Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01009505.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09526, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2718
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36


Found at i:597 original size:201 final size:200

Alignment explanation


    Indices: 15--872  Score: 1300
    Period size: 201  Copynumber: 4.3  Consensus size: 200

          5 CAATTGCGGG

                    *                      *                                 
         15 GTTTAAGGATTGACATGTGTACCCTTAGGGATTATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                                      *     *           *       *            
         80 AGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGAAGTCCAAAATTCACACTGATAGTGTATTGTAT
         66 -GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT

                                    *                                        
        145 AATAATCCTATAAGAAAATTTATAAAATACACGACGGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC
        130 AATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACAC--C-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC

                     
        210 GGGGTTTAA
        192 GGGGTTTAA

            *            *                     *                             
        219 CTTTAAGGGTTGAGATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                      *                                                      
        284 -GGTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
         66 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA

                                                *  * *            *          
        348 ATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAATGAAATTTAGCAGACTGAACGTGCGGGG
        131 ATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG

                 
        413 TTTAA
        196 TTTAA

                                                                             
        418 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                                      *                           *          
        483 GGGATATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTAT
         66 GGG-TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT

                   *                         *                               
        548 AATAATCTTATAAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGG
        130 AATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGG

                  
        613 GTTTAA
        195 GTTTAA

                                       *       *                             
        619 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAAGGAATATATATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
          1 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT

                     * *                                                 *   
        684 GGGGTATGTATTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTATAT
         66 -GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT

                  *           *                        *       *           **
        749 AATAATTCTATAAGAAAAATTATACAAATAC-CCGTCAGTGGATTTTAGCAAACTGCACGTG-TA
        130 AATAATCCTATAAGAAAATTTATAC-AATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGG

                   
        812 GG----A
        194 GGTTTAA

                    *           *                       *              
        815 -TTTAAGGATTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATAATAAATATTTAATTA
          1 GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA

        873 ATTATGAAAT


Statistics
Matches: 603,  Mismatches: 47, Indels: 17
        0.90            0.07        0.03

Matches are distributed among these distances:
 195   53  0.09
 196    1  0.00
 199   96  0.16
 200    5  0.01
 201  291  0.48
 202   97  0.16
 204   60  0.10

ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.18, T:0.34


Consensus pattern (200 bp):   
GTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTATGAAAT
GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
ATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGG
TTTAA

Found at i:1486 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 1461--1491  Score: 53
    Period size: 16  Copynumber: 1.9  Consensus size: 16

       1451 TTTACATATT

                            
       1461 ATAAAGATTTAGTAAA
          1 ATAAAGATTTAGTAAA

                 *         
       1477 ATAAATATTTAGTAA
          1 ATAAAGATTTAGTAA

       1492 TACTTTTCAA


Statistics
Matches: 14,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  16   14  1.00

ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.35


Consensus pattern (16 bp):   
ATAAAGATTTAGTAAA
Done.