Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009116.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09137, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 45980
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.32
Found at i:8406 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 8366--9419 Score: 1153
Period size: 35 Copynumber: 30.5 Consensus size: 34
8356 TTCTTACTAA
* *
8366 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATC
*
8401 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * * *
8436 ACTTAATTACCTTGTATTAAGTTAATTACCGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
*
8471 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * *
8506 ACTTAATTACCCTGAATTGAGTTGATTACCGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
*
8541 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
*
8576 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* *
8611 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
*
8646 ACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTACTGAATC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * *
8681 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
8716 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * * * *
8751 ACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATTGACTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAATC
* * * *
8786 ACTTAATTACCATGAATTAAGTTA--CCT-ATTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATC
* * *
8817 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
** * * *
8852 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATC
*
8885 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-TTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAA-TC
* *
8920 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATTACCGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* *
8955 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* *
8990 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
9025 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * * * *
9060 ACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATTGACTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAATC
*
9095 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTACTG----
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATC
* * *
9126 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * * *
9161 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATC
9195 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT-AACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAA-TC
* *
9230 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
*
9265 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
9300 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATC
* * * * *
9335 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATC
*
9369 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-TTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAA-TC
9404 ACTTAATTACCCTGAA
1 ACTTAATTACCCTGAA
9420 GTACTTAATT
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 111, Indels: 48
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 49 0.06
32 3 0.00
33 27 0.03
34 79 0.09
35 717 0.81
36 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATC
Found at i:8455 original size:70 final size:69
Alignment explanation
Indices: 8366--9419 Score: 1292
Period size: 70 Copynumber: 15.2 Consensus size: 69
8356 TTCTTACTAA
*
8366 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8431 GACTC
65 GACTC
* * *
8436 ACTTAATTACCTTGTATTAAGTTAATTACCGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8501 GACTC
65 GACTC
* *
8506 ACTTAATTACCCTGAATTGAGTTGATTACCGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8571 GACTC
65 GACTC
*
8576 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8641 GACTC
65 GACTC
* * * *
8646 ACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTACTGAATCACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8711 GACTC
65 GACTC
* * * *
8716 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATCACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
8781 GACTA
65 GACTC
* * * *
8786 ACTTAATTACCATGAATTAAGTTA--CCT--ATTGGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * *
8847 AAATT
65 GACTC
** * * *
8852 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCCTA-TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACT
*
8915 AACTC
65 GACTC
* *
8920 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATTACCGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
8985 GACTC
65 GACTC
* * *
8990 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
9055 GAATC
65 GACTC
* * * * * *
9060 ACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATTGACTAACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A--CCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
9122 -ACTG
65 GACTC
* * *
9126 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
* *
9189 TTACTT
64 TGACTC
*
9195 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT-AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAA-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* * *
9259 CGAATT
64 TGACTC
* * *
9265 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
9330 GAATC
65 GACTC
* * * * *
9335 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
*
9398 TAACTC
64 TGACTC
9404 ACTTAATTACCCTGAA
1 ACTTAATTACCCTGAA
9420 GTACTTAATT
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 84, Indels: 49
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 3 0.00
66 101 0.12
67 6 0.01
68 57 0.07
69 112 0.13
70 592 0.68
71 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (69 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
ACTC
Found at i:8462 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8376--9358 Score: 336
Period size: 19 Copynumber: 56.8 Consensus size: 18
8366 ACTTAATTTC
*
8376 CCTGAATTAAGTTACTTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8394 -CTGAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8410 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8429 -CTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8445 CCTTGTATTAAGTTAATTA
1 CC-TGAATTAAGTTAATTA
*
8464 CC-GAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8480 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8499 -CTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
* *
8515 CCCTGAATTGAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8534 CC-GAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8550 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8569 -CTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8585 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
**
8604 -CTGAATT-ACCTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8620 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8639 -CTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8655 CTCTGAATTAAGTTGATTA
1 C-CTGAATTAAGTTAATTA
* **
8674 -CTGAA-TCACCTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8690 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * * *
8709 -TTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8725 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* **
8744 -CTGAA-TCACCTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
* *
8760 CCCTGAATTAAGCTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8779 -TTG-ACTAACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
8795 CCATGAATTAAG----TTA
1 CC-TGAATTAAGTTAATTA
*
8810 CCT--ATT-GGCTTAATTA
1 CCTGAATTAAG-TTAATTA
8826 CCCTGAATTAAGTTAATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* *
8845 -CTAAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
**
8861 CCCTGAATTAAGTT-CCTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8879 --TTACTT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8894 CCCTGAATTAAGTTACTTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * * *
8913 --TTAACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8929 CCCTGAATTAAGTTCATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8948 CC-GAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
8964 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
8983 CC-G-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
8999 CCCTGAATTAAGTTAATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * * *
9018 -TTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
9034 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* **
9053 -CTGAA-TCACCTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
* *
9069 CCCTGAATTAAGCTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
9088 -TTG-ACTAACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
**
9104 CCCTGAATTAAGTTACCTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
** *
9123 -CTGGCTTAA-TT-A--C
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
9136 CCTGAATTAAGTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
* *
9154 -CTAAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
**
9170 CCCTGAATTAAGTTACCTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
9189 --TTACTT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
9204 CCCTGAATTAAGTTACTTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
9223 -CT-AACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
9239 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
*
9258 CC-GAATT-ACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
*
9274 CCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* * *
9293 -CTG-ACTCACTTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
9309 CCCTGAATTAAGTTAATTA
1 -CCTGAATTAAGTTAATTA
* **
9328 -CTGAA-TCACCTAATTA
1 CCTGAATTAAGTTAATTA
9344 CCCTGAATTAAGTTA
1 -CCTGAATTAAGTTA
9359 CCTATTACTT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 193, Indels: 189
0.64 0.18 0.18
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.00
12 3 0.00
14 11 0.02
15 19 0.03
16 209 0.31
17 112 0.17
18 109 0.16
19 212 0.31
20 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
CCTGAATTAAGTTAATTA
Found at i:8490 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 8366--9419 Score: 1320
Period size: 105 Copynumber: 10.2 Consensus size: 105
8356 TTCTTACTAA
* *
8366 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * * * * * * *
8431 GACTCACTTAATTACCTTGTATTAAGTTAATTACCGAATT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* *
8471 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTGAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
8535 CGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* *
8576 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAATTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* * * *
8640 TGACTCACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTACTGAATC
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * *
8681 ACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTATTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* * * * *
8745 TGAATCACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATTGACTA
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * ** *
8786 ACTTAATTACCATGAATTAAGTTAC---CT-ATTGGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* ** * *
8847 AAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-CCTA-TTACTT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* *
8885 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-TTAACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAA-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* *
8949 CGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTC
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * *
8990 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * * * *
9055 GAATCACCTAATTACCCTGAATTAAGCTGATTATTGACTA
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * *
9095 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTACTG----GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * * *
9156 AAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-TTACTT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTC
9195 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT-AACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAA-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
9259 CGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
* * *
9300 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATCACCTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTA-
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
* * * *
9363 TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTAACTC
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTC
9404 ACTTAATTACCCTGAA
1 ACTTAATTACCCTGAA
9420 GTACTTAATT
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 100, Indels: 43
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
99 28 0.03
100 36 0.04
101 109 0.13
102 2 0.00
103 56 0.07
104 110 0.13
105 482 0.58
106 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (105 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
Found at i:12837 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12801--12868 Score: 82
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
12791 TTAAAATGAC
*
12801 CCAAGATGCCCCCTAAATGCAAAAATAA
1 CCAAAATGCCCCCTAAATGCAAAAATAA
** ** *
12829 CCAAAATGCCCCCTGGATGTGAAAATGA
1 CCAAAATGCCCCCTAAATGCAAAAATAA
12857 CCAAAATGCCCC
1 CCAAAATGCCCC
12869 TGGGCGACCC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 34 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.31, G:0.15, T:0.15
Consensus pattern (28 bp):
CCAAAATGCCCCCTAAATGCAAAAATAA
Found at i:17121 original size:443 final size:435
Alignment explanation
Indices: 16227--17122 Score: 1065
Period size: 443 Copynumber: 2.0 Consensus size: 435
16217 TTTAGGTGTT
* * *
16227 TTTTTTTTCTATTTTTCCGATTAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATTTAC
1 TTTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGATAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATTTAC
* * * * * *
16292 AACTTTCATGAAGGACTCAAGATCCAATTTTTACGTTTCAATTCAAAACAATGCTTTCGAAATTT
66 AACTTTCATGAAGGACTCAAAATCCAATTTTTACATTTCAATTAAAAAAAATGCTTCCCAAATTT
*** * *
16357 GGTGATTTTGATTGCCGGTCTATTTAATATCATATAATTTTCGATCCACATATCCGAGTAATGTT
131 GGTGATTCCAATTGCCGGTCTATTTAATACCATATAATTTTCGATCCACATATCCGAGTAAAGTT
* * *
16422 ATTGAAGTGCCGGTTAAAAAATTATTGCATGATCTGCGAATTTCATGAAGTGCCCGAAAGCTAAA
196 ATTGAAATGCCGGTTAAAAAATTATTGCATGATCTACGAATTTCATAAAGTGCCCGAAAGCTAAA
* *
16487 TTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTTAAAAGGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATAAACA
261 TTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAAGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATAAACA
* *
16552 AACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTCCAACTAATTTATACTACTT
326 AACATTTTCTTATTTGAATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTCCAACT-ATTTATACTACCT
* * *
16617 AGTCCTTTACCAATTCTATCTTAATCGAATTAACACTTAAGCTTTATTTATT
390 AGTCCTTCACAAATTCTATCTTAATCGAATTAACACTT-A-C--TA--TATA
* *
16669 TTATTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGATAATTTAGGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTT
1 TT-TTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGATAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGAT-TT
* *
16734 -CAATTTTCATGAAGGACTCAAAAGT-CAATTTTTATATTTCAATTAAAAAAAACT-CTTCCCAA
64 ACAACTTTCATGAAGGACTCAAAA-TCCAATTTTTACATTTCAATTAAAAAAAA-TGCTTCCCAA
* * * * *
16796 ATTTGGTGGTTCCAATTGCTGGTCTATTTAATACCATATAATTTTGGATCCACATGTCCGATTAA
127 ATTTGGTGATTCCAATTGCCGGTCTATTTAATACCATATAATTTTCGATCCACATATCCGAGTAA
* * * * *
16861 AGTTATTTAAATGTCGGTACTTAAAAGATTATTGCGTGATCTACGACTTTCATAAAG-GACCCGA
192 AGTTATTGAAATGCCGG---TTAAAAAATTATTGCATGATCTACGAATTTCATAAAGTG-CCCGA
*
16925 AAGTTAAATTTGATCTACAAGTTTCAAGTTTCATATGAAGGGTTCAAAAAGGAATTTTTATGTTT
253 AAGCTAAATTTGATCTAC--G-----AGTTTCAT-T-AAGGGTTCAAAAAGGAATTTTTATGTTT
* * * *
16990 CAAGATCTCTATCAACAAACATTTTCTTATTTGAATTATTTATCAAATGATCTTCATACTTTT-C
309 CAAGATCTCCATAAACAAACATTTTCTTATTTGAATTATTTATCAAATGACCCTCATA-TTTTCC
* ** *
17054 TACT-TTATATACTACCTAGTCCTTCACAAATTCTATCTTGCTCGATTTAACACTT-C-A-A-A
373 AACTATT-TATACTACCTAGTCCTTCACAAATTCTATCTTAATCGAATTAACACTTACTATATA
17113 TTTTTTTTCT
1 TTTTTTTTCT
17123 TTGTTCTATT
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 47, Indels: 37
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
442 2 0.01
443 181 0.47
444 6 0.02
445 2 0.01
446 54 0.14
448 2 0.01
451 1 0.00
453 10 0.03
454 43 0.11
455 83 0.21
456 4 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (435 bp):
TTTTTTTTCTATTTGTCCGATTAAGATAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATTTAC
AACTTTCATGAAGGACTCAAAATCCAATTTTTACATTTCAATTAAAAAAAATGCTTCCCAAATTT
GGTGATTCCAATTGCCGGTCTATTTAATACCATATAATTTTCGATCCACATATCCGAGTAAAGTT
ATTGAAATGCCGGTTAAAAAATTATTGCATGATCTACGAATTTCATAAAGTGCCCGAAAGCTAAA
TTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAAGGAATTTTTATGTTTCAAGATCTCCATAAACA
AACATTTTCTTATTTGAATTATTTATCAAATGACCCTCATATTTTCCAACTATTTATACTACCTA
GTCCTTCACAAATTCTATCTTAATCGAATTAACACTTACTATATA
Found at i:40864 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40843--40898 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
40833 CTGCCATGTC
40843 ATATTTTTTATTAAAAAA
1 ATATTTTTTATTAAAAAA
*
40861 ATATTTCTT-TTAAAAAA
1 ATATTTTTTATTAAAAAA
**
40878 TATATTTTTTAAAAAAAAA
1 -ATATTTTTTATTAAAAAA
40897 AT
1 AT
40899 TGAGTGAGGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 4
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.25
18 18 0.56
19 6 0.19
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
ATATTTTTTATTAAAAAA
Found at i:40877 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 40856--40893 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
40846 TTTTTTATTA
40856 AAAAAATAT-TTCTTTT
1 AAAAAATATATT-TTTT
40872 AAAAAATATATTTTTT
1 AAAAAATATATTTTTT
40888 AAAAAA
1 AAAAAA
40894 AAAATTGAGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 19 0.90
17 2 0.10
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAATATATTTTTT
Found at i:41080 original size:33 final size:36
Alignment explanation
Indices: 41027--41092 Score: 102
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
41017 AAAAACCGTT
41027 TTTTCTTCTTTTTCTGTTTTTTTTTT-TAAAAACCA
1 TTTTCTTCTTTTTCTGTTTTTTTTTTCTAAAAACCA
*
41062 TTTT-TTC-TTTTCTTTTTTTTTTTTCTAAAAA
1 TTTTCTTCTTTTTCTGTTTTTTTTTTCTAAAAA
41093 AAGGACGAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
33 16 0.55
34 9 0.31
35 4 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.12, G:0.02, T:0.70
Consensus pattern (36 bp):
TTTTCTTCTTTTTCTGTTTTTTTTTTCTAAAAACCA
Found at i:41081 original size:34 final size:37
Alignment explanation
Indices: 41017--41092 Score: 104
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
41007 AATTAAAAAA
* * *
41017 AAAAACCGTTTTTTCTTCTTTTTCTGTTTTTTTTTTT
1 AAAAACCATTTTTTCTTCTTCTTCTGTTTTTTTTTCT
41054 AAAAACCATTTTTTCTT-TTCTT-T-TTTTTTTTTCT
1 AAAAACCATTTTTTCTTCTTCTTCTGTTTTTTTTTCT
41088 AAAAA
1 AAAAA
41093 AAGGACGAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 3
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 15 0.42
35 1 0.03
36 4 0.11
37 16 0.44
ACGTcount: A:0.21, C:0.13, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (37 bp):
AAAAACCATTTTTTCTTCTTCTTCTGTTTTTTTTTCT
Found at i:45689 original size:32 final size:29
Alignment explanation
Indices: 45653--45727 Score: 98
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 29
45643 CCCTTCGTTT
45653 AACTCAATTAGCCATTTGCTCAAAAAAAAAAA
1 AACTCAATTAGCCATTT-CTC--AAAAAAAAA
* *
45685 AACTCAATTAGCCAATTCTCCAAAAAAAA
1 AACTCAATTAGCCATTTCTCAAAAAAAAA
45714 AA-TCAATTAGCCAT
1 AACTCAATTAGCCAT
45728 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 11 0.28
29 10 0.25
31 3 0.08
32 16 0.40
ACGTcount: A:0.51, C:0.21, G:0.05, T:0.23
Consensus pattern (29 bp):
AACTCAATTAGCCATTTCTCAAAAAAAAA
Done.