Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009259.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09280, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17168
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:1370 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1326--1703 Score: 389
Period size: 35 Copynumber: 10.6 Consensus size: 34
1316 AGTAATAAGC
1326 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
* *
1360 CAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-T
* *
1397 AACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTAA-T
* *
1432 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGGCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
* *
1466 CAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGGCAGTAAT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
* *
1502 CAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTGAATAAGT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-T
* * *
1539 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-T
* * * *
1574 AACTTAATTCAGGGTAATCAAGTGAATTAGAAGAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTA-AT
* *
1609 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAATGAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGT-A--A-T
* * * *
1647 AATTTCATTCAAGGTAATTAAGTGAGTCAGTAGTT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTA-AT
1682 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1704 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 33, Indels: 22
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.01
35 163 0.55
36 101 0.34
37 5 0.02
38 27 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
Found at i:1504 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 1325--1703 Score: 541
Period size: 142 Copynumber: 2.7 Consensus size: 142
1315 TAGTAATAAG
* *
1325 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * *
1390 AATAAGTAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
66 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATCAAGT
*
1455 -AAGGCAGTA-AT
131 GAA-GCAGAAGAT
*
1466 CAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGGCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 CAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1531 GAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATCAAG
65 CAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATCAAG
**
1596 TGAATTAGAAGAT
130 TGAAGCAGAAGAT
* * * * *
1609 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAGTAATGAGTAATTTCATTCAAGGTAATTAAGTGAG
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCA--ACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG
*
1673 TCAGT-AGTTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
64 TCAATAAG-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1704 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 17, Indels: 10
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 34 0.16
142 128 0.60
143 53 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (142 bp):
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATCAAGT
GAAGCAGAAGAT
Found at i:1795 original size:56 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1709--1850 Score: 150
Period size: 56 Copynumber: 2.5 Consensus size: 58
1699 TTAAGATCGA
* * * * *
1709 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTTTAG-TAAGAAGCAGAGATTAG-GGA-CAATAA-AATG-G
1 CTTAATTCAGGGTAATTGAG-TCAGTTAAGAAGCAAAGA-AAGAGAATCAATAATAA-GAG
* * *
1765 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAATAAGAG
1 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAAGCAAAGAAAGAGAATCAATAATAAGAG
1823 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAA
1851 AAATAAAAAG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 8, Indels: 8
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
55 5 0.07
56 31 0.42
57 6 0.08
58 31 0.42
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (58 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAAGCAAAGAAAGAGAATCAATAATAAGAG
Found at i:11210 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 11161--11239 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 31
11151 GGGGAAACTT
*
11161 TATATTTTCCGATTGTACCCTTATT-TTTAAAA
1 TATATTTT-CAATTGTACCCTT-TTCTTTAAAA
11193 TATATTTTCAATTGTACCCTTTTCTTTAAAA
1 TATATTTTCAATTGTACCCTTTTCTTTAAAA
* *
11224 CATATTTCTAAATTGT
1 TATATTT-TCAATTGT
11240 CATTACTAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 4
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.05
31 25 0.60
32 15 0.36
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (31 bp):
TATATTTTCAATTGTACCCTTTTCTTTAAAA
Found at i:11376 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 11335--11407 Score: 103
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
11325 TGACTTCTTA
11335 TTTCCAA-CGTCCTATTTAATTTTGCCTTTGATCTTTG
1 TTTCCAATCGTCCTATTTAATTTTG-CTTTG-TCTTTG
**
11372 TTTCCAATCGTTGTATTTAATTTTGCTTTGTCTTTG
1 TTTCCAATCGTCCTATTTAATTTTGCTTTGTCTTTG
11408 GTCTAAAATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 6 0.18
37 12 0.36
38 15 0.45
ACGTcount: A:0.15, C:0.18, G:0.12, T:0.55
Consensus pattern (36 bp):
TTTCCAATCGTCCTATTTAATTTTGCTTTGTCTTTG
Found at i:12128 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12098--12145 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
12088 TTATGGAGTA
12098 ATCAAAATTTCAAGGAGGAT
1 ATCAAAA-TTCAAGGAGGAT
*
12118 ATCAAAATTCAGGGAGGAT
1 ATCAAAATTCAAGGAGGAT
12137 ATCAAAATT
1 ATCAAAATT
12146 TCATATGAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 20 0.74
20 7 0.26
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (19 bp):
ATCAAAATTCAAGGAGGAT
Found at i:12164 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12136--12673 Score: 164
Period size: 22 Copynumber: 24.7 Consensus size: 22
12126 TCAGGGAGGA
12136 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
**
12158 TATCAAAATTTCATAGTTTA-GT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
* * *
12180 TTTCAAAATTTCATAAGAGGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* *
12202 TATCAAAATTTCATA-GTATGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * * * *
12223 AGATCAAAATTTTATAGGGAGAT
1 -TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* *
12246 TAACAAAATTTCATAATG-AGAT
1 TATCAAAATTTCAT-ATGAAGGT
* ** * *
12268 TACCAAAAAATCATAGGGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
*
12290 TATCAAAA--T--T-TGTA-GT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * *
12306 TATCAAGATTTCATAAGAAAGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * *
12328 TATCAAAATTTTATAGGGAGGTT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGG-T
*
12351 TATCAAAATTTCATA-GCGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATG-AAGGT
* * *
12373 TATCACAATTTCATAGTG-TGAT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
* * *
12395 TATCAAAATTTCAGAGTG-TGAT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
*
12417 TA-CTAACAA-TTCATATGGAGGT
1 TATC-AA-AATTTCATATGAAGGT
* * * * *
12439 TTTTAAATTTTCATAACG-TGGT
1 TATCAAAATTTCAT-ATGAAGGT
* * *
12461 TATCAATATATCATATGGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * ** *
12483 TATCAACATCTCATAGTGTTGGC
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
* **
12506 CATCAAAATTTCAGTGGGAA-GT
1 TATCAAAATTTCA-TATGAAGGT
*
12528 TATCAAAATTCCATATTG-AGGT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
* * *
12550 CT-TCAAAATTCCTTAGGGAA-GT
1 -TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
* * *
12572 TAACCAAATTTCATAAGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
** **
12594 TAAAAAAATTT-ATAAAAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * * ***
12615 TCTCGAAATTCCATA-GTATCAT
1 TATCAAAATTTCATATG-AAGGT
* *
12637 TATTAAAATTTCATAGGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
12659 TATCAAAATTTCATA
1 TATCAAAATTTCATA
12674 ATGGGATCAT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 102, Indels: 68
0.69 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.02
17 2 0.01
18 2 0.01
20 2 0.01
21 34 0.09
22 281 0.74
23 48 0.13
24 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TATCAAAATTTCATATGAAGGT
Found at i:12191 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 12136--12407 Score: 190
Period size: 44 Copynumber: 6.3 Consensus size: 44
12126 TCAGGGAGGA
*
12136 TATCAAAATTTCATATGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAGT
1 TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAGT
* *
12180 TTTCAAAATTTCATAAGAGGGTTATCAAAATTTCATAGTATGTAG-
1 TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGT-T-TAGT
* * * * * * *
12225 -ATCAAAATTTTATAGGGAGATTAACAAAATTTCATA-ATGAGAT
1 TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAG-T
* ** * *
12268 TACCAAAAAATCATAGGGAGGTTATCAAAA-TT--T-G--TAGT
1 TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAGT
* * * **
12306 TATCAAGATTTCATAAGAAAGTTATCAAAATTTTATAG-GGAGGTT
1 TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTA-G-T
* * *
12351 TATCAAAATTTCAT-AGCGAGGTTATCACAATTTCATAGTGT-GAT
1 TATCAAAATTTCATAAG-AAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAG-T
12395 TATCAAAATTTCA
1 TATCAAAATTTCA
12408 GAGTGTGATT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 34, Indels: 30
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 24 0.13
39 4 0.02
41 4 0.02
42 2 0.01
43 3 0.02
44 106 0.59
45 32 0.18
46 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (44 bp):
TATCAAAATTTCATAAGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAGT
Found at i:12213 original size:66 final size:63
Alignment explanation
Indices: 12029--12673 Score: 239
Period size: 66 Copynumber: 10.0 Consensus size: 63
12019 GATATTTCTG
* ** * * *
12029 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTATGGTTA-CCAAA-TT-AGGA-AGGTTATTAAACTTTTATT
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTA--GTTATCAAAATTTCATAAGAGGTTATCAAAATTTCA-T
12090 A
63 A
* * * * ** *
12091 TGGA-GTAATCAAAATTTCA-AGGAGGATATCAAAA-TTCA-GGGAGGATATCAAAATTTCATA
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTA-GTTATCAAAATTTCATAAGAGGTTATCAAAATTTCATA
* * *
12151 TGAAGGTTATCAAAATTTCATAGTTTAGTTTTCAAAATTTCATAAGAGGGTTATCAAAATTTCAT
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAG--TAGTTATCAAAATTTCATAAGA-GGTTATCAAAATTTCAT
12216 A
63 A
* * * * * * * * **
12217 -GTATGTAGATCAAAATTTTATAGGGAGATTAACAAAATTTCATAATGAGATTACCAAAAAATCA
1 GGGAGGT-TATCAAAATTTCATA-GTAG-TTATCAAAATTTCATAA-GAGGTTATCAAAATTTCA
12281 TA
62 TA
* * *
12283 GGGAGGTTATCAAAA-TT--T-GTAGTTATCAAGATTTCATAAGAAAGTTATCAAAATTTTATA
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTAGTTATCAAAATTTCATAAG-AGGTTATCAAAATTTCATA
* * *
12343 GGGAGGTTTATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCACAATTTCAT-AGTGTGATTATCAAAATTTC
1 GGGAGG-TTATCAAAATTTCATAG-TA-GTTATCAAAATTTCATAAGAG-G-TTATCAAAATTTC
*
12407 AGA
61 ATA
* * * * * * * * * *
12410 GTGTGATTA-CTAACAA-TTCATATGGAGGTTTTTAAATTTTCATAACGTGGTTATCAATATATC
1 GGGAGGTTATC-AA-AATTTCATA-GTA-GTTATCAAAATTTCATAA-GAGGTTATCAAAATTTC
12473 ATA
61 ATA
* * * ** * *
12476 TGGAGGTTATCAACATCTCATAGT-GTTGGCCATCAAAATTTCAGTGGGAAGTTATCAAAATTCC
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTAGTT----ATCAAAATTTCA-TAAGAGGTTATCAAAATTTC
12540 ATA
61 ATA
** * * * * * **
12543 TTGAGGTCT-TCAAAATTCCTTAGGGAAGTTAACCAAATTTCATAAGAAGGTTAAAAAAATTT-A
1 GGGAGGT-TATCAAAATTTCATA--GTAGTTATCAAAATTTCATAAG-AGGTTATCAAAATTTCA
12606 TA
62 TA
*** * * * * * *
12608 AAAAGGTTCTCGAAATTCCATAGTATCATTATTAAAATTTCATAGGAAGGTTATCAAAATTTCAT
1 GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTA--GTTATCAAAATTTCATAAG-AGGTTATCAAAATTTCAT
12673 A
63 A
12674 ATGGGATCAT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 102, Indels: 88
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
59 5 0.01
60 49 0.11
61 54 0.12
62 7 0.02
63 14 0.03
64 7 0.02
65 62 0.14
66 145 0.33
67 83 0.19
68 5 0.01
69 1 0.00
70 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (63 bp):
GGGAGGTTATCAAAATTTCATAGTAGTTATCAAAATTTCATAAGAGGTTATCAAAATTTCATA
Found at i:13380 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 13306--13381 Score: 100
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
13296 TCATTTTGCC
* * *
13306 AAATTATCAATTTGAGTCTAAATATTTCAA
1 AAATTGTCAATTTGAGTCAAAACATTTCAA
*
13336 AAGTTG-CAATTTGAGTCAAAACATTTCAA
1 AAATTGTCAATTTGAGTCAAAACATTTCAA
13365 AAATTGCTCAATTTGAG
1 AAATTG-TCAATTTGAG
13382 CCTAAAAGCA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 3
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 26 0.67
30 4 0.10
31 9 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
AAATTGTCAATTTGAGTCAAAACATTTCAA
Found at i:13590 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13522--13592 Score: 83
Period size: 31 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
13512 CCCCGTCAAA
* * *
13522 TTTAGACCCAATTTGGTGCATTTTGATAAGG
1 TTTAGACTCAATTTAGTGCAGTTTGATAAGG
* *
13553 CTTAGACTCAATTTAGTTCAGTTT-A-AAGG
1 TTTAGACTCAATTTAGTGCAGTTTGATAAGG
13582 TTTAGACTCAA
1 TTTAGACTCAA
13593 ATTGAGTAAG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 14 0.41
30 1 0.03
31 19 0.56
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TTTAGACTCAATTTAGTGCAGTTTGATAAGG
Done.