Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009223.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09244, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 111600
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.32
Found at i:6229 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 6082--6410 Score: 640
Period size: 109 Copynumber: 3.0 Consensus size: 109
6072 TAACCGTGTG
*
6082 GCTTGTTCTTCCATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
1 GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
6147 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
66 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
6191 GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
1 GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
6256 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
66 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
6300 GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
1 GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
*
6365 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGGAAGCATAGCA
66 TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
6409 GC
1 GC
6411 GGGAAATTAT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 2, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
109 218 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (109 bp):
GCTTGTTCTTACATTGATTTAATCATCTCGTTTTAGTCTCTTCTGCAAGTAGAATAAAATTTTTA
TATGATGTTACAATTGGCAAAGCCTAAACCTAGAAAGCATAGCA
Found at i:8438 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8414--8450 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
8404 CTAATCTGAA
8414 ATTGAATCTCATCTTTACT
1 ATTGAATCTCATCTTTACT
8433 ATTGAATCTCATCTTTAC
1 ATTGAATCTCATCTTTAC
8451 GACATGCTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
ATTGAATCTCATCTTTACT
Found at i:19556 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 19543--19575 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.2 Consensus size: 8
19533 TCCCCTTCTC
19543 TTTTTATT
1 TTTTTATT
19551 TTTTTA-T
1 TTTTTATT
*
19558 TTTATATT
1 TTTTTATT
19566 TTTTTATT
1 TTTTTATT
19574 TT
1 TT
19576 GGGCTTTGTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
7 6 0.27
8 16 0.73
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTATT
Found at i:19567 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 19543--19575 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
19533 TCCCCTTCTC
19543 TTTTTATTTTTTTA
1 TTTTTATTTTTTTA
19557 TTTTATATTTTTTTA
1 TTTT-TATTTTTTTA
19572 TTTT
1 TTTT
19576 GGGCTTTGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.22
15 14 0.78
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTATTTTTTTA
Found at i:19901 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 19867--19923 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
19857 TTTTTACATC
19867 AAAATAGTAAACTTT-TTTTGAGATAAACAA
1 AAAATAGTAAACTTTATTTT-AGATAAACAA
19897 AAAATAGTAAACTTTATTTTAGATAAA
1 AAAATAGTAAACTTTATTTTAGATAAA
19924 TTTAATTTGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 22 0.85
31 4 0.15
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (30 bp):
AAAATAGTAAACTTTATTTTAGATAAACAA
Found at i:21702 original size:408 final size:414
Alignment explanation
Indices: 21056--21843 Score: 1092
Period size: 408 Copynumber: 1.9 Consensus size: 414
21046 AAGGATTATC
* * *
21056 ATACAATACAATGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGACACATACCTC
1 ATACAATACAACGTCAATATAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGACACATACCTC
21121 ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCA
66 ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCA
* ** * * *
21186 AAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAATTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTTATATGATT
131 AAAACCCCACAAGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGTGTATTGAATAATTTTTTATAGGATT
* *
21251 ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGATTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGACACATA-
196 ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTAACACATAT
*
21315 CCC-T-ATTAAATA-AT-ATATTAATACATATTCCCCAAGGGAATACATGTCAACCC-TTAAACC
261 CCCTTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCCAAGGGAACACATGTCAACCCATTAAACC
* *
21375 CCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATACAATACACTG
326 CCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATACAATACACTG
21440 ACAGTGCATTGTATAAGAAAAATA
391 ACAGTGCATTGTATAAGAAAAATA
* * * *
21464 ATACAATACACCGTCAGTATAAATTTTGGATTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGACACATA-CTC
1 ATACAATACAACGTCAATATAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGACACATACCTC
* * * *
21528 TATTTCTTAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATA-TTCACTAAGGGGACATATGTTAA-CC
66 -ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTC-CTAAGAGGACACATGTCAACCC
** * *
21591 CTTAAATCCTACAAGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGAATAAATTTTCTTATAG
129 CAAAAACCCCACAAGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGTGTATTGAAT-AATTTT-TTATAG
*
21655 GATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACAC
192 GATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTAACAC
* * * *
21720 ATATCCCATTTCAAAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGGGTACACATGTCAACC
257 ATATCCC--TT---AATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCCAAGGGAACACATGTCAACC
*
21785 CTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
317 C----A-TTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAA
21844 ATTTTATTAT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 32, Indels: 24
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
406 8 0.02
407 47 0.14
408 176 0.54
409 3 0.01
412 1 0.00
416 8 0.02
417 1 0.00
418 35 0.11
424 49 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (414 bp):
ATACAATACAACGTCAATATAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAAGTTGACACATACCTC
ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGGACACATGTCAACCCCA
AAAACCCCACAAGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGTGTATTGAATAATTTTTTATAGGATT
ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTAACACATAT
CCCTTAATTAAATATATAATATTAATACATATTCCCCAAGGGAACACATGTCAACCCATTAAACC
CCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATACAATACACTG
ACAGTGCATTGTATAAGAAAAATA
Found at i:21994 original size:399 final size:393
Alignment explanation
Indices: 21047--23175 Score: 2372
Period size: 399 Copynumber: 5.4 Consensus size: 393
21037 CTTTATAATA
* * * * *
21047 AGGATTATCATACAATACAATGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
21112 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGGACACATG
66 ACATACCCCATTTC-TAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
** * * * * *
21177 TCAACCCCAAAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAATTCCACTGAC-GGTGTATTGTAT-AATTT
130 TCAA-CCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGG-GTATTGCATAAATTT
* * * * *
21240 T-TTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGATTCCATAAGCGGGTTAAAAA
193 TCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAA
* * * *
21304 GTTGACACATA-CC----C---T-ATTAAATA-AT-ATATTAATACATATTCCCCAAGGGAATAC
258 GTTGACACATACCCATTTCAGATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
* * * * *
21358 ATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATAA
323 ATGACAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGAC-GGGTATTGTATAAT--
*
21423 TTCTATACAATACACTGAC
385 TT-T-T-C--T----T-AT
* * *
21442 AGTGCATTGTATAAGAAAAATAATACAATACACCGTCAGTATAAATTTTGGATTCCATAAACGGG
1 AG-G-A-T-TAT--------T-ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGG
* * *
21507 TTAAGAAGTTGACACATACTCTATTTCTTAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCACT
53 TTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTC-TAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCT
* * * * *
21572 AAGGGGACATATGTTAACCCTTAAATCCTACAAGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGAC-GGGTAT
117 AAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGGGTAT
* *
21636 TGAATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAG
182 TGCATAAATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAG
* * *
21701 CGGGTTAAGAAGTTAACACATATCCCATTTCA-A-AATTAAATATTTAATATTAATACATATTTC
247 CGAGTTAAGAAGTTGACACATA-CCCATTTCAGATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCC
* * * *
21764 CTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGA
311 CTAAGGGGACACATGACAACCCTTAAA--T----CCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGA
* *
21829 CGGTGTATTGTATAAATTTTATTAT
370 CGG-GTATTGTATAATTTTTCTTAT
* *
21854 AGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
* *
21919 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTAAGGGGATACATG
66 ACATACCCCATTTC-TAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * * *
21984 TCAACCCTTAAA-CCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACTGTGTATTCCATAATTTTT
130 TCAACCCTTAAATCCT-GCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGGGTATTGCATAAATTTT
* * *
22048 CTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGCACAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAG
194 CTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAG
22113 TTGACACATACCCATTTCATGATTAATTAAATATTTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGAC
259 TTGACACATACCCATTTCA-GA-TAATTAAATA-TTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGAC
**
22178 ACATGACAACCCTTAAATCTTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATT
321 ACATGACAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATT
22243 TTTCTTAT
386 TTTCTTAT
*
22251 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTGAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22316 ACATACCCCATTTC--A-TAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGCGTACACATGT
66 ACATACCCCATTTCTAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
* * * *
22378 CAACCCTTAAAGTTAAACCTTGCATGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGAC--GATATAT-TATAT
131 CAACCCTTAAA--T---CC-TGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGGGTAT-TGCATA-
* * * * *
22440 AATTTTTTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTTGGACTCCATAACCGGGT
188 AATTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAA-TTTTGGACTCCATAAGCGAGT
* * * ** ** * * *
22505 TAAGAAGTTGACATATAGCCTATTTCATAATAAATTTGATATAAAATACTAAAACATATTCTCTA
252 TAAGAAGTTGACACATA-CCCATTTCA-GAT-AATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTA
* * * *** * *
22570 AGAGGACACATGTCAACCCTT-AAGCCTCGGGTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTAT
314 AGGGGACACATGACAACCCTTAAATCC-CGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGAC-GGGTAT
22634 TG--T-ATTTTT-TTAT
377 TGTATAATTTTTCTTAT
* * *
22647 ATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGG-TCAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22711 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTGAGGGGATACATG
66 ACATACCCCATTTC-TAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* ** * *
22776 TCAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTATGTATTGCATTATTTTTC
130 TCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGGGTATTGCATAAATTTTC
* *
22841 TTATAGGATTATTATACACT--AC---CAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGT
195 TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGT
* *
22901 TGACATATACCTTATTTCATGATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACA
260 TGACACATACC-CATTTCA-GA-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACA
* * *
22966 CATGACAACCCTTAAATCCTGCACGTACAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTATATAATTT
322 CATGACAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTT
23031 TTCTTAT
387 TTCTTAT
*
23038 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTTCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
* ***
23103 ACATACCCCGTTTC--A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGCATACACATGT
66 ACATACCCCATTTCTAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
23165 CAACCCTTAAA
131 CAACCCTTAAA
23176 GTTAAACCCC
Statistics
Matches: 1490, Mismatches: 175, Indels: 145
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
387 8 0.01
388 165 0.11
389 15 0.01
390 6 0.00
391 53 0.04
392 26 0.02
393 80 0.05
394 27 0.02
395 32 0.02
396 55 0.04
397 109 0.07
398 76 0.05
399 336 0.23
400 109 0.07
401 1 0.00
402 1 0.00
403 9 0.01
404 45 0.03
406 8 0.01
407 41 0.03
408 182 0.12
409 1 0.00
410 3 0.00
411 1 0.00
412 3 0.00
413 1 0.00
414 1 0.00
416 8 0.01
417 2 0.00
418 40 0.03
420 1 0.00
421 1 0.00
422 2 0.00
423 1 0.00
424 41 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (393 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCCCATTTCTAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
CAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGGGTATTGCATAAATTTTCT
TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTT
GACACATACCCATTTCAGATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
ACAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTTCT
TAT
Found at i:22191 original size:598 final size:589
Alignment explanation
Indices: 21047--23222 Score: 2564
Period size: 598 Copynumber: 3.6 Consensus size: 589
21037 CTTTATAATA
* * * *
21047 AGGATTATCATACAATACAATGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
*
21112 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGG-ACACAT
66 ACATACCTCATTTC--AA-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAG-GGTACACAT
* * * * *
21176 GTCAACCC--CAA-AAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAATTCCACTGACGGTGTATTGTATAAT
127 GTCAACCCTTAAATAAACCCCGCACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAAT
* * *
21238 TTTTTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGATTCCATAAGCGGGTTAAAA
192 TTTTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGA
* * * *
21303 AGTTGACACATA--CC----C---T-ATTAAATA-AT-ATATTAATACATATTCCCCAAGGGAAT
257 AGTTGACACATACCCCATTTCAAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGAC
*
21356 ACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAAT
322 ACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTA-T-TATAAT
* *
21421 AATTCTATACAATACACTGACAGTGCATTGTATAAGAAAAATAATACAATACACCGTCAGTATAA
385 --TT-T-T-C--T----T-ATAG-G-A-T-TAT--------T-ATACAATACACTGTCAGTATAA
* * * *
21486 ATTTTGGATTCCATAAACGGGTTAAGAAGTTGACACATACTCTATTTCTTAATTAATTAAATATT
425 ATTTTGGACTCCATAAGC-GGTTAAGAAGTTGACACATAC-CCATTTCATAATTAATTAAATATT
* * * * *
21551 TAATATTAATACATATTCACTAAGGGGACATATGTTAACCCTTAAATCCTACAAGTGCAGTCTGC
488 TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGC
*
21616 TAAAATCCACTGACGGGTATTGAATAAATTTTCTTAT
553 TAAAATCCACTGACGGGTATTGAATAATTTTTCTTAT
*
21653 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
*
21718 ACATATCC-CATTTCAA-AATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGGGTACACATGTC
66 ACATA-CCTCATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTC
* * *
21781 AACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAAT
130 AACCCTTAAA--TAAACCCCGCACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATAT-AAT
*
21846 TTTATTATAGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG
192 TTT-TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG
*
21911 AAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTAAGGG
256 AAGTTGACACATACCCCATTTCA-AA-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG
* * * *
21976 GATACATGTCAACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACTGTGTATTCCAT
319 GACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATT--AT
* * *
22041 AATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTATCAGCACAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGT
382 AATTTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCG-GT
*
22106 TAAGAAGTTGACACATACCCATTTCATGATTAATTAAATATTTTAATATTAATACATATTCCCTA
446 TAAGAAGTTGACACATACCCATTTCATAATTAATTAAATA-TTTAATATTAATACATATTCCCTA
* *
22171 AGGGGACACATGACAACCCTTAAATCTTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTG
510 AGGGGACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTG
*
22236 TATAATTTTTCTTAT
575 AATAATTTTTCTTAT
* *
22251 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTGAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22316 ACATACCCCATTTC-ATAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGCGTACACATGTCA
66 ACATACCTCATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCA
** * * *
22380 ACCCTTAAAGTTAAACCTTGCATGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGATATATTATATAATTT
131 ACCCTTAAA--TAAACCCCGCACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAA-TT
* *
22445 TTTTATAGAATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTTGGACTCCATAACCGGGTTAAGA
193 TTTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAA-TTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGA
* * * ** ** * * * *
22510 AGTTGACATATAGCCTATTTCATAATAAATTTGATATAAAATACTAAAACATATTCTCTAAGAGG
257 AGTTGACACATACCCCATTTCA-AAT-AATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGG
* * *** *
22575 ACACATGTCAACCCTTAAGCCTCGGGTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGT-AT
320 ACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTATAAT
* * * *
22639 TTTT-TTATATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTCAG
385 TTTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGGTTAAG
* *
22703 AAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTGAGGG
450 AAGTTGACACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGG
* * * ** *
22768 GATACATGTCAACCCTTAAATCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTATGTATTGCAT
514 GACACATGTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGAC-GGGTATTGAAT
*
22833 TATTTTTCTTAT
578 AATTTTTCTTAT
* * * *
22845 AGGATTATTATACACT--AC---CAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22905 ATATACCTTATTTCATGATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACCTCATTTCA--A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATG
* * *
22970 ACAACCCTTAAAT----CCTGCACGTACAGTCTGCTAAAATCCACTGACGG-GTATTATATAATT
128 TCAACCCTTAAATAAACCCCGCACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAA-T
* *
23030 TTTCTTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTTCATAAACGGGTTAAG
192 TTT-TTATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG
* ***
23095 AAGTTGACACATACCCCGTTTC--ATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGCATA
256 AAGTTGACACATACCCCATTTCAAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGA
* * * *
23158 CACATGTCAACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCTAATGACGGTGTATT
321 CACATGTCAACCC------TTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATT
23223 GTATAAATTT
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 140, Indels: 108
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
582 42 0.03
583 2 0.00
586 56 0.04
587 65 0.05
588 37 0.03
589 48 0.03
591 1 0.00
592 3 0.00
593 145 0.10
594 105 0.08
595 6 0.00
596 1 0.00
597 60 0.04
598 452 0.33
599 1 0.00
601 2 0.00
602 49 0.04
604 4 0.00
606 71 0.05
607 50 0.04
608 7 0.01
609 71 0.05
610 1 0.00
611 5 0.00
612 1 0.00
615 1 0.00
616 1 0.00
618 1 0.00
619 1 0.00
620 2 0.00
621 11 0.01
622 2 0.00
623 81 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (589 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCTCATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCA
ACCCTTAAATAAACCCCGCACGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAATTTTT
TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTT
GACACATACCCCATTTCAAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
GTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTATAATTTTTCT
TATAGGATTATTATACAATACACTGTCAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGCGGTTAAGAAGTTG
ACACATACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
GTCAACCCTTAAATCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGAATAATTTTTC
TTAT
Found at i:22785 original size:194 final size:197
Alignment explanation
Indices: 21047--23225 Score: 2038
Period size: 194 Copynumber: 10.9 Consensus size: 197
21037 CTTTATAATA
* * * *
21047 AGGATTATCATACAATACAATGTCAATGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
21112 ACATACCTCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGAGGACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
** * * * * *
21177 TCAACCCCAAAAACCCCGCGCGTGCAGTCTGCTAAATTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTT-
131 TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTGTA-ATTTTTC
21241 TTAT
194 TTAT
* * *
21245 ATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGATTCCATAAGCGGGTTAAAAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * * *
21310 ACATA--CC----C-----T-ATTAAATA-AT-ATATTAATACATATTCCCCAAGGGAATACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * **
21361 TCAACCCTTAAA-CCCCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATAATT
131 TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTG--TAATTTTT
21425 C-TAT
193 CTTAT
* * * * * * ** * * * *
21429 A-CAATA-CACTGACAGTGCATTGT-A-TAAG-AAA-AAT--AATACAATACACCGTCAGTATAA
1 AGGATTATTA-T-ACAATACACTGTCAGT--GTAAATTTTGGACT-CCATA-AGCG--GGT-TAA
** * * ** * *
21486 -ATTTTGGATTC-CATAAACGGGTTAAGAAGTTGACACATACTCTATTTCTTAATTAATTAAATA
57 GAAGTT-GA--CACAT--AC---------------CCCAT-TTC-A-TAATTAATTAA--ATATT
* * * * * *
21549 TTTAATATTAATACATATTCACTAAGGGGACATATGTTAACCCTTAAATCCT-ACAAGTGCAGTC
97 T--AATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTC
* * *
21613 TGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGAATAAATTTTCTTAT
160 TGCTAAACTCCACTGACGTGTATTG--TAATTTTTCTTAT
*
21653 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
21718 ACATATCCCATTTC--AA--AATTAAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGGGTACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* *
21779 TCAACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAA
131 TCAACCCTTAAAG-----CCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTG--TAA
* *
21844 ATTTTATTAT
188 TTTTTCTTAT
*
21854 AGGATTATTATATAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* *
21919 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTAAGGGGATACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* *
21984 TCAACCCTTAAA-CCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACTGTGTATTCCATAATTTTT
131 TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATT--GTAATTTTT
22048 CTTAT
193 CTTAT
* *** *
22053 AGGATTATTATACAATACACTATCAGCACAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
*
22118 ACATA-CCCATTTCATGATTAATTAAATATTTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATA-TTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
* * * * *
22182 GACAACCCTTAAA-TCTTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTGTATAATTTTT
130 GTCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGTGTATTG--TAATTTTT
22246 CTTAT
193 CTTAT
* *
22251 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTGAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22316 ACATACCCCATTTC---A-TAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGCGTACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * * * *
22377 TCAACCCTTAAAGTTAAACCTTGCATGTACAGTCTGCTAAACTCCACTGACGATATATTATATAA
131 TCAACCCTTAAAG-----CCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACG-TGTA-T-TGTAA
22442 TTTTT-TTAT
188 TTTTTCTTAT
* *
22451 AGAATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTTGGACTCCATAACCGGGTTAAGAAGTTGA
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAA-TTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* * * * ** ** * * * *
22516 CATATAGCCTATTTCATAATAAATTTGATATAAAATACTAAAACATATTCTCTAAGAGGACACAT
65 CACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACAT
***
22581 GTCAACCCTT-AAGCCTCGGGTGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGT-ATTTTT-
130 GTCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTGTAATTTTTC
22643 TTAT
194 TTAT
* *
22647 ATGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGG-TCAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* * *
22711 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTGAGGGGATACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * *
22776 TCAACCCTTAAATCC-CGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTATGTATTGCATTATTTTT
131 TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTG--TAATTTTT
22840 CTTAT
193 CTTAT
* * * *
22845 AGGATTATTATACACT--AC---CAGTATAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* ** *
22905 ATATACCTTATTTCATGATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * * * * *
22970 ACAACCCTTAAATCCT-GCACGTACAGTCTGCTAAAATCCACTGACGGGTATTATATAATTTTTC
131 TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGTGTA-T-TGTAATTTTTC
23034 TTAT
194 TTAT
* *
23038 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTTCATAAACGGGTTAAGAAGTTGAC
1 AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
* ***
23103 ACATACCCCGTTTC---A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGCATACACATG
66 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
* * * *
23164 TCAACCCTTAAAGTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGTTAAACTCTAATGACGGTGTATTGTA
131 TCAACCCTTAAAG-----CCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-GTGTATTGTA
23226 TAAATTTGAT
Statistics
Matches: 1635, Mismatches: 228, Indels: 235
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.00
181 4 0.00
182 6 0.00
183 46 0.03
184 59 0.04
185 8 0.00
186 11 0.01
187 2 0.00
188 1 0.00
192 1 0.00
193 56 0.03
194 353 0.22
195 37 0.02
196 49 0.03
197 8 0.00
198 241 0.15
199 233 0.14
200 116 0.07
201 152 0.09
202 1 0.00
203 3 0.00
204 6 0.00
205 102 0.06
210 1 0.00
217 1 0.00
218 5 0.00
220 3 0.00
221 3 0.00
222 3 0.00
223 18 0.01
224 82 0.05
225 10 0.01
226 6 0.00
227 4 0.00
228 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (197 bp):
AGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGAC
ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATG
TCAACCCTTAAAGCCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGTGTATTGTAATTTTTCTT
AT
Found at i:23890 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 23839--23914 Score: 152
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
23829 ACAGTCTCTT
23839 AAACTCCACTGATAGTGAATAATAGTGGATAGTATAAA
1 AAACTCCACTGATAGTGAATAATAGTGGATAGTATAAA
23877 AAACTCCACTGATAGTGAATAATAGTGGATAGTATAAA
1 AAACTCCACTGATAGTGAATAATAGTGGATAGTATAAA
23915 TTTCCCTTTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 38 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (38 bp):
AAACTCCACTGATAGTGAATAATAGTGGATAGTATAAA
Found at i:24601 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 24594--24619 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
24584 TAATTAAGTG
24594 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
24620 AGCAATAAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:25936 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 25887--25981 Score: 190
Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
25877 AACCATCAAC
25887 TATATGCAAAATTTCTCTAAAGCATAGACAAAAATATAGTGTGTA
1 TATATGCAAAATTTCTCTAAAGCATAGACAAAAATATAGTGTGTA
25932 TATATGCAAAATTTCTCTAAAGCATAGACAAAAATATAGTGTGTA
1 TATATGCAAAATTTCTCTAAAGCATAGACAAAAATATAGTGTGTA
25977 TATAT
1 TATAT
25982 ATATTTATAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 50 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (45 bp):
TATATGCAAAATTTCTCTAAAGCATAGACAAAAATATAGTGTGTA
Found at i:42685 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42678--42704 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
42668 AGTGGATCAA
42678 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
42705 GTTTATTTGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:56514 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 56507--56540 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
56497 TGTTCTCTGC
56507 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
56541 GAACTTTCAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:63019 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 63013--63038 Score: 52
Period size: 1 Copynumber: 26.0 Consensus size: 1
63003 GACTCCTAGC
63013 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
63039 CTACTCGATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 25 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:78103 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 78097--78125 Score: 58
Period size: 1 Copynumber: 29.0 Consensus size: 1
78087 TGTGCTTCAC
78097 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
78126 CTGTATATTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 28 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:88136 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 88114--88147 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
88104 GTTAAAGTTT
88114 AATTTATAT-ATTTATTG
1 AATTTAT-TCATTTATTG
88131 AATTTATTCATTTATTG
1 AATTTATTCATTTATTG
88148 GCTCAGTTCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.06
17 15 0.94
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.06, T:0.59
Consensus pattern (17 bp):
AATTTATTCATTTATTG
Done.