Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009066.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09087, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 49675
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Found at i:4116 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 4101--4125 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
4091 AAACTCCAAT
4101 TATGGACTTA
1 TATGGACTTA
4111 TATGGACTTA
1 TATGGACTTA
4121 TATGG
1 TATGG
4126 GCTGAATATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.08, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (10 bp):
TATGGACTTA
Found at i:9715 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9696--9738 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
9686 GTGAAAGTAG
9696 AAGCAAAGAATAATGA
1 AAGCAAAGAATAATGA
* *
9712 AAGCAGAGAATGATGA
1 AAGCAAAGAATAATGA
9728 AAGCTAAAGAA
1 AAGC-AAAGAA
9739 AATTTATATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 18 0.78
17 5 0.22
ACGTcount: A:0.58, C:0.07, G:0.23, T:0.12
Consensus pattern (16 bp):
AAGCAAAGAATAATGA
Found at i:10855 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10824--10866 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 7.2 Consensus size: 6
10814 TTTTTCATTG
* *
10824 AAATAAA AAATAA AAAT-T ATATAA AAATAA AAATAA AAATAA A
1 AAAT-AA AAATAA AAATAA AAATAA AAATAA AAATAA AAATAA A
10867 TTATTTCTTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.10
6 24 0.77
7 4 0.13
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (6 bp):
AAATAA
Found at i:11308 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 11302--11343 Score: 75
Period size: 1 Copynumber: 42.0 Consensus size: 1
11292 TTAAAGAAAG
*
11302 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
11344 CCACCATATC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 39 1.00
ACGTcount: A:0.98, C:0.00, G:0.00, T:0.02
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:13970 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 13886--13989 Score: 165
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
13876 AGGAACTGGA
* *
13886 TGGGAACTCTCCC-TTCCGACCACTAAACTAGGAATTAAAACTAG
1 TGGGAACTCTCCCTTTCCGACCACTAAACTAGAAAGTAAAACTAG
* *
13930 TGGGAACTCTCCCTTTTCGATCACTAAACTAGAAAGTAAAACTAG
1 TGGGAACTCTCCCTTTCCGACCACTAAACTAGAAAGTAAAACTAG
13975 TGGGAACTCTCCCTT
1 TGGGAACTCTCCCTT
13990 CTTTTGAAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 13 0.24
45 42 0.76
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (45 bp):
TGGGAACTCTCCCTTTCCGACCACTAAACTAGAAAGTAAAACTAG
Found at i:14315 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 14269--15167 Score: 942
Period size: 35 Copynumber: 25.7 Consensus size: 34
14259 TTCTTACTAA
* *
14269 ACTTAATTACCCGGAATTAAGTTACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAACT
14304 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGAACT
14339 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TCG-ACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACT-GAACT
* *
14374 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTCATTGAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAACT
* *
14410 ACTTAATTATCCTGAATTAAGTTACTTA-TTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAACT
*
14444 CACTTAGTTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTG-ACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGAACT
*
14480 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-CAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
* * *
14515 CACTTAATTACCCTGAATCAAGTTACTCATTGAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAACT
*
14551 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-TTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAACT
14585 CACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTG-ACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGAACT
* * *
14621 CACTAAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
14657 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
* *
14691 CACTTAATTCCCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
14727 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACT-AACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGAACT
* *
14764 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTCGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTACTGAACT
14800 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
* *
14834 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
*
14870 ATTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
*
14904 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
*
14940 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTG-ACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAAC-T
*
14975 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCG-ACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAAC-T
*
15010 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACAA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAAC-T
*
15045 ACTTAATTATCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAAC-T
15080 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG----
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAACT
* * *
15111 ACTTACTTACCCTGAATTAAGTTACCTA-T-TACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAAC-T
15145 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
15168 TCTTATTACT
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 62, Indels: 81
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.00
31 24 0.03
34 44 0.06
35 549 0.72
36 106 0.14
37 8 0.01
38 27 0.04
39 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAACT
Found at i:14445 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 14269--15167 Score: 1124
Period size: 70 Copynumber: 12.8 Consensus size: 70
14259 TTCTTACTAA
* *
14269 ACTTAATTACCCGGAATTAAGTTACTTATTGAAC-TACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATT-AACTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTA
14333 CTGACTC
64 CTGACTC
* ** * * *
14340 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATCGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
14404 TGAACT-
65 TG-ACTC
* * * *
14410 ACTTAATTATCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAGTTACCCTGAATTAAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTAC
14475 TGACTC
65 TGACTC
* ** * * * *
14481 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCAACTCACTTAATTACCCTGAATCAAGTT-ACTCAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
14545 TGAACT-
65 TG-ACTC
* *
14551 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTAC
14616 TGACTC
65 TGACTC
* **
14622 ACTAAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGAA-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA-TTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
14686 TGACTC
65 TGACTC
* *
14692 ACTTAATTCCCCTGAATTAAGTTAATTACTGAA-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA-TTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---AT
*
14756 TACTAACTC
62 TACTGACTC
** *
14765 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCGATTACTGAA-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA-TTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
14829 TGACTC
65 TGACTC
* * *
14835 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
14900 AACTC
66 GACTC
* *
14905 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAA-TTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA-TTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
14969 TGACTT
65 TGACTC
***
14975 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
**
15040 GACAA
66 GACTC
* * * *
15045 ACTTAATTATCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
15110 G----
66 GACTC
* **
15111 ACTTACTTACCCTGAATTAAGTTACCTATT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
15168 TCTTATTACT
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 72, Indels: 42
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 27 0.04
66 24 0.03
69 5 0.01
70 451 0.61
71 161 0.22
72 4 0.01
73 66 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (70 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GACTC
Found at i:14915 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 14269--15167 Score: 1104
Period size: 105 Copynumber: 8.6 Consensus size: 105
14259 TTCTTACTAA
* * *
14269 ACTTAATTACCCGGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTAATT
*
14332 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TCGACTC
63 ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-GACTC
* * * *
14375 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTCATTGAACT-ACTTAATTATCCTGAATTAAGTTACTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
* * * *
14438 TTAACTCACTTAGTTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
64 CTGACTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTC
** * * * *
14481 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCAACTCACTTAATTACCCTGAATCAAGTTACTCATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
* *
14546 GAAC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTAACTC
66 G-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTC
*
14586 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTAAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC
* *
14651 CGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
65 TGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * * * *
14692 ACTTAATTCCCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--TAATT
* * * * *
14757 ACTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCGATTACTGAATT
63 ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
14800 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
* * * *
14865 AAATTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAACTC
66 GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * * * *
14905 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
* * *
14970 GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACCGACTT
66 GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
** * *
15010 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACAAACTTAATTATCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
15075 GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG----
66 GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * * *
15111 ACTTACTTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
15168 TCTTATTACT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 82, Indels: 32
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
100 26 0.04
101 24 0.03
104 1 0.00
105 325 0.47
106 224 0.32
107 6 0.01
108 92 0.13
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (105 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
GACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
Found at i:24486 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 24458--24519 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
24448 AAGGGAGAGC
* *
24458 AATGTGTTTTAGAAGAATATTTAAG
1 AATGTGTTTTAAAAAAATATTTAAG
*
24483 AATGTGCCTTTAAAAAAAATATTTAAG
1 AATGTG--TTTTAAAAAAATATTTAAG
*
24510 AATGTATTTT
1 AATGTGTTTT
24520 TAAAGGATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.30
27 21 0.70
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (25 bp):
AATGTGTTTTAAAAAAATATTTAAG
Found at i:27529 original size:61 final size:63
Alignment explanation
Indices: 27455--27582 Score: 224
Period size: 62 Copynumber: 2.1 Consensus size: 63
27445 GACGATTAGG
*
27455 AAAAACAATT-AAAAAGGGTATTTTAATTGTTTGGGGAAA-ATCATGGTTAATTCATAAGGTC
1 AAAAACAATTAAAAAAGGGTATTTTAATTGTTTGGGGAAACATCACGGTTAATTCATAAGGTC
*
27516 AAAAACAATTAAAAAAGGGTATTTTAATTGTTTGGGGAAACATCACGGTTAATTCATGAGGTC
1 AAAAACAATTAAAAAAGGGTATTTTAATTGTTTGGGGAAACATCACGGTTAATTCATAAGGTC
27579 AAAA
1 AAAA
27583 TGGCAATTGC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
61 10 0.16
62 29 0.46
63 24 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (63 bp):
AAAAACAATTAAAAAAGGGTATTTTAATTGTTTGGGGAAACATCACGGTTAATTCATAAGGTC
Found at i:28465 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 28405--28463 Score: 95
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
28395 TTCAAACCCT
*
28405 AAACTTCATTTCTAACAACTTCTTC
1 AAACTTCATTTCTAACAACATCTTC
28430 AAACTTCATTTCTAACAA-ATCTTC
1 AAACTTCATTTCTAACAACATCTTC
28454 AAA-TTCATTT
1 AAACTTCATTT
28464 TCCTTCATTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.21
24 8 0.24
25 18 0.55
ACGTcount: A:0.36, C:0.24, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
AAACTTCATTTCTAACAACATCTTC
Found at i:28502 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 28473--28540 Score: 109
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
28463 TTCCTTCATT
28473 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
1 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
* *
28499 TTAATAATAAACTAATTAGATACTAA
1 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
*
28525 TTAAACATAAACTAAT
1 TTAATCATAAACTAAT
28541 AAACTAAGTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 38 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.10, G:0.01, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
Found at i:28564 original size:52 final size:51
Alignment explanation
Indices: 28473--28590 Score: 122
Period size: 52 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
28463 TTCCTTCATT
* *
28473 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAATTAATAATAAACTAATTAGATACTAA
1 TTAAACATAAACTAATTAAATACTAATTAATAATAAACTAATTA-AAACTAA
* * *
28525 TTAAACATAAACTAA-TAAACTAAGTAATT-TTAATTAACTAATTAAAACTAA
1 TTAAACATAAACTAATTAAA-T-ACTAATTAATAATAAACTAATTAAAACTAA
28576 -T---CATAAACTAATTAA
1 TTAAACATAAACTAATTAA
28591 TATTAAAAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 5, Indels: 10
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
47 10 0.17
48 3 0.05
50 1 0.02
51 10 0.17
52 28 0.48
53 6 0.10
ACGTcount: A:0.54, C:0.10, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (51 bp):
TTAAACATAAACTAATTAAATACTAATTAATAATAAACTAATTAAAACTAA
Found at i:28682 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 28666--28694 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 2.6 Consensus size: 11
28656 GCTTGGCCAT
28666 TTTTTTTTTAA
1 TTTTTTTTTAA
28677 TTTTTTTTTAA
1 TTTTTTTTTAA
28688 TTTTTTT
1 TTTTTTT
28695 AAAAGATTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.00, T:0.86
Consensus pattern (11 bp):
TTTTTTTTTAA
Found at i:28820 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 28788--28835 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
28778 TCAGAGGATT
*
28788 TGAAATATTACAAAATGGAGCAAA
1 TGAAATATTACAAAATGAAGCAAA
28812 TGAAATATTACAAAATGAAGCAAA
1 TGAAATATTACAAAATGAAGCAAA
28836 GGGCAAATGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.08, G:0.15, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
TGAAATATTACAAAATGAAGCAAA
Found at i:31701 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 31694--31719 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
31684 GCGCTGCCAT
31694 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
31720 CACTTTTATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:39331 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 39223--39356 Score: 250
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
39213 TTGCTATCAA
* *
39223 ACTTTGGGTTAGTGGTAGAGTGTTGGACTCTTAGTTCCAGTGGCAACTCAGGTTTGAATCTTAGC
1 ACTTTGGGTTAGTGGTAAAGTGTTGGACTCTTAGTTCCAGTGACAACTCAGGTTTGAATCTTAGC
39288 AG
66 AG
39290 ACTTTGGGTTAGTGGTAAAGTGTTGGACTCTTAGTTCCAGTGACAACTCAGGTTTGAATCTTAGC
1 ACTTTGGGTTAGTGGTAAAGTGTTGGACTCTTAGTTCCAGTGACAACTCAGGTTTGAATCTTAGC
39355 AG
66 AG
39357 GCTTCAAATA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 65 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.15, G:0.28, T:0.34
Consensus pattern (67 bp):
ACTTTGGGTTAGTGGTAAAGTGTTGGACTCTTAGTTCCAGTGACAACTCAGGTTTGAATCTTAGC
AG
Found at i:45191 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 45183--45207 Score: 50
Period size: 5 Copynumber: 5.0 Consensus size: 5
45173 TTTTTCCTTA
45183 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT
1 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT
45208 TTTCCCTTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 20 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (5 bp):
ATTTT
Found at i:45973 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 45940--45973 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
45930 CAAGAAGCTA
*
45940 GAAAATGGGGAATCCTC
1 GAAAATGGGAAATCCTC
45957 GAAAATGGGAAAATCCT
1 GAAAATGGG-AAATCCT
45974 AATTTGGGGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.60
18 6 0.40
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.26, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
GAAAATGGGAAATCCTC
Found at i:49550 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49506--49549 Score: 79
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
49496 CATATCTGGA
49506 TTGCTAAACACCGCCCCCCTT
1 TTGCTAAACACCGCCCCCCTT
*
49527 TTGCTAAATACCGCCCCCCTT
1 TTGCTAAACACCGCCCCCCTT
49548 TT
1 TT
49550 TACACTTTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.43, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
TTGCTAAACACCGCCCCCCTT
Found at i:49654 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 49620--49675 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
49610 TTCAAACCCT
*
49620 AAACTTCATTTCTAACAACTTCTTC
1 AAACTTCATTTCTAACAA-ATCTTC
49645 AAACTTCATTTCTAACAAATCTTC
1 AAACTTCATTTCTAACAAATCTTC
49669 AAA-TTCA
1 AAACTTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.13
24 8 0.27
25 18 0.60
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (24 bp):
AAACTTCATTTCTAACAAATCTTC
Done.