Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009276.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09297, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 815
Length: 1359
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.11, T:0.41
Found at i:59 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9--225 Score: 224
Period size: 35 Copynumber: 5.8 Consensus size: 36
1 TTCCTTGA
* *
9 AATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAATTACCCTG
1 AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTACCCTG
* *
44 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTG
1 AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAA-TTAC--CC-TG
* *
84 AAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAATTACCCTG
1 -AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTACCCTG
* *
120 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTG
1 AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAA-TTAC--CC-TG
* *
160 AAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAATTACCCTG
1 -AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTACCCTG
*
196 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATT
1 AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATT
226 TCCTTCCTTG
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 19, Indels: 25
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 45 0.30
36 33 0.22
37 10 0.07
39 10 0.07
40 22 0.15
41 30 0.20
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
AATTAAGTCTATGCTTGACTTTACCTAATTACCCTG
Found at i:127 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 1--250 Score: 500
Period size: 76 Copynumber: 3.3 Consensus size: 76
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
66 ACCTAATTTCC
66 ACCTAATTTCC
77 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
142 ACCTAATTTCC
66 ACCTAATTTCC
153 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
218 ACCTAATTTCC
66 ACCTAATTTCC
229 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
251 CTATCCTTAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 174 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTATGCTTGTCTTT
ACCTAATTTCC
Found at i:261 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1--262 Score: 266
Period size: 41 Copynumber: 6.8 Consensus size: 40
*
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTACTTAATTAC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTAC
* * *
40 --CC-TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAA-TTAC
*
77 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTACTTAATTAC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTAC
* * *
116 --CC-TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAA-TTAC
*
153 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTACTTAATTAC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTAC
* * *
192 --CC-TG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCC
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAA-TTAC
* *
229 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCCTATCCTTACCT
1 TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCT
263 TTTAACTGTT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 24, Indels: 34
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
35 45 0.25
36 33 0.18
37 15 0.08
39 12 0.07
40 24 0.13
41 52 0.29
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (40 bp):
TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTAC
Found at i:316 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 263--569 Score: 220
Period size: 38 Copynumber: 8.0 Consensus size: 38
253 ATCCTTACCT
*
263 TTTAACTG-TTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
300 TTCAACTGCTTTTTACTTAATTATCCTGAACTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * *
338 TTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTCC
1 TTTAACTGC-TTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTC
* * * * *
376 TTTGACTGC-TTTTACCTT-ATTTCCTTGAATGAAGAT-
1 TTTAACTGCTTTTTA-CTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * *
412 TTTGACTGACTATGTTTACTTTTCTTAATTGCCCTAAATTAAGAT-
1 TTTAACTG-CT-T-TTTA-----CTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
457 TTTGACTG-TTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
494 -TTAACTGCTCCTTCACTTAACTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCT-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
532 TTTACCTGC-TTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
569 T
1 T
570 CTTACTCTTC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 33, Indels: 38
0.75 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 35 0.16
37 56 0.26
38 80 0.37
39 11 0.05
40 5 0.02
41 4 0.02
42 1 0.00
43 1 0.00
44 3 0.01
45 22 0.10
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (38 bp):
TTTAACTGCTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
Found at i:762 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 540--766 Score: 348
Period size: 71 Copynumber: 3.2 Consensus size: 71
530 TCTTTACCTG
* * * *
540 CTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTCTCTTACTCTTCTTAATTGTCCAGCTTAGGACCTTGA
1 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGAT-T-TTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGA
605 CTATACTTT
63 CTATACTTT
* * *
614 CTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGAGTTTACCCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
679 TACTTT
66 TACTTT
*
685 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTC-TCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
749 TACTTT
66 TACTTT
755 CTTTTCTTAATT
1 CTTTTCTTAATT
767 CTTTTTAATC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 11, Indels: 4
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 47 0.33
71 71 0.50
72 1 0.01
73 18 0.13
74 5 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (71 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
TACTTT
Done.