Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009548.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09569, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 CTGTTA
* * * *
7 ATGGTTAGTACACGGTTTCAGCTAAAAGTTT-GCAAAAATTGACCTG-AAGGATTTTTCCTCAAT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGG-TTTTTCCTCAAT
* * * * * * *
70 TTTGTG--CAAAATACTGGTAAAAAATATATAATTAAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC
64 TTT-TGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* *
133 GCTTCTAATA-ACGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTGTAATTAAA-AGAACCGATTTCTG
128 GCTTCTAATATA-GATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTG
* * * * * *
196 ATGCTCGTAAAAACAAA-CTCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTAAATAAAATATGCATA
192 AAGCTCGT-AAAACAAATC-CTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATA
* * *
260 AATCAACG-TGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTT
254 ATTCAAGGAT-TCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGCTCCGGAACGCGTTTTTT
324 GCTAAAAACTGTG
317 GCTAAAAACTGTG
* * ** *
337 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAAATGACTTGAAAGGTTTTTCCACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
** * *
402 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
*
467 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGACGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * * * * *
532 TTGTAAAACCAAATCCTTCAATCGAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGAT-TTTCTG
196 TCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTC-A
* * * * * * *
596 AGGATTCTTGACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCCGCCACCCGGAATGCG-TTTTTGCTAAA
259 AGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-TCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAA
660 AACTGTG
323 AACTGTG
* *
667 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGG-AAAAATATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAA-ATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATT
*
731 TTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGC
65 TTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC
* * * ** *
796 TTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTTTGAAG
130 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAG
* * * * * * *
861 CTCGTAAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCA
195 CTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATAATTCA
* * ** * * *
926 ATGAGTCTAGGCGTAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTG
259 AGGATTCTAGGCG-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCT-CCGGAACGCG-TTTTTTGCTA
991 AAAACTGTG
321 AAAACTGTG
* **
1000 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCAACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* *
1065 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATAT-ACTCAACT-TAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGCT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * * * ** *
1128 TCTAATATCGATTTTTCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTTTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
** * * *
1193 TCGTAAAA-AAATATTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAT-AATATACATAATTCA
196 TCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTT--ATATGAATATACATAATTCA
* * ** * *
1256 ATGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGCTTCCCGAAACACGTTTTTTTGCTA
259 AGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-T-CCGGAACGCG-TTTTTTGCTA
* *
1320 GAAACTATG
321 AAAACTGTG
* * * *
1329 ATGGTTAGTATACGATTTCGGTTAAAATTAGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
** * *
1394 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* *
1459 TCTAATATAGATTTACCTAATTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * * *
1524 TCGTAAAACCAAACCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGAT-TTTCTG
196 TCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTC-A
*
1588 AGGATTCTTA-ACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGCGTCCCGGAACGCGTTTTTTGCTA
259 AGGATTC-TAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-T-CCGGAACGCGTTTTTTGCTA
1651 AAAACTGTG
321 AAAACTGTG
* * *
1660 A---TAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* **
1722 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAATGCTTTTCACGCT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * * ** *
1787 TCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTTTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * *
1852 ACGTAAAA-AAATCTTTAAATCCAGTACGATTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCAA
196 TCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATAATTCAA
* * ** * * *
1916 CGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAATCTGAGTCGGTG-TCCCGAAACACGTTTTTTTGCTAA
260 GGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GCT-CCGGAACGCG-TTTTTTGCTAA
1980 AAACTGTG
322 AAACTGTG
* * *
1988 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* ** * *
2053 CTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATAGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* *
2118 TGTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGACGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * * * *
2183 TCGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAAATGACTGAGATTTCGTTATATGATTATAGAT-TTTCTG
196 TCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTC-A
* * * * * * * *
2247 AGGATTCTTGACAG-CAAAAATCATGTC-ACACTGAGTCCGCCACCCGGAACTCGTTTTTTGATA
259 AGGATTCTAGGC-GCCAAAAATCATG-CAAAACTGAGTCGGGC-TCCGGAACGCGTTTTTTGCTA
2310 AAAACTGTG
321 AAAACTGTG
* *
2319 ATGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAAT
1 ATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC-AAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAAT
*
2384 TTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACG
64 TTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG
* * * *
2449 CTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACTGATTTTTGAA
129 CTTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAA
* * * * * *
2514 GCTCGTAAAA-AAATCTTTAAATTCAGTATGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTC
194 GCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATAATTC
* * * * * * * *
2578 AACGAGTCTAGGCG-TAAAAATCAGGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAAACGCATTATTTTGCT
258 AAGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GCTCCG-GAACGCGTT-TTTTGCT
2642 AAAAACTGTG
320 AAAAACTGTG
*
2652 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* ** * * *
2717 TTGACCACAACACTCGTAAAAAATATATAGTTTAACT-CAGAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACAC
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCA-AAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC
*
2781 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGACG
130 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAG
* * * * * *
2846 CTCGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAAAT-TTTCT
195 CTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTC-
* * * * * * * * *
2910 GAGGATTCTTGACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCCGCCACCCGGAAAGCGGTTTTTGCTAA
258 AAGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-TCCGGAACGCGTTTTTTGCTAA
2975 AAACTGTG
322 AAACTGTG
*** **
2983 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGGTTCGAAATATTTTTCCTCAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
*
3048 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGCT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * * ** *
3113 TCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTTTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * * * * *
3178 TGGTAAAAAAAATCTTTAAATCCAGTA-CAGTTGAGATTTGG-TACAATTAAT-TTCTAATTAAA
196 TCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGA-TTGAGATTTGGTTA-TATGAATATAC--A-TAAT
* * * ** * * * **** ** * *
3240 TCGAACCGGTTTCTGAAGCTCGTAAAA-C---CAAATCCTTAAATC---CAAAATGATTGAG-AT
256 TC-AA--GGATTCT-AGGCGCCAAAAATCATGCAAA-AC-TGAGTCGGGC-TCCGGAACGCGTTT
* * ** *
3297 TTGGTTATATGACTAT-
314 TTTGCTA-AAAACTGTG
** ** * * * * * * * *
3313 ATATTTTCTA-AGGATTCTTGACGCCAAAAATCAT-GTAAAACTGAGTCGGCCACTCAGAACGCG
1 ATGGTTAGTACACGA-T-TT--CGGCTAAAAT-TTGGCAAAA---AAT--G--AC-CCGAAAG-G
* * * ** *** * * * *
3376 TTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTA-CACGA-TTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAT-GA-T
52 -TTTTTCCT--CAA-T-T--T--TT-G-ACCACAACACTCGTAGAAAATAT---ATAACTCAACT
* ****** * * * * ** **
3437 CC-GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATACTCAACTCCA-AA
103 CCAAAAAGATTGAAGGGC---TTTT---CAC-GC-TTC-T--AATATAGATTTTC--CT--ATTT
** * * * * *
3500 AAGACTGAAGGGTT--TTTCACATATCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCTGAA--T--TAATT
153 TTG-CCGAA---TTAATTTC-TA-AT-TAA-ATCGA---ACCGA--TTT-CTGAAGCTCGTAA-A
* * * * ** * ** * * *
3559 TCTAA---TTAAATCGAACCGATTTTTGA-AGCTT-G-TA-AAAAAAATCCTTAAATTCAATGCG
203 ACAAATCCTTAAATCCAA--TATGATTGAGA-TTTGGTTATATGAATATACAT-AATTCAA-G-G
* * * * ** *
3617 GTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACAT--AATTCAAC-GAGTCTAGGCGCAAAAAATCATGCA
262 ATT----CTAGG--CGCCAAAA-AT-CATGCAA---AACTGAGTC--GG-GC------TC---CG
* * **** **
3679 AAACTGAG-TCAGGGCCT-GGAAC-GTG
304 GAAC-GCGTTTTTTG-CTAAAAACTGTG
** * * * *
3704 -TTTTTAGCCAAAAATCATGATGGTT--GTTAATACACTATT-TCAGCAAAAATGGACCCGAAAG
1 ATGGTTAG-----TA-CACGAT--TTCGGCTAA-A-A-T-TTGGCA--AAAAAT-GACCCGAAAG
* * * * * * * * * *
3765 ATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACT--TATTAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTT
51 GTTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTA-GAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTG
* * *
3828 ATA-GGCTTTTCACGCTCCTAATATTA-ATTTTCTTATTTTATTCCGAATTAACTTT-TAATTAA
115 A-AGGGCTTTTCACGCTTCTAATA-TAGATTTTCCTATTTT-TGCCGAATTAA-TTTCTAATTAA
** * *
3890 ATCGAAATATGATTTAC--ATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAATTCCAATATGAATT-AGATTTG
176 ATCG-AA-CCGATTT-CTGAAGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATG-ATTGAGATTTG
* * * * * * *
3952 GTTATATGAGTATAGAT-ATTCTAAGGATTCTTGACGCAAAAAAACATGCAAAACTGATTCGGGG
236 GTTATATGAATATACATAATTC-AAGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGG
*
4016 CCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAA---T-
299 CTCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTG
* * *
4043 -T-G-T-G-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCG-AAGGATTTTTCCTCAATT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGG-TTTTTCCTCAATT
* * ** * * * * *
4102 TTT-AGGCAAAATTCTGGTAAAAAATTTATAATTTAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG
65 TTTGA-CCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACG
* * * * * * *
4166 CTTCCAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGACTTAATTTCTATTTACATCGAACTGATTTTTGAA
129 CTTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAA
* * * * * * *
4231 GCTCGTAAAAAAAAGTCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATT
194 GCTCGTAAAACAAA-TCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATAATT
* * ** *
4296 CAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGC
257 CAAGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-T-CCGGAACGCG-TTTTTTGC
4360 TAAAAACTGTG
319 TAAAAACTGTG
* * * *
4371 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAATGGTTTTTCCACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* ** * *
4436 TTGACCACAACACTCATAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
*
4501 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCCGACA-
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGA-AG
* * * * * * *
4565 CTTGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAAAT-TTTCA
195 CTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTCA
* * * * * * * * *
4629 GAGGTTTCTTGACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCCGCCACCCGGAATGCGGTTTTTGCTAA
259 -AGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-TCCGGAACGCGTTTTTTGCTAA
4694 AAACTGTG
322 AAACTGTG
* ** *
4702 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAACAATGATTCGAAAGATTTTTCCTCAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
*
4767 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGCT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * * *
4832 TCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACTGATTTTTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* * * * * * *
4897 TCGTAAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCAA
196 TCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACATAATTCAA
* * * *
4962 CGAGTCTAGGCG-TAAAGAATCATGCAAAACTGAGTC-GGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTA
260 GGATTCTAGGCGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGTCGGGC-T-CCGGAACGCG-TTTTTTGCTA
*
5025 AAAATTGTG
321 AAAACTGTG
* **
5034 ATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCAACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* * * *
5099 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATCGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * *
5164 TATAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAAC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
** * * * * *
5229 TCGTAAAACCAAATCCTTAAATCTGATATGACTGAGATTTGGTTATATGAGTATAGAT-TTTCCG
196 TCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATT-CA
* * * * *
5293 AGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCTAAA
259 AGGATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GCTCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAA
5358 TAATTCTACT
Statistics
Matches: 3993, Mismatches: 768, Indels: 519
0.76 0.15 0.10
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321 14 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
TCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATAATTCAAG
GATTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAAC
TGTG
Found at i:2675 original size:664 final size:662
Alignment explanation
Indices: 7--3219 Score: 4355
Period size: 664 Copynumber: 4.9 Consensus size: 662
1 CTGTTA
* * * * *
7 ATGGTTAGTACACGGTTTCAGCTAAAAGTTT-GCAAAAATTGACCTG-AAGGATTTTTCCTCAAT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAA-TTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGG-TTTTTCCTCAAT
* * * * * * * *
70 TTTGTG--CAAAATACTGGTAAAAAATATATAATTAAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC
64 TTT-TGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCAC
* * *
133 GCTTCTAATA-ACGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTGTAATTAAA-AGAACCGATTTCTG
128 ACTTCTAATATA-GATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTG
* * ** ** * **
196 ATGCTCGTAAAAACAAA-CTCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTAAAT-AAAATATGCAT
192 AAGCTCGTAAAACCAAATC-CTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATA-G-AT
** * * * * * * *
259 AAATC-AACG-TGTCTAGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGC-TCCGGAACGCGTTT
254 -TTTCTGAGGAT-TCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGCCACCCGGAACGCGTTT
* * *
321 TTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAAATGA-CTTGAA
316 TTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATC-CGAA
* * ** * *
385 AGGTTTTTCCACAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATC
380 AGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTT
* * * *
450 GAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
445 GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATC
** * * * * * * ** * ** *
515 GAACCGATTTCTGACGCTTGTAAAACCAAATCCTTCAATCGAAAATGACTGAGATTTGGTTATAT
510 GAACTAATTTTTGAAGCTCGTAAAA--AAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * * * * * ** *
580 -GATTATAGAT-TTTCTGAGGATTCTTGACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCC-GC-CACCC
573 AAAATATACATAATTC-AACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGGCGC-CCC
* **
641 GGAATGCG--TTTTTGCTAAAAACTGTG
635 GAAACACGTTTTTTTGCTAAAAACTGTG
* * *
667 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGG-AAAAATATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAA-ATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATT
** * * *
731 TTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGC
65 TTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACAC
* * * ** *
796 TTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTTTGAAG
130 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAG
* * ** * ** * * * * *
861 CTCGTAAAA-AAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTC
195 CTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATAT-GATTATAGAT-TTTC
* * * * * ** * *
925 -AATGAGTCTAGGCGTAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCTCCCGAAACGCGTTTTTTTGC
258 TGAGGATTCTTGACG-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCACCCGGAACGCG-TTTTTTGC
* * * *
989 TGAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTT
321 TAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTT
** *
1054 TTCAACAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATAT-ACTCAACT-TAAAAAGTTTGAAGGG
386 TTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGG
*
1117 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTTCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTA
451 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTA
* *
1182 ATTTTTGAAGCTCGTAAAAAAATATTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATATAATATA
516 ATTTTTGAAGCTCGTAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATA
* * **
1247 CATAATTCAATGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCTTCCCGAAACACGTTT
581 CATAATTCAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAACACGTTT
* *
1312 TTTTGCTAGAAACTATG
646 TTTTGCTAAAAACTGTG
* * *
1329 ATGGTTAGTATACGATTTCGGTTAAAATTAGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
1394 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
* *
1459 TCTAATATAGATTTACCTAATTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
*
1524 TCGTAAAACCAAACCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGATTTTCTGA
196 TCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGATTTTCTGA
* **
1589 GGATTCTTAACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCGTCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAA
261 GGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAA
*
1654 ACTGTGA---TAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCT
326 ACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCT
**
1716 CAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAATGCTTTT
391 CAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTT
1781 CACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTT
456 CACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTT
* *
1846 TGAAGCACGTAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGATTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAA
521 TGAAGCTCGTAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAA
* * * *
1911 TTCAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAATCTGAGTCGGTGTCCCGAAACACGTTTTTTTG
586 TTCAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAACACGTTTTTTTG
1976 CTAAAAACTGTG
651 CTAAAAACTGTG
* *
1988 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTA
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* *
2053 CTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATAGAAGGGCTTTTCACACT
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
* *
2118 TGTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGACGC
131 TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
* *
2183 TCGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAAATGACTGAGATTTCGTTATATGATTATAGATTTTCTGA
196 TCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGATTTTCTGA
* * * *
2248 GGATTCTTGACAG-CAAAAATCATGTC-ACACTGAGTCCGCCACCCGGAACTCGTTTTTTGATAA
261 GGATTCTTGAC-GCCAAAAATCATG-CAAAACTGAGTCGGCCACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAA
2311 AAACTGTGATGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAAATGATCCGAAAGATTTT
324 AAACTGTGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGC-AAAAAATGATCCGAAAGATTTT
2376 TCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGC
387 TCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGC
* *
2441 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACTGA
452 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAA
* *
2506 TTTTTGAAGCTCGTAAAAAAATCTTTAAATTCAGTATGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATAC
517 TTTTTGAAGCTCGTAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATAC
*
2571 ATAATTCAACGAGTCTAGGCGT-AAAAATCAGGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAA-ACGCATT
582 ATAATTCAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAACACG--TT
*
2634 ATTTTGCTAAAAACTGTG
645 TTTTTGCTAAAAACTGTG
2652 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
1 ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
* *
2717 TTGACCACAACACTCGTAAAAAATATATAGTTTAACT-CAGAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACAC
66 TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCA-AAAAGATCGAAGGGCTTTTCACAC
*
2781 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGACG
130 TTCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAG
* *
2846 CTCGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAAATTTTCTG
195 CTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGATTTTCTG
* * * *
2911 AGGATTCTTGACGCCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCCGCCACCCGGAAAGCGGTTTTTGCTAAA
260 AGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAA
* * *
2976 AACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGGTTCGAAATATTTTTCC
325 AACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCC
3041 TCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTT
390 TCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTT
3106 TCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTT
455 TCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTT
* *
3171 TTGAAGCTGGTAAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACAGTTGAGATTTGGT
520 TTGAAGCTCGT-AAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGT
3220 ACAATTAATT
Statistics
Matches: 2303, Mismatches: 211, Indels: 75
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
657 83 0.04
658 8 0.00
659 562 0.24
660 112 0.05
661 276 0.12
662 430 0.19
663 268 0.12
664 564 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (662 bp):
ATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTT
TTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACT
TCTAATATAGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGC
TCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAGATTTTCTGA
GGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCCACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAA
ACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCT
CAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTT
CACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTTGCCGAATTAATTTCAAATTACATCGAACTAATTTT
TGAAGCTCGTAAAAAAATCTTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAA
TTCAACGAGTCTAGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGCGCCCCGAAACACGTTTTTTTG
CTAAAAACTGTG
Found at i:5047 original size:663 final size:660
Alignment explanation
Indices: 3222--5357 Score: 2554
Period size: 663 Copynumber: 3.2 Consensus size: 660
3212 GATTTGGTAC
*** *
3222 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGGTTTCTGA-AGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACTAATTTCTGACAGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
3286 ATGATTGAGATTTGGTTATATGACTATATATTTTCTAAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGTAA
65 ATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTC-AAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAA
* *
3351 AACTGAGTCGGCCACTCAGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
129 AACTGAGTCGGCC-CCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
*
3416 CTAAAATTTGGC-AAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAA
193 CTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAA
* * * *
3480 AATATAT-ACTCAACTCCAAAAAGACTGAAGGGTTTTTCAC-ATATCTAATATCGATTTTCCTAT
258 AATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT-TCTAATATCGATTTTCCTAT
* * * * *
3543 TTTTGCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTTTGAAGCTTGTAAAAAAAATCCTTAAA
322 TTTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAAAAAATCTTTAAA
* *
3608 TTCAATGCGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTC-AACGAGTCTAGGCGCAAAAAA
387 TCCAATACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCTAACGAGTCTAGGCGC-AAAAA
* * * * * * *
3672 TCATGCAAAACTGAGTCAGG-G-CCTGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAA-TCATGATGGTT-GT-T
451 TCATGCAAAACTGAGTC-GGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTGCTAAAAACT-GTGATGGTTAGTAC
* * * * * * *
3732 A--A-TAC-ACT---ATTTCAGC-AAAAATGGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAA
514 ACGATTTCGGCTAAAATTT-GGCAAAAAAT-GACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTTTTGACCACA
* * * * * * * * *
3789 ATACT--TATTAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTTATA-GGCTTTTCACGCTCCTAATA
577 ACACTCGTA-GAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGA-AGGGCTTTTCACACTTCTAATA
* *
3851 TTA-ATTTTCTTATTTTATTCCG
640 -TAGATTTTCCTATTTT-TGCCG
* *
3873 AATTAACTTT-TAATTAAATCGAAAT-ATGATT-T-ACATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAATTC
1 AATTAA-TTTCTAATTAAATCGAACTAAT--TTCTGACA-GCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATC
* * * *
3934 CAATATGAATT-AGATTTGGTTATATGAGTATAGATATTCTAAGGATTCTTGACGCAAAAAAACA
61 CAATATG-ATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTC-AAGGATTCTTGACGCCAAAAATCA
* *
3998 TGCAAAACTGATTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAA---T--T-G-T-G-ACACGAT
124 TGCAAAACTGAGTC-GGCCCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGAT
* * * * * * ** *
4054 TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAGGATTTTTCCTCAATTTTT-AGGCAAAATTCTG
188 TTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGA-CCACAACACTC
* * * *
4118 GTAAAAAATTTATAATTTAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCCAATATCGATTTT
252 GTAGAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTT
* * * *
4183 CCTATTTTTGCCGACTTAATTTCTATTTACATCGAACTGATTTTTGAAGCTCGTAAAAAAAAGTC
317 CCTATTTTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAAAAAA-TC
*
4248 TTTAAATCCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTC-AACGAGTCTAGGCGT
381 TTTAAATCCAATACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCTAACGAGTCTAGGCG-
*
4312 AAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTT
445 CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCG-TTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTT
* * *
4377 AGTACACGATTTCGGTTGAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAATGGTTTTTCCACAATTTTTGACC
509 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTTTTGACC
* ** *
4442 ACAACACTCATAGAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAAT
574 ACAACACTCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAAT
4507 ATAGATTTTCCTATTTTTGCCG
639 ATAGATTTTCCTATTTTTGCCG
** * * * *
4529 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCCGACA-CTTGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACTAATTTCTGACAGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
4593 ATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAAATTTTCAGAGGTTTCTTGACGCCAAAAATTATGCAA
65 ATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCA-AGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAA
* * *
4658 AACTGAGTCCGCCACCCGGAATGCGGTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
129 AACTGAGTCGGCC-CCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* **
4723 CTAAAATTTGGCAAACAATGATTCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAA
193 CTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAA
* *
4788 AATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATT
258 AATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATT
* *
4853 TTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACTGATTTTTGAAGCTCGTAAAAAAAATCTTTAAAT
323 TTTGCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAAAAAATCTTTAAAT
* *
4918 CCAGTACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTC-AACGAGTCTAGGCGTAAAGAAT
388 CCAATACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCTAACGAGTCTAGGCGCAAA-AAT
*
4982 CATGCAAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTAAAAATTGTGATGGTTAGTACAC
452 CATGCAAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCG-TTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACAC
* *
5047 GATTTCGGATAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCAACAATTTTTGACCACAACAC
516 GATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTTTTGACCACAACAC
* * * *
5112 TCGTAGAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATCGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATAGATT
581 TCGTAGAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATT
*
5177 TTCCTATTTTTGCCT
646 TTCCTATTTTTGCCG
** * **
5192 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGA-AACTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCTGAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACTAATTTCTGACAGCTCGTAAAA-CAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
5256 ATGACTGAGATTTGGTTATATGAGTATAGATTTTCCGAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAA
65 ATGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATT-CAAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAA
* * *
5321 AATTGAGTCGGTGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCTAAA
129 AACTGAGTCGG-CCCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAA
5358 TAATTCTACT
Statistics
Matches: 1299, Mismatches: 134, Indels: 92
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
643 24 0.02
644 49 0.04
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646 86 0.07
647 9 0.01
648 20 0.02
649 4 0.00
650 3 0.00
651 21 0.02
652 119 0.09
653 8 0.01
654 6 0.00
655 112 0.09
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660 1 0.00
661 1 0.00
662 5 0.00
663 414 0.32
664 180 0.14
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (660 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAACTAATTTCTGACAGCTCGTAAAACAAATCCTTAAATCCAATA
TGATTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCAAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAA
CTGAGTCGGCCCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
AAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAAAT
ATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATTTTT
GCCGAATTAATTTCTAATTACATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAAAAAATCTTTAAATCCA
ATACGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATTCTAACGAGTCTAGGCGCAAAAATCATG
CAAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
CGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCCACAATTTTTGACCACAACACTCGTA
GAAAATATATAACTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCT
ATTTTTGCCG
Found at i:5317 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3222--5357 Score: 2214
Period size: 332 Copynumber: 6.5 Consensus size: 331
3212 GATTTGGTAC
* *
3222 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGGTTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATA
* * * * * * *
3287 TGATTGAGATTTGGTTATATGACTATATATTTTCTAAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGTAAA
66 TGACTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAA
* * *
3352 ACTGAGTCGGCCACTCAGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
131 ACTGAGTCGGCGACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
3417 TAAAATTTGGC-AAAAATGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAA
196 TAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAA
* * *
3481 ATATAT-ACTCAACTCCAAAAAGA-CTGAAGGGTTTTTCACA-TATCTAATATCGATTTTCCTAT
261 ATATATAATTCAACTCCAAAAAGATC-GAAGGGCTTTTCACACT-TCTAATATAGATTTTCCTAT
*
3543 TTTTGCTG
324 TTTTGCCG
* * * * *
3551 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTTTGAAGCTTGTAAAA-AAAATCCTTAAATTCAATG
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATA
* ** * * * * * *
3615 CGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATT-CAACGAGTCTAGGCGCAAAAAATCATGCA
66 TGACTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACAT-ATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCA
* * * * * * *
3679 AAACTGAGTCAGG-G-CCTGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAA-TCATGATGGTT-GT-TA--A-TA
129 AAACTGAGTC-GGCGACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACT-GTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
3736 C-ACT---ATTTCAGC-AAAAATGGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACT--
192 CGGCTAAAATTT-GGCAAAAAAT-GACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCG
* * * * ** * *
3794 TATTAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTTATA-GGCTTTTCACGCTCCTAATATTA-ATT
255 TA-GAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGA-AGGGCTTTTCACACTTCTAATA-TAGATT
* *
3857 TTCTTATTTTATTCCG
317 TTCCTATTTT-TGCCG
** * *
3873 AATTAACTTT-TAATTAAATCGAAATATGATTTAC--ATGCTCGTAAAACCAAATCCTTAATTCC
1 AATTAA-TTTCTAATTAAATCG-AA-CCGATTT-CTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCC
* * * * * *
3935 AATATGAATTAGATTTGGTTATATGAGTATAGATATTCTAAGGATTCTTGACGCAAAAAAACATG
62 AATATGACTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATG
* * *
4000 CAAAACTGATTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAA---T--T-G-T-G-ACACGATTT
127 CAAAACTGAGTCGGCGACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * * * ** *
4056 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAGGATTTTTCCTCAATTTTT-AGGCAAAATTCTGGT
192 CGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGA-CCACAACACTCGT
* * * * * * *
4120 AAAAAATTTATAATTTAACTCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCCAATATCGATTTTCC
256 AGAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCC
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* * * * * * * *
4196 ACTTAATTTCTATTTACATCGAACTGATTTTTGAAGCTCGTAAAA-AAAAGTCTTTAAATCCAGT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAA-TCCTTAAATCCAAT
* ** * * * * * * *
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65 ATGACTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACAT-ATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGC
* *
4324 AAAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
128 AAAACTGAGTCGGCGACCCGGAACGCG-TTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * * *
4389 CGGTTGAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAATGGTTTTTCCACAATTTTTGACCACAACACTCATA
192 CGGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTA
*
4454 GAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCT
257 GAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCT
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322 ATTTTTGCCG
* * * *
4529 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCCGACA-CTTGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGA-AGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
4593 ATGACTGAGATTTGGTTATATGATTATAAAT-TTTCAGAGGTTTCTTGACGCCAAAAATTATGCA
65 ATGACTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCCA-AGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCA
* * * *
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129 AAACTGAGTCGGCGACCCGGAACGCGTTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* **
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194 GCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGA
* * * * *
4787 AAATATATAACTCAACTCCAAAAAGTTTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
259 AAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCTAT
4852 TTTTGCCG
324 TTTTGCCG
* * * * * *
4860 AATTAATTTCTAATTACATCGAACTGATTTTTGAAGCTCGTAAAA-AAAATCTTTAAATCCAGTA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATA
* ** * * * * * * * *
4924 CGGTTGAGATTTGGTTAGATAAAATATACATAATT-CAACGAGTCTAGGCGTAAAGAATCATGCA
66 TGACTGAGATTTGGTTATAT-GAATATACAT-ATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCA
* * *
4988 AAACTGAGTCGGCGTCCCGAAACGCGTTTTTTTGCTAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTC
129 AAACTGAGTCGGCGACCCGGAACGCG-TTTTTTGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * **
5053 GGATAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGGTTTTTCAACAATTTTTGACCACAACACTCGTAG
193 GGCTAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAG
* *
5118 AAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATCGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATAGATTTTCCTA
258 AAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCTA
*
5183 TTTTTGCCT
323 TTTTTGCCG
* **
5192 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAACTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCTGATA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATA
* * * * *
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66 TGACTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAA
* * * *
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5358 TAATTCTACT
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AATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAGCTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATA
TGACTGAGATTTGGTTATATGAATATACATATTCCAAGGATTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAA
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TAAAATTTGGCAAAAAATGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAACACTCGTAGAAA
ATATATAATTCAACTCCAAAAAGATCGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATAGATTTTCCTATTT
TTGCCG
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5115 TAGAAAATAT
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1 ATAATTCAACTCCAAAAATATCGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATAGATTTTCCTATTTTTGC
* * * * **
5190 CTAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAACTCGTAAAACCAAATCCTTAAATCTGA
66 CGAATTAACTTCAAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * *
5255 TATGACTGAGATTTGGTTATATGAGTATAGATTTTCCGAGGATTCTTGACGCCAAAAATCATGCA
131 TATGACTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTCCAAGGAATCTAGACGCCAAAAATCATGCA
5320 AAATTGAGTCGGTGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCTAA
196 AAATTGAGTCGGTGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCTAA
* * * * * * * *
5357 ATAATTCTACTCCAAAAA-ATTTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTTCTTATTTTAT
1 ATAATTCAACTCCAAAAATA-TCGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATAGATTTTCCTATTTT-T
* * **
5421 TCCGAATTAACTTCAAATTAAATCGATA-C-ATTATTTAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
64 GCCGAATTAACTTCAAATTAAATCGA-ACCGATT-TCT-GAAACTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * *
5484 TCCAAT-TGGCTGAGATTTGGTTAGATAAAATATAGATAATT-CAATGAATCTAGGCGCCAAAAA
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189 TCATGCAAAA
5557 CTGAACCGAG
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ATAATTCAACTCCAAAAATATCGAAGGGCTTTTCACACTTATAATATAGATTTTCCTATTTTTGC
CGAATTAACTTCAAATTAAATCGAACCGATTTCTGAAACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
TATGACTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTCCAAGGAATCTAGACGCCAAAAATCATGCA
AAATTGAGTCGGTGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCTAA
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5728 GTCATTCTGC
* * *
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* * **
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1 A
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AGTGAAACTGAATAAATGAATTCTTTAAAGGACATAACTAATAAAATTGACTA
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*
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*
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6007 A
1 A
6008 CGCTATTCTT
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AGAAACAACTTAACAAGATTCCTTGAAAGACATAACTA
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6597 TTAATCACTT
* * *
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** *
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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1 TTTTT
7021 TTAATATTGG
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Found at i:6681 original size:36 final size:38
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6609 TTTAATTTAT
* * **
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*
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*
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* *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* ** *** * * *
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* * ** *
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* *
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7120 AGTCTCCTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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6597 TTAATCACTT
* * * *
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1 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGATAGCTCTCATCGGTCACTTTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
*
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* *
6684 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGACAGCTCTCAACGGTCACTTTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
1 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGATAGCTCTCATCGGTCACTTTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
* *
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* * * *
6767 TTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGATAGAGCTCCCATCAGTCAC-TTTTTAATTAAATGTTTGAAG
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*
6831 AGATAGCTCTCATCGGTCAC
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* * * * *
6851 TTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGATAGCTCTCACCGGTCATTTTTTTAATTAAATGTTTGGAAAA
1 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGATAGCTCTCATCGGTCACTTTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
* *
6916 ACAGCTTTCATCAGTCAC
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*
6934 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGATAGCTCTCATCGATCAC-TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
1 TTTTTAATTAAATGTTTGGAGAGATAGCTCTCATCGGTCACTTTTTTAATTAAATGTTTGGAGAG
*
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7016 TTTTT
1 TTTTT
7021 TTAATATTGG
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Matches are distributed among these distances:
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ACAGCTCTCATCGGTCAC
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Alignment explanation
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6597 TTAATCACTT
* * * * ** *
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*
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* * *
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* * *
6767 TTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGATAGAGCTCCCATC-AGTCACTTTTTAATTAAATGTTTGAAG
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* * *
6831 AGATAGCTCTCATCGGTCACTTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGATAGCTCTCACCGGTCATTTTT
63 AGAT-GCTCTCATCGGTCACTTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGACAGCTCTCAACGGTCACTTTT
* **
6896 TTAATTAAATGTTTGGAAAAACAGCT-TTCATCAGTCAC
127 TTAATTAAATGTTTGGAAAAACAACTCTAAAT-AGTCAC
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TGCTCTCATCGGTCACTTTTTAATTAAATGTTTGAAGAGACAGCTCTCAACGGTCACTTTTTTAA
TTAAATGTTTGGAAAAACAACTCTAAATAGTCAC
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7043 TGGTCACTTTTTTAA
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7058 T
1 T
7059 TGTTTGGAGA
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*
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* * *
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* * * *
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1 TTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCAT-AGTCTCCTAATTACTAAAA
* *
7196 TTTAGATGTTTGGGGAGACAGAACTCCCATGGGCCTCCTAATTACTAAAA
1 TTTAGATGTTTGGGGAGACAG--CTCCCAT-AGTCTCCTAATTACTAAAA
* * *
7246 TTTTTAGATATTTGGGGAGACGGCTCCCATAGTCTCTTAATTACTAAAA
1 --TTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATAGTCTCCTAATTACTAAAA
7295 TTT
1 TTT
7298 TTTAAATGTT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 12, Indels: 9
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 3 0.03
48 21 0.24
49 16 0.19
50 27 0.31
52 19 0.22
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
TTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATAGTCTCCTAATTACTAAAA
Found at i:7310 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 7088--7310 Score: 215
Period size: 57 Copynumber: 4.3 Consensus size: 51
7078 CATCAATCAC
*
7088 TTTTTTA-ATTGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAACTTT
1 TTTTTTAGA-TGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAA---A
* * * *
7142 TTAGTCTTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTACAAATTATTGAAA
1 TT--T-TTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAAA
** *
7196 ---TTTAGATGTTTGGGGAGACAGAACTCCCATGGGCCTCCTAATTACTAAAA
1 TTTTTTAGATGTTTGGGGAGACAG--CTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAAA
* * *
7246 -TTTTTAGATATTTGGGGAGACGGCTCCCAT-AGTCTCTTAATTACTAAAA
1 TTTTTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAAA
*
7295 TTTTTTAAATGTTTGG
1 TTTTTTAGATGTTTGG
7311 AGACTCATCG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 19, Indels: 22
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
48 21 0.15
49 16 0.11
50 40 0.28
52 19 0.13
54 2 0.01
56 1 0.01
57 41 0.29
58 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (51 bp):
TTTTTTAGATGTTTGGGGAGACAGCTCCCATCAGTCTCCTAATTACTAAAA
Done.