Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01009302.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09323, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 996

Length: 1660
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.31

Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1529 original size:43 final size:43

Alignment explanation


    Indices: 1477--1641  Score: 242
    Period size: 43  Copynumber: 3.8  Consensus size: 43

       1467 CATCAAATTG

                *      *                               
       1477 CTTAGTTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA

                                         *              
       1520 CTTAATTACACCGAATTAAGTT-ATTTACTAAATTACCAATTTA
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGA-TTACCAAATTACCAATTTA

                                   *      *            
       1563 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTA
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA

                                 * *    *       
       1606 CTTAATTACACCGAATTAAGTCGTTTACTAAATTAC
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTAC

       1642 TTAATTTAAT


Statistics
Matches: 111,  Mismatches: 9, Indels: 4
        0.90            0.07        0.03

Matches are distributed among these distances:
  42    1  0.01
  43  110  0.99

ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.08, T:0.38


Consensus pattern (43 bp):   
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTA

Found at i:1585 original size:86 final size:86

Alignment explanation


    Indices: 1477--1641  Score: 276
    Period size: 86  Copynumber: 1.9  Consensus size: 86

       1467 CATCAAATTG

                *      *                                                    *
       1477 CTTAGTTACACTGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTT
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTC

                                 
       1542 ATTTACTAAATTACCAATTTA
         66 ATTTACTAAATTACCAATTTA

                                   *      *                                  
       1563 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGTTTACCAGATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTC
          1 CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTC

            *             
       1628 GTTTACTAAATTAC
         66 ATTTACTAAATTAC

       1642 TTAATTTAAT


Statistics
Matches: 73,  Mismatches: 6, Indels: 0
        0.92            0.08        0.00

Matches are distributed among these distances:
  86   73  1.00

ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.08, T:0.38


Consensus pattern (86 bp):   
CTTAATTACACCGAATTAAGTTGATTACCAAATTACCAATTTACTTAATTACACCGAATTAAGTC
ATTTACTAAATTACCAATTTA

Done.