Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009390.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09411, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6162
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Found at i:1750 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1743--1767 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
1733 TTACATTCTT
1743 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1768 TAATATTATG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:3184 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3154--3219 Score: 89
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 27
3144 ATTTTCAACC
3154 AAATCAATTAATTAATT-AAATACAAAA
1 AAATCAATTAATTAATTCAAAT-CAAAA
* * *
3181 AAATCAATTAATTAATTCCAATTAAAC
1 AAATCAATTAATTAATTCAAATCAAAA
3208 AAATCAATTAAT
1 AAATCAATTAAT
3220 CGCCCCAAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 32 0.91
28 3 0.09
ACGTcount: A:0.58, C:0.11, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
AAATCAATTAATTAATTCAAATCAAAA
Found at i:3653 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3625--3681 Score: 78
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
3615 AAAATGACAC
3625 GTGGCACGTCACGTGTACCAAAAA
1 GTGGCACGTCACGTGTACCAAAAA
* * *
3649 GTGGCACGCCATGTGTACCAAAAG
1 GTGGCACGTCACGTGTACCAAAAA
*
3673 GTGACACGT
1 GTGGCACGT
3682 GTCACGCCAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 28 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.28, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
GTGGCACGTCACGTGTACCAAAAA
Found at i:3754 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3656--3763 Score: 159
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 31
3646 AAAGTGGCAC
*
3656 GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGTGTCAC
1 GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGTGTCAT
3687 GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGTGTCAT
1 GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGTGTCAT
*
3718 GTCATGTGTACCAAAA-GTGACACGTGGT-AT
1 GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGT-GTCAT
*
3748 GCCATGTGCA-CAAAAG
1 GCCATGTGTACCAAAAG
3764 AACACGTGCC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 4, Indels: 5
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.07
30 19 0.27
31 47 0.66
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (31 bp):
GCCATGTGTACCAAAAGGTGACACGTGTCAT
Found at i:4728 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 4689--4741 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
4679 AAACAACAAG
*
4689 CTAATAAAAAGTTTGTAAGGTTA
1 CTAATAAAAAGTTTGTAACGTTA
*
4712 CTAA-AAAAA-TTTAGTAACGTTG
1 CTAATAAAAAGTTT-GTAACGTTA
4734 CTAATAAA
1 CTAATAAA
4742 CTTAGCAATC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.12
22 16 0.62
23 7 0.27
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
CTAATAAAAAGTTTGTAACGTTA
Found at i:5606 original size:196 final size:197
Alignment explanation
Indices: 4924--6162 Score: 1335
Period size: 199 Copynumber: 6.3 Consensus size: 197
4914 AAATTTAATT
* * * * * *
4924 TGACAGTTTATTGTATAATTATCTTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAAC
1 TGACAGTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
** * *
4989 AGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
66 AGACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAA
* * * * * *
5054 TATTTAATTAATTATGAAATAAGGTATGCGACAACTTCCTAATCCGTTTAT-GAAGTCCAAAATT
131 TA-TT-ATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAA-TCCAAAATT
*
5118 TACAG
193 TACAC
* * * * *
5123 TGA-ATGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTTGAGTTTAG
1 TGACA-GTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAG
* * * **
5187 CAGACTGTACGTACGAGGTTTT-AGGATTGACACATATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTA
65 CAGACTGCACGTGC-AGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTA
* * * * ** *
5251 AATATTTAATTTATTAAGAAATGAGGTATGGGTCAACTTCTTAACCCGGTTACGGAATTCAAAAT
129 AATA-TT-ATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAAT
5316 TTACAC
192 TTACAC
* *
5322 TGACAATTTATTGTATAATAATCAAATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
1 TGACAGTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
* *
5387 ATG-CTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAA
66 A-GACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAA
5451 ATATT-TTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTA
130 ATATTATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTA
*
5515 TAC
195 CAC
*
5518 TGACAGTTTAGTGTATAATAATTC-T-TAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAG
1 TGACAGTTTATTGTATAATAA-TCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAG
* * *
5581 -AGGACTGCACGTGCAGGATTTTAAGGGTTAACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
65 CA-GACTGCACGTGCAGG-TTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATT
* * * * * * *
5645 ACATATTTTATTAATTATGAAATGATGTATATTTCAACTTTTTAACCCGTTTA-AGGAGTCCAAA
128 A-A-ATATTATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATA-GAATCCAAA
5709 ATTTACAC
190 ATTTACAC
* * * * *
5717 T-A-AATATGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTGTA-TCATACACCGTCAGTCGAGTTT
1 TGACAGT-T-TATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACT-ATACACCGTAAGTGGAGTTT
* * *
5779 AGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTT-AGGGTTGACATGTGTCCCTTTAAGGAATATGTATTAATAT
63 AGCAGACTGCACGTGC-AGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATAT
** * * * * *
5843 TAAATATT-TTGTTTATGAAGTGATGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTTTGGAGTCCAAAAT
127 TAAATATTATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAAT
**
5907 TTACGG
192 TTACAC
* * * *
5913 TGACAATTTATTGTATAATAATCTTATAAGAAAAATT-TACTATACACCGCAAATGGAGTTTA--
1 TGACAGTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
* * * * * *
5975 ACACTGCACGTGCAGGGTTTAACGGTCGACACGTATCCCCTT-AGAGAATATGTATTAATATTAT
66 AGACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAG-GAATATGTATTAATATTAA
* * * * * *
6039 ATATTTAATTGATTATGAAATGAGGCATGTGTCAATTTCTTAACCTGCTTATAGAGTCTAAAATT
130 ATA-TT-ATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATT
6104 TACAC
193 TACAC
** * * * * ** *
6109 TGACAGCGTGTTGTATGATAATCCTATAAGAAATATTATAAAATACATCGTAAG
1 TGACAGTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAG
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 122, Indels: 62
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
192 7 0.01
193 49 0.06
194 4 0.00
195 70 0.08
196 278 0.31
197 22 0.02
198 22 0.02
199 374 0.42
200 59 0.07
201 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (197 bp):
TGACAGTTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
AGACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAA
TATTATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTAC
AC
Found at i:5716 original size:395 final size:393
Alignment explanation
Indices: 4924--6148 Score: 1475
Period size: 395 Copynumber: 3.1 Consensus size: 393
4914 AAATTTAATT
* * * * *
4924 TGACAGTTTATTGTATAATTATCTTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTAGAGTTTAAC
1 TGACAATTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTAGAGTTTAGC
* * *
4989 AGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
66 AGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAA
* * * * * *
5054 TATTTAATTAATTATGAAATAAGGTATGCGACAACTTCCTAATCCGTTTATGAAGTCCAAAATTT
131 TA-TT--TTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAA-TCCAAAATTT
* * * * *
5119 ACAGTGA-ATGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTTGAGT
192 ACAGTGACA-GTTTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGT
* * * * *
5183 TTAGCAGACTGTACGTACGAGGTTTT-AGGATTGACACATATCCCCTTAAGGAATATGTATTAAT
256 TTAG-AGACTGCACGTGC-AGGTTTTAAGGGTTGACACGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT
* * * * * * * *
5247 ATTAAATATTTAATTTATTAAGAAATGAGGTATGGGTCAACTTCTTAACCCGGTTACGGAATTCA
319 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTAAGGAGTCCA
5312 AAATTTACAC
384 AAATTTACAC
* * *
5322 TGACAATTTATTGTATAATAATCAAATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGC
1 TGACAATTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTAGAGTTTAGC
* *
5387 ATG-CTGCACGTGCAGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAA
66 A-GACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAA
*
5451 ATATTTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAATCCAAAATTTAT
130 ATATTTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAATCCAAAATTTAC
* *
5516 ACTGACAGTTTAGTGTATAATAATTCT-TAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTA
194 AGTGACAGTTTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTA
* * *
5580 GAGGACTGCACGTGCAGGATTTTAAGGGTTAACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
259 GA-GACTGCACGTGCAGG-TTTTAAGGGTTGACACGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATT
* * * * * *
5645 ACATATTTTATTAATTATGAAATGATGTATATTTCAACTTTTTAACCCGTTTAAGGAGTCCAAAA
322 AAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTAAGGAGTCCAAAA
5710 TTTACAC
387 TTTACAC
* * *
5717 T-A-AATATGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTGTA-TCATACACCGTCAGTCGAGTTT
1 TGACAAT-T-TATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACT-ATACACCGTCAGTAGAGTTT
* *
5779 AGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTTAGGGTTGACATGTGTCCCTTTAAGGAATATGTATTAATATT
63 AGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATT
** * * * *
5844 AAATATTTTGTTTATGAAGTGATGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTTTGGAGTCCAAAATTT
128 AAATATTTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAATCCAAAATTT
* * * *
5909 ACGGTGACAATTTATTGTATAATAA-TCTTATAAGAAAAATT-TACTATACACCGCAAATGGAGT
192 ACAGTGACAGTTTATTGTATAATAATTC-TATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGT
* * * * *
5972 TTA-ACACTGCACGTGCAGGGTTTAACGGTCGACACGTATCCCCTTAGAGAATATGTATTAATAT
256 TTAGAGACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACACGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATAT
* * * * *
6036 TATATATTTAATTGATTATGAAATGAGGCATGTGTCAA-TTTCTTAACCTGCTTATA-GAGTCTA
321 TAAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTT-TTAACCCGCTTA-AGGAGTCCA
6099 AAATTTACAC
384 AAATTTACAC
*** * * * *
6109 TGACAGCGTGTTGTATGATAATCCTATAAGAAATATTATA
1 TGACAATTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATA
6149 AAATACATCG
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 96, Indels: 38
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
391 3 0.00
392 124 0.17
393 23 0.03
394 57 0.08
395 373 0.52
396 15 0.02
397 2 0.00
398 117 0.16
399 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (393 bp):
TGACAATTTATTGTATAATAATCATATAAGAAAAATTATACTATACACCGTCAGTAGAGTTTAGC
AGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAA
TATTTTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAATCCAAAATTTACAG
TGACAGTTTATTGTATAATAATTCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTAAGTGGAGTTTAGA
GACTGCACGTGCAGGTTTTAAGGGTTGACACGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAAT
ATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTAAGGAGTCCAAAATTTA
CAC
Done.