Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009184.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09205, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2457
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Found at i:613 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--1461 Score: 2041
Period size: 329 Copynumber: 4.4 Consensus size: 330
1 TTTTCCCTATTTTTTTTCTAAATTTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAAC
1 TTTTCCCTA-TTTTTTTCTAAA-TTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAAC
*
66 ATATCTTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG
64 ATATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG
* * ** *
131 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGAACCCGGAATACGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGG
129 TGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
* * *
196 TTAGAACACGATTTCGGCTAACATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTC
194 TTAGAAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTC
*
261 CCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCT
259 CCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCT
326 AATATCA
324 AATATCA
* * * *
333 TTTTGCTTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCCTAAAAACAT
1 TTTTCCCTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACAT
* * * *
398 ATCTTTAAATCTAACATGGCTGTAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTG
66 ATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
*
463 CCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGT
131 CCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGT
*
528 TAGAAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG-AAAAAATTTTCCTCAATTTTTCC
195 TAGAAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCC
* * * * *
592 CCAAAATAAATATGATAAATATGTAATTCAATGCCAAAAAGATTGAGGAGCATTTCATGCTTCTA
260 CCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTA
657 ATATCA
325 ATATCA
663 TTTTCCCTA-TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACAT
1 TTTTCCCTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACAT
* * *
727 ATCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATCAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
66 ATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
*
792 CCAAAAATCATGTAAAATTGAGCC-GGAGCCCCGGAACG-GATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G
131 CCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGA-CCCCGGAACGCG-TTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
* * * * * * **
854 ---G-ACACGATTTCGGCTAAAATTTCT-CGATAATTGACCAGAAATATTTTTTCCTCAA-TTTT
194 TTAGAAAACGATTTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT
* ** * * * * ** * *
913 GCTTAAAATACTCATGA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTC
258 CCCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTC
*
977 TAATATTA
323 TAATATCA
* * * * * *
985 TTTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTTATTTATACTTAAATCGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAAA
1 TTTTCCCTATTTTTTTCT-AA---ATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAA
* *** * * * * * *
1049 ACATATCCTTAAATTCAGTGTGGTTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTTTT
62 ACATATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTC
* * * * *
1114 GGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGCGACCCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGAT
127 GGTGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGAT
*
1179 GGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTT
192 GGTTAGAAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTT
1244 TCCCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTT
257 TCCCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTT
1309 CTAATATCA
322 CTAATATCA
* * *
1318 TTTTCCCTATTTTTTT-TAAATTTCTACTTAAATCGAAACTGGTTTCCAATGCTCGTAAAAACAT
1 TTTTCCCTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACAT
* * *
1382 ATCCTTAAATCAAACATGGTTGAAATTTAATTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
66 ATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
1447 CCAAAAATCATGTAA
131 CCAAAAATCATGTAA
1462 TTTTCACCAA
Statistics
Matches: 992, Mismatches: 117, Indels: 43
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
322 63 0.06
323 46 0.05
324 15 0.02
326 144 0.15
327 5 0.01
328 15 0.02
329 262 0.26
330 244 0.25
331 110 0.11
332 24 0.02
333 58 0.06
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
TTTTCCCTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACAT
ATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
CCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTT
AGAAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCCC
CAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAA
TATCA
Found at i:1277 original size:655 final size:657
Alignment explanation
Indices: 1--1461 Score: 2093
Period size: 655 Copynumber: 2.2 Consensus size: 657
1 TTTTCCCTATTTTTTTTCTAAATTTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAAC
1 TTTTCCCTA--TTTTTTCTAAA-TTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAAC
* *
66 ATATCTTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG
63 ATATCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG
* *
131 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGAACCCGGAATACGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGG
128 TGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGAACCCGGAATACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
* *
196 TTAGAACACGATTTCGGCTAACATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTC
193 -T-GAACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTC
* * * *
261 CCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCT
256 CCCAAAATAATCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCT
* *
326 AATATCATTTTGCTTATTTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCCTA
321 AATATCATTTTGCCTATTTTTTTCTAAATTTATACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCCTA
* *
391 AAAACATATCTTTAAATCTAACATGGCTGTAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGT
386 AAAACATATCCTTAAATCTAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGT
* * * *
456 CTTGGTGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACTG
451 CTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGCGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCG
521 TGATGGTTAGAAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAAT
516 TGATGGTTAGAAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAAT
* * *
586 TTTTCCCCAAAATAAATATGATAAATATGTAATTCAATGCCAAAAAGATTGAGGAGCATTTCATG
581 TTTTCCCCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCATTTCATG
651 CTTCTAATATCA
646 CTTCTAATATCA
663 TTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATA
1 TTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATA
*
728 TCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATCAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGC
66 TCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGC
* *
793 CAAAAATCATGTAAAATTGAGCC-GGAGCCCCGG-A-ACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G
131 CAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGA-ACCCGGAATAC-G-TTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
* * * * *** *
854 -G-ACACGATTTCGGCTAAAATTTCT-CGATAATTGACCAGAAATATTTTTTCCTCAA-TTTTGC
193 TGAACACGATTTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCAGAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCC
** * * ** *
915 TTAAAATACTCATGA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTCTA
257 CCAAAATAATCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTA
* * * * *
979 ATATTATTTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTTATTTATACTTAAATCGAAACCGGTTTTAGATGCTT
322 ATATCATTTTGCCTATTTTTTTCT-AA---ATTTATACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTC
* *** * * * *
1043 GTAAAAACATATCCTTAAAT-TCAGTGTGGTTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTCAAG
383 CTAAAAACATATCCTTAAATCT-AACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAG
* * *
1107 GAGTTTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGCGACCCCGAAACGCGTTTTTATC-CAAAA
447 GAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGCGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAA
* *
1171 ACCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCC
512 ACCGTGATGGTTAGAAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG-AAAAAATTTTCC
* *
1236 TCAATTTTTCCCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTT
576 TCAATTTTTCCCCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCATT
1301 TCATGCTTCTAATATCA
641 TCATGCTTCTAATATCA
* * * *
1318 TTTTCCCTATTTTTTTTAAATTTCTACTTAAATCGAAACTGGTTTCCAATGCTCGTAAAAACATA
1 TTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATA
* * *
1383 TCCTTAAATCAAACATGGTTGAAATTTAATTAGATGAAA-ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
66 TCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGAT-AAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTG
1447 CCAAAAATCATGTAA
130 CCAAAAATCATGTAA
1462 TTTTCACCAA
Statistics
Matches: 721, Mismatches: 67, Indels: 29
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
651 8 0.01
652 57 0.08
653 15 0.02
654 97 0.13
655 360 0.50
656 3 0.00
657 2 0.00
658 6 0.01
659 153 0.21
660 11 0.02
662 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (657 bp):
TTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATA
TCATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGC
CAAAAATCATGTAAAATTGAGCCGGGAACCCGGAATACGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTGA
ACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTCCCCAA
AATAATCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
CATTTTGCCTATTTTTTTCTAAATTTATACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCCTAAAAAC
ATATCCTTAAATCTAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTGG
TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGCGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATG
GTTAGAAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTC
CCCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCATTTCATGCTTCT
AATATCA
Found at i:1630 original size:220 final size:221
Alignment explanation
Indices: 1241--1682 Score: 712
Period size: 220 Copynumber: 2.0 Consensus size: 221
1231 TTTCCTCAAT
* *
1241 TTTTCCCCAAAATAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATG
1 TTTTCACCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATG
* *
1306 CTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTTAAATTTCTACTTAAATCGAAACTGGTTTCCAATGCT
66 CTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACTGGTTTCCAATGCT
*
1371 CGTAAAAACATATCCTTAAATCAAACATGGTTGAAATTTAATTAGATGAAA-ATAGATATTTCAA
131 CGTAAAAACATATCCTTAAATCAAACATGGCTGAAATTTAATTAGAT-AAACATAGATATTTCAA
1435 GGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAA
195 GGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAA
* * **
1462 TTTTCACCAAAATAAATATGATAAATATGTAATTCAA-GCCAAAAAGATTGGGGAGCTTTTCATG
1 TTTTCACCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATG
*
1526 CTTCTAATATCATTTTCTCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAA-TCGGTTT-CAGATG
66 CTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACT-GGTTTCCA-ATG
* * *
1589 CTCGTCAAAACATATCTTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCA
129 CTCGTAAAAACATATCCTTAAATCAAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCA
1654 AGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAA
194 AGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAA
1682 T
1 T
1683 ATTGAGCCGG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 13, Indels: 7
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
219 6 0.03
220 166 0.81
221 33 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (221 bp):
TTTTCACCAAAATAAATATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATG
CTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACTGGTTTCCAATGCT
CGTAAAAACATATCCTTAAATCAAACATGGCTGAAATTTAATTAGATAAACATAGATATTTCAAG
GAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAA
Done.