Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009451.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09472, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4554
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Found at i:677 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 657--686 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
647 AATTGAAATC
*
657 CCAAAATACAAATAA
1 CCAAAATAAAAATAA
672 CCAAAATAAAAATAA
1 CCAAAATAAAAATAA
687 AATAAAATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.70, C:0.17, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (15 bp):
CCAAAATAAAAATAA
Found at i:3308 original size:438 final size:439
Alignment explanation
Indices: 2485--3362 Score: 1551
Period size: 438 Copynumber: 2.0 Consensus size: 439
2475 AAGAAAAAAA
2485 AGAGGAGTTAAAAATCTGTTAACGTAAAACTCTGGATTTAGGAGAAAATTAGTTTCAAGTTTCAA
1 AGAGGAGTTAAAAATCTGTTAACGTAAAACTCTGGATTTAGGAGAAAATTAGTTTCAAGTTTCAA
* *
2550 CAGTGATTGGTGTCAAGCAGTGATACCCGCTTGACTGTTGGAATAATGTAATTCTTGAAATAGTA
66 CAGTGATTGGTGTCAAGCAGTGAGACCCGCTTGACTGTTGGAATAATGTAATTCTTGAAACAGTA
**
2615 ACAGAAACAATGAATATTAATTATCAAAAAGTTTTGATTTTTTTTTAAAAAAAAATTAATAGATC
131 ACAGAAACAACAAATATTAATTATCAAAAAGTTTTGATTTTTTTTT-AAAAAAAATTAATAGATC
* *
2680 ATTCATTAACTACTTTTATTTTGCTCTGTTAGCTTAAATCATTTTATTCCAGTCATTAATATGCA
195 ATTCATTAACTACTTTCATCTTGCTCTGTTAGCTTAAATCATTTTATTCCAGTCATTAATATGCA
2745 TATGTAATAATAAAATATCAAATTCAGATTTGATTCAACATGTCAAAGATATGCATATATAGTAT
260 TATGTAATAATAAAATATCAAATTCAGATTTGATTCAACATGTCAAAGATATGCATATATAGTAT
*
2810 ATAAATACAATTTCTTGATCGCAAAAAAGAAATGACTTATGAATTAGTAATTAAGAAAATGTTAT
325 ATAAATACAATTTCTTGATCGCAAAAAAGAAATGACTTATGAATTAGTAATAAAGAAAATGTTAT
* *
2875 TTTCAAGTCAATATTTTTATACGCGTTAATTTAGTGTGTCTGGTTGGATT
390 TTTCAAGTCAATATTTTTATACACGTTAATTTAGTATGTCTGGTTGGATT
* *
2925 AGAGGGGTTAAAAATCTGTTAACGTGAAACTCTGGATTTAGGAGAAAATTAGTTTCAAGTTTCAA
1 AGAGGAGTTAAAAATCTGTTAACGTAAAACTCTGGATTTAGGAGAAAATTAGTTTCAAGTTTCAA
*
2990 CGGTGATTGGTGTCAAGCAGTGAGACCCGCTTGACTGTTGGAATAATGTAATTCTTGAAACAGTA
66 CAGTGATTGGTGTCAAGCAGTGAGACCCGCTTGACTGTTGGAATAATGTAATTCTTGAAACAGTA
* * * *
3055 ACATAAACAACAAATATTAATTATTAAAAAGTTTTGATTTTTTTTT-GAAAAATTTAATAGATCA
131 ACAGAAACAACAAATATTAATTATCAAAAAGTTTTGATTTTTTTTTAAAAAAAATTAATAGATCA
* * * *
3119 TTTATTCACTACTTTCATCTTGCTCTGTTAGCTTAAATCATTTTATTCCATTCATTAATATGTAT
196 TTCATTAACTACTTTCATCTTGCTCTGTTAGCTTAAATCATTTTATTCCAGTCATTAATATGCAT
*
3184 ATGTAATAATAAAATATCAAATTCAGGTTTGATTCAACATGTCAAAGATATGCATATATAGTATA
261 ATGTAATAATAAAATATCAAATTCAGATTTGATTCAACATGTCAAAGATATGCATATATAGTATA
3249 TAAATACAATTTCTTGATCGCAAAAAAGAAATGACTTATGAATTAGTAATAAAGAAAATGTTATT
326 TAAATACAATTTCTTGATCGCAAAAAAGAAATGACTTATGAATTAGTAATAAAGAAAATGTTATT
3314 TTCAAGTCAATATTTTTATACACGTTAATTTAGTATGTCTGGTTGGATT
391 TTCAAGTCAATATTTTTATACACGTTAATTTAGTATGTCTGGTTGGATT
3363 GTGAGATATG
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 21, Indels: 2
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
438 250 0.60
440 167 0.40
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (439 bp):
AGAGGAGTTAAAAATCTGTTAACGTAAAACTCTGGATTTAGGAGAAAATTAGTTTCAAGTTTCAA
CAGTGATTGGTGTCAAGCAGTGAGACCCGCTTGACTGTTGGAATAATGTAATTCTTGAAACAGTA
ACAGAAACAACAAATATTAATTATCAAAAAGTTTTGATTTTTTTTTAAAAAAAATTAATAGATCA
TTCATTAACTACTTTCATCTTGCTCTGTTAGCTTAAATCATTTTATTCCAGTCATTAATATGCAT
ATGTAATAATAAAATATCAAATTCAGATTTGATTCAACATGTCAAAGATATGCATATATAGTATA
TAAATACAATTTCTTGATCGCAAAAAAGAAATGACTTATGAATTAGTAATAAAGAAAATGTTATT
TTCAAGTCAATATTTTTATACACGTTAATTTAGTATGTCTGGTTGGATT
Done.