Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01009242.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09263, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4758
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.17, T:0.34


Found at i:526 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 492--732  Score: 331
    Period size: 35  Copynumber: 6.9  Consensus size: 34

        482 TACTCATTGA

                                           *  
        492 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTG
          1 ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

              *   *        *                   
        526 AATTACCTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 -ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

                                               
        561 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 ACT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *                                  
        596 GCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *                                  
        631 GCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

            *              *                    
        666 GCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTTACTG
          1 AC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG

                                       *    
        701 ATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
          1 A-CTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

        733 TTACTGATTC


Statistics
Matches: 190,  Mismatches: 11, Indels: 10
        0.90            0.05        0.05

Matches are distributed among these distances:
  34    3  0.02
  35  184  0.97
  36    3  0.02

ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.12, T:0.41


Consensus pattern (34 bp):   
ACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG

Found at i:576 original size:70 final size:70

Alignment explanation


    Indices: 495--732  Score: 372
    Period size: 70  Copynumber: 3.4  Consensus size: 70

        485 TCATTGAACT

                                        *  **    *                           
        495 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACCTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACT

                 
        560 GACTC
         66 GACTC

                                                          *                  
        565 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACT

             *  *
        630 GGCTT
         66 GACTC

                                                                             
        635 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTT-ATTTAC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGA-TTAC

                  
        699 TGA-TC
         65 TGACTC

                                    *    
        704 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTA
          1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

        733 TTACTGATTC


Statistics
Matches: 155,  Mismatches: 11, Indels: 4
        0.91            0.06        0.02

Matches are distributed among these distances:
  69    2  0.01
  70  153  0.99

ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.12, T:0.41


Consensus pattern (70 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACT
GACTC

Found at i:603 original size:105 final size:105

Alignment explanation


    Indices: 460--734  Score: 365
    Period size: 105  Copynumber: 2.6  Consensus size: 105

        450 TTCTTACTAA

                    *   *   *       * * *   *                                
        460 ACTTAATTTCCCCGAACTAAGTTACTCATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATT

                            *                       
        525 GAATTACCTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
         66 GAATTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                                             *                               
        565 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-GCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTTACTGATC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA

            *  **    *                            *  *
        628 CTGGCTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGGCTT
         64 TTGAATTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

                       *                                              *      
        670 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATT

        735 ACTGATTCAT


Statistics
Matches: 149,  Mismatches: 17, Indels: 8
        0.86            0.10        0.05

Matches are distributed among these distances:
 104    2  0.01
 105  145  0.97
 106    2  0.01

ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.11, T:0.40


Consensus pattern (105 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATT
GAATTACCTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC

Found at i:1250 original size:23 final size:22

Alignment explanation


    Indices: 1215--1276  Score: 54
    Period size: 23  Copynumber: 2.6  Consensus size: 22

       1205 GTAAGCAAAC

                    *                
       1215 AAAGTAAAACCCAATA-TATATATA
          1 AAAG-AAAGCCCAATACTA-ATA-A

                                   
       1239 AAAGAAAGCCCACATACTAATAA
          1 AAAGAAAGCCCA-ATACTAATAA

                           
       1262 AAAGACCAAGCCCAA
          1 AAAGA--AAGCCCAA

       1277 GTAGATAAGG


Statistics
Matches: 33,  Mismatches: 1, Indels: 8
        0.79            0.02        0.19

Matches are distributed among these distances:
  23   13  0.39
  24   11  0.33
  25    9  0.27

ACGTcount: A:0.56, C:0.21, G:0.08, T:0.15


Consensus pattern (22 bp):   
AAAGAAAGCCCAATACTAATAA
Done.