Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01009387.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09408, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 953

Length: 1589
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36


Found at i:106 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 85--115  Score: 53
    Period size: 16  Copynumber: 1.9  Consensus size: 16

         75 TTGAAAAATA

                            
         85 TTACTAAATATTTATT
          1 TTACTAAATATTTATT

                     *     
        101 TTACTAAATTTTTAT
          1 TTACTAAATATTTAT

        116 AATATGTAGA


Statistics
Matches: 14,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  16   14  1.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.00, T:0.58


Consensus pattern (16 bp):   
TTACTAAATATTTATT

Found at i:1394 original size:196 final size:198

Alignment explanation


    Indices: 700--1589  Score: 997
    Period size: 196  Copynumber: 4.5  Consensus size: 198

        690 TTATTGTACG

                    *   *   *            *      *                            
        700 AATACACTATCAATGTGAATTTTCGGACTTCATAAGTGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT
          1 AATACACTGTCAGTGTAAATTTT-GGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT

             *                  *                           *     *          
        765 TTATAATTAATTAAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAAGGGGGATACATGCCAACCCTTAA
         65 TCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGGACACATGTCAACCCTTAA

               **   *  *               *                             *       
        830 ACCATGCATGTACAGTCTGCTAAACTCTACTGACAT-TGTATTGTATAATTTTT-TTTTAGGATT
        129 ACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGAC-TGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATT

                  
        893 ATTATA
        193 ATTATA

                 *                   *      *  *                        **   
        899 CAATATACTGTCAGTGTAAATTTTGAACTCCACAACCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCTTATT
          1 -AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT

                         *     *                        *                    
        964 TCATAATTAATTAGATA-TAAATTATTAATACATATTCCCTAAGAGGACACATGT----CCTTAA
         65 TCATAATTAATTAAATATTTAA-TATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAA

                   *            *             *                    *     *   
       1024 ACCCCGCGCGTGCAGTCTGCCAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTGTTTTATATGAT
        129 ACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAA-TTTT-TCTTATAGGAT

                   
       1089 TATTATA
        192 TATTATA

                 *     *                                            *        
       1096 CAATATACTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACACACCCCATT
          1 -AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT

                              *           *       *        *                 
       1161 TCATAATTAATTAAATATGTAATATTAATAAATATTCCATAAGGGGATACATGTCAACCCTTAAA
         65 TCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA

                                          *           *                      
       1226 CCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGGATAATTTTTCTTATAGGATTA-
        130 CCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTAT

                
       1290 T-T-
        195 TATA

                   * *    *                     * *               **  * *    
       1292 AATACACCGCCAGTATAAAATTTTGGACTCCATAAGTGAGTTAAGAAGTTGACAGGTATCTCATT
          1 AATACACTGTCAGTGT-AAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT

              *    *              *                   *                      
       1357 TCTTAATAAATTAAATATTTAACATTAATACATATTCCCTAAAGGGACACATGTCAACCCTTAAA
         65 TCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA

            *  *                   *      *                                  
       1422 TCCTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTTAC-G-GTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTAT
        130 CCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTAT

                
       1485 TATA
        195 TATA

                                *    *    *      *                       *   
       1489 CAATACA---T---TGTAAAATTTGAACTCTATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCCTATT
          1 -AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATT

                         *    **                      
       1548 TCATAATTAATTAGATATAAAATATTAATACATATTCCCTAA
         65 TCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA


Statistics
Matches: 582,  Mismatches: 93, Indels: 39
        0.82            0.13        0.05

Matches are distributed among these distances:
 191   73  0.13
 192    2  0.00
 194   72  0.12
 195   17  0.03
 196  129  0.22
 197  117  0.20
 198   20  0.03
 199   80  0.14
 200   23  0.04
 201   49  0.08

ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.13, T:0.34


Consensus pattern (198 bp):   
AATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTT
CATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAAC
CCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGATTATT
ATA
Done.