Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009620.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09641, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:9743 original size:313 final size:311
Alignment explanation
Indices: 9203--9767 Score: 792
Period size: 313 Copynumber: 1.8 Consensus size: 311
9193 AGTCTCAGTA
*
9203 CTCATAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT
1 CTCATAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT
* * *
9268 TCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAAT
66 TCAAATTTTTCACAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
** * * * * *
9333 TATTAAATTTAATGTGGCTGAGACTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGACGCC
131 TATTAAATCCAATGTAGCTGAGACTTAATTAGATGAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGACGCC
* *
9398 AAAAATCATGTAAAACTAAGCCAGGGCCCCGAAACGGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGCACGATTT
196 AAAAATCATGCAAAACTAAGCCAGGACCCCGAAACGGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGCACGATTT
9463 CGACTAAAATTTTACAAAAAGTAATCCAAAATTTTTTTTTTCCTAAAAATT
261 CGACTAAAATTTTACAAAAAGTAATCCAAAATTTTTTTTTTCCTAAAAATT
* * * *
9514 CTCATAATATATATAATTTAACGCGAAAAAGATTGGAGGACTTTTC-GGTCTTTTAATATCGTTT
1 CTCATAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACG-CTTTTAATATCGTTT
* * * * *
9578 TTCAAATTTTTCTCCAATTAATTTCTACTTTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAATA
65 TTCAAATTTTTC-ACAATTAATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * *
9643 AATTCTTAAATCCAATGTAGCTTAGAGTTAATTAGATGAATAT-GAATATCTCAAAGATTCTTGG
128 AATTATTAAATCCAATGTAGCTGAGACTTAATTAGATGAATATAG-ATATCTCAAAGAGTCTTGA
* * * * *
9707 CGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCATGACCCCGAAACGTGTTTTTAGTCAAAAACCGTG
192 CGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCAGGACCCCGAAACGGGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
9768 ATGATTATTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 32, Indels: 6
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
310 1 0.00
311 68 0.31
312 13 0.06
313 136 0.62
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (311 bp):
CTCATAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTT
TCAAATTTTTCACAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
TATTAAATCCAATGTAGCTGAGACTTAATTAGATGAATATAGATATCTCAAAGAGTCTTGACGCC
AAAAATCATGCAAAACTAAGCCAGGACCCCGAAACGGGTTTTTAGCCAAAAACCGTGCACGATTT
CGACTAAAATTTTACAAAAAGTAATCCAAAATTTTTTTTTTCCTAAAAATT
Found at i:10671 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 9137--12330 Score: 1702
Period size: 334 Copynumber: 9.9 Consensus size: 330
9127 GTAATGGTAT
** * * * *
9137 ACGATTTCGGGTAAAATTTTGCAAAAATTAACCTA-AAATATTTTTACTCAATTTTTAGTCT-CA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-AGAAA-A-TTTTCCTCAATTTTT-GGCTAAA
* * * * *
9200 GTACT-C-ATAATATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
62 ATACTCCTAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATGCTTTTAATATC
* *
9263 GTTTTTCATA--TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAAA
127 GTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
** ** * *
9326 AACAAATTATTAAATTTAATGTGGCTGAGACTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCT
192 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * * * *
9391 TGACGCCAAAAATCATGTAAAACTAAGCCAG-GGCCCCGAAACGGGTTTTTAGC-CAAAAA---C
257 CGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGAC-GTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAGTGA
*
9451 CG--T-G--C
321 TGTTTAGTAC
* * * *
9456 ACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAAGTAATCC--AAAATTTT--T---TTTTT-CCTAAAA-A
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATA
* * * * * * *
9512 -TTCTCATAATATATATAATTTAACGCGAAAAAGATTGGAGGACTTTTC-GGTCTTTTAATATCG
65 CTCCT-AAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATG-CTTTTAATATCG
* * * * * *
9575 TTTTTCAAATTTTTCTC-CAATTAATTTCTACTTTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAA
128 TTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * * * * * *
9639 AATAAATTCTTAAATCCAATGTAGCTTAGAGTTAATTAGATGAATAT-GAATATCTCAAAGATTC
192 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGGAGTC
* * * * * * * * **
9703 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCATGACCCCGAAACGTGTTTTTAGTCAAAAACCGTG
256 TCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAAAGTG
* *
9768 ATGATTATTAC
320 ATGTTTAGTAC
* * * * * * *
9779 ACGATTTC-AGCTAGAATTTTGTAAAAATTGACTAGAAAGTTATTTCCTCAATTTTTAGCCACAA
1 ACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAA-AT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
* * * *
9843 TACTCATAAAA-ATTATATAATTTAACTCCAAAAAGATTGAA-GAGTTTTTCATGCTTCTAATAT
63 TACTCCTAAAATA-TATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCATGCTTTTAATAT
* * ** * *
9906 CGTTTTTCCTATTATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTACTCAGATGCTTGT-
126 CGTTTTTCATATT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
*** * * * *
9970 TTTATAAATCCCTAAATCCAATGTGGCTTAGATTTTG-TTAGATGAATATAGATATTTCAATGAG
190 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * *
10034 TCTCAACGCCAAAAATCATGTAACACTGA-ACCG-GGACCCCGAAACGCGTTTTTATTCAAAAAT
254 TCTCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGA-CGTGG-CCCCGAAACGCGTTTTTA-GCAAAAAA
* *
10097 AGTGAT-TTCAACAAATCTAC
316 AGTGATGTT-----TA-GTAC
* * * * * * *
10117 ACTATTTAGCCTAATACTTTGCAAAACTTG-CCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGTCTAAAAT
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAA-A-TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAAT
* * *
10181 AATCAC-AAAATATATATAGTTCAACT-CAGAAAAGATTGAAGGACTTTTC-TCGCTTTTTATAT
64 ACTC-CTAAAATATATATAATTCAACTCCA-AAAAGATTGAAGGACTTTTCAT-GCTTTTAATAT
* * * ** * * **
10243 CGATTTTCATA--TTTTTCAGAATTAATTT-TCCATTAAATCGAATTAAGATACCGATGCTAATA
126 CGTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCT-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
** * * *
10305 AAAACAAATCCTTAAATGAAATGTGACTGAGATTTGGTTAGCT-ATATATAGATATTTCAAGGAG
190 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA-ATATAGATATTTCAAGGAG
* *
10369 CCTCGATGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAGT
254 TCTCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAGT
10434 GATGTTTAGTAC
319 GATGTTTAGTAC
** * *
10446 ATTATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAAAGAAAATTTTCCTCGATTTTTGGCTAAAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGC-AAAAATTGACC--AGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
* * * * * * *
10511 TACTCCTGAAATATATATAATTTAATTCCATAAATATTGGA-GATCTTTTCATGCTTTTCATATC
63 TACTCCTAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCATGCTTTTAATATC
* * *
10575 ATTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAA
127 -GTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
10640 AAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTATATGAATGTGGATATCTCAAGGAGTC
191 AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * * * *
10705 T-TAGCGCAAAAAATAATGCAAAACT--GACCTGGGCCCTGGAAA-TCGATTTTAGCAAAAAAAT
256 TCGA-CGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGT-GGCCC-CGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAA-
*
10766 CGTGAT-TATTATTAC
317 -GTGATGT-TTAGTAC
* * *
10781 AC-ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAAAAGATATTTCGTCAATTTTTGGCTAAAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAG-AAA-AT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAA
* * * * * *
10845 TACTCATAAAATAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGG-GTTTTTATGCTTCTAATATC
63 TACTCCTAAAAT-ATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATGCTTTTAATATC
* * * * * *
10909 ATTTTTCCTACTTTTTCCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAA
127 GTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
*
10973 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA-ATTTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTC
192 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA-TTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * *
11037 TTGGCGCAAAAAAT-ATGCAAAAGT-A-AC-TAGGGCCCC---A--------T--------AA--
256 TCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGT--GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAGT
11077 G-TG---A-TAC
319 GATGTTTAGTAC
* * * **
11084 ACGATTTCAACTAATATTTTGCAAATATTGACTC-GAAATATTTTTCCAT-AA-TACT--CATAA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CAGAAA-A-TTTTCC-TCAATTTTTGGC-TAA
* * * * * * ** ** * ** * * * *
11144 AA-AAT-ATATAAT-TCA-ACGCCAA--AAAGAT-TGAAGGGCTTTTCACG-CTTCTAAT-ATTG
61 AATACTCCTAAAATAT-ATA---TAATTCAA-CTCCAAAAAG-ATTGAAGGACTTTTCATGCTT-
** * * * *
11200 TTTTTTTCCTTTTT-ATTTTAAATTAATTTCT-AATTAA----------AA-CGAAACATGATTC
119 TTAATATCGTTTTTCATATT---TT--TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
** * * * *
11252 AGATGCT--T-----GGAA-----AAA--CAA--TGGTTGGGATTTGGTTAGATGAGTATAGATA
179 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA
* * * * * *
11301 TTTCAAGGAGTCTCGGCACC-AAAATCAT-TCAAAATTGA-ACCG-GGCCCCCAAACGTGTCTTT
244 TTTCAAGGAGTCTCGACGCCAAAAATCATGT-AAAACTGAGA-CGTGGCCCCGAAACGCGTTTTT
* * *
11362 AGCAAAAAAAACCATGATGATTATTAC
307 AGC-AAAAAAA--GTGATGTTTAGTAC
* * * * *
11389 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCA-AAAGACATTTCTTCAATTTTTAGC-AATA
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAA-A-TTTTCCTCAATTTTTGGCTAA-A
* *
11452 ATACTCATATAAA-ATTATATAATTCAACGT-CAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
62 ATACTCCTA-AAATA-TATATAATTCAAC-TCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATGCTTTTAAT
* * *
11515 ATCGTTTTTCATA--TTTTTCTAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACAATATTCAGATGCTCGT
124 ATCGTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * * * * * *
11578 AATAACAAATCCTTAAATACAGTGTGGATAAGATTTTATTAGATGAATATATATATTTTAAGGAG
189 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * * * * *
11643 -CGTAG-TGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGATAG-GGCCTCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAACA
254 TC-TCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGA-CGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAA-A
* *
11705 CCA-TGATG-GT-GTAC
315 -AAGTGATGTTTAGTAC
* * * *
11719 ACGATTTTGGCTAAAACTTTTGC-AAAATGTGATCCA-AAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGATAA
1 ACGATTTCGACTAAAA-TTTTGCAAAAAT-TGA-CCAGAAAA--TTTTCCTCAATTTTTGGCTAA
* * * * * * *
11782 AATACTCATAAAATATATATGATTTAACGCCGAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATAT
61 AATACTCCTAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATGCTTTTAATAT
* * *
11847 CG-TTTT-ATA---TTTTCTCAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTTGTAA
126 CGTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-A
* * * * * *
11907 AAAAAAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATCTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGT
190 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * * * ** * *
11972 CTTGACGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC-ATAATAC-TTTTTAAGCCAAAAATG
255 CTCGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGTGGCCCCGA-AACGCGTTTTT-AGCAAAAAAAG
* * *
12035 TGATGGTTATTAT
318 TGATGTTTAGTAC
* * * * * *
12048 ACGATTTCGATTAGAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTTCTCAA-TTTTGGCTAATAT
1 ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAA-AT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAAT
* * * *
12112 ACTCATGAAAA-ATATATAATTCAATTCTAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTAATG-TTTCTAATAT
64 ACTCCT-AAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAA-GGACTTTTCATGCTTT-TAATAT
* ** * *
12174 CGTTTTTCCTA-TTTTTTCCAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAA
126 CGTTTTTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* ** * * *
12238 AAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAAGATAGATATTTCAAGTAGTA
191 AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * *
12303 TCGGA-GTCAAAAATCATGCAAAATTGAG
256 TC-GACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAG
12331 TCGGGTCCTC
Statistics
Matches: 2217, Mismatches: 432, Indels: 441
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
275 5 0.00
276 54 0.02
277 3 0.00
278 4 0.00
279 1 0.00
280 3 0.00
285 2 0.00
287 1 0.00
290 1 0.00
292 17 0.01
293 2 0.00
296 2 0.00
297 2 0.00
298 9 0.00
299 24 0.01
300 6 0.00
301 9 0.00
302 2 0.00
303 25 0.01
304 36 0.02
305 47 0.02
306 7 0.00
307 3 0.00
308 7 0.00
309 11 0.00
310 26 0.01
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312 15 0.01
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314 2 0.00
315 5 0.00
316 22 0.01
317 1 0.00
318 5 0.00
319 27 0.01
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322 2 0.00
323 27 0.01
324 3 0.00
325 1 0.00
326 6 0.00
327 106 0.05
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329 76 0.03
330 163 0.07
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332 193 0.09
333 233 0.11
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337 79 0.04
338 28 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
ACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
TCCTAAAATATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCATGCTTTTAATATCGTTT
TTCATATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGAC
GCCAAAAATCATGTAAAACTGAGACGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAGTGATGTTT
AGTAC
Found at i:12240 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 11277--12352 Score: 1048
Period size: 330 Copynumber: 3.3 Consensus size: 328
11267 CAATGGTTGG
* * * * *
11277 GATTTGGTTAGATGAGTATAGATATTTCAAGGAGTCTCG-G-CACCAAAATCATTCAAAATTGA-
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAGTCA--AAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * * * * *
11339 ACCGGGCCCCCAAACGTGTCTTT-AGCAAAAAAAACCATGATGATTATTACATGATTTCGGCTAA
64 TCGGGGCCTCGAAACGTGT-TTTAAGC-CAAAACACCATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA
*
11403 AATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGACA-TTTCTTCAATTTTTAGC-AATAATACTCATATAAAA
127 AATTTTG-AAAAATTGACCC-AAAGATATTTTC-TCAATTTTTAGCTAAT-ATACTCATA-AAAA
11466 TTATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TT
187 -TATATAATTCAAC-TCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTT
* * * * *
11530 TTTCTAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACAATATTCAGATGCTCGTAATAACAAATCCTTAAA
250 TTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* *
11595 TACAGTGTGGATAA
315 TACAATGTGGATGA
* * * * *
11609 GATTTTATTAGATGAATATATATATTTTAAGGAG-CGT-AGTGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAG
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAGT--CAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * *
11672 AT-AGGGCCTCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAACACCATGATGG-T-GTACACGATTTTGGCTAAA
64 -TCGGGGCCTCGAAACGTGTTTTAAGCCAAAACACCATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAA
* * * * * *
11734 ACTTTTGCAAAATGTGATCCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGATAAAATACTCATAAAATATA
128 A-TTTTGAAAAAT-TGACCCAAAGATATTTT-CTCAATTTTTAGCTAATATACTCATAAAA-ATA
* * * * * *
11799 TATGATTTAACGCCGAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTT-ATATTTTCT
189 TATAATTCAAC-TCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTT
* * * *
11862 -C-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTTGTAAAAAAAAAATTCTTAAATC
253 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATA
11925 CAATGTGGATGA
317 CAATGTGGATGA
* * *
11937 GATCTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGACGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGA-GTCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
* ** * ** *
12002 CGGGGTCC-CATAATAC-T-TTTTAAGCCAAAA-A-TGTGATGGTTATTATACGATTTCGATTAG
65 CGGGG-CCTC-GAA-ACGTGTTTTAAGCCAAAACACCATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA
*
12062 AATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATTTTCTCAA-TTTTGGCTAATATACTCATGAAAAATA
127 AATTTTG-AAAAATTGACCC-AAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCTAATATACTCAT-AAAAATA
* * * *
12126 TATAATTCAATTCTAAAAAGATTGAAGGGA-TTTTAATG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTT
189 TATAATTCAACTC-AAAAAGATTGAA-GGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATATTTT
*
12189 TTCCAAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
251 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* *
12254 TCAATGTGGCTGA
316 ACAATGTGGATGA
** * * * * *
12267 GATTTGGCTAGATGAAGATAGATATTTCAAGTAGTATCGGAGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-TGAGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
* *
12332 CGGGTCCTCAAAACGTGTTTT
65 CGGGGCCTCGAAACGTGTTTT
12353 TAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 98, Indels: 78
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
326 4 0.01
327 95 0.16
328 87 0.14
329 86 0.14
330 171 0.28
331 83 0.14
332 63 0.10
333 17 0.03
334 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
GGGGCCTCGAAACGTGTTTTAAGCCAAAACACCATGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGAAAAATTGACCCAAAGATATTTTCTCAATTTTTAGCTAATATACTCATAAAAATATATAATT
CAACTCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCCAAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTGGA
TGA
Found at i:17708 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 17701--17740 Score: 80
Period size: 2 Copynumber: 20.0 Consensus size: 2
17691 GAAATGTAAT
17701 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
17741 AAGATTGTGT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 38 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.