Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009638.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09659, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:5168 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 5161--5194 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
5151 TCCTTGATGA
5161 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
5195 GACTGCACAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:11476 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11432--11470 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
11422 TTCTATTTCT
11432 GTTGGATCCCCTGTTTTTTTG
1 GTTGGATCCCCTG-TTTTTTG
11453 GTTGGATCCCCTGTTTTT
1 GTTGGATCCCCTGTTTTT
11471 GTTTGGTCTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 13 0.72
ACGTcount: A:0.05, C:0.21, G:0.23, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
GTTGGATCCCCTGTTTTTTG
Found at i:15946 original size:332 final size:331
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Indices: 15382--20207 Score: 4687
Period size: 332 Copynumber: 14.5 Consensus size: 331
15372 GATAACCTGT
* * * * * ** * *
15382 GCCAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGAGACCCGAGAACGAGTTTTTAGCCAAAACCCTTGATGGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCG-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* ** * * * * *
15447 TATTACACGATTTC-GCATAGTATTTTACAGAAAAATTGACTCGAAAAAATTTTCCTCGATTTTT
65 TAGTACACGATTTCGGC-TAAAATTTTGC--AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTT
* * * * *
15511 GGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGTTTC
127 GGTCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
* * *
15576 TAACATCGTTTTTCTTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGC
192 TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTT-TCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGC
* *
15641 TCGTTAAAATAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAA
256 TCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAA
15706 GGAGTCTCGGC
321 GGAGTCTCGGC
* * * * *
15717 GCCAAAAATTATGCAAAACTTAGCCGTGGCACGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATTGTGATTGTT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTT
15782 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGTC
66 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGTC
* * *
15847 ACGATACTCATTAAAATAATATAGTTTAATGCCAAAAAAATTGAAAGTCTTTTCACGCTTCTAAT
131 ACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* ** *
15912 ATCGTTTTT-CTGATTTATTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAAAAAGTTCAGATACTCG
196 ATCGTTTTTCCT-ATTT-TTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGCTCG
* * * *
15976 TTAAAATAAATCTTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGA
259 TTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGGA
16041 GTCTCGGC
324 GTCTCGGC
* * *
16049 GCCAAAAAATATGCAAAACTGAGTCATGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
*
16114 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGC
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGT
* *
16179 CACGATACTCATTAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAAGGCTTTCCACGCTTCTA
130 CACGATACTCATTAAAATA-ATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* *
16243 ATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATAGAAA-CATGAGTCAGATGCT
194 ATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCA-G-TTCAGATGCT
* * * * ** * * * *
16306 CGTAAAAACAAATCCTTGAATCCAATTTGACTAAGATTTGGTTA-ACTAAATATAGATATTTCAA
257 CGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGA-TGAATATTGATATTTCAA
* * ***
16370 TGA-TAATCTAT
321 GGAGT-CTCGGC
* * * * * * * * *
16381 GTCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGAGGCGCGATAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCG-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
** * * * *** *
16446 TTCTACACACGA-TTCCGCTTAAATTTTGAAAAAAAAACAGACCCGAAA-ATATTTGCCTCAATT
65 TAGT--ACACGATTTCGGCTAAAATTTTG---CAAAAGTTGACCCGAAAGA-ATTTTCCTCAATT
* * * * * *
16509 TTTGGTCACGATACTAATAAAAACT-ATATAACTC-ATCACCAAAAAAATTG-AAGTGCCTTCCA
124 TTTGGTCACGATACTCATTAAAA-TAATATAATTCAAT-GCCAAAAAAATTGAAAG-GCTTTTCA
* * * * * * *
16571 TGCTTCTAACATCGTTTTCCCTATTTTTTTCCCAAACTAATTTCTAATTAAATTTAAATCAGTTC
186 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTT-TCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTC
* * * *
16636 AGATGCTCGTTAAAACAAATCCTGAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGGTGAATATTGGTG
250 AGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATA
* *
16701 TTGCAAGAAGTCTCGGC
315 TTTCAAGGAGTCTCGGC
** * *
16718 GCGTAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCTTCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * *
16783 CAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTTAATTTTTGGC
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGT
* * * *
16848 CACG-TACTCATTAAAA-ATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTA
130 CACGATACTCATTAAAATA-ATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * *
16911 ATATCCGTTTTTCCT-TTTTTTTTCAAATTAATTTATGATCAAA-TGAAAACATGATTAAGATGC
194 ATAT-CGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCA-G-TTCAGATGC
* * ** * * * * *
16974 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGTTTAAATGAATATAGATACTTCAA
256 TCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAA
* * * *
17039 TGA-TAATCTGT
321 GGAGT-CTCGGC
* * * **
17050 GCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCGAGGCCCCGGAACGTTTTTTTAGCCAAAAA-CTGTGAT-G
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGATAG
* * * *
17113 --AGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTG
64 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTG
* * * * * * *
17176 GTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTTCACACTTCT
128 GTCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCT
* * * ** * *
17241 AACATTGTTTTTCCTATTTCTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCGGTTCAGACGCTC
193 AATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGCTC
* * * *
17306 GTTAAAGCAACTCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAAG
258 GTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGG
17371 AGTCTCGGC
323 AGTCTCGGC
* ** * *
17380 GCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTTGTGACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCTTGATAGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * *
17445 TAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGC
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGT
* * * * * *
17510 CATGATACTCATTAAAATTATA-AAGTTCAATGCTAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTA
130 CACGATACTCATTAAAATAATATAA-TTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * **
17574 ATATCGTTTTTCCTTATTTTTTTTTCAATTTAATTTATGATTAAA-TGAAAACAAGATTCAGACC
194 ATATCGTTTTTCC-TA-TTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATC-AG-TTCAGATG
* * * * ** * * * *
17638 CTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATACTTCA
255 CTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCA
* * * *
17703 ATGA-TATCCTGT
320 AGGAGTCT-CGGC
* * * * * * * *
17715 GCCAAAAATCATGGAAAATTGAGCCGAGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTG-GCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * * * *
17780 TAGTACAGGACTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGG
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGG
* * * * *
17845 TCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTA
129 TCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * * *
17910 ACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTCAAAGTAATTTCTGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATACTC
194 ATATCGTTTTTCCTATTTTTTT-TCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGCTC
* * * * * *
17975 GTTAAAACAAATCGTTAAGTTCAATGTCCTTGAGATTTGATTAGATGAATATTGATGTTTCAAGG
258 GTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGG
*
18040 AGCCTCGGC
323 AGTCTCGGC
* *
18049 GCGAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGA
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
** * * * *
18114 TAGTACATAATTTCGGTTGAAATTTTGCTAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGC
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGT
* * * * *
18179 CACGACACTCATTAAAA-ATTAATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTA
130 CACGATACTCATTAAAATAAT-ATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * *
18243 ATATCGTTTATCCAATTTTTTTTCAAATTAATTTACT-ATTAAA-TGAAAACATGATTCAAATGC
194 ATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTT-CTGATTAAATTGAAATCA-G-TTCAGATGC
* * ** * * ** *
18306 TCGTAAAAATAAATTTTTAAATCCATTGTGACTGAGATTAGGTTA-ATTGAATATAGATATTTCA
256 TCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGA-TGAATATTGATATTTCA
* * ** *
18370 ATGA-TAATTTGT
320 AGGAGT-CTCGGC
* * ** ** *
18382 GCCAAAAATAATGCAAAACTGAG-CGAGGCCGCATAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTATGATGGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * * * *
18446 TTGTACACGATTTTGCCTAAAATTTTACAAAAAAATTGACCC-AAAAAAGTTTTCCTCAATTTTT
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC--AAAAGTTGACCCGAAAGAA-TTTTCCTCAATTTTT
* * * *
18510 GGTTC-CGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCC-AAAAAATTG-AAGAGCTTTTCATGCT
127 GG-TCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAG-GCTTTTCACGCT
* * *
18572 TGTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTTTTCCAAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGTTCAG
190 TCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTT-C-AAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAG
* * * * * * * * *
18637 ATACTTGTTAAAACAATTCCATAAATTCAATGTCCCTAATATTAGATTAGATGAATATTAATGTT
252 ATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATT
*
18702 TTAAGGAGTCTCGGC
317 TCAAGGAGTCTCGGC
* * * *
18717 GCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAAAC-CG-T-G-
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * **
18777 -A--ACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGGCTTTTCCT-ATATTTTTGG
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCA-ATTTTTGG
* * * * *
18838 CCACAATACTCATTAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTGT
129 TCACGATACTCATTAAAATA-ATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCT
* * * *
18902 AATATCGTTTTTCCTATTCTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAA-TGAAAACATGATTCAGAGGC
193 AATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCA-G-TTCAGATGC
* ** * *** * * *
18966 TCGTAAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGAGTGAGATT-GGTTAAATGAATATAGATATTCCAA
256 TCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAA
* * * *
19030 TGA-TAATCTGT
321 GGAGT-CTCGGC
* * * * *
19041 GCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGG-CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * * *
19106 TAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGG
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGG
* * * * * *
19171 TCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAA-GACTAAAAAATTG-AAGTGCTTTTCACGTTTCA
129 TCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAG-GCTTTTCACGCTTCT
* * * * * *
19234 AACATCGTTTTTCCTAATTTTTTCCAAAATTAATTTCAT-ATTAAATTTAAATCAGTTCAAATAC
193 AATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTC-AAATTAATTTC-TGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGC
* *
19298 TCGTTAAAACAATTCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTA-GTTAGATGAATATTGATATTTCA
256 TCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGA-TTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCA
19362 AGGAGTCTCGGC
320 AGGAGTCTCGGC
* * * ** * *
19374 GCGAAAAATTATGCAACACTAAGTTGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAATCGTGATAGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * * * *
19439 TAGTATACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAAGTTGACCCGAATGAATTTTTCTCAATTTTTTT
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAA-TTTTTG
* * * * * *
19504 GCCACGACACTCACTAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACCCTTC
128 GTCACGATACTCATTAAAATA-ATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
* * * *
19568 TAATATTGTTTTT-CTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTATGATTAAA-TGAAAACATGATTCAGAT
192 TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTT-CAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCA-G-TTCAGAT
* ** * ** * * * *
19631 GCTCG-TAAAATAAATTTTTAAATCCAATGTTACTGAGATTTGGTTAAATAAATATAGATATTTC
254 GCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTC
* * ** *
19695 AATGA-TAATATGT
319 AAGGAGT-CTCGGC
* * * ** * * * *
19708 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAACCTAGAACGTGTTTTTAGTCAAAAACCATGAT-GA
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTG-GCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAG-
* * ** * *
19772 TTAGTACACGATTTCGCCTATAATTTTATTAAAAATATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTT
64 TTAGTACACGATTTCGGCTA-AAATTT-TGCAAAA-GTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTT
* * * * * * *
19837 TGGTCATGATACTCATAAAAATGATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTGCACTCTT
126 TGGTCACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTT
* * * * *
19902 CTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTCAAAATTAAATTCAGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATA
191 CTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTC-AAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATG
* * *
19966 CTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCA
255 CTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCA
*
20031 AGGTGTCTCGGC
320 AGGAGTCTCGGC
* * * *
20043 GCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTTCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
1 GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGC-CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGT
* * * * *
20108 TAATACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAAAGAATTTTCCTCAA-TTTTGGC
65 TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGT
*
20172 CACGATACTCATTAAAA-ATATATAATTTAATGCCAA
130 CACGATACTCATTAAAATA-ATATAATTCAATGCCAA
20208 GAGGAGCGCA
Statistics
Matches: 3614, Mismatches: 739, Indels: 280
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 7 0.00
324 83 0.02
325 45 0.01
326 61 0.02
327 40 0.01
328 23 0.01
329 25 0.01
330 167 0.05
331 181 0.05
332 815 0.23
333 703 0.19
334 479 0.13
335 552 0.15
336 279 0.08
337 126 0.03
338 26 0.01
339 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
GCCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTT
AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGTC
ACGATACTCATTAAAATAATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
ATCGTTTTTCCTATTTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCAGTTCAGATGCTCGTT
AAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGGAGT
CTCGGC
Found at i:16637 original size:669 final size:666
Alignment explanation
Indices: 14096--20207 Score: 6627
Period size: 669 Copynumber: 9.1 Consensus size: 666
14086 AGACCGTGAT
* * * * * *
14096 GTACACGATTTCGGCGCTAAAATTTTGCAAAAACTTG-CTC-AAAAAATTTTGCATCAATTTTTG
1 GTACACGATTTC-G-GTTGAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTT-CCTCAATTTTTG
* ** * * ** * * ***
14159 GCAATAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAAAACCAAAAA-ATTTGAAGGGCTTT-TATTGTTT
62 GCCACGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGA-TTGAAAGGCTTTCCA-CACTT
** * * * * * *
14222 CTAATATCGTTTTTTCCTATTTTCCTCGAATGAATTTAC-AATTAAAT-CAAACTATGATTGAAA
125 CTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTT-CTGATTAAATGAAAAC-ATGATTCAGA
* * * * *
14285 TGCTCG-ATAAAA-AAATCCTTAAATCCAACGTGGCTAAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATT
187 TGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATT
* * * * * *
14348 CCAATGATAATTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACT-------GGCCCTAAAATGCGTTTTTACCC
251 TCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCC
* ** * * * ** **
14406 CAAAACAATAATTGTTAATACACGATTTCGCCTAAAATTTTGCAAAAAACCGACCCGAAAAAATT
316 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATT
* * *
14471 TGCCTC-ATTTTTGGTCACGATACTTATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGG
381 TTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG
* * *
14535 CTTTTCATGGTTCTAACATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTGATA
446 CTTTTCATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAA
* *
14599 TCAGTTCAGATGCCCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCGC-TGAGATTAGGTTAGATGAA
511 TCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTC-CTTGAGATTAGGTTAGATGAA
* * * *
14663 TATTGATATTTCAAGCAGTCTCAGCGC-AAAAATTATGCAAAACTGAGTTCG-GGCTCCGGAATG
575 TATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAG-TCGTGGCTCCGGAACG
* *
14726 CATTTTTAGCCAAAAATCGTGATATTTA
639 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
* * * *
14754 GTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
* * * *
14819 TGATAGTCATTAAAAATATATAATTCAATGCTAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACGCTTCTAATA
66 CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATA
* * * * *
14884 TCGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATGGAAACATTATTCAAATGCTCGAAA
131 TCGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCG-TA
* * * **
14948 AAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGCTTAGATGAATATAGATATCCCAATGATA
195 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATA
* * * * * * * *
15013 ATATGTGTCAAATATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAAAACGCGTTTATAGCGAAAAACTGT
260 ATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
* ** *** * * * *
15078 GATGGTTAGTTCACGATTTCGGTTAAAATTTT-GTGAAATTTGACTCG-ATAGATTTT--TC---
325 GATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAAT
* * * ** * *
15136 ------T--C---A-T-A-AAAAA-TATATCATTCAATGCGAAAATTATTGAAGGACTTCTCATG
390 TTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCATG
* * * * * * ** * *
15186 CTTTTAATATCGTTTTCCCTA-TTTTTT-GCATATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCT
455 CTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAG-TTCA
* * ** ** * * * * * * ** *
15249 TATGCTCGAAAAAACAGTTCCTTAAATCCGATGT-GTCTGAGATCCAATGTGA-ATGTGTCTTGA
519 GATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCT-TGAGAT--TAGGTTAGATGAATATTGA
*** ** * * ** **
15312 TGTAAAAAAAAAAAATC-CAATGTGACTGAGATTTGATCAGAAGAATATAAATATTTCAATGA-T
581 TGT---TTCAAGGAGTCTC---G-G-C-GCGA----A--A-AATTATGCAAA-A---C--TGAGT
* *** **** * * ** * *
15375 AACCTGTGC-CAAAAATCATGCAAAACTTAGCCGAGACCCGAGAACGAGTTTTTA
624 --CGTG-GCTCCGGAA-C--GC-GTTTTTAGCCAAAAATCGTG-A-TAG---TTA
* * ** * * * * * *
15429 GCCAAAACCCTTGAT-GGTTATTACACGATTTCGCATAGTATTTTA-CAGAAAAATTGACTCGAA
1 G--TACACGATT--TCGG-T-TGA-A--ATTTTGCA-A-AAGTTGACCCG---AA---A---G--
* * * * *
15492 AAAATTTTCCTCGATTTTTGGTCACGATACTCA-TAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAAT
44 -AATT-TTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATTAAAAA-TATATAATTCAATGCCAAAAAGAT
* * ** * *
15556 TGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAACATCGTTTTTCTTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAA
106 TGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTT--CAAATTAATTTCTGATTAA
* * * * ** *
15621 ATTGAAATCA-G-TTCAGATGCTCGTTAAAATAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGT
169 A-TGAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGT
* * * * * * * * * * *
15684 TAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGT-CTCGGCGCCAAAAATTATGCAAAACTTAGCCGTGGCA
233 TAAATGAATATAGATATTTCAATGA-TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCC
* ** * * **
15748 CG-GAACGCGTTTTTAGCAAAAAATTGTGATTGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT-GCAA
297 CGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAA
* * * * * *
15811 AAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATTAAAATAATATAGTTTAA
362 AAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAA
* * * * * *
15876 TGCCAAAAAAATTGAAAGTCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CTGATTTATTTT-TCAAAT
427 CGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTAACATCGTTTTTCCT-ATTT-TTTTCCCAAAT
** * *
15939 TAATTTCTGATTAAATTTAAAAAAGTTCAGATACTCGTTAAAATAAATCTTTAAATTCAATGTCC
490 TAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCC
* *
16004 TTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAAATATGCAAAACT
555 TTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACT
*
16069 GAGTCATGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
620 GAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
* *
16116 GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
* *
16181 CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAAGGCTTTCCACGCTTCTAATA
66 CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATA
*
16246 TCGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAAT-AGAAACATGAGTCAGATGCTCGTA
131 TCGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGA-AAACATGATTCAGATGCTCGTA
* * * * *
16310 AAAACAAATCCTTGAATCCAATTTGACTAAGATTTGGTTAACTAAATATAGATATTTCAATGATA
195 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATA
* * * * * *
16375 ATCTATGTCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGAGGCGCGATAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
260 ATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
** * * ** * *
16440 GATGGTTTCTACACACGATTCCG-CTTAAATTTTGAAAAAAAAACAGACCCGAAAATATTTGCCT
325 GATGGTTAGT--ACACGATTTCGCCTAAAATTTT--AAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCT
* * * * * * * *
16504 CAATTTTTGGTCACGATACTAATAAAAACTATATAACTCATCACCAAAAAAATTGAAGTGCCTTC
386 CAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTT
* * *
16569 CATGCTTCTAACATCGTTTTCCCTATTTTTTTCCCAAACTAATTTCTAATTAAATTTAAATCAGT
451 CATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGT
* * * * *
16634 TCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTGAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGGTGAATATTGG
516 TCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGA
* * * * * *
16699 TGTTGCAAGAAGTCTCGGCGCGTAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCTTCGGTACGCGTTTTT
581 TGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTT
*
16764 AGCCAAAAATCGTGATAGTCA
646 AGCCAAAAATCGTGATAGTTA
* *
16785 GTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTTAATTTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
*
16850 CG-TACTCATTAAAAATATATAATTCAATTCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATA
66 CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATA
* * * *
16914 TCCGTTTTTCCTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATCAAATGAAAACATGATTAAGATGCTCGTA
131 T-CGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCGTA
* *
16979 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGTTTAAATGAATATAGATACTTCAATGATA
195 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATA
* ** *
17044 ATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCGAGGCCCCG-GAACGTTTTTTTAGCCAAAAACTG
260 ATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
*
17108 TGAT-G--AGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAA
324 TGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAA
* * *
17170 TTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTTCAC
389 TTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCAT
* * * * *
17235 ACTTCTAACATTGTTTTTCCTA-TTTCTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATCGGTTCA
454 GCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGTTCA
** * * *
17299 GACGCTCGTTAAAGCAACTCCTTAAATTCAATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGT
519 GATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGT
* * *
17364 TTCAAAGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTTGTGACTCCGGAACGCGTTTTTAGC
584 TTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGC
*
17429 CAAAAATCTTGATAGTTA
649 CAAAAATCGTGATAGTTA
17447 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
* * *
17512 TGATACTCATTAAAATTATA-AAGTTCAATGCTAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAAT
66 CGATACTCATTAAAAATATATAA-TTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAAT
* * * ** *
17576 ATCGTTTTTCCTTATTTTTTTTTCAATTTAATTTATGATTAAATGAAAACAAGATTCAGACCCTT
130 ATCGTTTTTCC-TA--TTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTC
* *
17641 GTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATACTTCAATG
192 GTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATG
* * * *
17706 AT-ATCCTGTGCCAAAAATCATGGAAAATTGAGCCGAGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
257 ATAAT-CTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * * *
17770 CCGTGATTGTTAGTACAGGACTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCT
321 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCT
17835 CAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTT
386 CAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTT
* * *
17900 CATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCTCAAAGTAATTTCTGATTAAATTTAAATTAGT
451 CATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGT
* * * *
17965 TCAGATACTCGTTAAAACAAATCGTTAAGTTCAATGTCCTTGAGATTTGATTAGATGAATATTGA
516 TCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGA
* *
18030 TGTTTCAAGGAGCCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGCCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTT
581 TGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTT
*
18095 AGCCAAAAATCGTGATAGATA
646 AGCCAAAAATCGTGATAGTTA
** *
18116 GTACATAATTTCGGTTGAAATTTTGCTAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
*
18181 CGACACTCATTAAAAAT-TAATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAAT
66 CGATACTCATTAAAAATAT-ATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAAT
* * *
18245 ATCGTTTATCCAATTTTTTTTCAAATTAATTTACT-ATTAAATGAAAACATGATTCAAATGCTCG
130 ATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTCAAATTAATTT-CTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCG
* ** * * *
18309 TAAAAATAAATTTTTAAATCCATTGTGACTGAGATTAGGTTAATTGAATATAGATATTTCAATGA
193 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGA
* * * *
18374 TAATTTGTGCCAAAAATAATGCAAAACTGAG-CGAGG-CCGCATAACGCGTTTTTAGCCAAAAAT
258 TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCG-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
** * *
18437 TATGATGGTTTGTACACGATTTTGCCTAAAATTTTACAAAAAAATTGACCC-AAAAAAGTTTTCC
322 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTA-AAAAAAATTGACCCGAAAAAA-TTTTCC
*
18501 TCAATTTTTGGTTC-CGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGAGCTT
385 TCAATTTTTGG-TCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTT
* * * *
18564 TTCATGCTTGTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTTTTCCAAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAAT
449 TTCATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTA--TTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAAT
* * * * * * *
18629 CAGTTCAGATACTTGTTAAAACAATTCCATAAATTCAATGTCCCTAATATTAGATTAGATGAATA
512 CAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATA
* *
18694 TTAATGTTTTAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGT
577 TTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGT
* *
18759 TTTTAG-CAAAAAAC-CG-T-G--A
642 TTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
**
18778 --ACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGGCTTTTCCT-ATATTTTTGGCC
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCA-ATTTTTGGCC
* * *
18840 ACAATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTGTAAT
65 ACGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAAT
* *
18905 ATCGTTTTTCCTATTCTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATGAAAACATGATTCAGAGGCTCGT
130 ATCGTTTTTCCTATT-TTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCGT
* * * *
18970 AAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGAGTGAGA-TTGGTTAAATGAATATAGATATTCCAATGAT
194 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGAT
*
19034 AATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCGAGGCCCCG-GAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
259 AATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* *
19098 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCA
323 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCA
* * *
19163 ATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAA-GACTAAAAAATTGAAGTGCTTTTCA
388 ATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
* * * * *
19227 CGTTTCAAACATCGTTTTTCCTAATTTTTTCCAAAATTAATTTCAT-ATTAAATTTAAATCAGTT
453 TGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTC-TGATTAAATTTAAATCAGTT
* *
19291 CAAATACTCGTTAAAACAATTCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTA-GTTAGATGAATATTGA
517 CAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGA-TTAGGTTAGATGAATATTGA
* * * * *
19355 TATTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAACACTAAGTTGTGGCTTCGGAACGCGTTTTT
581 TGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTT
*
19420 AGTCAAAAATCGTGATAGTTA
646 AGCCAAAAATCGTGATAGTTA
* * * *
19441 GTATACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAAGTTGACCCGAATGAATTTTTCTCAATTTTTTTGC
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGC-AAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAA-TTTTTGGC
* * *
19506 CACGACACTCACTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACCCTTCTAA
64 CACGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAA
* * * *
19571 TATTGTTTTTCTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCG
129 TATCGTTTTTCCTATTTTTTT-CAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCG
* ** * *
19636 T-AAAATAAATTTTTAAATCCAATGTTACTGAGATTTGGTTAAATAAATATAGATATTTCAATGA
193 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGA
* ** * * *
19700 TAATATGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAACCTAGAACGTGTTTTTAGTCAAAAACC
258 TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * * *
19765 ATGATGATTAGTACACGATTTCGCCTATAATTTTATTAAAAATATTGACCCGAAAAAATTTTCCT
323 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTA--AAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCT
* * *
19830 CAATTTTTGGTCATGATACTCATAAAAATGATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTG
386 CAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTT
* * * * *
19895 CACT-CTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTT-CAAAATTAAATTCAGATTAAATTTAAATTAG
451 CA-TGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAG
*
19958 TTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTG
515 TTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTG
* * *
20023 ATGTTTCAAGGTGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTTCGGAATGCGTTTT
580 ATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTT
20088 TAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
645 TAGCCAAAAATCGTGATAGTTA
* *
20110 ATACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAAAGAATTTTCCTCAA-TTTTGGCCA
1 GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
*
20174 CGATACTCATTAAAAATATATAATTTAATGCCAA
66 CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAA
20208 GAGGAGCGCA
Statistics
Matches: 4587, Mismatches: 679, Indels: 368
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
641 25 0.01
642 90 0.02
643 15 0.00
644 5 0.00
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649 2 0.00
650 1 0.00
651 2 0.00
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653 1 0.00
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672 2 0.00
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696 15 0.00
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710 2 0.00
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720 29 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (666 bp):
GTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
CGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATA
TCGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTGATTAAATGAAAACATGATTCAGATGCTCGTAA
AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAA
TCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCGAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
ATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAAAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATT
TTTGGTCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCATGC
TTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGTTCAGA
TACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTT
CAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCA
AAAATCGTGATAGTTA
Found at i:25935 original size:673 final size:667
Alignment explanation
Indices: 23414--26250 Score: 4152
Period size: 673 Copynumber: 4.3 Consensus size: 667
23404 GGGCGTGGCA
* * * * *
23414 TTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTTCTCAAATTAATTTCTGAATAAATCAAAA
1 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTT-TCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAA
* * * * *
23479 CATGATTCAAATACTCATAAAAACAAATACTTAAAT-TCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGA
64 CATGATTCAGATGCTCGT-AAAATAAAT-TTTAAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGA
* * *
23543 ATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCGAGGCCCTAGAACG
127 ATATAGATATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAGAACG
* * *
23608 TGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAATTGA
192 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAATGA
* * ***
23673 CCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTGATGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGATCAA
257 CCCGAAAATATTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACG--CAA
* * * * *
23738 AAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATCG-TTTTTCCTATTTTT-TACAAAATTAATTTC
320 AAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATTTC
*
23801 AGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGAT
385 AGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGAT
* * *
23866 TTGGTTAGCTGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTACGCAAAACTGAGTTGT
450 TTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGT
23931 GGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTG
515 GGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTG
* * * *
23996 CAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAAGTCTCGGCCATGACACTCATTAAAAATATATAATT
580 CAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGACACTCATTAAAAATATATAATT
24061 CAATGCCAAAAATGATTGAAAGGC
645 CAATGCCAAAAA-GATTGAAAGGC
* *
24085 TTTTCCACCCTTCTAATATTCGTTTTTCATTTTTTTTTTCAAATTAATCTATGATTAAATGAAAA
1 -TTTCCACCCTTCTAATA-TCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAA
* *
24150 CATGATTCAGATGCTCGTAAAATAAATTTTTAAATCTCAATGTGACTAAGATTTGGTTGAATGAA
64 CATGATTCAGATGCTCGTAAAATAAA-TTTTAAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAA
* * *
24215 TATAGATATTACAATGATAATTAATCTGTGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCAGA
128 TATAGATATTCCAATG---A-TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAGA
*
24280 ACGCG-TTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAA
189 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAA
*
24344 TGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGC
254 TGACCCGAAAA-TATTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGC
* * *
24409 AAAAAAATTGAAGGGCTTTTCATGGTTGTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATT
318 AAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATT
* * *
24474 TCTGAATAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCCTGAG
383 TCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAG
* * * *
24539 ATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTTAAGGAGTCTCGGCACGAAAAATTATGCAAAACTGAGCC
448 ATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTC
* * *
24604 GTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAAAAC-CG-T-G--A--ACACGATTTCGGTT-AATATT
513 GTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAA-ATT
* * *
24660 TTGCAAAAGTTGACCCGAAAAAATTTTCCT-ATATTTTTGGCCACAATACTCATTAAAAATATAT
577 TTGCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCA-ATTTTTGGCCACGACACTCATTAAAAATATAT
24724 AATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
641 AATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
* * * * *
24751 TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCC-TATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATGAAAACA
1 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
* * * * * *
24815 TGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA-CCCAATATGAATGAGATTTGGTTAAATGAAT
66 TGATTCAGATGCTCGT-AAAATAAAT-TTTAAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAAT
* * * *
24879 AAAGATATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCGAGGCCCCGGAATGCG
129 ATAGATATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAGAACGCG
*
24944 TTTTTA-CCAAAAACCGT-A-----ACGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTAC-AAAAAATTGAC
194 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAATGAC
* ** *
25001 CCGAAAACATTTTCCTCAATTTAT-GG-TCACGATACTCATAAAAATTATATAATTCAATACTAA
258 CCGAAAATATTTTCCTCAATTT-TGGGTTC-CGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCAAA
* * * * * * * *
25064 AAAGTTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTCCTAATTTTTTTCCAAAATTAATTTCT
321 AAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATTTCA
*
25129 GATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAATTCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATT
386 GATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATT
* * * * *
25194 TGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAAGAGTCTCGGCGCGAAAAATCATGCAAGACTGAGTTGTG
451 TGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTG
25259 GCTTCGGAACGCGTTTTTAG-CAAAATATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTG
516 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-ATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTG
* *
25323 CAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGGCACTTATTAAAAATATATAATT
580 CAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGACACTCATTAAAAATATATAATT
25388 CAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
645 CAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
25411 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
1 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
* *
25476 TGATTCAGATGCTCGTAAAATAAATTTTAAAATCACAATGTGACTAAGATTTGGTTAAATGAATA
66 TGATTCAGATGCTCGTAAAATAAATTTT-AAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATA
* *
25541 TAGATATTTCAATGATAATTAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCAGAAC
130 TAGATATTCCAATG---A-TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAGAAC
*
25606 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAAAATG
191 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAATG
* *
25671 ACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCA
256 ACCCGAAAA-TATTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCAA
**
25736 AAAAATTGAAGGGCTTTTCATTCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATTTC
320 AAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATTTC
*
25801 AGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGAT
385 AGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGAT
* *
25866 TTGGTTAGCTGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACAT-TGTCG
450 TTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAAC-TGAGTCG
*
25930 TGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCTTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTT
514 TGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTT
* *
25995 GCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGGCACTCAGTAAAAATATATAAT
579 GCAAAAGTTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGACACTCATTAAAAATATATAAT
26060 TCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
644 TCAATGCCAAAAAGATTGAAAGGC
*
26084 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCC--TTTTTTTTAAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
1 TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
* *
26147 TGATTTAGATGCTCATAAAATAAATTTTTAAATC-CAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATA
66 TGATTCAGATGCTCGTAAAATAAA-TTTTAAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATA
*
26211 TAGTTATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAA
130 TAGATATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAA
26251 GATTGAAAGG
Statistics
Matches: 1947, Mismatches: 169, Indels: 104
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
651 2 0.00
652 243 0.12
653 21 0.01
654 27 0.01
655 1 0.00
656 1 0.00
658 2 0.00
659 57 0.03
660 143 0.07
661 92 0.05
663 88 0.05
664 22 0.01
665 66 0.03
666 50 0.03
667 90 0.05
669 1 0.00
670 54 0.03
671 169 0.09
672 48 0.02
673 432 0.22
674 96 0.05
675 242 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (667 bp):
TTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTATGATTAAATGAAAACA
TGATTCAGATGCTCGTAAAATAAATTTTAAATCTCAATGTGACTGAGATTTGGTTAAATGAATAT
AGATATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCAGAACGCGTT
TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACAAAAAAAATGACCCG
AAAATATTTTCCTCAATTTTGGGTTCCGATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCAAAAAAAT
TGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTTCTTATTTTTATCCAAAATGAATTTCAGATTA
AATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTGGTT
AGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGTGGCTTC
GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAG
TTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGACACTCATTAAAAATATATAATTCAATGC
CAAAAAGATTGAAAGGC
Found at i:26401 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 26070--26431 Score: 517
Period size: 180 Copynumber: 2.0 Consensus size: 178
26060 TCAATGCCAA
* *
26070 AAAGATTGAAAGGCTTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTAAAATTAATTTATGAT
1 AAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTAAAATTAATTTATAAT
* * * * ** * *
26135 TAAATGAAAACATGATTTAGATGCTCATAAAATAAATTTTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGG
66 TAAATAAAAACATCATTCAGATGCTCATAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGACTGAGATTTGG
* *
26200 TTAAATGAATATAGTTATTCCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGC
131 TTAAATGAATATAGATATTCCAATAATAATCTGTGCCAAAAATCATGC
** * *
26248 AAAGATTGAAAGGCTTTTTACACTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCAAATTAATTTCTAA
1 AAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTAAAATTAATTTATAA
* ** *
26313 TTAAATAAAAAGATCATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGAGTGAGATTT
65 TTAAATAAAAACATCATTCAGATGCTCAT-AAAACAAATCCTTAAACCCAATATGACTGAGATTT
*
26378 GGTTAAATGAATATAGATATTCCAATAATAATCTGTTCCAAAAATCATGC
129 GGTTAAATGAATATAGATATTCCAATAATAATCTGTGCCAAAAATCATGC
26428 AAAG
1 AAAG
26432 CTGAGCCGAG
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 21, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
178 39 0.24
179 42 0.26
180 80 0.50
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (178 bp):
AAAGATTGAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTTAAAATTAATTTATAAT
TAAATAAAAACATCATTCAGATGCTCATAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGACTGAGATTTGG
TTAAATGAATATAGATATTCCAATAATAATCTGTGCCAAAAATCATGC
Found at i:26951 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 26248--28829 Score: 2336
Period size: 334 Copynumber: 7.7 Consensus size: 332
26238 AAAATCATGC
* * *
26248 AAAGATTGAAAGGCTTTTTACACTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTT-CAAATTAATTTCTA
1 AAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTG
** * * * ** * **
26312 ATTAAATAAAAAGATCA-TTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGAGTGAGAT
66 ATTAAAT-TCAA-ATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGT-CCTGAGAT
* * * ** * * *
26376 TTGGTTAAATGAATATAGATATTCCAA-TAATAATCTGTTCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCCG
128 TTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
* * * * * *
26440 AGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAGCTTGATGGTTAGTACACAATTTCGCCTAAAATTT
193 TGGCTCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTT
* * * * *
26505 TACAAAAAATTGACACGAAATAACTTTCCTCAATTTCTGGTCACGATACTCATAAAATTTATATA
257 TACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAA-ATATATA
* *
26570 ATTCAACACTAA
321 ATTCAACGCCAA
* *
26582 AAAG-TT-AATGTGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTCCTAATTTTTTTCCAAAATTAATTT
1 AAAGATTGAAAG-GCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCT-ATTTTTTTCC-AAATTAATTT
* *
26645 CTGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAATTCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGA
63 CTGATTAAATTCAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCC-TGAGA
* * * * * * *
26710 TTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGGAGT-CTCGGCGCGAAAAATTATGCAAATCTGAGTT
127 TTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
** * * * ** *
26774 GTGGCTTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATTCACGATTTCGATTGAAATTT
192 GTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTT
* * * * * * *
26839 TTC-AAAAGTTGACCCGAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACGACACTCACTAAAAATATATA
257 TACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCA-TAAAAATATATA
*
26903 ATTCAATGCCAA
321 ATTCAACGCCAA
* * * * * *
26915 AAAGATTCAAAGGCTTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTTCAAATTAATTTTTG
1 AAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTG
** * * * ** * *
26979 ATTAAA-AGAAAACATGATTCAGATGCTCG-TAAAATAAATTTTTAAATCCAATGTGACTGAGAT
66 ATTAAATTCAAATCA-G-TTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGT-CCTGAGAT
* * ** *
27042 TTAGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGA-TAATCTGTTCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
128 TTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
* * * * * *
27106 AGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAACAATTGTGATGGTTAGTACATGATTTC-CCTAAAATTT
193 TGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAA-AATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTT
* * *
27170 TACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTTCCTTAATTTTTGGTCAGGATACTCCTAAAAATTATAT
257 TACAAAAAATTGACCCGAAAAAA-TTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAA-TATAT
27235 AATTCAACGCCAA
320 AATTCAACGCCAA
* * * **
27248 AAAAATTTGAAGGGGTTTTCATGCTTCTAACATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCTCAAATTAATTTC
1 AAAGA-TTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTC-CAAATTAATTTC
* * *
27312 TGATTAAATTTAAATCAATTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAACTCAATGTCCCTGAGAT
64 TGATTAAATTCAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGT-CCTGAGAT
* * * * * * * *
27377 TAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGT-CTCAGCGCGAAAAATTATGCAAAACTGAGACG
128 TTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
* ** *
27441 TGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTTTGAAATTTT
193 TGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTT
* * * * **
27506 GC-AAAAGTTGACACGAACAAATTTTCCTCAATTTTTGG-CAAAAATACTCATTAAAAATATATA
258 ACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTC-ACGATACTCA-TAAAAATATATA
***
27569 ATTCAATAACAA
321 ATTCAACGCCAA
* * * * * * * *
27581 GAGGAGTGCAAGG-TTTTCCACATTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTTTCAAATTAATTTC
1 AAAGATTGAAAGGCTTTT-CACACTTCTAACATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTCCAAATTAATTTC
* * * * * * *
27645 TGAATAAA-TCAAAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATTCAATGTGACTGAG
64 TGATTAAATTCAAATCA-G-TTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGT-CCTGAG
* * * * *
27709 ATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCTATGA-TAATCTGTGCCAAGAATCATGCAAAATTGAGC
126 ATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGC-AAA---A-C
* * * * * * *
27773 CGAGGCCCTAGAACGTGTTTTTGC-CCTAGAACGTGTTTTTACCCTAAAACCATGATGGTTAGTA
186 TGA-G---T----CGTG-----GCTCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTA
* *
27837 CACGATTTCGCCTCAAATTTTACAACAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCAT
237 CACGATTTCGCCTAAAATTTTACAA-AAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCAC
27902 GATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAA
301 GATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAA
* *
27935 AAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATCGTTTTTTCCTA-TTTTTTCCAAAATTAATTTC
1 AAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCG-TTTTTCCTATTTTTTTCC-AAATTAATTTC
* * * *
27999 AGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATACTCGTTAAAGCAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGAT
64 TGATTAAATTCAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCC-TGAGAT
* * * * * * * *
28064 TTGGTTAGATGAATGTTGATGTTTCAAGGTGT-CTCGGCGCGAAAAATTATGC-AAACATGAGTC
128 TTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAAC-TGAGTC
* * * * ** *
28127 GTGGCTTCGGAATGCAGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACGATTTCGGTTGAAATT
192 GTGGCTCCGGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATT
* * ** * *
28192 TTGC-AAAAGTTGACATGAAAGAATTTTCCTCAA-TTTTGGCCACGATACTCATTAAAAATATAT
256 TTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCA-TAAAAATATAT
* *
28255 AATTTAATGCCAA
320 AATTCAACGCCAA
* * ** * * *
28268 GAGGAGCGCAAGGC-TTTCTACACTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTTCTCAAATTAATTT
1 AAAGATTGAAAGGCTTTTC-ACACTTCTAACATCGTTTTTCCTA-TTTTTTTC-CAAATTAATTT
* * * * * *
28332 CTGAATAAA-TCAAAACATGATTCAAATACAT--ATAAAATCAAATACTTAAATTCAATGTGACT
63 CTGATTAAATTCAAATCA-G-TTCAGATAC-TCGTTAAAA-CAAATCCTTAAATTCAATGT-CCT
* * * *
28394 GAGATTTGGTTAAATGAATATAGATAATTCAATGA-TAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
123 GAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * * * * *
28458 AGCCGAGGC-CCTAGAACGTGTTTTAAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCCCCTAA
188 AGTCGTGGCTCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAA
* * *
28522 AATTTTACAGAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTGTGATGATACTCATAAAAAT
252 AATTTTACA-AAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAA-
28587 TATATAATTCAACGCCAA
315 TATATAATTCAACGCCAA
* * * *
28605 AAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATTGTTTTTCCTA-TTTTTTCCAAAATTAATTTCA
1 AAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCC-AAATTAATTTCT
* *
28669 GATTAAATTCAAATTAGTTTAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATT
65 GATTAAATTCAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCC-TGAGATT
** * ** * * *
28734 TGGTTAGCTGAATATTGATGCTTCAAGGAGT-CTCGGCGCGAAAAAT--TCGCAAAACTGAGTTG
129 TGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCAT-GCAAAACTGAGTCG
*
28796 TGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTG
193 TGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTG
Statistics
Matches: 1782, Mismatches: 375, Indels: 183
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.00
331 129 0.07
332 112 0.06
333 287 0.16
334 448 0.25
335 346 0.19
336 114 0.06
337 58 0.03
338 5 0.00
339 3 0.00
340 5 0.00
344 1 0.00
347 6 0.00
348 3 0.00
351 4 0.00
352 52 0.03
353 90 0.05
354 94 0.05
355 19 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAAGATTGAAAGGCTTTTCACACTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTG
ATTAAATTCAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTGAGATTTG
GTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTAATCTGCGCGAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGG
CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTACA
AAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCACGATACTCATAAAAATATATAATTCA
ACGCCAA
Found at i:27563 original size:666 final size:667
Alignment explanation
Indices: 26248--28829 Score: 3507
Period size: 666 Copynumber: 3.8 Consensus size: 667
26238 AAAATCATGC
** * *
26248 AAAGATTG-AAAGGCTTTTTACACTTCTAATATCGTTTTTCC-TATTTTTTTCAAATTAATTTCT
1 AAAGA-TGCAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCCATTTTTTTTTCAAATTAATTTCT
* * * * * * *
26311 -AATTAAATA-AAAAGATCATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAACCCAATATGAGTGAG
65 GAA-TAAA-ACAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGACTGAG
* * * *
26374 ATTTGGTTAAATGAATATAGATATTCCAATAATAATCTGTTCCAAAAATCATGCAAAGCTGAGCC
128 ATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * *
26439 GAGGCCCCAAGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAAGCTTGATGGTTAGTACACAATTTCGCCTAAAAT
193 GAGGCCCC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAAT
* * * * * *
26503 TTTACAAAAAATTGACACGAAATAACTTTCCTCAATTTCTGGTCACGATACTCATAAAATTTATA
257 TTTACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCATGATACTCATAAAAATTATA
* * * * *
26568 TAATTCAAC-ACTAAAAAGTT-AATGTGCTTTTCACGCTTCTAACATCGTTTTTCCTAATTTTTT
322 TAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAAG-GCTTTTCACTCTTCTAACATCGTTTTTCCT-A-TTTTT
* *
26631 TCCAAAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAATTCCTTAAATT
384 TCCAAAATTAATTTCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATT
*
26696 CAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTAT
449 CAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTAT
* * * *
26761 GCAAATCTGAGTTGTGGCTTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATTCACGATT
514 GCAAAACTGAGTCGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACGATT
* * * * * *
26826 TCGATTGAAATTTTTCAAAAGTTGACCCGAAAGAGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACGACACTCAC
579 TCGATTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCAT
26891 TAAAAATATATAATTCAATGCCAA
644 TAAAAATATATAATTCAATGCCAA
* * * *
26915 AAAGATTCAAAGGCTTTCCACCCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTTTCAAATTAATTTTTG
1 AAAGATGCAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCCATTTTTTTTTCAAATTAATTTCTG
* * * **
26979 ATTAAAAGAAAACATGATTCAGATGCTCGT-AAAATAAATTTTTAAATCCAATGTGACTGAGATT
66 AATAAAACAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGACTGAGATT
* * * *
27043 TAGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTTCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAG
131 TGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG
*** *
27108 GCCCCAGAACGCGTTTTTAG-CAAAACAATTGTGATGGTTAGTACATGATTTC-CCTAAAATTTT
196 GCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-AACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTT
* * *
27171 ACAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTTCCTTAATTTTTGGTCAGGATACTCCTAAAAATTATATA
260 ACAAAAAATTGACCCGAAAAAA-TTTTCCTCAATTTTTGGTCATGATACTCATAAAAATTATATA
* *
27236 ATTCAACGCCAAAAAAATTTGAAGGGGTTTTCA-TGCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTCT
324 ATTCAACGCCAAAAAAA-TTGAAAGGCTTTTCACT-CTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTC-
* * *
27300 C-AAATTAATTTCTGATTAAATTTAAATCAATTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAACTCA
386 CAAAATTAATTTCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCA
* * *
27364 ATGTCCCTGAGATTAGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCAGCGCGAAAAATTATGC
451 ATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGC
* * *
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516 AAAACTGAGTCGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACGATTTC
* * **
27494 GTTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAACA-AATTTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTCATT
581 GATTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAA-AGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATT
**
27558 AAAAATATATAATTCAATAACAA
645 AAAAATATATAATTCAATGCCAA
* * * *
27581 GAGGAGTGC-AAGGTTTTCCACATTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTTTCAAATTAATTTC
1 AAAGA-TGCAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCC-ATTTTTTTTTCAAATTAATTTC
* * *
27645 TGAATAAATCAAAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATTCAATGTGACTGAGA
64 TGAATAAAACAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGACTGAGA
* * *
27710 TTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCTATGATAATCTGTGCCAAGAATCATGCAAAATTGAGCCG
129 TTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* *
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194 AGGCCCCAGAACGCGTTTTTAG-CC----A---------A----AAAACCATGATGGTTAGTACA
*
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305 TACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATCG
*
27969 TTTTTTCCTATTTTTTCCAAAATTAATTTCAGATTAAATTTAAATTAGTTCAGATACTCGTTAAA
370 -TTTTTCCTATTTTTTCCAAAATTAATTTCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAA
* * *
28034 GCAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATGTTGATGTTTCAAGGTGTCTC
434 ACAAATCCTTAAATTCAATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTC
*
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* *
28163 ATAGTTAATACACGATTTCGGTTGAAATTTTGCAAAAGTTGACATGAAAGAATTTTCCTCAA-TT
562 ATAGTTAATACACGATTTCGATTGAAATTTTGCAAAAGTTGACACGAAAGAATTTTCCTCAATTT
*
28227 TTGGCCACGATACTCATTAAAAATATATAATTTAATGCCAA
627 TTGGCCACGATACTCATTAAAAATATATAATTCAATGCCAA
* * * *
28268 GAGGA-GCGCAAGGCTTTCTACACTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTTCTCAAATTAATTT
1 AAAGATGC-AAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCC-ATTTTTTTT-TCAAATTAATTT
* * * * * *
28332 CTGAATAAATCAAAACATGATTCAAATACAT-ATAAAATCAAATACTTAAATTCAATGTGACTGA
63 CTGAATAAAACAAAACATGATTCAGATGC-TCGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGACTGA
*
28396 GATTTGGTTAAATGAATATAGATAATTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
127 GATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * *
28461 CGAGGCCCTAGAACGTGTTTTAAGCC-AAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCCCCTAAAAT
192 CGAGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAAT
* *
28525 TTTACAGAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTTGTGATGATACTCATAAAAATTAT
257 TTTACA-AAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCATGATACTCATAAAAATTAT
*
28590 ATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATTGTTTTTCCTATTTTTTC
321 ATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTC
* * *
28655 CAAAATTAATTTCAGATTAAATTCAAATTAGTTTAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCA
386 CAAAATTAATTTCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCA
* * *
28720 ATGTCCTTGAGATTTGGTTAGCTGAATATTGATGCTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATT-CGC
451 ATGTCCTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGC
*
28784 AAAACTGAGTTGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTG
516 AAAACTGAGTCGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTG
Statistics
Matches: 1714, Mismatches: 151, Indels: 100
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
664 1 0.00
665 49 0.03
666 448 0.26
667 109 0.06
668 100 0.06
669 246 0.14
670 145 0.08
671 1 0.00
674 2 0.00
683 1 0.00
685 2 0.00
686 52 0.03
687 307 0.18
688 249 0.15
689 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (667 bp):
AAAGATGCAAAGGCTTTCCACACTTCTAATATCCTTTTTCCATTTTTTTTTCAAATTAATTTCTG
AATAAAACAAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGACTGAGATT
TGGTTAAATGAATATAGATATTTCAATGATAATCTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG
GCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGCCTAAAATTTTA
CAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGTCATGATACTCATAAAAATTATATAAT
TCAACGCCAAAAAAATTGAAAGGCTTTTCACTCTTCTAACATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAAA
TTAATTTCAGATTAAATTTAAATCAGTTCAGATACTCGTTAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTC
CTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATGTTTCAAGGAGTCTCGGCGCGAAAAATTATGCAAAAC
TGAGTCGTGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATAGTTAATACACGATTTCGATTG
AAATTTTGCAAAAGTTGACACGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATTAAAAAT
ATATAATTCAATGCCAA
Found at i:27800 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27777--27818 Score: 75
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
27767 TTGAGCCGAG
27777 GCCCTAGAACGTGTTTTT
1 GCCCTAGAACGTGTTTTT
27795 GCCCTAGAACGTGTTTTT
1 GCCCTAGAACGTGTTTTT
*
27813 ACCCTA
1 GCCCTA
27819 AAACCATGAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 23 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
GCCCTAGAACGTGTTTTT
Done.