTGGTACTCAACTTAATTCGATGTAATTAAGT-CATTAGTAATTAAGTTAAATCATTTGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
*
7547 TAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* *
7581 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
7646 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* * *
7680 GTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTGAATTGG-------------TAATTTGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
7732 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* * * *** * *
7766 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT-TGGTAAACAA-CT--
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
* ** ** * * *
7827 TAATTC-GGTGTAATTAAGTG-AATTGGTGATTAAATTAA
66 TAA-ACAACT-TAATTCGGTGTAA-T--TAAGTAAATT-G
* *
7865 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG-------------TAATCTGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
7917 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
* * * * *
7951 GTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAAATTAAGTAATTGG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATT-AAATTAAATAATTTG
8016 GTAAACAACTT
65 GTAAACAACTT
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 41, Indels: 74
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
86 125 0.34
87 10 0.03
88 2 0.01
89 10 0.03
90 6 0.02
95 6 0.02
96 10 0.03
97 1 0.00
98 44 0.12
99 137 0.37
100 16 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (99 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTAAATTAAATAATTTGG
TAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:7738 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 7637--7853 Score: 389
Period size: 86 Copynumber: 2.5 Consensus size: 86
7627 ATTAAATTAA
7637 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAAC
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAAC
* *
7702 TCGGTGTAATTAAGTGAATTG
66 TCAGTGTAATTAAGTAAATTG
* *
7723 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAAC
7788 TCAGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TCAGTGTAATTAAGTAAATTG
*
7809 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
7854 GATTAAATTA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 5, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 126 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (86 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAAC
TCAGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:7869 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 7723--8026 Score: 565
Period size: 142 Copynumber: 2.1 Consensus size: 143
7713 AAGTGAATTG
7723 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
* *
7788 TCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTGAATTGG
66 TCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
7853 TGATT-AAATTAA
131 TGATTAAAATTAA
7865 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
*
7930 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
66 TCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
7995 TGATTAAAATTAA
131 TGATTAAAATTAA
*
8008 GTAATTGGGTAAACAACTT
1 GTAATTTGGTAAACAACTT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 4, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
142 132 0.84
143 25 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (143 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
TCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
TGATTAAAATTAA
Found at i:7918 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7865--7995 Score: 244
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 43
7855 ATTAAATTAA
7865 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
*
7908 GTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
*
7951 GTAATTTGGTAAACAACTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
7994 GT
1 GT
7996 GATTAAAATT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 85 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (43 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
Found at i:7952 original size:228 final size:228
Alignment explanation
Indices: 7544--7995 Score: 850
Period size: 228 Copynumber: 2.0 Consensus size: 228
7534 TTAAATCATT
* *
7544 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
7609 TAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
66 TAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
*
7674 AAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTGAATTGGTAATTTGGTAAACAA
131 AAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAA
*
7739 CTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATC
196 CTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATC
7772 TGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
1 TGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
7837 TAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
66 TAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
* *
7902 AAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAA
131 AAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAA
7967 CTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
196 CTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGT
7996 GATTAAAATT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 6, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
228 218 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (228 bp):
TGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTG
TAATTAAGTGAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
AAATTGGTAATCTAGTAAACAACTTAACTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAA
CTGAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATC
Done.