Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009383.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09404, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 CG
* *
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* * *
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66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
133 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTT-CTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCT-A-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
197 TCAAAAAAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTGACTGAGATTTTATTA
194 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTA
*
262 GATGAATATGGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
259 GATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
327 GAACGCGT
324 GAACGCGT
* * ** * *
335 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACATGTTTTCGTATAAAATTTTGTAAAAATTTCCAGGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* * ** *
400 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAACACTCACAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGACT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
*
465 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTT-TTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* *
528 AAAACAAGATTAAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGACATTTGATTAGA
196 AAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
* * * * *
593 TGAATATAGATATTTCAATTAGTGTCGTAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGGA
261 TGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGGA
658 ACGCG-
326 ACGCGT
* *
663 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* * *
728 AGATTTCTCGTCAATTTTAGGCTAAAATACTCATAACAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
*
793 GAAGGGATTTTATCGTTTCTAATATCGTTTTT-CTCA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * *
856 CAAAATAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTAACTGAGATTTTATTTG
195 CAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
*
921 ATGAATATGGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
260 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
986 AACGCGT
325 AACGCGT
* * ** * *
993 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACATGGTTTCGTATAAAATTTTGTAAAAATT-TCAAGTA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACG-A
* * *
1057 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAACACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
65 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
* * *
1122 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTA-TTTTTCCGAA--AGATTGCCAATTAAA
130 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTA-ATTTCTAATTAAA
* * *
1184 TCAAAATAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTGACTGAGATTTGATTA
194 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTA
* * **
1249 GATGAATATGGATATTTCTAGTAATCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGAATACCCG
259 GATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
*
1314 GAACGCAT
324 GAACGCGT
* *
1322 TTTTAGCCAAAACCATGATGGCTAGTACACGA-TTCAGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGA
**
1386 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATTTCAAAAAGAT
65 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
1451 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
130 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * *
1516 CAAAACAAGTTTCAAATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACCGAGATTTCATTAG
195 CAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
* **
1581 ATGAATATATATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGAATACCCGG
260 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
*
1646 AACGCAT
325 AACGCGT
* *
1653 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* *
1718 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
* * *
1782 GAAGAGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTA-TTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATC
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
1846 AAAACAAGA-TCTACATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTAACATTTGGTTAG
196 AAAACAAGATTC-AGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
* * * * *
1910 ATGAATATAGATATTTCAATTAGTGTCGTAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
260 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
*
1975 AACGTG-
325 AACGCGT
* *
1981 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTCGCAAAAATTGCCACGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
*
2046 AGATTTCTCCTCAATTTCTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
* *
2111 AAAGGGATTTTAACGTTTCTAATAACGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
*
2176 AAAACAAGATTTAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
196 AAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
* * *
2241 TGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGTACCCAGA
261 TGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC-GG
*
2306 ACACGTTTTTACTT
325 A-ACG------CGT
* * * *
2320 TTTTATCCAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAGATTGCCATGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* * *
2385 AGATTTCTCCTCAATTTTTGCCTGAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATA
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
*
2450 GAAGAGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* *
2515 AAAACAAGATTTAGATGCTCGGAAAAACAACTCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
196 AAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
* * * **
2580 TGAATATGGATATTTCTAGTAATCTCGGAGCACAAAATCATGCAAAATTGAGCCGAATACCCGGA
261 TGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGGA
*
2645 ACGCAT
326 ACGCGT
*
2651 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTCAAAATTGCCACGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* *
2716 AGATTTCTCCTCAGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
* * * *
2781 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCATTTTTCCCATTTTTTCCGAGTTAATTTTTAATTAAATC
131 GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * **
2846 AAAATATGATTCAGATGCTCGGAAAAA-AAATCCTTAAGTCCAATGTGAAC-GAGATTTCTTTAG
196 AAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTG-ACTGAGATTTGATTAG
*
2909 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAGAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
260 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
*
2974 GACGCGT
325 AACGCGT
*
2981 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTACAAATTGCCACGAA
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
* * * *
3046 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAAGT-CTCATGAAAAATATGTAATTCAACGCCAAAATGAT
66 AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAA-TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
* *
3110 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTA--TTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
130 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
3173 CAAAACAAGATTCACATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
195 CAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
* * *
3238 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCAGGTATCCAG
260 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
3303 AACGCGT
325 AACGCGT
*
3310 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTCGGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCAC-A
1 TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGA
3374 ACAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT
65 A-AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT
Statistics
Matches: 2800, Mismatches: 241, Indels: 64
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
328 320 0.11
329 903 0.32
330 647 0.23
331 471 0.17
332 153 0.05
337 3 0.00
338 2 0.00
339 301 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACGAA
AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
GAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
AAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGA
TGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGGA
ACGCGT
Found at i:2241 original size:659 final size:660
Alignment explanation
Indices: 2--3406 Score: 5237
Period size: 659 Copynumber: 5.1 Consensus size: 660
1 C
*
2 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
1 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
* * *
67 AATATTTCTCGTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAACAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
66 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
132 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTT-CTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
131 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCT-A-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * *
196 ATCAAAAAAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTGACTGAGATTTTATT
194 ATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTCATT
*
261 AGATGAATATGGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC
259 AGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC
* * **
326 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACATGTTTTCGTATAAAATTTTGTAAAAAT
324 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAT
* * * *
391 TTCCAGGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAACACTCACAAAAAATATATAATTCAACACC
389 TGCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCC
* **
456 AAAAAGACTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTT-TTTTTATTTTTCCGAATTAATTTCTA
454 AAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTA
* *
520 ATTAAATCAAAACAAGATTAAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGACATT
519 ATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATT
* * * *
585 TGATTAGATGAATATAGATATTTCAATTAGTGTCGTAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG
584 TGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG
*
650 TACCCGGAACGC
649 TACCCGGAACGT
*
662 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
1 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
* * *
727 AAGATTTCTCGTCAATTTTAGGCTAAAATACTCATAACAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
66 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
*
792 TGAAGGGATTTTATCGTTTCTAATATCGTTTTT-CTCA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
131 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCT-ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * *
855 TCAAAATAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTAACTGAGATTTTATTT
195 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTCATTA
*
920 GATGAATATGGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
260 GATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
* * **
985 GAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACATGGTTTCGTATAAAATTTTGTAAAAATT
325 GAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATT
* * *
1050 -TCAAGTAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAACACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCC
390 GCCACG-AAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCC
* *
1114 AAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAA--AGATTGCC
454 AAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTA-ATTTCT
* * *
1177 AATTAAATCAAAATAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTTCAATGTGACTGAGAT
518 AATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGAT
* * * *
1242 TTGATTAGATGAATATGGATATTTCTAGTAATCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGA
583 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG
*
1307 ATACCCGGAACGCAT
648 GTACCCGGAACG--T
* * *
1322 -TTTTAGCCAAAACCATGATGGCTAGTACACGA-TTCAGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCACG
1 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACG
**
1385 AAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATTTCAAAAAGA
65 AAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGA
1450 TTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
130 TTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
1515 TCAAAACAAGTTTCAAATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACCGAGATTTCATTA
195 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTCATTA
* **
1580 GATGAATATATATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGAATACCCG
260 GATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCG
* * *
1645 GAACGCATTTTTAGCCAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGTAAAAATT
325 GAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATT
1710 GCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCA
390 GCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCA
* *
1775 AAAA-ATTGAAGAGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTCA
455 AAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAA
* * *
1839 TTAAATCAAAACAAGA-TCTACATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTAACATT
520 TTAAATCAAAACAAGATTC-AGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATT
* * * * *
1903 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATTAGTGTCGTAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG
584 TGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG
1968 TACCCGGAACGT
649 TACCCGGAACGT
*
1980 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTCGCAAAAATTGCCACGA
1 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
*
2045 AAGATTTCTCCTCAATTTCTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
66 AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
* *
2110 TAAAGGGATTTTAACGTTTCTAATAACGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
131 TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * *
2175 CAAAACAAGATTTAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTGATTAG
196 CAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTCATTAG
* *
2240 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCAGGGTACCCAG
261 ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC-G
* * * *
2305 AACACGTTTTTACTTTTTTATCCAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGT
325 GA-ACG------CGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGT
* * * * *
2370 AAAGATTGCCATGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGCCTGAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
383 AAAAATTGCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTC
* * * *
2435 AATGCCAAAAAGATAGAAGAGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTA
448 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTA-TTTTTCCGAATTA
* *
2500 ATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTCGGAAAAACAACTCCTTAAGTCCAATGTGAC
512 ATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGAC
* *
2565 TGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATTTCTAGTAATCTCGGAG-CACAAAATCATGCAAAATT
577 TGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCA-AAAATCATGCAAAATT
**
2629 GAGCCGAATACCCGGAACGCAT
641 GAGCCGGGTACCCGGAACG--T
2651 -TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTC-AAAATTGCCACG
1 GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAATTGCCACG
* *
2714 AAAGATTTCTCCTCAGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGA
65 AAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGA
* * * *
2779 TTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCATTTTTCCCATTTTTTCCGAGTTAATTTTTAATTAAA
130 TTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * *
2844 TCAAAATATGATTCAGATGCTCGG-AAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGAAC-GAGATTTCTTT
195 TCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTG-ACTGAGATTTCATT
*
2907 AGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAGAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC
259 AGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCC
* *
2972 GGGACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTACAAAT
324 GGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAT
** *
3037 TGCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAAGT-CTCATGAAAAATATGTAATTCAACGC
389 TGCCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAA-TACTCACAAAAAATATATAATTCAACGC
* *
3101 CAAAATGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTA-TTTTCCAAATTAATTTCT
453 CAAAAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCT
* *
3165 AATTAAATCAAAACAAGATTCACATGCTTGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGAT
518 AATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGAT
* *
3230 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCAG
583 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG
* * *
3295 GTATCCAGAACGC
648 GTACCCGGAACGT
* *
3308 GTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTCGGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGCCAC
1 G-TTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCAC
3373 -AACAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT
64 GAA-AGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT
Statistics
Matches: 2526, Mismatches: 182, Indels: 74
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
657 4 0.00
658 447 0.18
659 694 0.27
660 615 0.24
661 159 0.06
662 1 0.00
667 123 0.05
668 40 0.02
669 236 0.09
670 205 0.08
671 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (660 bp):
GTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGCCACGA
AAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
TGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
CAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTCATTAG
ATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTACCCGG
AACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTG
CCACGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCAA
AAAGATTGAAGGGATTTTAACGTTTCTAATATCGTTCTTCCTATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
TAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATGTGACTGAGATTTG
ATTAGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGTA
CCCGGAACGT
Done.