Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009185.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09206, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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1 TA
* * *
3 TTTTTTCTAAATTTCTTACTTAAATCAAAATCGGTTTCAGATGCTCGTCAAAACATAT-CTTTAA
1 TTTTTTCTAAATTTC-TACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAA
* *
67 TCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATC
65 TCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATC
* ** * * * * *
132 ATGTACTATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGGATTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTGGTACACGAT
130 ATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGAT
* * * **
197 TTCGGCTAAAATTTCT-CAATAATTGA-CC-AAAAATATTTTTTCCTCAA-TTTTGCTTAAAATA
195 TTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCCGAAAAA-A-TTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATA
** * * ** * ** *
258 CTCGTGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGACTTTTCGCGCTTCTAATATAATTT
257 CTTATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTT
* *
323 T-TC-ATA
322 TCCCTATT
* * * * *
329 TTTTTTCTGAATTTATTTATACTTAAATCGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAAAAAATATCCTT
1 TTTTTTCT-AA---ATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * * * * *
394 AAATCCAGTGTGGCTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTGAAGGAGTTTTGGTGCCAAAA
62 AAATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCC-AAA
* * *
459 AATCATGCAAATTTGAGCCGGGATCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTAGTA
126 AATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-TTAGTA
* * * *
524 AACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTCTCCTCAATTTTCCCCCAAA
189 AACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAA
* * * *
589 ATAATTATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAG--TTTCATGCTTTTAATATC
254 ATACTTAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATC
*
652 TTTTTCCCTA--
318 ATTTTCCCTATT
* *
662 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCATAAAAACATATCCTTAAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
* * *
727 CCAATATGGCTGAAATTTAATTGGATGAACATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
* * * * * *
792 TGTAATATTTAGCCGGGGCCCCGGAACGGAATTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGAT
131 TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGAT
** * * * * * * *
853 TTCGGCTAAAATTTCT-CAATTATTGACCAGAAATATTTTTTCGTCAA-TTTTGCCTAAAATACT
195 TTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACT
* * * * * ** * * *
916 CATGAAAATATATGATTCGATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTT
259 TATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
*
981 CCAATT
324 CCTATT
* *** ** * * * * * *
987 ATTCTGAATTTATTTATACTTAAAACGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAAAACATATTC-TAAA
1 -TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAA
* * * * * * * *
1051 TCCAGTGTGGCTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTGCAAGGAGTTTTGGTGTCAAAAATC
65 TCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATC
* * * *
1116 AAAGCAAAATTGAGCCGGGACCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTAGTAAACG
130 -ATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACG
* * * * *
1181 ATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTAACCTGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATAA
193 ATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATAC
* * *
1246 TTATAATAAATATATAATACAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTT
258 TTATAA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTT
1311 TCCCTATT
322 TCCCTATT
* *
1319 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCTTTAAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
* * *
1384 CCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
*** * * * *
1449 TGCAAAATTGAGTTAGGACCCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATAGTTAGAAAACGAT
131 TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGAT
* * *
1514 TTCGGCTAACATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATAATT
195 TTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACTT
* *
1579 ATAATAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
260 ATAA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
1644 CCTA--
324 CCTATT
* * * *
1648 TTTTTTCAAAATTTCTACTTAAATCAAAATCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCATTAAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
* *
1713 CCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
* * * * * *
1778 TGTAAAATTGAGCTGGAACCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTTGTACACGAT
131 TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGAT
* * * * * * * * **
1843 TTCGGCTAAAATTTCT-TAATAATTGACCAGAAATATTTTTTCATCAA-TTTTGCTTAAAATACT
195 TTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACT
* * * ** * * *
1906 CATGAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTT
259 TATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
1971 CCTA--
324 CCTATT
* ** * * *
1975 TTTTTTCTGAATTTATTTATACTTAAATTGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAGAACATATCCTT
1 TTTTTTCT-AA---ATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
* * * * * * *
2040 AAATCCAGTGTGGTTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTTTTGGTGCCAAAA
62 AAATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAA
** * *
2105 ATCATGCAAAATTGAGTTGGAACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAA
127 ATCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAA
* * *
2170 CGATATCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTTCCCAAAA
191 CGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTCCCCAAAA
* *
2235 TAATTATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATATCA
255 TACTTATAA-AAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCA
2300 TTTTCCCTA-T
319 TTTTCCCTATT
* * *
2310 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAAACGGTTTCAAATGCTCGTGAAAACATATCCTTAAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
*
2375 CCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
* * * *
2440 TGTAAAATTGAGTCGGGACCCCGGAACAGATTTTTAGCCAAAAACC------G-CA-T----GAT
131 TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAAC-GGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGAT
** * * * * * * *
2493 TTCGGCTAAAATTTTTTAAAAATTGACCCGAAATACTTTTTCCTCAATTTTTGCCTAAAACACTC
195 TTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACTT
* * * * ** * *
2558 ATGAAAATATATAATCTAAAT-CCAAAAACAATGGTGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTT
260 ATAAAAATATATAAT-TCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
2622 CCTATT
324 CCTATT
** * * *
2628 TTGTCTGTT-TTTATTTCTACTTAAATCGAAA-CTGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTA
1 TT-T-T-TTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTA
* * * * * * * *
2691 AATCTAATTTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATTTAGATATTTGAAGGAGTCTTGATGCCAAAAT
63 AATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAA
* * * *
2756 TTATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAAAAC-T-AT-GTTAATGTA
128 TCATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTT-A-GTA
* ** * *
2817 AACGATTTCGCCTAAAATTTTGTAAAAGCTGACCC-AAAGAAATTTTTCCTCAATTTTTCACCAA
189 AACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAA-AAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAA
* ** **
2881 AATACTTATAAAAAATAAATAATTCAACACGTAAAAGATTGAAGGGC---T--T--TTC-AATAT
253 AATACTTAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATAT
*
2938 CATTTTTCCTATT
317 CATTTTCCCTATT
* *
2951 TATTTTT-GAATTTATTTCTACTT-AATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCTTT
1 T-TTTTTCTAA---ATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTT
** * * * * *
3014 AAATCCAACGTGGTTGAAAATTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTATCAGTGCCAAAA
62 AAATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAA
** * * * * ** *
3079 ATCATTTAAAATTGAGTCGGTG-CCTCGGAACAGATTTTTAGCCAAAAACTGCAATGGTTAGTAC
127 ATCATGCAAAATTGAGCCGG-GACCCCGGAAC-GGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAA
* * * * * * *
3143 ACTATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTTCCTCAATTTTTACCTAAAA
190 ACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAA
* * * * ** *
3208 TACTCATGAAAATAGATAATT-ATATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA
255 TACTTATAAAAATATATAATTCA-ATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCA
*
3272 TTTTTCCTATT
319 TTTTCCCTATT
** ** * *
3283 TTTTCTGAGTTTATTTCTACTTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
1 TTTT-T-TCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
* * * * * *
3348 ATCCAATGTGGCTGAAACTTGATAAGATTAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGTGCCAAAAAT
64 ATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAAT
* * ** * * *** * *
3413 CATGGAAAACTGAGCCAAGTCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATAATGATGGTTAGTACACA
129 CATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACG
* * *
3478 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCG-AAAAA-TTTTCCTCAATTTTTCACCAAAATA
193 ATTTCGGCTAAAATTTTAC-AAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATA
* * ** * **
3541 CTCATAAAAAATATATACTTCAATGTGAAAAA-ATTGTAGGGCTTTTCACT-CTAATAATATCAT
257 CTTAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCA-TGCTTCTAATATCAT
3604 TGTT-CCTA--
320 T-TTCCCTATT
* * * *
3612 TTTTTTCTGAA----T--TTAAATCAAAAACAGTTTCAGATGCTTGTAAAAA-ATATCCTTAAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
* * * * *
3670 CCAATATGGATGAAATTTTATTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTTTCGTTGCCAAAAATCA
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
* * * * * * *
3735 TGCAAAACTAAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAAAACTGTGATGG-TAGTAAAC
131 TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACG-GTTTTTAGCC---AAAAACCGTGATGGTTAGTAAAC
* * * ** * * *
3799 AATTTCTGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCAAAAATAAAAATTTCCTCAATATTTCCTCAATA
192 GATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCC-GAAA-AAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAA
* * * *
3864 TAGTTATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCATTCTTCTAATATCA
255 TACTTAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCA
* *
3929 TTTCCCCTAAT
319 TTTTCCCTATT
* * *
3940 TTTTTTCTAAATTTTTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCTTTGAAT
1 TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
* * *
4005 CCAACATGGCTAAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAAGGAGTCTCGGTGCGAAAAATC
66 CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATC
* * * * * *
4070 ATGTAAAATTGAGCCAGGG-CCCTGAAACGGATTTTTCGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
130 ATGCAAAATTGAGCC-GGGACCCCGGAACGG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACG
** * * * ** ** *
4134 ATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTG-AAATATTTTTGCCTCACCTTTTGGCCATAATA
193 ATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTCCCCAAAATA
* * * **
4198 -TTCATAAATAATATATAATTCAATGCCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGT
257 CTT-ATAAA-AATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCAT
4262 TTTCCCTATT
320 TTTCCCTATT
** * * * * * * * *
4272 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGCTTTCAGATGCTTGTAAAATCATATCATTAA
1 TTTT-T-TCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAA
* * * * * *
4337 ATTCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTC-A--A----------C---AAT
64 ATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAAT
* * * ** ** * * * *
4386 TATGCAAAACTGAGCTGGGGGCCCAAAATGCTTTTTAGCCAAAGACCGTGATGGTTAGTACACGA
129 CATGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGA
* ** * ** *
4451 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-GGAAATTTTTCCTCGATTTTTTGCCACAATACT
194 TTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACT
* * * * * * **
4515 CATAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTT
259 TAT-AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTT
*
4580 TCCT-TT
323 CCCTATT
*** * * * *** ** *
4586 TTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-TAATATTCAGATTTTCGT-AAAACATATCTTTA
1 TTTT--TTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGT-TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTA
* * * * * * *
4649 AATCCAATGTAGCTGAAATTTGATTAGATGAATATACATATTTCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAA
63 AATCCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAA
4714 TCAT
128 TCAT
4718 CTAAAACTGA
Statistics
Matches: 3597, Mismatches: 646, Indels: 289
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
313 52 0.01
314 41 0.01
315 73 0.02
316 74 0.02
317 73 0.02
318 42 0.01
319 150 0.04
320 119 0.03
321 74 0.02
322 41 0.01
323 108 0.03
324 145 0.04
325 185 0.05
326 134 0.04
327 75 0.02
328 79 0.02
329 358 0.10
330 162 0.05
331 722 0.20
332 423 0.12
333 108 0.03
334 220 0.06
335 90 0.03
336 46 0.01
337 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
TTTTTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAAT
CCAATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCA
TGCAAAATTGAGCCGGGACCCCGGAACGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATT
TCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATACTTA
TAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTCCC
TATT
Found at i:4605 original size:656 final size:647
Alignment explanation
Indices: 6--4717 Score: 3606
Period size: 656 Copynumber: 7.2 Consensus size: 647
1 TATTT
* * *
6 TTTCTAAATTTCTTACTTAAATCAAAATCGGTTTCAGATGCTCGTCAAAACATAT-CTTTAATCC
1 TTTCTAAATTTC-TACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCC
* *
70 AACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATG
65 AATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATG
* ** * * *
135 TACTATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGGA-TTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTGGTACACGATTT
130 CAAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
199 CGGCTAAAATTTCT-CAATAATTGA-CCAAAAATATTTTTTCCTCAA-TTTT-GCTTAAAATACT
195 CGGCTAAAATTT-TGCAAAAACTGACCCGAAAA-A-TTTTTCCTCAATTTTTCGC-CAAAATATT
* * * ** * * *
260 CGTGAA-AATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGACTTTTCGCGCTTCTAATATAATTTT
256 CATAAATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
* * * * * *
324 TCATATTTTTTCTGAATTTATTTATACTTAAATCGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAAAAAATA
321 CCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATA
* * * *
389 TCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTGAAGGAGTTTTGGTGC
386 TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTT-CA--A--------G-
** * **
454 CAAAAAATCATGCAAATTTGAGCCGGGATCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
439 C----AATCATGCAAAACTGAGCTGGGGGCCCGAAA-GC-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-T
* * * * **
519 TAGTAAACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTCTCCTCAATTTTCCC
497 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG--AAAATTTTTCCTCAATTTT-TG
* * * * * * *
584 CCAAAATAATTATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAG--TTTCATGCTTTTA
559 CCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* * *
647 ATA-TCTTTTTCC---CTAT-TT-
624 ATATTATTTTTCCTTTTTTTCTTA
* *
665 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * * *
730 ATATGGCTGAAATTTAATTGGATGAACATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGT
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
* * * *
795 AATATTTAGCCGGGGCCCCGGAACGGAATTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTC
131 AAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
** * * * * *
856 GGCTAAAATTTCT-CAATTATTGACCAGAAATATTTTTTCGTCAA-TTTT-GCCTAAAATACTCA
196 GGCTAAAATTT-TGCAAAAACTGACCCGAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTCGCC-AAAATATTCA
* * * * ** * *
918 TGAA-AATATATGATTCGATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTC
258 TAAATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCC
* * * * * * *
982 C-AATTATTCTGAATTTATTTATACTTAAAACGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAAAACATATT
323 CTATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATATC
* * * *
1046 C-TAAATCCAGTGTGGCTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTGCAAGGAGTTTTGGTGTCA
388 CTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTC-A--A--------G-C-
* * * * *
1110 AAAATCAAAGCAAAATTGAGC-CGGGACCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGTTA
440 --AATC-ATGCAAAACTGAGCTGGGGGCC-CGAAA-GC-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA
* * * * * *
1174 GTAAACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTAACCTGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCCCC
499 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCG--AAAATTTTTCCTCAATTTTT-GCC
* * * * * * * *
1239 AAAATAATTATAATAAATATATAATACAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAAT
561 AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
1304 ATCA-TTTTCC-CTATTT-TT-
626 ATTATTTTTCCTTTTTTTCTTA
* *
1322 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATATCTTTAAATCCA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * *
1387 ACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
** * * * * * *
1452 AAAATTGAGTTAGGACCCCGAAACGCG-TTTTTATCCAAAAACCGTGATAGTTAGAAAACGATTT
131 AAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACG-GATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * *
1516 CGGCTAACATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTCCCCAAAATAATT-A
195 CGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAAAATTTTTCCTCAATTTTTCGCCAAAAT-ATTCA
* * *
1580 T-AATAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATATCATTTTC
258 TAAAT-AATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTC
* * * *
1644 CCTATTTTTTC--AA--AATTTCTACTTAAATCAAAATCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAACATAT
322 CCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATAT
* ** *
1705 CATTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCC
387 CCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTC-A--A--------G-C
* * *** * * * *
1770 AAAAATCATGTAAAATTGAGCTGGAACCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTAATGGTTTG
440 ---AATCATGCAAAACTGAGCTGGGGGCCC-GAA-AGCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * * *
1835 TACACGATTTCGGCTAAAATTTCT-TAATAATTGACCAGAAATATTTTTTCATCAA-TTTTGCTT
500 TACACGATTTCGGCTAAAATTT-TACAAAAACTGACCCGAAA-A-TTTTTCCTCAATTTTTGC-C
* **
1898 AAAATACTCAT-GAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
561 AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
*
1962 ATTATTTTTCCTATTTTTTCTGA
626 ATTATTTTTCCT-TTTTTTCTTA
* * ** * * *
1985 ATT-T--ATTTATACTTAAATTGAAACCGGTTTTAGATGCTTGTAAGAACATATCCTTAAATCCA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * * * * * *
2047 GTGTGGTTGAAATTTTATTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTTTTGGTGCCAAAAATCATGC
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
** * * * *
2112 AAAATTGAG-TTGGAACCCCGAAACGTG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATA
131 AAAATTGAGCCAGG-GCCCCGGAACG-GATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* *
2175 TCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTTC-CCAAAATAAT
194 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAAAATTTTTCCTCAA--TTTTTCGCCAAAAT-AT
* *
2239 T-AT-AATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATATCATT
255 TCATAAAT-AATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT
* * * * *
2302 TTCCCTATTTTTTTCT--A--AATTTCTACTTAAATCAAAAACGGTTTCAAATGCTCGTGAAAAC
319 TTCCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAAC
** * * *
2363 ATATCCTTAAATCCAACATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG
383 ATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCA--ATC-A
** *
2428 TGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGTCGGGACCCCGGAACAGATTTTTAGCCAAAAACC-------
445 TG-C-AAAA-C-TG---AGCTG-G--GGG--CCC-GAA-AGCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* ** *
2486 ---G--CATGATTTCGGCTAAAATTTTTTAAAAATTGACCCGAAATACTTTTTCCTCAATTTTTG
496 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAA-A-TTTTTCCTCAATTTTTG
* * * * **
2546 CCTAAAACACTCAT-GAAAATATATAATCTAAAT-CCAAAAACAATGGTGGGCTTTTCACGCTTC
559 CC-AAAATACTCATAAAAAATATATAAT-TCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* *
2609 TAATATCATTTTTCCTATTTTGTCTGT-
622 TAATATTATTTTTCCT-TTTTTTCT-TA
* * * *
2636 TTT-T--ATTTCTACTTAAATCGAAA-CTGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCTA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * * * * * * *
2697 ATTTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATTTAGATATTTGAAGGAGTCTTGATGCCAAAATTTATGC
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
* * * *
2762 AAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAAAAC-T-AT-GTTAATGTAAACGAT
131 AAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTT-A-GTACACGAT
* * * * *
2823 TTCGCCTAAAATTTTGTAAAAGCTGACCCAAAGAAATTTTTCCTCAATTTTTCACCAAAATACTT
193 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA-AAATTTTTCCTCAATTTTTCGCCAAAATA-TT
* * ** **
2888 -ATAAAAAATAAATAATTCAACACGTAAAAGATTGAAGGGC--TT-----TTC-AATATCATTTT
256 CATAAATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
* * * * *
2944 TCCTATTTATTTTTGAATTTATTTCTACTT-AATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACAT
321 CCCTATTT-TTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACAT
* * * * *
3008 ATCTTTAAATCCAACGTGGTTGAAAATTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTATCAGTG
385 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCA--ATCA-TG
* ** * * **
3073 CCAAAAATCATTTAAAATTGAGTCGGTGCCTCGGAACAGATTTTTAGCCAAAAACTGCAATGGTT
447 -C-AAAA-C---T-GAGCTG-G--GG-GCC-C-GAA-AGCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT
* * * *
3138 AGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTTCCTCAATTTTTACC
498 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAA-A-TTTTTCCTCAATTTTTGCC
* * **
3203 TAAAATACTCAT-GAAAATAGATAATT-ATATGCCAAAAACATTGGTGGGCTTTTCACGCTTCTA
561 -AAAATACTCATAAAAAATATATAATTCA-ATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* *
3266 ATATCATTTTTCCTATTTTTTCTGA
624 ATATTATTTTTCCT-TTTTTTCTTA
* * *
3291 GTT-T--ATTTCTACTTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * * * * * *
3353 ATGTGGCTGAAACTTGATAAGATTAATATAGATATTTCAAGGATTCTCGGTGCCAAAAATCATGG
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
* * * * *** *
3418 AAAACTGAGCCAAGTCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAATAATGATGGTTAGTACACAATTTC
131 AAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * *
3483 GGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAAAA-TTTTCCTCAATTTTTCACCAAAATACTCATA
196 GGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCGCCAAAATATTCATA
* * ** * * **
3547 AAAAATATATACTTCAATGTGAAAAA-ATTGTAGGGCTTTTCACTCTAATAATATCATTGTT-CC
260 AATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATT-TTCCC
* * *
3610 TATTTTTTCTG----AA----T--TTAAATCAAAAACAGTTTCAGATGCTTGTAAAAA-ATATCC
324 TATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATATCC
* * * *
3664 TTAAATCCAATATGGATGAAATTTTATTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTTTCGTTGCCAA
389 TTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTC-A--A--------G-C--
* * * * *
3729 AAATCATGCAAAACTAAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAAAACTGTGATGG-TA
440 -AATCATGCAAAACTGAGCTGGGGGCCCGAAA-GC-TTTTTAGCC---AAAAACCGTGATGGTTA
* * * * * * *
3793 GTAAACAATTTCTGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCAAAAATAAAAATTTCCTCAATATTTCC
499 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCCGAAAAT----TTTTCCTCAATTTTTGC
* * * ** * **
3858 TCAATATAGTTATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAGGATTGAAGGGTTTTTCATTCTTCTA
560 -CAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* ** **
3923 ATATCA--TTTCCCCTAATT-TT-
624 ATATTATTTTTCCTTTTTTTCTTA
* * *
3943 TTTCTAAATTTTTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCTTTGAATCCA
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
* * *
4008 ACATGGCTAAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAAGGAGTCTCGGTGCGAAAAATCATG
66 ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATG
* * * * *
4073 TAAAATTGAGCCAGGGCCCTGAAACGGATTTTTCGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
130 CAAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * ** * *
4138 CGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCTGAAATATTTTTGCCTCACCTTTTGGCCATAATATTCAT
195 CGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-CCTCAATTTTTCGCCAAAATATTCAT
* * **
4203 AAATAATATATAATTCAATGCCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTCCC
259 AAATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCC
* * * * *
4268 TATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGCTTTCAGATGCTTGTAAAATCATATCA
324 TATTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATATCC
* * * * * *
4333 TTAAATTCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAA-CAATTATGCAAAACT
389 TTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAATCATGCAAAACT
* *
4397 GAGCTGGGGGCCCAAAATGCTTTTTAGCCAAAGACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
454 GAGCTGGGGGCCCGAAA-GCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * *
4462 ATTTTGCAAAAACTGACCCGGGAAATTTTTCCTCGATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
518 ATTTTACAAAAACTGACCC-GAAAATTTTTCCTC-AATTTTTGCCAAAATACTCATAAAAAATAT
* * * * *
4527 ATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTTACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTTTTTTTC-
581 ATAATTCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTTTTTTTCT
*
4591 AA
646 TA
** * * *** ** *
4593 AAT-T-AATTTCTAATTAAATCGAAA-TAATATTCAGATTTTCGT-AAAACATATCTTTAAATCC
1 TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGT-TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCC
* * * * * * *
4654 AATGTAGCTGAAATTTGATTAGATGAATATACATATTTCAAGGAATCTCAGCGCCAAAAATCAT
65 AATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCAT
4718 CTAAAACTGA
Statistics
Matches: 3410, Mismatches: 472, Indels: 355
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
639 3 0.00
640 19 0.01
641 3 0.00
642 3 0.00
643 132 0.04
644 11 0.00
645 1 0.00
646 23 0.01
647 126 0.04
648 78 0.02
649 91 0.03
650 188 0.06
651 110 0.03
652 79 0.02
653 180 0.05
654 150 0.04
655 361 0.11
656 387 0.11
657 316 0.09
658 150 0.04
659 136 0.04
660 338 0.10
661 194 0.06
662 163 0.05
663 75 0.02
664 10 0.00
665 4 0.00
666 2 0.00
667 1 0.00
668 29 0.01
669 47 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (647 bp):
TTTCTAAATTTCTACTTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCA
ATATGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGC
AAAATTGAGCCAGGGCCCCGGAACGGATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTCGCCAAAATATTCATAA
ATAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCCTA
TTTTTTCTGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGTTTCAGATGCTTGTAAAAACATATCCTT
AAATCCAATGTGGCTGAAATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAATCATGCAAAACTGA
GCTGGGGGCCCGAAAGCTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTACAAAAACTGACCCGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
TCAATGCCAAAAACATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCTTTTTTTCTTA
Done.