Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009524.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09545, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6350
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Found at i:1896 original size:969 final size:948
Alignment explanation
Indices: 3--2021 Score: 2479
Period size: 969 Copynumber: 2.1 Consensus size: 948
1 TC
3 CACACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
1 CACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * *
67 CAGATACTCGTAAAAACAAATCATTTTATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
66 CAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
**
132 ATTTCAAGGAATCTTTGCATCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCTGGAACTTTAACCAA
131 ATTTCAAGGAATCTTTGCATCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACTTTAACCAA
* * *
197 ATATCGTAATGGTTAGTACATGATATCGGCTAAAAACTAACCCGAATTTTTTTTTCTCTTAATTT
196 ATATCGTAATCGTTAGTACACGATATCGGCTAAAAACTAACCCGAAATTTTTTTTCTC-TAATTT
* * * * * *
262 TTTGCTACAATACACAGAAAAATATGTAATTCAACACCAAAAATATTGATGTGCTTTACGCTTCA
260 TTTGCCACAAAACACAGAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAGATTGATGGGCTTTACGCTTCA
327 AATATCGTTTTTCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAAATGCTCG
325 AATA------TTCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAAATGCTCG
* * *
392 AAAAAACAAATCCTTATATCTAATATTGCTGAGATTTGCTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGA
384 AAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGCTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * * * *
457 ATCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAAATTGATTATGGGTTCGGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAA
449 ATCTTTGAGGCAAAAATCATGCAAAATTAATTAGGGGCTCGGGAACGCGTTTTTAG-AAAAAAAA
* * * * * *
522 AAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCTGAATTTTTTTTTCTTAATTTTTTTG
513 AAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAATTTTGTTTTCCTAAGTTTTTCG
** * * *
587 CCACAACACTCGAAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAATTGATTGATGAGCTTTTCTCTCTTAT
578 CCACAACACTCG-AAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACACTTAT
* * *
652 AATATCATTTTCCCATTTTTTTCTGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTGAGATGCTT
642 AATATCATTTTCCCATTTTTTTCTGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTT
* * * *
717 GAAAAAACTAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGCTTCGATGAATATAAATATTTAAAAG
707 GAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTAACATTTGCTTCGATGAATACAAATATTTAAAAG
* *
782 AGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGGGCTCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
772 AGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCGGGGGCTCAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
** **
847 CATGACGTACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCAAATTTTTTTTTCTCAATTTTTGCCACAATA
837 CATGAAATACACGATTTCGACTAAAAACTGACCCAAATAGTTTTTTCTCAATTTTTGCCACAATA
* *
912 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAAAGATTGACGG-CTTTT
902 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGAATTTT
*
958 CACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAATTCTAGTTAAATCGAAACAAGATT
1 CACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
*
1023 CAGATACTCAAAAAAAC-AA-CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
66 CAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
* * *
1086 ATTTGAA-GAAGTCTTTGCATCAAACATCATGCAAAATTGAGCC-GGGTTCCAGAACTTTAACCA
131 ATTTCAAGGAA-TCTTTGCATCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACTTTAACC-
* * *
1149 AACACCGTGAAAAAATACAACATGTACTAATATCGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC
194 AA-A---T------AT----C--G---T-A-ATCGTTAGTACACGATATCGGCTAAAAACTAACC
* *
1214 CGAAATTTTTTTTCTC-AATTTTTTGCCACAAAACTCAGAAAAGATATATAACTCAACACCAAAT
238 CGAAATTTTTTTTCTCTAATTTTTTGCCACAAAACACAGAAAA-ATATATAACTCAACACCAAAA
*
1278 AGATTGATGGGCTGTTCACGCTTCTAATA-TC-ATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
302 AGATTGATGGGCT-TT-ACGCTTCAAATATTCTATTTTTT-CTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* *
1341 AAACAAGATTGAGATGCTTGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGCTTCGAT
364 AAACAAGATTGAAATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGCTTCGAT
* * * *
1406 GAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTGAGGCGAAAATCATGCAAAATTAAGTT-GGGGCTCTGGA
429 GAATATAGATATTTCAAGGAATCTTTGAGGCAAAAATCATGCAAAATTAA-TTAGGGGCTCGGGA
* ** **
1470 ACGTGTTTTTAG-CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC-AAATT
493 ACGCGTTTTTAGAAAAAAAAAAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAATT
* *
1533 TTGTTTTCCTCAGTTTTTCGCCACAATACTCCG-AAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
558 TTGTTTTCCTAAGTTTTTCGCCACAACACT-CGAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
* * * * *
1596 GAA-AGGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTC-GAATTAATTTCTCATTAAAT
622 GAAGA-GCTTTTCACACTTATAATATCATTTTCCCATTTTTTTCTGAATGAATTTCTAATTAAAT
* * *
1658 CGAAACAAGATTCAAATGCTCT-TATAAACAAATCCTTATAAT-CAATGTGGCTAACATTTGGC-
686 CGAAACAAGATTCAAATGCT-TGAAAAAACAAATCCTTAT-ATCCAATATGGCTAACATTT-GCT
* ** * * * *
1720 TCGATTAATACAAATATTTTTAGGAGTCTTTGCGCCAGAAATCATGCTAAATTGAGCCGGGGGCT
748 TCGATGAATACAAATATTTAAAAGAGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG-CGGGGGCT
* **
1785 CCAGAACACG-TTTTTTA-CCAAAAATTGTGATGATTAATACACGATTTC-AGCTAAAAACTGAC
812 -CAGAA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAA---CCATGA--AATACACGATTTCGA-CTAAAAACTGAC
* *
1847 CCGAAA-AGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAATAATATATAATTCAACGCCGAA
869 CC-AAATAGTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
*
1911 AAGATTGATGGAATTTT
932 AAGATTGACGGAATTTT
** *
1928 CACACTT-TGAATATCG-TTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAGTTTCTAACTAAATCGAAACAAGA
1 CACACTTCT-AATATCGTTTTTCCATTTTTTT-CCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* *
1991 TTGAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATAT
64 TTCAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATAT
2022 GAGTTATATC
Statistics
Matches: 914, Mismatches: 100, Indels: 83
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
953 19 0.02
954 81 0.09
955 27 0.03
956 54 0.06
958 1 0.00
962 111 0.12
963 27 0.03
964 64 0.07
965 6 0.01
966 32 0.04
967 44 0.05
968 44 0.05
969 218 0.24
970 65 0.07
971 2 0.00
972 8 0.01
973 24 0.03
974 30 0.03
975 46 0.05
976 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (948 bp):
CACACTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
CAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGAT
ATTTCAAGGAATCTTTGCATCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACTTTAACCAA
ATATCGTAATCGTTAGTACACGATATCGGCTAAAAACTAACCCGAAATTTTTTTTCTCTAATTTT
TTGCCACAAAACACAGAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAGATTGATGGGCTTTACGCTTCAA
ATATTCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAAATGCTCGAAAAAAC
AAATCCTTATATCCAATATGGATGAGATTTGCTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAATCTTTG
AGGCAAAAATCATGCAAAATTAATTAGGGGCTCGGGAACGCGTTTTTAGAAAAAAAAAAGTGATG
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAATTTTGTTTTCCTAAGTTTTTCGCCACAACA
CTCGAAAAGAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACACTTATAATATCATT
TTCCCATTTTTTTCTGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTGAAAAAACA
AATCCTTATATCCAATATGGCTAACATTTGCTTCGATGAATACAAATATTTAAAAGAGTCTTTGA
GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCGGGGGCTCAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGAAATA
CACGATTTCGACTAAAAACTGACCCAAATAGTTTTTTCTCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAA
AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGAATTTT
Found at i:4066 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 3448--6159 Score: 4006
Period size: 332 Copynumber: 8.2 Consensus size: 333
3438 GTGTGCTGAT
* * * *
3448 ATCTTCTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGTAAAGAATTGAGGAGAAAAATC
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
** * * *
3513 TCTAGGCCATTTTTTGCAAAATTTTAATCGAAATCGTGTACGTTACCATCAC-GATTTTTTGCTA
66 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAG-TTTTTTGCTA
* * * * * *
3577 AAAACGTA-TTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTTCATGATTTTTGGTG-TCGA-GACCCCTTCAAA
129 AAAACG-AGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT--TGCACCACGACTCCTTGAAA
* * * * * * * *
3639 TATCTATTTTCATCTTACCAAATCTTAGT-CACATTGGATTAAAGGATACGTTTTTACGTGGATC
191 TTTCTATATTCATCTTACCAAATCTCA-TCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATC
* * * * ** **
3703 TTAAAATTATTTCGATTTAGTC-AGTAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACAATATTTTTAGC
255 TGAAAATTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTT-AAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGC
*
3767 -TTAAAAAGCCCTTCA
319 GTGAAAAA-CCCTTCA
*
3782 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTATTATGAGTATTGGGGCAAAGAA-TGAGGAAAAAAATT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
* * *
3846 TCCGAGTTC-TTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTTTTGCTAA
66 TCCG-GGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAA
*
3910 AAATGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTC
130 AAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTC
3975 TATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAA
195 TATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAA
* * * * *
4040 CTCGTTTCGATTTAATCGA-AAATTAATTTAGAAAAATAGAAAAAATGGTATTTGAAGCGTGAAA
260 ATTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAA
4104 AACCCTTCA
325 AACCCTTCA
* * *
4113 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGTGGAAAAAATTT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
* **
4178 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAATTCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAA
66 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
* * * * * *
4243 AACGAATTCCGGTGCACCAACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCATGACTCCTTGAAATTTCT
131 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
* *
4308 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAAGATACATTTTTACGAGAATCAGAAAA
196 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
* *
4373 TTGTTTCGATTTAATC-ATAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
261 TTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
4437 ACCCTTCA
326 ACCCTTCA
* * *
4445 ATCTTTCTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGATTTCAGGAAAAAAATT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
* *
4510 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATCGTG---T-A-CATCATAGTTTTTTGCTAAA
66 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
* * *
4570 AACGAGTTCCAGGGCCCCTACTCAGTTTTACATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
131 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
* *
4635 ATATTTATCTTACCAAATGTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
196 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
*
4700 TTGTTTCGATTTAATC-AGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
261 TTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTG-AAA
4764 AACCCTTCA
325 AACCCTTCA
* *
4773 ATCTTTTTTGTATTGAA-T-TATATTCCTTATGAGTATTGGGGCAAAGATTTGAGGAAAAAAATT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
*
4836 TCCGGGTCATTTGTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAA
66 TCCGGGTCATTT-TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAA
* * * *
4901 AACTCGA--TCTGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTTGCACCGA-GACTCCTTTAAAT
130 AA-ACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCACC-ACGACTCCTTGAAAT
* * * *
4963 TTCTATATTCATTTTACCAAATCTCATCCGCAATGGATTTAAGGATACATCTTTACGAGGATCTG
192 TTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTG
* * *
5028 AAAATTGTTTCGATTTAAT-TAGAAATTAATTTAGAAAAATAGGGAAAACGGTATTTGAAGCGTG
257 AAAATTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTG
5092 AAAAAACCCTTCA
322 -AAAAACCCTTCA
* *
5105 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
* * *
5170 TTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAA
66 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
5235 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
131 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
5300 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
196 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
* *
5365 TTGTTTCGATTTAATCGA-TAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
261 TTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
5429 ACCCTTCA
326 ACCCTTCA
* * *
5437 ATCTTTCTTGTATTG-ATATATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATT
1 ATCTTTTTTGTATTGAAT-TATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAAT
* *
5501 TTCCGAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATTACAGTTTTTTGCTAA
65 TTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAA
** * * * * *
5566 AAACTTGATCTGTGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTTAAATTTC
130 AAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTC
5631 TATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAA
195 TATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAA
* *
5696 ATTGTTTCGATTTAATCGA-TAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAA
260 ATTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTG-AA
5760 AAACCCTTCA
324 AAACCCTTCA
* * * *
5770 ATCTCTTTTGCATTGAATTATATATTCCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGG-AAAAATTT
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
* * * * *
5834 TCCAGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTTACTAAA
66 TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
*
5899 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
131 AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
5964 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
196 ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
6029 TTGTTTCGATTTAATC--GAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
261 TTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
6092 ACCCTTCA
326 ACCCTTCA
* * * *
6100 ATCTTTCTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTAATGTGGCAAAGATTTGAGGAAAA
1 ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAA
6160 CATCACGGTT
Statistics
Matches: 2169, Mismatches: 176, Indels: 69
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 55 0.03
327 221 0.10
328 29 0.01
329 1 0.00
330 64 0.03
331 154 0.07
332 1212 0.56
333 303 0.14
334 130 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
TTGTTTCGATTTAATCGAGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAA
ACCCTTCA
Found at i:5499 original size:665 final size:663
Alignment explanation
Indices: 3455--6159 Score: 4115
Period size: 665 Copynumber: 4.1 Consensus size: 663
3445 GATATCTTCT
* * * **
3455 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGTAAAGAATTGAGGAGAAAAA-TCTCTAGG
1 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGA-AAAAATTTTCCGGG
* * *
3519 CCATTTTTTGCAAAATTTTAATCGAAATCGTGTACGTTACCATCAC-GATTTTTTGCTAAAAACG
65 TCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAG-TTTTTTGCTAAAAACG
* ** * * *** * * * *
3583 TATTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTTCATGATTTTTGGTGTCGAGACCCCTTCAAATATCTATTT
128 -AATCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGAGACTCCTTTAAATTTCTATAT
* * * * * * * *
3648 TCATCTTACCAAATCTTAGT-CACATTGGATTAAAGGATACGTTTTTACGTGGATCTTAAAATTA
192 TCATCTTACCAAATCTCA-TCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTG
* * * ** ** * *
3712 TTTCGATTTAGTCAGTAATTAATTTGAAAAAAATAGGAAAAACAATATTTTTAGC-TTAAAAAGC
256 TTTCGATTTAATCAGAAATTAATTT-TAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAAC
*
3776 CCTTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTATTATGAGTATTGGGGCAAAGAA-TGAGGAAA
320 CCTTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAA
* * *
3840 AAAATTTCCGAGTTC-TTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAA-TCATCACAGTTTT
385 AAAATTTCCG-GGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACT-ATCACGGTTTT
*
3903 TTGCTAAAAATGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTG
448 TTGCTAAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTG
3968 AAATTTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAA
513 AAATTTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAA
* * * *
4033 TCTGAAACTCGTTTCGATTTAATCGAAAATTAA-TTTAGAAAAATAGAAAAAATGGTATTTGAAG
578 TCTGAAAATTGTTTCGATTTAATCG-AAATTAATTTTA-AAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAG
*
4097 CGTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
641 CGTGAAAAACCCTTCAATCTTTC
*
4120 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGTGGAAAAAATTTTCCGGGT
1 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCCGGGT
* **
4185 CATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAATTCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACGAAT
66 CATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGAA-
* * * * * *
4250 TCCGGTGCACCAACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCACC-ATGACTCCTTGAAATTTCTATATTC
130 TCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGA-GACTCCTTTAAATTTCTATATTC
* *
4314 ATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAAGATACATTTTTACGAGAATCAGAAAATTGTTT
194 ATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTGTTT
*
4379 CGATTTAATCATAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTG-AAAAACCCTT
259 CGATTTAATCAGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCCTT
* * *
4443 CAATCTTTCTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGATTTCAGGAAAAAAA
324 CAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAA
* *
4508 TTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTAC-ATC-AT-A--GTTTTTTGCTA
389 TTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTA
* * *
4568 AAAACGAGTTCCAGGGCCCCTACTCAGTTTTACATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTT
454 AAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTT
* *
4633 CTATATTTATCTTACCAAATGTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAA
519 CTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAA
4698 AATTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAA
584 AATTGTTTCGATTTAATC-GAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTG-AA
*
4763 AAACCCTTCAATCTTTT
647 AAACCCTTCAATCTTTC
* * * *
4780 TTGTATTGAA-T-TATATTCCTTATGAGTATTGGGGCAAAGATTTGAGGAAAAAAATTTCCGGGT
1 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCCGGGT
* *
4843 CATTTGTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAACTCG-
66 CATTT-TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAA-ACGA
*
4907 ATCTGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTTGCACCGAGACTCCTTTAAATTTCTATATT
129 ATCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCACCGAGACTCCTTTAAATTTCTATATT
* * * *
4972 CATTTTACCAAATCTCATCCGCAATGGATTTAAGGATACATCTTTACGAGGATCTGAAAATTGTT
193 CATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTGTT
* *
5037 TCGATTTAATTAGAAATTAA-TTTAGAAAAATAGGGAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCC
258 TCGATTTAATCAGAAATTAATTTTA-AAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCC
*
5101 TTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
322 TTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAA
* *
5166 ATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGC
387 AATTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGC
5231 TAAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAAT
452 TAAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAAT
5296 TTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTG
517 TTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTG
5361 AAAATTGTTTCGATTTAATCGATAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGA
582 AAAATTGTTTCGATTTAATCGA-AATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGA
5426 AAAACCCTTCAATCTTTC
646 AAAACCCTTCAATCTTTC
*
5444 TTGTATTG-ATATATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCCGAG
1 TTGTATTGAAT-TATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCCGGG
*
5508 TCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATTACAGTTTTTTGCTAAAAACTTG
65 TCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAAC--G
* *
5573 -ATCTGTGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTTAAATTTCTATATT
128 AATCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGAGACTCCTTTAAATTTCTATATT
5637 CATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTGTT
193 CATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTGTT
5702 TCGATTTAATC-GATAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCC
258 TCGATTTAATCAGA-AATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCC
* * *
5766 TTCAATCTCTTTTGCATTGAATTATATATTCCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGG-AAAA
322 TTCAATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAA
* * * * *
5830 ATTTTCCAGGTCATTTTTTGCTAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTTAC
387 AATTTCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGC
*
5895 TAAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAAT
452 TAAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAAT
5960 TTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTG
517 TTCTATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTG
*
6025 AAAATTGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTTAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAA
582 AAAATTGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAA
6090 AAACCCTTCAATCTTTC
647 AAACCCTTCAATCTTTC
* *
6107 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTAATGTGGCAAAGATTTGAGGAAAA
1 TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAA
6160 CATCACGGTT
Statistics
Matches: 1876, Mismatches: 132, Indels: 66
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
658 78 0.04
659 376 0.20
660 148 0.08
661 3 0.00
662 4 0.00
663 198 0.11
664 447 0.24
665 538 0.29
666 84 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (663 bp):
TTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCCGGGT
CATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGAAT
CTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCGAGACTCCTTTAAATTTCTATATTCAT
CTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAATTGTTTCG
ATTTAATCAGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAACCCTTCA
ATCTTTTTTGTATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTGGGGCAAAGAATTGAGGAAAAAAATT
TCCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAA
AACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCACGACTCCTTGAAATTTCT
ATATTCATCTTACCAAATCTCATCCACAATGGATTTAAGGATACATTTTTACGAGAATCTGAAAA
TTGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTTTAAAAAATAGGAAAAACGGTATTTGAAGCGTGAAAAAC
CCTTCAATCTTTC
Done.