Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009264.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09285, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7431
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Found at i:368 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 329--578 Score: 307
Period size: 35 Copynumber: 7.2 Consensus size: 35
319 AATTTAGTTT
*
329 AGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTC
* *
364 AGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCAACTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTC
* *
399 AGGGTAATAAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTC
* * *
434 AGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT-AACTTAATTT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAATCAACTTAATTC
*
469 AGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTC
*
504 AGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAATTC
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAATTC
535 -GGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTC
1 AGGG-TAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAATTC
573 AGGGTA
1 AGGGTA
579 GTACTTAATT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 15, Indels: 23
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.02
31 22 0.12
32 2 0.01
34 4 0.02
35 135 0.72
36 3 0.02
37 1 0.01
38 14 0.07
39 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTC
Found at i:420 original size:70 final size:66
Alignment explanation
Indices: 329--918 Score: 423
Period size: 70 Copynumber: 8.2 Consensus size: 66
319 AATTTAGTTT
*
329 AGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCAACTT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--A-TCAGTAAT-AACTT
394 AATTC
62 AATTC
* * *
399 AGGGTAATAAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGTAACTT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA--GA-TCAG-TAATAACTT
*
464 AATTT
62 AATTC
* *
469 AGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TCAGTAAGTAGCTTAAT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGATCAGTAA-TAACTTAAT
533 TC
65 TC
*
535 -GGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAGTACTTAA-TTCAGTGTAAT
1 AGGG-TAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGTA--A-TTAAGATCA--GTAA-
*
598 TAA-GTAATTC
56 TAACTTAATTC
** ** **
608 AGTAATCAACTTAATTCGGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AG-GGT-AA-TTAA------G----TAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--A-T
673 CAGTAATAATCAACTTAATTC
50 CAG---TAAT-AACTTAATTC
* * * *
694 AGGATAATTAAGCAAATCCGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAATCAA
1 AGGGTAATTAAGTAAGT-C--AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG---ATCAGTAAT-AA
759 CTTAATTC
59 CTTAATTC
* * *
767 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAAGGTAATCAACTGAGTCAGTAATCAACTT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA--GA-TCAGTAAT-AACTT
832 AATTC
62 AATTC
* * * *
837 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCGGTAAACAACTT
1 AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG--A-TCAGT-AATAACTT
902 AATTC
62 AATTC
*
907 AGGTTAATTAAG
1 AGGGTAATTAAG
919 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 46, Indels: 94
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
65 5 0.01
66 28 0.07
68 2 0.00
69 22 0.05
70 213 0.50
71 6 0.01
72 10 0.02
73 38 0.09
74 9 0.02
75 2 0.00
76 32 0.07
77 3 0.01
80 4 0.01
81 1 0.00
82 2 0.00
83 21 0.05
84 6 0.01
85 7 0.02
86 16 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (66 bp):
AGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGATCAGTAATAACTTAATT
C
Found at i:571 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 481--646 Score: 194
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
471 GGTAATTAAG
*
481 TAATTCA-GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TCAGTAAGT-AGCTTAATTCGGGATAAT
1 TAATTCAGGTAAT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGATCAGTAA-TCAACTTAATTCGGGATAAT
*
543 TAAGTAAGTCAGTAATAATCAACT
63 TAAGTAAGTAAGTAATAATCAACT
* * *
567 TAATTCAGGGTAGTACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCGGGGTAA
1 TAATTCA-GGTAATACTTAATTCAGGGTAATTAAG--A-TCAGTAATCAACTTAATTCGGGATAA
*
632 TTAAGTCAGTAAGTA
62 TTAAGTAAGTAAGTA
647 GATTAATTCA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 10
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
86 27 0.40
88 4 0.06
89 1 0.01
90 35 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (86 bp):
TAATTCAGGTAATACTTAATTCAGGGTAATTAAGATCAGTAATCAACTTAATTCGGGATAATTAA
GTAAGTAAGTAATAATCAACT
Found at i:597 original size:121 final size:122
Alignment explanation
Indices: 455--696 Score: 425
Period size: 121 Copynumber: 2.0 Consensus size: 122
445 GTGAGTCAGT
*
455 TAGTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
1 TAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
*
520 TAAGTAGCTTAATTC-GGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGG
66 TAAGTAGATTAATTCAGGG-TAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGG
* *
577 TAGT-ACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCGGGGTAATTAAGTCAG
1 TAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
641 TAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGG
66 TAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGG
697 ATAATTAAGC
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 4, Indels: 3
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
121 108 0.94
122 7 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (122 bp):
TAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
TAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGG
Found at i:598 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 522--630 Score: 141
Period size: 55 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53
512 TAAGTCAGTA
522 AGTAGCTTAATTCGGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCAACTTAATTCAGGGT
1 AGTAGCTTAATTCGGGATAATTAAGTAAGTCAG---TAATCAACTTAATTCAGGGT
* * *
578 AGTA-CTTAATTCAGTG-TAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCGGGGT
1 AGTAGCTTAATTC-GGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGT
630 A
1 A
631 ATTAAGTCAG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 3, Indels: 6
0.84 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
52 20 0.41
55 23 0.47
56 6 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (53 bp):
AGTAGCTTAATTCGGGATAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGT
Found at i:609 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 576--918 Score: 222
Period size: 35 Copynumber: 9.8 Consensus size: 33
566 TTAATTCAGG
* *
576 GTAGTACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTCA
1 GTAGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * *
609 GTAATCAACTTAATTCGGGGTAATTAAGTCAGTAA
1 GTAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
644 GTAG-A-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 GTAGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * *
675 GTAATAATCAACTTAATTCAGGATAATTAAGCAAATCCGTA
1 G---TAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-C--A
* * * *
716 ATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
1 GTAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
751 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 GTAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * * *
786 GTAATAAACTTAATTCAAGGTAATCAACTGAGTCA
1 GTAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
821 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 GTAGT--ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
** * *
856 GTAAACAACTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCG
1 GT--AGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
** *
891 GTAAACAACTTAATTCAGGTTAATTAAG
1 GT--AGTACTTAATTCAGGGTAATTAAG
919 ATCGACTTAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 35, Indels: 26
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 24 0.09
32 1 0.00
33 4 0.02
34 2 0.01
35 173 0.66
37 3 0.01
38 52 0.20
39 1 0.00
41 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (33 bp):
GTAGTACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
Found at i:624 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 341--910 Score: 151
Period size: 17 Copynumber: 32.6 Consensus size: 18
331 GGTAATTAAG
341 TAATTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* *
358 TAATTCAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
*
376 AAATTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
**
393 TAATTCAGGGTAAT-AAAG
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
411 TGAGTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* *
428 TAATTCAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* * * *
446 TGAGTCAGTTAGT-AACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* * *
463 TAATTTAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
481 TAATTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
*
498 TAATTCAGG--GT-AA-T
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* *
512 TAAGTCA-GTAAGT-AGCT
1 TAATTCAGGTAA-TCAACT
* * *
529 TAATTCGGGATAATTAA-G
1 TAATTCAGG-TAATCAACT
* *
547 TAAGTCAGTAATAATCAACT
1 TAATTCAG--GTAATCAACT
*
567 TAATTCAGGGTAGT--ACT
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
584 TAATTCAGTGTAATTAA-G
1 TAATTCAG-GTAATCAACT
602 TAATTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
**
619 TAATTC-GG-GGT-AA-T
1 TAATTCAGGTAATCAACT
*
633 TAAGTCA-GTAAGT-AGA-T
1 TAATTCAGGTAA-TCA-ACT
* *
650 TAATTCAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
668 TAAGTCAGTAATAATCAACT
1 TAATTCAG--GTAATCAACT
*
688 TAATTCAGGATAATTAAGC-
1 TAATTCAGG-TAATCAA-CT
* * *
707 -AAATCCGTAATAATCAACT
1 TAATTCAG--GTAATCAACT
*
726 TAATTCAGGGTAATTAAGC-
1 TAATTCA-GGTAATCAA-CT
*
745 -AAATCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* *
761 TAATTCAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
779 TAAGTCA-GTAATAAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
796 TAATTCAAGGTAATCAAC-
1 TAATTC-AGGTAATCAACT
* *
814 TGAGTCA-GTAATCAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
* *
831 TAATTCAGGGTAATTAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
849 TAAGTCA-GTAAACAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
*
866 TAATTCAGGGTAATCAA-G
1 TAATTCA-GGTAATCAACT
* *
884 TAAGTC-GGTAAACAACT
1 TAATTCAGGTAATCAACT
901 TAATTCAGGT
1 TAATTCAGGT
911 TAATTAAGAT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 99, Indels: 123
0.64 0.16 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.00
14 14 0.04
15 5 0.01
16 72 0.18
17 98 0.25
18 88 0.22
19 93 0.24
20 19 0.05
21 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
TAATTCAGGTAATCAACT
Found at i:653 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 618--677 Score: 93
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
608 AGTAATCAAC
* *
618 TTAATTCGGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGTAGA
*
649 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGTA
678 ATAATCAACT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 26 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (31 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGTAGA
Found at i:940 original size:105 final size:103
Alignment explanation
Indices: 581--932 Score: 348
Period size: 105 Copynumber: 3.3 Consensus size: 103
571 TCAGGGTAGT
*
581 ACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAATTCA-GTAA-TCAACTTAATTCGGGGTAATTAAG----TCA
1 ACTTAATTCAG-GTAATTAAG--A-TCACGTAATTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
**
640 GTAAGTAGA-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAATCA
62 GTAAACA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT-A-AA-CA
685 ACTTAATTCAGGATAATTAAGCAAATC-CGTAATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAAT
1 ACTTAATTCAGG-TAATTAAG---ATCACGTAAT--TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAAT
*
749 CAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA-A
60 CAGTAAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-ACA
* * *
793 ACTTAATTCAAGGTAATCAACTGAGTCA-GTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 ACTTAATTC-AGGTAATTAA--GA-TCACGTAATTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCA
* *
856 GTAAACAACTTAATTCAGGGTAATCAAGTAAGTCGGTAAACA
62 GTAAACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACA
*
898 ACTTAATTCAGGTTAATTAAGATCGACTTAATTCA
1 ACTTAATTCAGG-TAATTAAGATC-ACGTAATTCA
933 GTGTAATTAA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 12, Indels: 43
0.80 0.04 0.16
Matches are distributed among these distances:
102 2 0.01
103 4 0.02
104 32 0.15
105 86 0.40
107 24 0.11
108 22 0.10
109 4 0.02
110 4 0.02
111 36 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (103 bp):
ACTTAATTCAGGTAATTAAGATCACGTAATTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAATCAGTAA
ACAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAACA
Found at i:1872 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1851--1890 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
1841 CAATTTCGGG
1851 TTTTTTCGGGTTCTG-A
1 TTTTTTCGGGTT-TGAA
1867 TTTTTTCGGGTTTGAA
1 TTTTTTCGGGTTTGAA
1883 TTTTTTCG
1 TTTTTTCG
1891 AATTTGGGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.09
16 21 0.91
ACGTcount: A:0.07, C:0.10, G:0.23, T:0.60
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTTCGGGTTTGAA
Found at i:6494 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 6488--6519 Score: 64
Period size: 1 Copynumber: 32.0 Consensus size: 1
6478 GCCAATGGTG
6488 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
6520 GCTTAAATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 31 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Done.