Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009174.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09195, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26108
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:3532 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3521--3577 Score: 75
Period size: 2 Copynumber: 29.5 Consensus size: 2
3511 TAATTCTGGT
*
3521 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TGA AA TA -A TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA TA TA TA
3561 TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA T
3578 GTTTGTCATG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 8
0.83 0.03 0.14
Matches are distributed among these distances:
1 3 0.06
2 46 0.94
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:8882 original size:28 final size:30
Alignment explanation
Indices: 8834--8907 Score: 82
Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
8824 TGCAACACCC
8834 AAAA-ATGTCTTTATTTCTTTT-A-AAGGA
1 AAAATATGTCTTTATTTCTTTTCACAAGGA
* *
8861 AAAATATGTCTTTTTTTTTTTTTGCCACAAGGA
1 AAAATATGTC-TTTATTTCTTTT--CACAAGGA
8894 AAAATATGTCTTTA
1 AAAATATGTCTTTA
8908 ATTGAATCAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 7
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.11
28 5 0.13
29 10 0.26
32 4 0.11
33 15 0.39
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (30 bp):
AAAATATGTCTTTATTTCTTTTCACAAGGA
Found at i:13383 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13356--13392 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
13346 TAAAGATTGT
13356 CATTGTTTTTGGATGTA
1 CATTGTTTTTGGATGTA
*
13373 CATTG-TTTTGGCTGTA
1 CATTGTTTTTGGATGTA
13389 CATT
1 CATT
13393 TAATTGCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.74
17 5 0.26
ACGTcount: A:0.16, C:0.11, G:0.22, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
CATTGTTTTTGGATGTA
Found at i:13492 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 13474--13514 Score: 55
Period size: 2 Copynumber: 20.0 Consensus size: 2
13464 GTTCTTGATC
* *
13474 TA TA CA TA TA CA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA CTA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -TA TA TA
13515 CTCCCTCTGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 32 0.94
3 2 0.06
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:16156 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 16078--16234 Score: 269
Period size: 74 Copynumber: 2.1 Consensus size: 74
16068 TGGTCTTTTC
* *
16078 ACACTTTTCGGGTGACTAAAAAGCCCCTCTATGAGTTTCCCCTATTCCTTTTCCTTCTACCCTTT
1 ACACTTTTCGGATGACTAAAAAGCCCCTCTATGAGTTTCCCCCATTCCTTTTCCTTCTACCCTTT
16143 TTCGTAATT
66 TTCGTAATT
* *
16152 ACACTTTTTGGATGACTAAAAAGCCCCTTTATGAGTTTCCCCCATTCCTTTTCCTTCTACCCTTT
1 ACACTTTTCGGATGACTAAAAAGCCCCTCTATGAGTTTCCCCCATTCCTTTTCCTTCTACCCTTT
16217 TTCGTAATT
66 TTCGTAATT
*
16226 ACACATTTC
1 ACACTTTTC
16235 CCTTCCTTAA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 6, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
74 77 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (74 bp):
ACACTTTTCGGATGACTAAAAAGCCCCTCTATGAGTTTCCCCCATTCCTTTTCCTTCTACCCTTT
TTCGTAATT
Found at i:22792 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 22773--22800 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
22763 GGTTGTTCAT
22773 TGCTTAATATACAA
1 TGCTTAATATACAA
22787 TGCTTAATATACAA
1 TGCTTAATATACAA
22801 AGGCTAAAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (14 bp):
TGCTTAATATACAA
Found at i:25029 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 24579--25630 Score: 1122
Period size: 196 Copynumber: 5.4 Consensus size: 196
24569 ATAATAAGGT
* * * *
24579 TTATTATACGAATACACTGTCAA-TGTGAATTTTGGACTTCATAAGTGGGTTAAGAAGTTGACAC
1 TTATTATAC-AATACACTGT-AAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACAC
* * * *
24643 ATACCCCATTTTATAATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGGGGGATACATGC
64 ATACCCCATTTCATAATTAATTAAATA-TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATG-
* ** * * * *
24708 CAACCCTTAAACCATGCATGTACAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTTT
127 -TACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTTT
24773 -TAGGA
191 ATAGGA
* * * *
24778 TTATTATACAATATACTGTCAGTGTAAATTTTGAACTCCACAACCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
1 TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
** * * *
24843 ACCTTATTTCATAATTAATTAGATATAAATTATTAATACATATTCCCT-AGGAGGACACAT-T-T
66 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTAA-TATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATGTAC
* **
24905 CCTTAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCCCAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTGGTTTAT
130 CCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTT--TTTAT
*
24970 ATGA
193 AGGA
* *
24974 TTATTATACAATATACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAC
1 TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
* * *
25039 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATGTAATATTAATAAATATTCCATAAGG-GGATACATGTCA
66 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATAT-TAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATGT--
* * *
25103 ACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGGATAATTTTTCTTA
128 ACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTT-TTA
25168 TAGGA
192 TAGGA
* ** * * * **
25173 TTA-T-T--AATACACCGCCAGTATAAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGACAGG
1 TTATTATACAATACACTGTAAGTGT-AAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
* * * * * *
25234 TATCTCATTTCTTAATAAATTAAATATTTAACATTAATACATATTCCCTAAAG-GGACACATGTC
65 TACCCCATTTCATAATTAATTAAATA-TTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATGT-
* * * *
25298 AACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTTAC-G-GTATTGTATAATTTTTCTT
128 -ACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTT-TT
25361 ATAGGA
191 ATAGGA
* * *
25367 TTATTATACAATACA---T---TGTAAAATTTGAACTCTATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACAT
1 TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
* * * * *
25426 ACCCTATTTCATAATTAATTAGATATAAAATATTAATACATATTCCCTAAGCA-GACATATGTCA
66 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATAT-TAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATGT--
* *
25490 ACCCTTAAACCCGCGCA--TGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAATCTTCGTT
128 ACCCTTAAACCC-CGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAAT-TT--TT
*
25553 TTATATGA
189 TTATAGGA
* * *
25561 TTATTATACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGACACAT
1 TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
25626 ACCCC
66 ACCCC
25631 GACCTTTTGG
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 104, Indels: 63
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
190 22 0.03
191 95 0.13
192 16 0.02
193 51 0.07
194 49 0.07
195 18 0.03
196 238 0.33
197 22 0.03
198 93 0.13
199 19 0.03
200 94 0.13
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (196 bp):
TTATTATACAATACACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGGACACATGTACC
CTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTTTATAGG
A
Found at i:25348 original size:394 final size:389
Alignment explanation
Indices: 24579--25628 Score: 1212
Period size: 394 Copynumber: 2.7 Consensus size: 389
24569 ATAATAAGGT
* * * * *
24579 TTATTATACGAATACACTGTCAATGTGAATTTTGGACTTCATAAGTGGGTTAAGAAGTTGACACA
1 TTATTATAC-AATATACTGT-AATGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
* * * *
24644 TACCCCATTTTATAATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGGGGGATACATGCC
64 TACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGGATACATGTC
** * * * *
24709 AACCCTTAAACCATGCATGTACAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTTT-
128 AACCCTTAAACCCCGCA-GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAATTTTTTTA
* * * *
24773 TAGGATTATTATACAATATACTGTCAGTGTAAATTTTGAACTCCACAACCGGGTTAAGAAGTTGA
192 TAGGATTATTATA-AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGC-GGTTAAGAAGTTGA
* * * * *
24838 CACATACCTTATTTCATAATTAATTAGATATAAATTATTAATACATATTCCCTAGGAGGACACAT
255 CACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATAAATCATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACAT
* * * *
24903 TTCCTTAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCCCAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTGGT-T
320 TCCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTT--TCT
*
24967 TATATGA
383 TATAGGA
*
24974 TTATTATACAATATACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAC
1 TTATTATACAATATACTGTAA-TGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
* * *
25039 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATGTAATATTAATAAATATTCCATAAGGGGATACATGTCAA
65 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACATGTCAA
* * *
25104 CCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGGATAATTTTTCTTAT
130 CCCTTAAACCCCGCA-GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAATTTTT-TTAT
* * *
25169 AGGATTA-T-T-AATACACCGCCAGTATAAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
193 AGGATTATTATAAATACACTGTCAGTGT-AAATTTTGGACTCCATAAGCG-GTTAAGAAGTTGAC
** * * *
25231 AGGTATCTCATTTCTTAATAAATTAAATATTTAA-CATTAATACATATTCCCTAA-AGGGACACA
256 ACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATA-TAAATCATTAATACATATTCCCTAAGA-GGACACA
* * * *
25294 TGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTTAC-G-GTATTGTATAATTTT
319 T-T---CCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTT
25357 TCTTATAGGA
380 TCTTATAGGA
* * * *
25367 TTATTATAC-A-ATAC---ATTGTAAAATTTGAACTCTATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATA
1 TTATTATACAATATACTGTAATGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
* * * ** * *
25427 CCCTATTTCATAATTAATTAGATATAAAATATTAATACATATTCCCTAAGCAGACATATGTCAAC
66 CCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACATGTCAAC
*
25492 CCTTAAACCCGCGCA-TGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAATCTTCGTTTTA
131 CCTTAAACCC-CGCAGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAAT-TT--TTTTA
* *
25556 TATGATTATTATACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGATTAAGAAGTTGA
192 TAGGATTATTATA-AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGG-TTAAGAAGTTGA
25621 CACATACC
255 CACATACC
25629 CCGACCTTTT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 73, Indels: 46
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
386 35 0.06
387 107 0.19
388 15 0.03
389 3 0.01
390 2 0.00
391 56 0.10
392 93 0.17
393 89 0.16
394 110 0.20
395 18 0.03
396 33 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (389 bp):
TTATTATACAATATACTGTAATGTAAATTTTGAACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
CCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGATACATGTCAAC
CCTTAAACCCCGCAGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGCATAATTTTTTTATAGG
ATTATTATAAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGTTAAGAAGTTGACACATA
CCTCATTTCATAATAAATTAAATATAAATCATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATTCCCTT
AAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGA
Found at i:25492 original size:387 final size:387
Alignment explanation
Indices: 24626--25628 Score: 1177
Period size: 387 Copynumber: 2.6 Consensus size: 387
24616 TTCATAAGTG
* * *
24626 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTTATAATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCC
1 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCC
* ** * * *
24691 CTAAGGGGGATACATGCCAACCCTTAAACCATGCATGTACAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTG
66 CTAA-GGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCA-GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTG
* * * *
24756 TATTGTATAATTTTTTT-TAGGATTATTATACAATATACTGTCAGTGTAAATTTTGAACTCCACA
129 TATTGCATAATTTTTTTATAGGATTATTATA-AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATA
* * * * *
24820 ACCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTTATTTCATAATTAATTAGATATAAATTATTAATACATA
193 AGC-GGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATAAATCATTAATACATA
* * * * *
24885 TTCCCTAGGAGGACACATTTCCTTAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCCCAACTCCACTGACAGTGT
257 TTCCCTAAGAGGACACATTCCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGACAGTGT
* *
24950 ATTGTATAATTTTGGTTTATATGATTATTATACAATATACTGTAAGTGTAAATTTTGAACTCCAT
322 ATTGTATAATTTT-GTTTATAGGATTATTATACAATATAC--T-AGTGTAAAATTTGAACTCCAT
*
25015 AAGCG
383 AAGCA
* * *
25020 GGTTAAGAAGTTGACACACACCCCATTTCATAATTAATTAAATATGTAATATTAATAAATATTCC
1 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCC
* * *
25085 ATAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGT
66 CTAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCA-GTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGT
* * * *
25150 ATTGGATAATTTTTCTTATAGGATTA-T-T-AATACACCGCCAGTATAAAATTTTGGACTCCATA
130 ATTGCATAATTTTT-TTATAGGATTATTATAAATACACTGTCAGTGT-AAATTTTGGACTCCATA
** * * *
25212 AGCGAGTTAAGAAGTTGACAGGTATCTCATTTCTTAATAAATTAAATATTTAA-CATTAATACAT
193 AGCG-GTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATA-TAAATCATTAATACAT
* * * *
25276 ATTCCCTAA-AGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTTA
256 ATTCCCTAAGA-GGACACAT-T---CCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGA
*
25340 C-G-GTATTGTATAATTTT-TCTTATAGGATTATTATAC-A-ATAC-ATTGTAAAATTTGAACTC
316 CAGTGTATTGTATAATTTTGT-TTATAGGATTATTATACAATATACTAGTGTAAAATTTGAACTC
*
25399 TATAAGCA
380 CATAAGCA
* * *
25407 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCTATTTCATAATTAATTAGATATAAAATATTAATACATATTCC
1 GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCC
** * * *
25472 CTAAGCAGACATATGTCAACCCTTAAACCCGCGCA-TGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGT
66 CTAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCC-CGCAGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGT
* *
25536 ATTGCATAATCTTCGTTTTATATGATTATTATACAATACACTGTTAGTGTAAATTTTGGACTCCA
130 ATTGCATAAT-TT--TTTTATAGGATTATTATA-AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCA
25601 TAAGCGGATTAAGAAGTTGACACATACC
191 TAAGCGG-TTAAGAAGTTGACACATACC
25629 CCGACCTTTT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 68, Indels: 43
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
386 35 0.07
387 108 0.21
388 14 0.03
389 3 0.01
390 2 0.00
391 56 0.11
392 93 0.18
393 87 0.17
394 81 0.16
395 9 0.02
396 33 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (387 bp):
GGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCC
CTAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAACCCCGCAGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTA
TTGCATAATTTTTTTATAGGATTATTATAAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGC
GGTTAAGAAGTTGACACATACCTCATTTCATAATAAATTAAATATAAATCATTAATACATATTCC
CTAAGAGGACACATTCCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCCAAAATCCACTGACAGTGTATTG
TATAATTTTGTTTATAGGATTATTATACAATATACTAGTGTAAAATTTGAACTCCATAAGCA
Done.