Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009531.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09552, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4377
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Found at i:1062 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--3399 Score: 4390
Period size: 334 Copynumber: 10.3 Consensus size: 333
* * * * * * *
1 CGAGTATCTTAATCATGTTTCGATTTAATTAGATACTAATTTGG-AAAAAATAGGAAAAACAATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* *
65 TTAGAGGCGTGAAAAGCTC-TCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
* ** * * *
129 CCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTATTTGCAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACGT
131 CCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--
* *
194 TAA--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGACTCAGTTTTGAATGATTTTTG
194 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTG
*
257 GCGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTATAGCCACCTTGGATTTAAGTA
259 GCGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTA
322 TTTGATTTTA
324 TTTGATTTTA
* *
332 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAA-TTCGTAAAAAATAGGAAAAACGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * *
396 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGACGTTAAATTATATATTTCTACGAGTGTTTTGG
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
* * *
461 CCAAAAATTGAGCAAAATTTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACGA
131 CCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * *
526 ACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGA-CCCGGCTCAAATTTGAATGATTTTTGGC
196 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGGC
*
590 GCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTATGTATT
261 GCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTATT
655 TGATTTTA
326 TGATTTTA
* *
663 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAAGTATATATTAATTTGGAAACAAAATAGGAAAAGCGAT
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAA-AAAATAGGAAAAACGAT
* **
728 ATTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTGGACGTTAAATTATATATTTGTGCGAGTGTTTTG
65 ATTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTG
* * *
793 GCCAAAAATTGAGCAAAACTTTTTTCGGGTCAATTTTTGCAGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
130 GCCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* *
858 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGACTCAGTTTTGAATGATTTTTGG
195 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
* *
923 CGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACTAAATTAGAGCCACCTTGGATTTATGTAT
260 CGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTAT
988 TTGATTTTA
325 TTGATTTTA
*
997 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAAATAGGAAAAGCGAT
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGG-AAAAAAATAGGAAAAACGAT
*
1062 ATTAGAGACGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTG
65 ATTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTG
* *
1127 GCCAAAAATTGAGCAAAATTTTTTTCGGGTCAGTGTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
130 GCCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * *
1192 AACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTTAATTTTAAATGATTTTTGG
195 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
* *
1257 CGCCAAGACT-CTTTATAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTATGTA
260 CGCCAAGACTCCTTGA-AATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTA
1321 TTTGATTTTA
324 TTTGATTTTA
* * *
1331 CGAGGATCTTGATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAAATAGGAAAAGCGAT
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGG-AAAAAAATAGGAAAAACGAT
* * * * *
1396 ATTAGAGGCGTGAAAAACTATTTAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTAGAAAGAGTGTTTTG
65 ATTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTG
*** *
1461 GCC-AAAATTGAGCAAAAAAAAATTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
130 GCCAAAAATTGAGC-AAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * **
1525 TAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACACCGATTCAATTTTGAATGATTTTTG
194 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTG
*
1590 GCGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTATGTA
259 GCGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTA
1655 TTTGATTTTA
324 TTTGATTTTA
* * * * * * *
1665 AGAGCATCTTAATTGTGTTTTGAATTAATTATATATTAGTTCAGAAAAAAAAAGAGGAAAAGCGA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATT-TG-GAAAAAAATAGGAAAAACGA
* *
1730 TATTAGACGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGATGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTT
64 TATTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTT
* * *
1795 GGCCAAAAATTGAGCAAAATTTTTTTCGGGTCAGTGTTTGCAAAATTTTAGCC-AAGTCGTGTAC
129 GGCCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* ** * *
1859 TAACCATCACAGTTTTTTTTTCTAAAAACGCGTTCCGGGACCTCGGCTCAATTTTGAATGGTTTT
194 TAACCATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTT
* *
1924 TGGCGCCAAGA-TGCCTTGGAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAT
257 TGGCGCCAAGACT-CCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAA
1988 GTATTTGATTTTA
321 GTATTTGATTTTA
* * * *
2001 TGAGCATCTAAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTTATTTGGAAAAAAATAGGAAAAGCGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * *
2066 TTAGATGCGTGAAAAACTCTTCAATGTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTGTGAGTGTTTTGG
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
2131 CCAAAAATTGAGC-AAAATATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T
131 CCAAAAATTGAGCAAAAAT-TTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * *
2192 ----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCACTGCTCAATTTTGAATGATTTTTGT
195 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
* * * * * *
2253 CGCCAAGACTCGTTGAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCATAGCCACATTGGATTTAAGTAT
260 CGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTAT
*
2318 TTAATTTTA
325 TTGATTTTA
* * * * * *
2327 CGAGTATGTTAATCGTGTTTCGATTTAATTATATATCAATTCGG--AAAAATAGGAAAAACGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * * *
2390 TTAGAGGCATGAAAAAACTCTCCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTTTGAGTGTTCTG
66 TTAGAGGCGTG-AAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTG
* * * * **
2455 GCCAAAAATCGAGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTGTTTG-AAAATTTTAGCCGAAAAAGTGTACT
130 GCCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * *
2519 AACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTCCGAGACCCCAGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
195 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
* * * * * * * * *
2584 TGCCAAGACTCATTGAAATGTTTATATTAATCCAACCAAATCACAACCACCTTTGGATTTAAGAA
260 CGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACC-TTGGATTTAAGTA
*
2649 TTTGTTTTTA
324 TTTGATTTTA
* * * *
2659 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGATTTAATTATATATTTA-TTCGAAAAAATTAGGAAAAACGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * * * *
2723 TTAGAGGTGTTAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTCGA
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
* * * *
2788 CCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTTCGGATCAGCTTTTGCAAAAATTTTAGCCGAAAT--TGT-G
131 CCAAAAATTGAGCAAAA-ATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * *
2850 T--GC--CAC-------GGCTACAAACGCATTCCGGGACCACGGCTCAATTTTAAATGATTTTTG
194 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTG
* * * ** *
2904 GCGCCAAGACTCGTTGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCACTGCCACCTTGGATTCAAGTA
259 GCGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTA
*
2969 TTTGTTTTTA
324 TTTGATTTTA
* * * *
2979 CGAGCATTTTAATCGTGTTTCGATTTAATTATATATTAA--T---------TCGGAAAAACGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * * * * * *
3033 TTAGAGGCGTGAAAAGCTCTTCAATCTTTTTGATGTTAAATCAAATATTTGTTTGAGTGTTCTAG
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
* * * * * *
3098 CCAATAATTGAGGAAAAAATGTTTCGGGTC-GTTGTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---T
131 CCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTT-TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
** * * *
3159 -ACCATCACGGTTTTTGATTAAAAACGCGTTCCGGG-CCCCGGTTCAATTTCGAATGATTTTTTG
195 AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGG
** * * * * * * *
3222 CAACAAGACTCATTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCACAGGCACATTGGATTTAAAG-A
260 CGCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTT-AAGTA
3286 TTTG-TCTTTA
324 TTTGAT-TTTA
* * * * *
3296 CGAGCATCTTAATAGTGTTTTGATTTCATTAGATATTAATTAGG-AAAAAATAGGAAAAACGATA
1 CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
* * * * * * *
3360 TTTGATGCGAGAAAAGCTATTCAATCCTTTTGACATTAAA
66 TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAA
3400 CGATATTATC
Statistics
Matches: 2719, Mismatches: 289, Indels: 124
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
308 19 0.01
309 15 0.01
310 85 0.03
311 3 0.00
316 1 0.00
317 116 0.04
318 19 0.01
319 1 0.00
320 57 0.02
321 86 0.03
324 46 0.02
325 79 0.03
326 148 0.05
327 49 0.02
328 8 0.00
330 6 0.00
331 302 0.11
332 253 0.09
333 236 0.09
334 880 0.32
335 146 0.05
336 164 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
CGAGCATCTTAATCGTGTTTTGAATTAATTATATATTAATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA
TTAGAGGCGTGAAAAACTCTTCAATCTTTTTGACGTTAAATTATATATTTGTATGAGTGTTTTGG
CCAAAAATTGAGCAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGGC
GCCAAGACTCCTTGAAATGTCTATATTCATCTAACCAAATTAGAGCCACCTTGGATTTAAGTATT
TGATTTTA
Found at i:3781 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 3408--3997 Score: 695
Period size: 90 Copynumber: 6.8 Consensus size: 85
3398 AACGATATTA
*
3408 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCAACTGCGAGGCTCGTGACAAGACACGACACACAC
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTC--G-C--GACACGACACACAC
* * *
3473 GAAGGTACATGAGAAGGACAGCAGT
61 GAAGGTACACGAGAAGGACAGCGGC
* *
3498 TCTCAGCAAG-GAGGCTCTCAAAACGGTCGCCGACTACGAGGCTCGCGACACGACACTACACACA
1 TCTCAGC-AGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACACG-----ACACACA
*
3562 CGAAGGTACACGAGAAGCACAGCGGC
60 CGAAGGTACACGAGAAGGACAGCGGC
** *** *
3588 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGATCGCCGACCATGAGGCTAACGACGCAACACGACAGACAC
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCT--CG-CG--ACACGACACACAC
3653 GAAGGTACAC-ACGAAGGACAGCGGC
61 GAAGGTACACGA-GAAGGACAGCGGC
* *
3678 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACATGACGCACACGAAGG
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACACGACACACACGAAGG
3743 TACACGAGAAGGACAGCGGC
66 TACACGAGAAGGACAGCGGC
* * *
3763 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCAACTGCGAGACTCACGACACGACACACACGAAGG
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACACGACACACACGAAGG
* * *
3828 TACATGAGAAGAACAACGGC
66 TACACGAGAAGGACAGCGGC
* * * * *
3848 TCTCAGCAGTAAGGCTCTCAAGATGGCCGCC-A-TGCGAGGCACGCAACACGACACACACGAAGG
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACACGACACACACGAAGG
* *
3911 TACACGAAAAGGACAGCGAC
66 TACACGAGAAGGACAGCGGC
*
3931 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACAGCCGCCGCCGACTACGA-GCTCGCGAACACGACACACACG
1 TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAAC-G--GCCGCCGACTGCGAGGCTCGCG-ACACGACACACACG
3995 AAG
62 AAG
3998 ACACAGGTAC
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 46, Indels: 42
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
83 63 0.15
84 2 0.00
85 144 0.33
86 7 0.02
87 9 0.02
88 24 0.06
89 3 0.01
90 171 0.39
91 2 0.00
92 2 0.00
93 2 0.00
95 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.31, G:0.27, T:0.11
Consensus pattern (85 bp):
TCTCAGCAGTGAGGCTCTCAAAACGGCCGCCGACTGCGAGGCTCGCGACACGACACACACGAAGG
TACACGAGAAGGACAGCGGC
Found at i:4290 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 4283--4377 Score: 190
Period size: 2 Copynumber: 47.5 Consensus size: 2
4273 CAGAAACAGG
4283 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
4325 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
4367 GA GA GA GA GA G
1 GA GA GA GA GA G
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 93 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.51, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
GA
Done.